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魚(yú)類低溫耐受機(jī)制與功能基因研究進(jìn)展

2018-03-31 07:36:20劉麗麗朱華閆艷春王曉雯張蓉朱建亞
生物技術(shù)通報(bào) 2018年8期
關(guān)鍵詞:抗凍羅非魚(yú)斑馬魚(yú)

劉麗麗 朱華 閆艷春 王曉雯 張蓉 朱建亞

(1. 北京市水產(chǎn)科學(xué)研究所 漁業(yè)生物技術(shù)北京市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,北京 100068;2. 中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院研究生院,北京100081)

作為變溫動(dòng)物,魚(yú)類廣泛棲息于不同的溫度環(huán)境中。廣溫性魚(yú)類具有較強(qiáng)的溫度適應(yīng)能力,當(dāng)棲息在低溫時(shí),能通過(guò)調(diào)節(jié)不同代謝途徑的酶濃度、轉(zhuǎn)換代謝途徑和改變其組織細(xì)胞的分子組成,使代謝和生理功能逐漸適應(yīng)低溫;狹溫性魚(yú)類只能適應(yīng)很窄的溫度范圍,溫度變化,特別是低溫會(huì)導(dǎo)致魚(yú)類免疫力下降,容易生病甚至死亡,這是魚(yú)類長(zhǎng)期適應(yīng)環(huán)境和進(jìn)化的結(jié)果。由于魚(yú)類重要的生態(tài)意義和經(jīng)濟(jì)價(jià)值,已將組學(xué)技術(shù)大量用于研究溫度等環(huán)境因素對(duì)魚(yú)類基因表達(dá)的作用,以解析魚(yú)類對(duì)溫度的適應(yīng)機(jī)制[1-3]。本文將回顧魚(yú)類適應(yīng)長(zhǎng)期低溫環(huán)境和響應(yīng)短期低溫脅迫的組學(xué)研究報(bào)道,總結(jié)魚(yú)類低溫耐受的遺傳進(jìn)化基礎(chǔ)和不同魚(yú)類在低溫脅迫下的轉(zhuǎn)錄表達(dá)差異,根據(jù)功能對(duì)魚(yú)類低溫耐受相關(guān)基因進(jìn)行分類討論,并預(yù)測(cè)本領(lǐng)域研究熱點(diǎn),以期為后續(xù)研究提供思路。

1 魚(yú)類低溫耐受的分子機(jī)制

1.1 魚(yú)類低溫耐受的遺傳進(jìn)化基礎(chǔ)

魚(yú)類適應(yīng)寒冷環(huán)境的一種主要手段是在進(jìn)化過(guò)程中獲得功能基因。棲息于南極圈和北極圈的極地魚(yú)類能夠長(zhǎng)期在零下低溫環(huán)境中生存,也稱為抗凍魚(yú),為研究魚(yú)類耐受低溫的遺傳進(jìn)化機(jī)制提供了絕佳的生物材料。研究發(fā)現(xiàn),抗凍魚(yú)在進(jìn)化過(guò)程中,通過(guò)基因重組和突變獲得了一些關(guān)鍵功能基因,如特異性地獲得抗凍糖蛋白(Antifreeze glycoprotein,AFGP)。AFGP能夠結(jié)合并抑制冰晶生長(zhǎng),保護(hù)細(xì)胞和血液在冰點(diǎn)下不結(jié)冰,支持低于冰點(diǎn)溫度的正常代謝[1],保證抗凍魚(yú)在極地環(huán)境正常生存;不同抗凍魚(yú)AFGP蛋白在分子組成和結(jié)構(gòu)上很相似,但其編碼基因的來(lái)源完全不同,南極美露鱈(Dissostichus mawsoni)afgp基因起源于胰蛋白酶原基因,而北極鱈魚(yú)(Boreogadus saida)afgp基因起源于胰蛋白酶原基因以外的基因位點(diǎn)[2]。

抗凍魚(yú)在進(jìn)化過(guò)程中同時(shí)喪失了一些基因的功能,如喪失向線粒體輸送氧氣的血紅蛋白基因[3]。血紅蛋白基因在抗凍魚(yú)基因組中發(fā)生了普遍性的缺失:淵龍?chǎng)尶疲˙athydraconidae)等南極魚(yú)的血紅素蛋白基因表達(dá)水平非常低;鱷冰魚(yú)科(Channichthyidae)中至少16種冰魚(yú)完全缺失血紅素蛋白基因,冰魚(yú)β球蛋白基因在進(jìn)化史上兩次發(fā)生基因重組,這兩次突變都導(dǎo)致了該基因位點(diǎn)的失活[4]。

魚(yú)類為了適應(yīng)寒冷環(huán)境還發(fā)生了大規(guī)模的基因擴(kuò)增。寒冷環(huán)境下LINE基因家族在多種南極魚(yú)中都發(fā)生了大規(guī)模擴(kuò)增[5];冰魚(yú)中與線粒體生物合成和有氧呼吸相關(guān)的基因重復(fù)顯著增多,從而提高低溫下氧氣的運(yùn)輸和利用效率[6]。通過(guò)轉(zhuǎn)錄組學(xué)和基因組學(xué)分析發(fā)現(xiàn),南極美露鱈(Dissostichus mawsoni)有177個(gè)非冗余蛋白家族的豐度高于熱帶魚(yú)對(duì)應(yīng)蛋白豐度,使機(jī)體適應(yīng)極端寒冷環(huán)境。這177個(gè)蛋白家族主要包括蛋白質(zhì)生物合成、蛋白折疊和降解、脂質(zhì)代謝、抗氧化、抗凋亡、先天免疫及絨毛膜形成等。比較基因組研究發(fā)現(xiàn)上述很多基因的高表達(dá)是通過(guò)大規(guī)模的基因擴(kuò)增實(shí)現(xiàn)的,極穩(wěn)定的低溫環(huán)境所導(dǎo)致的低代謝并沒(méi)有使魚(yú)類基因組中基因的含量降低,相反是普遍擴(kuò)增,特別是逆轉(zhuǎn)錄系統(tǒng)擴(kuò)增了近300倍。這些研究表明大規(guī)?;驍U(kuò)增可能是魚(yú)類適應(yīng)永恒低溫環(huán)境的一個(gè)重要和普遍的進(jìn)化機(jī)制[5]。

1.2 魚(yú)類低溫耐受的遺傳信息表達(dá)機(jī)制

1.2.1 低溫下轉(zhuǎn)錄表達(dá)的種間、種內(nèi)差異 2004年,Gracey等[7]以鯉魚(yú)(Cyprinus carpio)為模型第一次在轉(zhuǎn)錄組水平上開(kāi)展魚(yú)類低溫脅迫研究,將鯉魚(yú)在30、23、17和10℃分別暴露22 d后發(fā)現(xiàn),在260個(gè)上調(diào)表達(dá)基因中,有27個(gè)基因的直系同源基因在酵母低溫脅迫時(shí)也上調(diào)表達(dá),說(shuō)明從單細(xì)胞到多細(xì)胞生物的低溫耐受機(jī)制存在保守性。對(duì)革首南極魚(yú)(Notothenia corriceps)、頭帶冰魚(yú)(Chaenocephalus Aceratus)和側(cè)紋南極魚(yú)(Pleuragramma antarcticum)腦組織和肝臟組織的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序發(fā)現(xiàn),南極魚(yú)類可能普遍富含蛋白質(zhì)泛素降解途徑相關(guān)基因的轉(zhuǎn)錄本[8]。短頭壯綿鳚(Pachycara brachycephalum)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序發(fā)現(xiàn),在不同溫度下的差異表達(dá)基因主要集中在信號(hào)傳遞、轉(zhuǎn)錄后修飾、細(xì)胞骨架重建、代謝轉(zhuǎn)換及轉(zhuǎn)錄和翻譯等細(xì)胞過(guò)程;低溫下抗氧化酶基因的轉(zhuǎn)錄本水平也上調(diào)表達(dá),以應(yīng)對(duì)低溫導(dǎo)致的氧化應(yīng)激[9]。與常溫(28℃)相比,低水溫(16℃)處理下斑馬魚(yú)(Danio rerio)幼魚(yú)轉(zhuǎn)錄組RNA 加工、細(xì)胞金屬離子穩(wěn)態(tài)、蛋白轉(zhuǎn)運(yùn)相關(guān)的基因也出現(xiàn)了顯著上調(diào)表達(dá)[10]。這些數(shù)據(jù)說(shuō)明,生活在不同溫度下的魚(yú)類應(yīng)對(duì)低溫脅迫的信號(hào)通路存在相似性。

然而不同魚(yú)類適應(yīng)低溫脅迫的分子機(jī)制依然存在明顯的種間差異。生活在極地環(huán)境的南極美露鱈轉(zhuǎn)錄組表現(xiàn)出明顯的低溫適應(yīng)性,其編碼蛋白質(zhì)合成、折疊和降解的基因、與脂質(zhì)代謝、抗氧化、抗凋亡和免疫相關(guān)基因的表達(dá)水平都顯著高于熱帶模式生物斑馬魚(yú)(Danio rerio)[5]。另一個(gè)例子是PI3K/AKT/GSK-3β信號(hào)通路,該通路在魚(yú)類低溫脅迫和適應(yīng)中發(fā)揮了重要的作用,其相關(guān)基因在草魚(yú)、斑馬魚(yú)和羅非魚(yú)低溫脅迫中都表現(xiàn)出差異表達(dá),但是低溫下AKT和GSK-3β蛋白在3種魚(yú)間呈現(xiàn)出不同的表達(dá)模式和表達(dá)水平的變化[11]。即使同一種魚(yú),不同品系之間也存在耐寒性能的差異,以紅羅非魚(yú)(Oreochromis niloticus)為例[12],關(guān)島品系的平均半數(shù)致死溫度(LT50)為7.46℃,佛羅里達(dá)品系LT50為6.77℃,珍珠白品系LT50最低,為6.68℃;3個(gè)不同品系紅羅非魚(yú)群體開(kāi)始出現(xiàn)死亡時(shí)最低死亡溫度由高到低依次是關(guān)島品系>佛羅里達(dá)品系>珍珠白品系,暗示不同品系之間紅羅非魚(yú)的低溫耐受機(jī)制存在差異。即使同一品種魚(yú)類,胚胎發(fā)育階段的環(huán)境溫度不同,長(zhǎng)大后適應(yīng)溫度的能力和范圍也不同,低溫脅迫時(shí)也表現(xiàn)出轉(zhuǎn)錄組差異[13]。

1.2.2 低溫下轉(zhuǎn)錄表達(dá)的組織特異性 不同組織的低溫耐受具有轉(zhuǎn)錄組水平的差異性。骨骼肌組織中,肌節(jié)結(jié)構(gòu)和肌肉收縮相關(guān)基因存在共表達(dá),表明肌肉組織在應(yīng)對(duì)低溫脅迫時(shí)可能存在結(jié)構(gòu)重建,而心肌組織則沒(méi)有這種現(xiàn)象;糖酵解基因在腦組織上調(diào)表達(dá)而骨骼肌組織中普遍下調(diào)[7]。大黃魚(yú)肝臟轉(zhuǎn)錄組發(fā)現(xiàn),RNA轉(zhuǎn)錄、蛋白質(zhì)與氨基酸代謝、脂類與固醇代謝、碳水化合物代謝、氧化磷酸化和三羧酸循環(huán)等能量和代謝通路相關(guān)基因在低溫和高溫脅迫下顯著差異表達(dá)[14]。金頭鯛低溫(6.8℃)處理3周后,肝臟轉(zhuǎn)錄組的差異表達(dá)基因富集到脂類代謝、能量代謝和蛋白質(zhì)變性等通路。此外,還發(fā)現(xiàn)未折疊蛋白質(zhì)在內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)對(duì)低溫脅迫時(shí)的發(fā)揮作用[15]。低溫下,虹鱒魚(yú)(Oncorhynchus mykiss,TCO品系)鰓組織發(fā)現(xiàn)蛋白質(zhì)失活、冷誘導(dǎo)性細(xì)胞死亡和離子轉(zhuǎn)運(yùn)相關(guān)基因的上調(diào)表達(dá)[16]。而伯氏肩孔南極魚(yú)(Trematomus bernacchii)頭腎組織轉(zhuǎn)錄組差異表達(dá)基因主要集中于免疫應(yīng)答通路[17]。由于各組織結(jié)構(gòu)生理功能的差異,應(yīng)對(duì)低溫脅迫時(shí)的生理生化反應(yīng)各不相同,所以在耐受低溫時(shí)表現(xiàn)出組織特異性轉(zhuǎn)錄表達(dá)。最近,越來(lái)越多的研究者開(kāi)始關(guān)注組織特異性轉(zhuǎn)錄組[18-20]。

1.2.3 低溫脅迫下的轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò) Hung等[21]通過(guò)RNA-seq技術(shù)研究發(fā)現(xiàn),低溫脅迫下,斑馬魚(yú)幼魚(yú)(96 hpf)差異表達(dá)miRNA和差異表達(dá)mRNA富集到相同的信號(hào)通路,主要包括黑色素原生成、GnRH、生物鐘通路等。其中生物鐘通路相關(guān)基因per2有助于斑馬魚(yú)幼魚(yú)在冷刺激后恢復(fù)正常,而在低溫脅迫下dre-mir-29bmiRNA能夠調(diào)控per3的表達(dá),說(shuō)明miRNA通過(guò)調(diào)控基因表達(dá)模式使斑馬魚(yú)幼魚(yú)適應(yīng)低溫脅迫。低溫脅迫下,斑馬魚(yú)剪接體編碼基因也出現(xiàn)顯著上調(diào)表達(dá)[22]。

羅非魚(yú)和斑馬魚(yú)的適宜生存溫度都是28℃,但是其低溫適應(yīng)調(diào)控機(jī)制具有顯著的差異。在同一低溫環(huán)境處理下,盡管兩種魚(yú)類中都發(fā)現(xiàn)Fox信號(hào)參與調(diào)控的代謝與凋亡通路,但是斑馬魚(yú)鰓細(xì)胞凋亡出現(xiàn)的時(shí)間更晚、程度更溫和。進(jìn)一步研究發(fā)現(xiàn),在兩種魚(yú)類中參與調(diào)控細(xì)胞凋亡的基因不同,同源基因的表達(dá)模式不同,參與調(diào)控凋亡途徑的順式和反式調(diào)控因子也不同[23]。

順式作用元件AGMAACA能夠與Bcl2作用因子結(jié)合,SAGTTC是AP-1的結(jié)合位點(diǎn),反式作用因子結(jié)合到基因上游的順式作用元件結(jié)合位點(diǎn),調(diào)控基因轉(zhuǎn)錄表達(dá)。在熱帶魚(yú)類羅非魚(yú)和斑馬魚(yú)基因組中分別鑒定到47和119個(gè)上游包含這兩個(gè)結(jié)合元件的基因;而大西洋鱈魚(yú)、鯉魚(yú)、河豚等亞北極圈和溫帶的魚(yú)類基因組中,含有這兩個(gè)結(jié)合元件的基因數(shù)量較少[24]。表明順式作用元件AGMAACA和SAGTTC可能參與熱帶魚(yú)類應(yīng)對(duì)低溫脅迫的分子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。

長(zhǎng)期低溫脅迫使魚(yú)類在表觀遺傳水平上產(chǎn)生適應(yīng)性。經(jīng)過(guò)連續(xù)多代的低溫脅迫可導(dǎo)致尼羅羅非魚(yú)(Oreochromis niloticus)DNA甲基化水平發(fā)生改變,發(fā)生去甲基化反應(yīng),基因組甲基化程度降低,說(shuō)明DNA甲基化與羅非魚(yú)抗寒性反應(yīng)密切相關(guān)[25]。當(dāng)前,魚(yú)類如何基于表觀遺傳學(xué)修飾適應(yīng)和對(duì)抗低溫環(huán)境,尚未展開(kāi)廣泛研究。

2 魚(yú)類低溫耐受相關(guān)功能基因

2.1 魚(yú)類抗凍(糖)蛋白基因

在極地魚(yú)類中發(fā)現(xiàn)的抗凍蛋白(Antifreeze protein,AFP)和AFGP是研究最早、最深入的兩個(gè)抗凍蛋白。最早發(fā)現(xiàn)的抗凍蛋白包括來(lái)自美洲擬鰈(Pseudopleuronectes americanus)的Ⅰ型AFP、來(lái)自美洲大綿鳚(Macrozoarces americanus)的Ⅲ型AFP和來(lái)自大西洋鱈魚(yú)的AFGP等[26]。AF(G)P對(duì)冰晶具有較高的親和力,能夠附著到冰晶表面,阻止冰晶長(zhǎng)大[27],因此表達(dá)AF(G)P的魚(yú)類能夠在低于血漿冰點(diǎn)的溫度下生存,而血漿不凝固,達(dá)到抗凍效果。

鑒于AF(G)P蛋白良好的抗凍能力,研究人員通過(guò)各種手段將AF(G)P蛋白或基因轉(zhuǎn)到魚(yú)類及其他物種中,希望提高受體的耐寒性能。早在1999年,Hobbs[28]將AF(G)P蛋白注射到金魚(yú)(Carassius auratus L.)中,發(fā)現(xiàn)注射后金魚(yú)對(duì)低溫的耐受時(shí)間和耐受的溫度閾值沒(méi)有明顯變化。大西洋鮭魚(yú)(Salmo salar)的最佳生存溫度是17℃,F(xiàn)letcher等[29]將afp基因轉(zhuǎn)到大西洋鮭魚(yú)中,并穩(wěn)定遺傳5代,在后代基因組DNA和血液中均能檢測(cè)到afp,但是其表達(dá)水平十分低。將afp基因整合到大西洋鮭魚(yú)基因組上,盡管在不同組織中都檢測(cè)到afp轉(zhuǎn)錄本或者前體蛋白的表達(dá),但是轉(zhuǎn)基因大西洋鮭的耐低溫性能沒(méi)有明顯改善[30-32]。而B(niǎo)egis等[33]將afp基因整合到小鼠基因組,發(fā)現(xiàn)轉(zhuǎn)基因小鼠的睪丸和卵巢組織在4℃的抗凍能力明顯高于普通小鼠。這些研究說(shuō)明,由于AF(G)P的冰晶吸附特性,其抗凍能力在接近冰點(diǎn)溫度下發(fā)揮作用,當(dāng)溫度遠(yuǎn)高于冰點(diǎn)溫度(如17℃)時(shí),AF(G)P沒(méi)有顯著的耐寒性能。

2.2 魚(yú)類分子伴侶基因

許多研究認(rèn)為熱激蛋白HSP蛋白家族在魚(yú)類的耐低溫機(jī)制中發(fā)揮關(guān)鍵作用。HSP70是典型的誘導(dǎo)型表達(dá)蛋白,然而Place等[34]發(fā)現(xiàn)在伯氏肩孔南極魚(yú)、博氏南冰鰧(Pagothenia borchgrevinki)、南極綿鳚(Lycodichthys dearborni)等南極魚(yú)中,HSP70基因普遍表現(xiàn)為高水平的組成型表達(dá),表明HSP70在魚(yú)類應(yīng)對(duì)長(zhǎng)期低溫環(huán)境中發(fā)揮重要作用。三刺魚(yú)(Gasterosteus aculeatus)在8℃處理9周后,其肝臟和胸肌中HSP70轉(zhuǎn)錄本水平和蛋白質(zhì)豐度比20℃對(duì)照組顯著上調(diào)[35];達(dá)氏鱘(Huso dauricus)的適宜生存溫度為16℃,將溫度分別調(diào)節(jié)至25、10和4℃,發(fā)現(xiàn)4℃時(shí)HSP70轉(zhuǎn)錄本水平最高,而在25℃時(shí)很少表達(dá),表明HSP70和HSP90對(duì)冷應(yīng)激更敏感[36];將南亞野鯪(Labeo rohita)HSP70開(kāi)放閱讀框的cDNA插入表達(dá)載體,發(fā)現(xiàn)HSP70能夠增強(qiáng)大腸桿菌、小鼠骨髓瘤細(xì)胞和魚(yú)肝癌細(xì)胞應(yīng)對(duì)低溫脅迫的能力[37],表明魚(yú)類HSP70具有耐低溫的潛能。

HSP60蛋白家族中有一類伴侶蛋白CCT(Chaperonins containing TCPl),真核生物CCT蛋白是雙層環(huán)構(gòu)成的柱狀復(fù)合體,每層環(huán)包含8個(gè)序列相關(guān)的TCP1亞基,分別由8個(gè)基因編碼。CCT包含數(shù)個(gè)ATP結(jié)合基序,能夠結(jié)合并水解ATP產(chǎn)生能量,幫助蛋白組裝、折疊和異位[38],在機(jī)體應(yīng)對(duì)逆境時(shí)參與細(xì)胞微穩(wěn)態(tài),在保護(hù)細(xì)胞應(yīng)對(duì)損傷和其他脅迫中發(fā)揮作用[39]。研究已經(jīng)證實(shí),TCP1與機(jī)體低溫耐受能力相關(guān)。當(dāng)溫度從22℃逐漸下降到12℃,尼羅羅非魚(yú)的tcp1-beata和tcp1- eta基因表達(dá)水平分別上調(diào)為對(duì)照組的12.2和10.7倍[40],馬來(lái)西亞紅羅非魚(yú)tcp1-beata和tcp1- eta基因在低溫下表現(xiàn)出相同的趨勢(shì)[41]。

冷誘導(dǎo)RNA結(jié)合蛋白(Cold-inducible RNA-bingding protein,CIRP)是亞低溫環(huán)境中最早的應(yīng)激產(chǎn)物之一[42],參與機(jī)體抵御外界低溫的過(guò)程,提高mRNA的穩(wěn)定性,介導(dǎo)蛋白質(zhì)翻譯過(guò)程[43],保護(hù)機(jī)體免受低溫脅迫。目前已克隆了大西洋鮭、斑馬魚(yú)、虹鱒及牙鲆(Paralichthys olivaceus)等魚(yú)類cirp基因的編碼序列[44-45],序列比對(duì)分析顯示與哺乳類、兩棲類的cirp基因有較高的保守性,可能參與低溫、滲透壓等脅迫下的應(yīng)激調(diào)節(jié)[46]。

2.3 魚(yú)類能量/物質(zhì)代謝酶基因

低溫下細(xì)胞膜的流動(dòng)性降低,導(dǎo)致細(xì)胞功能損傷,因此造成各種應(yīng)激性生理反應(yīng)。硬脂酰輔酶脫氫 酶 1(Stearoyl-Co enzyme A desaturase 1,SCD1)能夠在低溫下參與脂肪酸代謝,調(diào)節(jié)膜的流動(dòng)性[47],大量研究發(fā)現(xiàn)SCD1在魚(yú)類應(yīng)對(duì)低溫脅迫中具有關(guān)鍵作用:草魚(yú)(Grass carp)肝臟中scd1表達(dá)水平在15℃處理21 d后開(kāi)始上升[48];尼羅羅非魚(yú)冷誘導(dǎo)7 d后scd1 mRNA水平上升了16倍[49];鯉魚(yú)從30℃逐漸降到10℃后,SCD1水平上升了8-10倍[50];大黃魚(yú)(Larimichthys crocea)最適生長(zhǎng)溫度為15℃,當(dāng)溫度下降至7℃時(shí),肝臟和大腦中SCD1含量顯著上升[51]。SCD1對(duì)脂肪酸(16∶0和18∶0)有強(qiáng)烈的去飽和作用[52],低溫下活性SCD1表達(dá)水平上升,不飽和脂肪酸比例增加,細(xì)胞膜保持一定的流動(dòng)性,從而使魚(yú)類低溫耐受能力增強(qiáng)。

魚(yú)類體內(nèi)其他一些能量和物質(zhì)的代謝酶也參與應(yīng)對(duì)低溫脅迫。體外實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn),南極美露鱈液泡型ATP酶C亞基編碼基因(atp6v0c)過(guò)表達(dá)能夠顯著降低低溫脅迫條件下HeLa細(xì)胞死亡率[53],說(shuō)明鱗頭犬牙南極魚(yú)atp6v0c可能具有耐低溫的潛能。谷胱甘肽硫-轉(zhuǎn)移酶M(Glutathione S-transferases M,GSTM)能夠清除脂類自由基,抑制過(guò)氧化反應(yīng)。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序表明低溫下斑馬魚(yú)gstm轉(zhuǎn)錄本水平上調(diào)[54],分析斑馬魚(yú)gstm的單核苷酸多態(tài)性,發(fā)現(xiàn)gstm第1個(gè)內(nèi)含子的基因型與斑馬魚(yú)低溫耐受性顯著相關(guān)[55],說(shuō)明gstm可能是魚(yú)類低溫耐受相關(guān)功能基因。

2.4 魚(yú)類膜通道蛋白基因

低溫脅迫下,細(xì)胞膜流動(dòng)性降低,膜通道蛋白運(yùn)輸能力減弱,細(xì)胞內(nèi)外能量和物質(zhì)運(yùn)輸受阻[56]。水通道蛋白(Aquaporin,AQP)是一類疏水性膜通道蛋白,介導(dǎo)自由水分子的被動(dòng)跨膜轉(zhuǎn)運(yùn),參與小分子氣體交換和運(yùn)輸[57],對(duì)保持細(xì)胞內(nèi)外環(huán)境的穩(wěn)態(tài)平衡起著重要的作用[58]。朱華平等[59]以尼羅羅非魚(yú)耐寒品系為材料,克隆分析水通道蛋白基因(aqp1)的cDNA序列發(fā)現(xiàn),aqp1表達(dá)水平能被低溫脅迫顯著抑制,而且表達(dá)量在耐寒品系肌肉組織和對(duì)照組中差異顯著,表明aqp1 基因在羅非魚(yú)低溫適應(yīng)過(guò)程中發(fā)揮重要作用。

當(dāng)前,盡管在魚(yú)類中發(fā)現(xiàn)了一些與低溫耐受相關(guān)的基因,但是這些基因在不同物種/組織間的特異性魚(yú)低溫脅迫下的特征表達(dá)譜尚不完善,其在低溫脅迫響應(yīng)機(jī)制中的作用尚不明確,挖掘魚(yú)類低溫耐受相關(guān)功能基因及其應(yīng)用,還需要更多研究。

3 未來(lái)研究熱點(diǎn)

低溫耐受分子機(jī)制與功能基因挖掘。受益于高通量測(cè)序技術(shù),魚(yú)類低溫耐受的分子機(jī)制研究發(fā)展勢(shì)頭良好,然而由于魚(yú)類種群龐大、生存地域廣泛、溫度適應(yīng)性差異巨大,不同品種耐受低溫的能力和信號(hào)通路各不相同[23],全面揭示魚(yú)類低溫耐受的分子機(jī)制,還需要大量基礎(chǔ)性研究工作。與此同時(shí),低溫耐受功能蛋白在農(nóng)業(yè)生產(chǎn)、食品加工和醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的應(yīng)用前景不可估量,然而目前僅AF(G)P研究較為深入;魚(yú)類低溫耐受功能基因挖掘和應(yīng)用研究將成為未來(lái)研究熱點(diǎn)之一。

基因編輯分子育種。將低溫耐受相關(guān)基因引入受體生物基因組,可以改善轉(zhuǎn)基因生物的耐寒抗凍能力,然而轉(zhuǎn)外源基因的魚(yú)類在公眾認(rèn)可度和環(huán)境釋放保護(hù)等方面還有很長(zhǎng)的路要走[60]。依賴于最新的基因編輯技術(shù),對(duì)魚(yú)類基因組內(nèi)源性基因堿基序列進(jìn)行編輯,不引入可遺傳外源基因的技術(shù)手段,可能為魚(yú)類耐低溫品系的分子育種提供新的思路。

低溫耐受功能蛋白的人工合成和結(jié)構(gòu)模擬。由于獨(dú)特的結(jié)合冰晶的能力,AF(G)P在食品冷凍、水產(chǎn)品的低溫存儲(chǔ)[61]和器官、細(xì)胞的醫(yī)用冷存[33]等領(lǐng)域有廣泛的應(yīng)用前景。目前AFP可通過(guò)重組蛋白產(chǎn)生,而AFGP尚只能通過(guò)人工合成獲得少量純蛋白,蛋白結(jié)構(gòu)模擬與人工合成研究將成為AF(G)P大規(guī)模應(yīng)用的限速步驟[62]。

相關(guān)功能蛋白作為食品/飼料添加劑。將AFP蛋白作為飼料添加劑喂食羅非魚(yú)(Oreochromis mossambicus Peters) 和 虱 目 魚(yú)(Chanos chanos Forsskal)幼魚(yú),能夠在一定程度上提高幼魚(yú)在低溫下的存活率[63];而以添加南極美露鱈鈣調(diào)蛋白(Dm-CaM)的商品飼料喂食點(diǎn)帶石斑魚(yú)(Epinephelus coioides)6周后,急性低溫脅迫發(fā)現(xiàn)其免疫能力沒(méi)有明顯的改善[64]。低溫耐受相關(guān)功能蛋白作為添加劑的應(yīng)用具有不穩(wěn)定性,可能是由于功能蛋白必須定位在細(xì)胞膜等靶標(biāo)位點(diǎn)才具有活性作用,而蛋白添加劑在體內(nèi)被消化降解或者排出體外,不能以活性形式達(dá)到靶標(biāo)位點(diǎn)。因此,小分子功能肽和人工修飾的靶向蛋白將促進(jìn)低溫耐受功能蛋白作為飼料添加劑的應(yīng)用。

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