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長鏈非編碼RNA H19基因多態(tài)性與胃癌遺傳易感性關(guān)系的研究

2020-09-15 01:26:28應偉王興遠江波周偉
癌癥進展 2020年14期
關(guān)鍵詞:等位基因多態(tài)性基因型

應偉,王興遠,江波,周偉

廣安市人民醫(yī)院(四川大學華西廣安醫(yī)院)腫瘤科,四川 廣安 638000

胃癌是常見的消化道惡性腫瘤,發(fā)病率及病死率均較高,發(fā)病率居惡性腫瘤第五位,病死率居惡性腫瘤第三位[1]。迄今為止,胃癌在中國、日本仍很普遍,但目前對胃癌發(fā)病機制的了解仍甚少[2]。證據(jù)顯示遺傳和環(huán)境因素與胃癌的發(fā)生密切相關(guān),胃癌的發(fā)展是多種因素共同作用的結(jié)果,包含了多種表觀遺傳的改變[3-4]。長鏈非編碼RNA(long non-coding RNA,lncRNA)長度約在200個核苷酸以上,被定義為在基因組中普遍轉(zhuǎn)錄的非蛋白質(zhì)編碼轉(zhuǎn)錄物[5]。其轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物可以通過與染色質(zhì)的修飾復合物結(jié)合,順式和反式特異性沉默基因組位點,并參與細胞生長、凋亡、侵襲和轉(zhuǎn)移[5-6]。H19是染色體11p15.5上的一個母系表達的印跡基因,編碼一個帶帽和剪接的RNA,并與癌癥有關(guān)[7]。它是人類基因組中發(fā)現(xiàn)的第一個lncRNA,在哺乳動物的發(fā)育中起著至關(guān)重要的作用[8-11]。lncRNA的單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphism,SNP)可影響基因表達和功能,并與人類多種疾病的易感性相關(guān)。因此,本研究擬通過對H19rs217727基因位點的SNP進行分析,研究其與胃癌之間的關(guān)聯(lián)作用,現(xiàn)報道如下。

1 資料與方法

1.1 一般資料

收集2015年3月至2018年3月廣安市人民醫(yī)院收治的胃癌患者的病歷資料。納入標準:經(jīng)病理檢查確診為胃癌。排除標準:有血液性或其他自身免疫性疾病和腫瘤病史;既往接受過放化療。根據(jù)納入、排除標準,共納入128例胃癌患者,設為病例組,均抽取靜脈血約5 ml。另選取廣安市人民醫(yī)院同期健康體檢者130例為對照組。兩組研究對象性別、年齡等臨床特征比較,差異均無統(tǒng)計學意義(P>0.05)(表1),具有可比性。

表1 對照組與病例組研究對象的臨床特征

1.2 主要試劑與儀器

lncRNA H19引物、2×Taq聚合酶鏈反應(polymerase chain reaction,PCR)Master Mix均購自Qiagen生物科技有限公司,標準酶試劑盒購自英國RNADOX公司,Gold ViewⅠ型核酸染色劑購自上海拜力生物科技有限公司,RsrⅡ限制性核酸內(nèi)切酶購自NEB公司,核酸提取試劑盒購自北京莊盟國際生物基因科技有限公司。ChemiDoc XRC凝膠電泳成像系統(tǒng)購自美國Bio-Rad公司,DYY-6C型電泳儀購自北京六一公司,2-16K臺式冷凍離心機購自德國Sigma公司,PTC200多通道PCR擴增儀購自美國MJ公司。

1.3 標本采集

采用真空抗凝管采集空腹靜脈血5 ml,3000 r/min離心10 min,放于-80℃冷凍貯存、待檢。

1.4 DNA 提取及基因分型

采用酚-氯仿抽提法提取DNA,通過Nanodrop檢測濃度后進行SNP分型,用PCR-RFLP技術(shù)檢測研究對象中l(wèi)ncRNA H19的基因多態(tài)性,rs217727 C>T基因引物:正義,5'-ACTCAGGAATCGGCTCTGGAAGGTG-3';反 義 ,5'-GATGTGGTGGCTGGTGGTCAACGGT-3'。PCR 反應體系 15 μl,含模板 DNA 1 μl,上游引物1 μl,下游引物1 μl,2×Taq PCR Master Mix 7 μl,去離子水 5 μl。PCR 反應條件:94 ℃預變性5 min,94 ℃ 30 s,63 ℃ 45 s,72℃45 s,35個循環(huán);72℃延伸5 min。PCR產(chǎn)物分別用RsrⅡ酶、37℃恒溫水浴箱進行酶切,2%瓊脂糖凝膠100 V電泳40 min,溴化乙啶染色分析酶切結(jié)果?;蛐偷呐凶x由2名研究人員進行,若出現(xiàn)判讀不一致,則需重新檢測。基因分型成功率達到100%。

1.5 統(tǒng)計學方法

采用SPSS 20.0統(tǒng)計軟件進行數(shù)據(jù)分析,計數(shù)資料以例數(shù)及率(%)表示,組間比較采用χ2檢驗,計量資料以均數(shù)±標準差(±s)表示,組間比較采用t檢驗,單因素及多因素分析采用Logistic回歸分析,以P<0.05為差異有統(tǒng)計學意義。

2 結(jié)果

2.1 凝膠電泳實驗

lncRNA H19 rs217727 C>T被酶切為CC、CT、TT基因型,CC基因型顯示為226 bp+21 bp,CT基因型為247 bp+226 bp+21 bp兩條帶,TT基因型為247 bp+21 bp;3種基因型中21 bp條帶均不顯示。(圖1)

圖1 rs 217727多態(tài)位點酶切圖片

2.2 基因分型與測序

對照組中CC、CT、TT基因型分別為58例(44.6%)、58例(44.6%)、14例(10.8%),病例組中分別為 39例(30.5%)、63例(49.2%)、26例(20.3%)。隨機抽取10%的樣本進行DNA測序,其結(jié)果與PCR-RFLP分型結(jié)果一致(圖2~圖4)。Hardy-Weinberg遺傳平衡檢驗提示P>0.05,對照組的基因型頻率符合Hardy-Weinberg遺傳平衡。

圖2 lncRNAH19rs 217727CC基因型

圖3 lncRNAH19rs 217727CT基因型

圖4 lncRNAH19rs 217727TT基因型

2.3 lncRNAH19rs 217727C>T 與胃癌發(fā)生風險的關(guān)系

lncRNA H19 rs217727 C>T在對照組與病例組中進行不同基因模型下的Logistic回歸分析結(jié)果顯示,共顯性基因模型,TT基因型與CC基因型比較,TT基因型增加胃癌的發(fā)病風險,OR=2.76,95% CI=1.28~5.94,P=0.009,校正混雜因素后OR=2.99,95% CI=1.37~6.56,P=0.006;顯性基因模型 ,rs217727 CT+TT基因型使胃癌的發(fā)病風險增加1.84倍,OR=1.84,95% CI=1.10~3.09,P=0.020,校正混雜因素后 OR=1.84,95% CI=1.10~3.09,P=0.020;隱性基因模型,TT基因型胃癌發(fā)病風險是CC+CT基因型的 2.11倍,OR=2.11,95% CI=1.05~4.26,P=0.037,校正混雜因素后 OR=2.34,95% CI=1.13~4.83,P=0.022。此外,等位基因模型中,T等位基因顯著增加胃癌的發(fā)病風險,OR=1.65,95% CI=1.16~2.36,P=0.006。(表2)

表2 lncRNA H19 rs217727與胃癌發(fā)生風險的關(guān)系

2.4 lncRNA H19rs 217727基因多態(tài)性與胃癌臨床特征的關(guān)系

在病例組中,按照胃癌的分化程度、臨床分期、淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移、遠處轉(zhuǎn)移進行分組,采用Logistic回歸分析顯性基因模型、隱性基因模型與胃癌臨床特征的關(guān)系。結(jié)果顯示,lncRNA H19 rs217727與胃癌分化程度、臨床分期、淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移、遠處轉(zhuǎn)移均無關(guān)(P>0.05)。(表3)

表3 lncRNA H19 rs217727基因多態(tài)性與胃癌臨床特征的關(guān)系

3 討論

H19基因長約2.3 kb,位于11p15.5,包含5個外顯子,3個內(nèi)含子[12]。研究表明,lncRNA H19在腫瘤的發(fā)生、遷移、侵襲和轉(zhuǎn)移中發(fā)揮重要的作用[13]。其作為一個lncRNA,缺乏開放閱讀框翻譯蛋白質(zhì),然而,其最終產(chǎn)物為RNA序列,并參與RNA的調(diào)節(jié)[14]。由于H19基因突變與癌癥發(fā)生風險及預后的關(guān)系目前仍未明確,其基因多態(tài)性一直是近年來的研究熱點[15]。迄今為止,已有許多研究顯示H19單核苷酸多態(tài)性與腫瘤發(fā)生風險、預后密切相關(guān),如胰腺癌、乳腺癌、肝癌等[16-18]。然而,lncRNA H19 rs217727 C>T基因多態(tài)性與胃癌的研究仍少有報道。

本研究通過對照研究旨在表明lncRNA H19 rs217727 C>T基因多態(tài)位點與廣安地區(qū)人群胃癌遺傳易感性的關(guān)系,采用PCR-RFLP技術(shù)檢測其基因型,統(tǒng)計分析發(fā)現(xiàn)TT基因型能使人群罹患胃癌的風險增大,校正混雜因素后OR=2.99,95% CI=1.37~6.56,P=0.006;通過合并雜合子與突變型純合子,組成顯性基因模型,等位基因模型中,T等位基因與C等位基因相比可顯著增加胃癌的發(fā)病風險,OR=1.65,95% CI=1.16~2.36,P=0.006。TT基因型、T等位基因增加人群罹患胃癌的風險,與Yang等[16]的研究結(jié)果一致。

SNP是最簡單的DNA基因突變形式,它可以發(fā)生在群體內(nèi)的個體之間,并且可能影響啟動子活性(基因表達)、mRNA構(gòu)象(穩(wěn)定性)和翻譯效率[19]。雖然lncRNA H19 rs217727 C>T基因多態(tài)性不影響H19 mRNA的表達水平,但突變可能改變翻譯效率,可能導致H19結(jié)構(gòu)的改變,最終影響H19的功能。研究表明,H19對胃癌的作用是通過直接上調(diào)ISM1介導的,ISM1是H19的結(jié)合蛋白,H19結(jié)構(gòu)的改變可能影響H19與ISM1的結(jié)合[20]。然而,目前關(guān)于H19在腫瘤發(fā)生、發(fā)展中的具體機制仍尚不清楚。

本研究仍有局限性。首先,小樣本量可能無法檢測全面,人群基因受地域、環(huán)境、生活習慣等的影響可能表型不同,本研究樣本來源單一。其次,納入研究的對象無法避免選擇偏倚。然而,由于缺少臨床信息,如幽門螺桿菌感染的數(shù)據(jù),使得沒有對此因素進行分析。此外,由于吸煙、飲酒、個人生活習慣等數(shù)據(jù)是通過問卷收集的,仍可能存在偏倚。最后,本研究是基于廣安地區(qū)漢族人群SNP與胃癌的關(guān)系研究,在數(shù)據(jù)應用上也謹慎民族、地域的差異??傊狙芯拷Y(jié)果表明H19 SNP(rs217727 C>T)與廣安地區(qū)漢族人群胃癌風險增加顯著相關(guān),未來仍需要多中心聯(lián)合、大樣本、分層研究更進一步進行驗證。

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