劉 鑫,趙 穎,王永潔,劉欣妍,劉 葭,吳 清
(北京中醫(yī)藥大學(xué)中藥學(xué)院,北京 102488)
肺癌在所有腫瘤中是最主要的致死因素,已成為全球共同面對和急需解決的公共衛(wèi)生問題之一[1]。肺癌病死率逐年增加,嚴(yán)重威脅人類健康并加重社會負(fù)擔(dān)[2]。目前,西醫(yī)臨床上多采用化療的方法進(jìn)行治療[3],但化療的同時,患者的正常細(xì)胞也會受到損傷,不良反應(yīng)較大,因此肺癌患者進(jìn)行化療時,臨床上多采用中藥復(fù)方進(jìn)行輔助治療[4]。
當(dāng)歸補(bǔ)血湯由黃芪和當(dāng)歸兩味中藥組成,出自李東垣的《內(nèi)外傷辨惑論》,是補(bǔ)氣生血的經(jīng)典名方[5-6]。方中黃芪補(bǔ)脾肺之氣,固護(hù)肌表,為君藥;當(dāng)歸養(yǎng)血和營,為臣藥,兩藥配伍,共奏補(bǔ)氣生血之功效[7]。當(dāng)歸補(bǔ)血湯化學(xué)成分復(fù)雜,主要含有黃酮類、多糖類及揮發(fā)油類成分?,F(xiàn)代藥理學(xué)研究表明,當(dāng)歸補(bǔ)血湯具有改善血液系統(tǒng)疾病、調(diào)節(jié)免疫系統(tǒng)、促進(jìn)血管生成、抗腫瘤等藥理作用[8-9]。亦有臨床報道用當(dāng)歸補(bǔ)血湯及其加減方作為肺癌化療時的輔助用藥[10-11],但當(dāng)歸補(bǔ)血湯輔助治療肺癌的具體機(jī)制仍然不清晰。
由于中藥具有多成分、多靶點的特點,為研究中藥治療某種疾病的作用機(jī)制增添了難度,網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的出現(xiàn)促進(jìn)了中藥作用機(jī)制的研究。網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)融合了系統(tǒng)生物學(xué)、多向藥理學(xué)、網(wǎng)絡(luò)分析學(xué)及計算生物學(xué)等多學(xué)科的技術(shù)和內(nèi)容,通過構(gòu)建“疾病-表型-基因-藥物”的多層次結(jié)構(gòu)網(wǎng)絡(luò),從系統(tǒng)水平上揭示藥物與疾病之間的關(guān)系,其系統(tǒng)性、整體性的思想與中醫(yī)中藥辨證論治、協(xié)同作用理念不謀而合[12-14]。因此,本研究采用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法,對當(dāng)歸補(bǔ)血湯多成分、多靶點與肺癌的復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)關(guān)系進(jìn)行分析,旨在揭示當(dāng)歸補(bǔ)血湯輔助治療肺癌的作用機(jī)制,為其應(yīng)用提供一定的理論依據(jù)。
1.1 研究思路 利用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的方法研究當(dāng)歸補(bǔ)血湯輔助治療肺癌的實驗思路見圖1。
1.2 當(dāng)歸補(bǔ)血湯活性成分的收集和篩選 本實驗利用中藥系統(tǒng)藥理學(xué)分析平臺(TCMSP,http://lsp.nwu.edu.cn/tcmsp.php)[15],分別以“黃芪”“當(dāng)歸”為關(guān)鍵詞進(jìn)行搜索,檢索當(dāng)歸補(bǔ)血湯中的所有化學(xué)成分。將篩選條件設(shè)置為 OB≥30%,DL≥0.18[16],篩選出當(dāng)歸補(bǔ)血湯中的活性成分。
圖1 當(dāng)歸補(bǔ)血湯輔助治療肺癌的網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究方法示意圖Fig.1 Work schemeof network pharmacology approach of Danggui Buxue Decoction in ad juvant treatment of lung cancer
1.3 當(dāng)歸補(bǔ)血湯成分靶點的垂釣 利用中藥成分靶點數(shù)據(jù)庫(HIT,http://lifecenter.sgst.cn/hit/)查詢成分已驗證的靶點[17],通過 PubChem(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/)查詢化合物的 SMILES[18]號,然后將SMILES號導(dǎo)入Swiss Target Prediction Database(http://www.swisstargetprediction.ch/)預(yù) 測成分的靶點[19]。通過 Uniprot數(shù)據(jù)庫(https://www.uniprot.org/)[20]將所有成分的靶點校準(zhǔn)為官方基因名稱。
1.4 疾病靶點的查找 通過Therapeutic Targets Database(TTD,http://bidd.nus.edu.sg/group/cjttd/)[21],Drugbank database (https://www.drugbank.ca/)[22],及DisGeNET database (http://www.disgenet.org/web/DisGeNET/menu/home)[23]查找肺癌相關(guān)靶點,并通過Uniprot數(shù)據(jù)庫統(tǒng)一基因名稱。
1.5 成分靶點與疾病靶點共同靶點的獲取 通過Venny 2.1.0(http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/)[24]將成分靶點與疾病靶點取交集得到共同靶點,這些共同靶點認(rèn)為是當(dāng)歸補(bǔ)血湯輔助治療肺癌可能的關(guān)鍵靶點。
1.6 網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建和分析 通過Cytoscape 3.2.1構(gòu)建成分-靶點等多層次網(wǎng)絡(luò)圖。網(wǎng)絡(luò)中節(jié)點的拓?fù)鋵W(xué)特征可以通過Cytoscape中的NetworkAnalyzer進(jìn)行計算,包括自由度、介數(shù)中心性及平均最短路徑長度等,其中度值是較為重要的評價指標(biāo)[25]。
1.7 基因富集分析 通過DAVID數(shù)據(jù)庫(https://david.ncifcrf.gov/)進(jìn)行通路富集分析,并通過Omicshare平臺 (http://www.omicshare.com/tools/index.php/)對通路富集分析的結(jié)果進(jìn)行可視化處理[26]。
2.1 當(dāng)歸補(bǔ)血湯中活性成分的收集 通過TCMSP數(shù)據(jù)庫查找到當(dāng)歸補(bǔ)血湯212個成分,其中黃芪87個,當(dāng)歸125個,經(jīng)過OB值和DL值篩選后,黃芪剩余19個成分,當(dāng)歸剩余2個成分。中藥中某些成分本身具有良好的生物活性,但因其口服生物利用度較低或不具有良好的類藥性等,在篩選時易被過濾掉,因此,本實驗在查閱文獻(xiàn)的基礎(chǔ)上[27-29],黃芪中加入活性成分黃芪皂苷Ⅰ、黃芪皂苷Ⅱ、黃芪皂苷Ⅲ及黃芪甲苷,共有23個成分納入后續(xù)研究,當(dāng)歸中加入活性成分阿魏酸及藁本內(nèi)酯,一共4個成分納入研究,見表1。
2.2 靶點的收集 通過HIT數(shù)據(jù)庫查找成分已通過實驗驗證的靶點,利用基于結(jié)構(gòu)相似性原理的Swiss Target Prediction Database來預(yù)測成分的靶點,黃芪中共得到398個靶點,當(dāng)歸中得到60個靶點,刪除重復(fù)項后,剩余194個靶點,其中有26個靶點為黃芪和當(dāng)歸所共有。通過TTD、Drugbank及DisGeNET數(shù)據(jù)庫查找肺癌相關(guān)靶點,其中TTD數(shù)據(jù)庫中查找到88個疾病靶點,Drugbank數(shù)據(jù)庫查找到135個,DisGeNET數(shù)據(jù)庫查找到70個靶點,刪除重復(fù)后剩余263個疾病相關(guān)靶點。通過Venny 2.1.0將成分靶點與疾病靶點取交集,得到45個共同靶點,這45個共同靶點視為當(dāng)歸補(bǔ)血湯輔助治療肺癌可能的潛在靶點,見圖2及表2。
2.3 活性成分-對應(yīng)靶點網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建與分析 通過Cytoscape構(gòu)建當(dāng)歸補(bǔ)血湯中成分-對應(yīng)靶點的網(wǎng)絡(luò)圖,如圖3所示,該網(wǎng)絡(luò)中包含了221個節(jié)點,458條邊,其中節(jié)點代表當(dāng)歸補(bǔ)血湯中成分或者成分對應(yīng)的靶點,邊表示成分和靶點之間具有相互作用,通過網(wǎng)絡(luò)圖可以看出,存在多個成分對應(yīng)一個靶點或者一個成分對應(yīng)多個靶點的現(xiàn)象,表明當(dāng)歸補(bǔ)血湯是通過多成分、多靶點協(xié)同起效的方式輔助治療肺癌的。通過Cytoscape構(gòu)建當(dāng)歸補(bǔ)血湯中活性成分對應(yīng)45個共同靶點的網(wǎng)絡(luò)圖,見圖4,網(wǎng)絡(luò)具有68個節(jié)點(45個為靶點節(jié)點,23個為成分節(jié)點),103條邊,利用Cytoscape中的NetworkAnalyzer分析節(jié)點的度值及相關(guān)參數(shù),節(jié)點顏色由粉色變紅色表明度值逐漸增大,根據(jù)度值判斷靶點的重要性,由圖4可以看出,成分度值排名前3的為山奈酚(AR-15,度值 20)、槲皮素(AR-19,度值 8)、芒柄花素(AR-12,度值7),這些成分可能是當(dāng)歸補(bǔ)血湯輔助治療肺癌比較重要的成分,靶點度值排名前3的為微管相關(guān)蛋白Tau(MAPT,度值12)、細(xì)胞色素P450 19A1(CYP19A1,度值10)、雌激素受體α(ESR1,度值8),當(dāng)歸補(bǔ)血湯可能通過作用于這些靶點發(fā)揮輔助治療肺癌的作用。
表1 當(dāng)歸補(bǔ)血湯中的成分Tab.1 Com ponents in Danggui Buxue Decoction
2.4 通路富集分析及當(dāng)歸補(bǔ)血湯活性成分-靶點-關(guān)鍵通路網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建 通過DAVID平臺對45個靶點進(jìn)行基因的功能注釋及通路富集分析,結(jié)果表明45個靶點參與了170個生物過程相關(guān)的條目、30個細(xì)胞組成相關(guān)條目、54個分子功能相關(guān)條目,根據(jù)FDR<0.05進(jìn)行篩選,生物過程篩選出16個條目,主要涉及跨膜受體蛋白酪氨酸激酶信號通路、細(xì)胞增殖的正向調(diào)控等方面;細(xì)胞組成篩選出3個條目,涉及受體復(fù)合物、細(xì)胞器膜等方面;分子功能篩選出12個條目,主要涉及受體信號蛋白酪氨酸激酶活性、ATP結(jié)合等方面,見圖5。將DAVID通路富集分析結(jié)果 P值<0.01的前 27條通路通過Omicshare平臺進(jìn)行可視化,結(jié)果見圖6,圖中圓點越大,表明通路富集到的基因數(shù)目越多,圓點的顏色越紅,表明P值越小。對FDR<0.05的8條通路通過Cytoscape構(gòu)建當(dāng)歸補(bǔ)血湯中中藥-活性成分-靶點-關(guān)鍵通路網(wǎng)絡(luò),結(jié)果如圖7所示,其中度值較高的通路為癌癥通路(pathwanys in cancer,度值 15)、癌癥蛋白聚糖(Proteoglycans in cancer,度值 11)、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B信號通路(PI3K-Akt signaling pathway,度值12)等,表明當(dāng)歸補(bǔ)血湯可能通過作用于這些通路來達(dá)到輔助治療肺癌的目的。
表2 當(dāng)歸補(bǔ)血湯輔助治療肺癌的45個潛在靶點Tab.2 Forty-five potential targets of Danggui Buxue Decoction in adjuvant treatment of lung cancer
圖2 成分靶點與疾病靶點取交集后的韋恩圖Fig.2 Venn diagram after intersection of com ponent targets and disease targets
當(dāng)歸補(bǔ)血湯由黃芪和當(dāng)歸兩味藥組成,是“補(bǔ)氣生血”的經(jīng)典方,可用于治療多種疾病,臨床上也用于肺癌化療時的輔助用藥[10]。由于中藥復(fù)方由多味中藥組成,每味中藥組成成分復(fù)雜,每個成分對應(yīng)靶點較多,靶點之間可能存在協(xié)同或拮抗等作用,因此難以闡明中藥復(fù)方治療某種疾病的作用機(jī)制。網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)是在研究者所建立的數(shù)據(jù)庫中進(jìn)行中藥成分、成分靶點、疾病靶點的查找,可以系統(tǒng)性、整體性的揭示靶點與疾病之間的相互關(guān)系,闡明中藥復(fù)方治療疾病的作用機(jī)制,這與中醫(yī)整體觀、辨證論治的思想不謀而合[12]。因此,本研究采用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的方法,探究當(dāng)歸補(bǔ)血湯輔助治療肺癌的作用機(jī)制,為臨床上當(dāng)歸補(bǔ)血湯的使用提供一定的理論指導(dǎo)。
圖3 當(dāng)歸補(bǔ)血湯中成分-靶點相互作用網(wǎng)絡(luò)(紫色-黃芪成分,藍(lán)色-黃芪靶點,黃色-當(dāng)歸成分,綠色-當(dāng)歸靶點,紅色-黃芪當(dāng)歸共同靶點)Fig.3 Com pounds-targets interaction network of Danggui Buxue Decoction(Purple-Com pounds of Astragali Radix,Blue-Targetsof Astragali Radix,Yellow-Com pounds of Angelicae Sinensis Radix,Green-Targetsof Angelicae Sinensis Radix,Red-Common targets of Astragali Radix and Angelicae Sinensis Radix)
圖4 當(dāng)歸補(bǔ)血湯輔助治療肺癌活性成分-45個潛在作用靶點網(wǎng)絡(luò)圖(節(jié)點顏色由粉色變紅色表明自由度逐漸增大,菱形-活性成分,圓形-靶點)Fig.4 Network of active ingredients for ad juvant treatment of lung cancer in Danggui Buxue Decoction-45 potential targets(The changeof nodescolor from pink to red indicates that the degree of freedom increases gradually,Diamond-Active com ponent,Circular-Target)
圖5 GO功能富集分析Fig.5 GO function enrichment analysis
圖6 KEGG富集分析Fig.6 Enrichment analysisof KEGG
圖7 中藥-成分-靶點-通路網(wǎng)絡(luò)(綠色-中藥,紫色-活性成分,藍(lán)色-靶點,黃色-通路)Fig.7 Network of Traditional Chinese medicine-Com ponents-Targets-Pathways(Green-Traditional Chinese medicine,Purple-Active component,Blue-Target,Yellow-Pathway)
本研究分析了當(dāng)歸補(bǔ)血湯中黃芪和當(dāng)歸兩味中藥的活性成分,通過數(shù)據(jù)庫的查找、篩選及文獻(xiàn)的查閱,最終得到27個活性成分,其中23個屬于君藥黃芪,4個屬于臣藥當(dāng)歸。通過數(shù)據(jù)庫的查詢,黃芪中得到398個靶點,當(dāng)歸中得到60個靶點,刪除重復(fù)靶點后,剩余194個成分靶點,有26個靶點為黃芪和當(dāng)歸所共有。通過公共數(shù)據(jù)庫的查找,共查找到疾病相關(guān)靶點263個,將成分靶點與疾病靶點取交集后,得到45個共同靶點,這45個靶點視為當(dāng)歸補(bǔ)血湯輔助治療肺癌可能的關(guān)鍵靶點。通過構(gòu)建當(dāng)歸補(bǔ)血湯中活性成分-45個潛在作用靶點網(wǎng)絡(luò),預(yù)測出槲皮素、山奈酚、芒柄花素可能是當(dāng)歸補(bǔ)血湯輔助治療肺癌的關(guān)鍵成分,已有研究表明槲皮素可以誘發(fā)BCL2/BAX介導(dǎo)的A549細(xì)胞凋亡壞死,并且通過擾動微管的有絲分裂,導(dǎo)致單極紡錘體的形成,造成細(xì)胞分裂的失敗,槲皮素還可以通過抑制波形蛋白和n-鈣黏蛋白的表達(dá)抑制A549細(xì)胞的遷移[30];山奈酚可以抑制人非小細(xì)胞肺癌A549細(xì)胞的活力,降低cyclinD1的表達(dá)水平,用山奈酚處理A549細(xì)胞后,p-PI3K和p-Akt水平降低,表明山奈酚可以通過抑制PI3K-Akt信號通路的激活發(fā)揮抗腫瘤的作用[31];芒柄花素可以改變細(xì)胞周期相關(guān)蛋白p21、細(xì)胞周期蛋白A及細(xì)胞周期蛋白D1的表達(dá)水平,誘導(dǎo)A549及NCI-H23兩種非小細(xì)胞肺癌細(xì)胞株細(xì)胞周期阻滯于G1期,從而促進(jìn)細(xì)胞凋亡[32]。槲皮素、山奈酚、芒柄花素均可在一定程度上抑制肺癌的發(fā)展,表明網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的結(jié)果具有一定的可靠性。黃芪多糖是黃芪的有效部位,現(xiàn)代大量研究表明黃芪多糖具有良好的調(diào)節(jié)免疫、抗腫瘤的作用,因此可以用作治療肺癌時的輔助用藥[33],如王永清[34]等發(fā)現(xiàn)黃芪多糖聯(lián)合順鉑對Lewis肺癌荷瘤小鼠的腫瘤生長具有抑制作用,增強(qiáng)機(jī)體的免疫功能、抑制血管內(nèi)皮生長因子(VEGF)的表達(dá)及增加內(nèi)皮抑素(Endostatin)的表達(dá)是其可能的作用機(jī)制,但黃芪多糖本身是一種混合物,結(jié)構(gòu)較為復(fù)雜,而網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)主要關(guān)注小分子化合物,因此在本研究中未涉及黃芪多糖。MAPT、CYP19A1、ESR1等是當(dāng)歸補(bǔ)血湯輔助治療肺癌的主要靶點。MAPT與微管的聚合及解聚密切相關(guān),并可以維持微管動力學(xué)的平衡[35]。MAPT與紫杉類藥物具有相同的結(jié)構(gòu)域,因此,當(dāng)MAPT高表達(dá)時,可以競爭性的與微管結(jié)合,這可能是采用紫杉類藥物對肺癌患者進(jìn)行化療時機(jī)體產(chǎn)生耐藥性的原因[36],亦有研究通過miR-186靶向MAPT調(diào)節(jié)非小細(xì)胞肺癌對紫杉醇的化療敏感性[37]。CYP19A1又稱為芳香化酶或雌激素合成酶,可以將人體內(nèi)雄激素轉(zhuǎn)化為雌激素,是該過程的關(guān)鍵限速酶[38],雌激素可以促進(jìn)肺癌細(xì)胞的增殖,肺癌患者中雌激素水平往往高于正常人體,抗雌激素藥物對肺癌的發(fā)展具有抑制作用[39],有研究表明,非小細(xì)胞肺癌患者標(biāo)本中的CYP19A1蛋白含量明顯高于正常標(biāo)本[40],亦有研究發(fā)現(xiàn),CYP19A1基因的一個單核苷酸多態(tài)性基因分型rs3764221通過引起更高水平CYP19A1的表達(dá)而促進(jìn)肺腺癌的發(fā)展[41]。因此推測當(dāng)歸補(bǔ)血湯可以作用于CYP19A1,從而減少雌激素的合成,抑制肺癌細(xì)胞增殖,達(dá)到輔助治療肺癌的作用。雌激素是類固醇激素,通過與靶器官上的雌激素受體結(jié)合而在體內(nèi)發(fā)揮作用。雌激素受體主要有兩個亞型,雌激素受體 α(ESR-α,ESR1)和雌激素受體 β(ESR-β,ESR2)[42]。Unai等[40]發(fā)現(xiàn) ESR1 在正常肺組織樣本中的表達(dá)要明顯高于非小細(xì)胞肺癌樣本,并且高表達(dá)ESR1的非小細(xì)胞肺癌患者生存率有所升高。現(xiàn)代研究表明,ESR1可以通過上調(diào)細(xì)胞周期蛋白D1的水平促進(jìn)細(xì)胞異常增殖,并且抑制細(xì)胞凋亡從而促進(jìn)腫瘤的生長,ESR1也可以與EGFR相互作用激活PI3K-Akt信號通路促進(jìn)細(xì)胞的增殖,該信號通路可以調(diào)節(jié)ESR1的活性,同樣ESR1對PI3K-Akt信號通路也具有調(diào)節(jié)作用[43]。有研究表明,PI3K-Akt通路可以參與免疫抑制微環(huán)境的形成,影響腫瘤微環(huán)境內(nèi)免疫細(xì)胞的活性,而阻斷該通路可以恢復(fù)機(jī)體被破壞的免疫應(yīng)答,增強(qiáng)自身免疫,從而增強(qiáng)抗腫瘤固有的免疫效應(yīng)[44]。肺癌患者在化療的同時,不僅殺死了癌細(xì)胞,人體的正常細(xì)胞也會受到損傷,使人體的免疫功能下降,中醫(yī)學(xué)中的“氣血陰陽虧虛”與現(xiàn)代醫(yī)學(xué)中人體免疫功能低下關(guān)系密切,而當(dāng)歸補(bǔ)血湯可以補(bǔ)氣生血[45],因此推測當(dāng)歸補(bǔ)血湯可能作用于ESR1,從而抑制PI3K-Akt信號通路的激活,通過增強(qiáng)自身的免疫能力達(dá)到輔助治療肺癌的目的,但該推測仍需要通過進(jìn)一步的實驗進(jìn)行驗證。細(xì)胞周期蛋白依賴性激酶4(CDK4)及細(xì)胞周期蛋白依賴性激酶2(CDK2)與肺癌的發(fā)展關(guān)系密切[46],當(dāng)歸補(bǔ)血湯可能通過作用于CDK4及CDK2抑制細(xì)胞周期進(jìn)程,從而起到輔助治療肺癌的作用。肺癌的侵襲和轉(zhuǎn)移依賴于豐富的血液供應(yīng),血管內(nèi)皮生長因子(VEGF)在肺癌患者中高表達(dá),基質(zhì)金屬蛋白酶(MMP)水平在肺癌患者中亦有所升高,從而促進(jìn)腫瘤轉(zhuǎn)移[47],因此推測當(dāng)歸補(bǔ)血湯可能作用于VEGF及MMP抑制肺癌的侵襲和轉(zhuǎn)移,達(dá)到輔助治療肺癌的目的。以上研究均表明MAPT、CYP19A1、ESR1、CDK4、CDK2、VEGF、MMP 等基因與肺癌的發(fā)生發(fā)展密切相關(guān),表明網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)預(yù)測的結(jié)果具有一定的可靠性。
綜上所述,本研究采用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的方法,初步研究了當(dāng)歸補(bǔ)血湯中活性成分輔助治療肺癌的作用機(jī)制,表明當(dāng)歸補(bǔ)血湯通過多成分、多靶點、多通路的方式達(dá)到協(xié)同起效的目的,為后續(xù)進(jìn)一步研究當(dāng)歸補(bǔ)血湯輔助治療肺癌的作用機(jī)制奠定了基礎(chǔ),為臨床上當(dāng)歸補(bǔ)血湯的合理應(yīng)用提供了理論依據(jù)。