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網(wǎng)絡(luò)Meta分析研究進(jìn)展系列(四):貝葉斯層次網(wǎng)絡(luò)Meta分析

2020-12-16 14:07董圣杰張?zhí)灬?/span>武珊珊楊智榮田金徽孫鳳
關(guān)鍵詞:約束條件貝葉斯代碼

董圣杰,張?zhí)灬裕渖荷?,楊智榮,田金徽,孫鳳

網(wǎng)絡(luò)Meta分析(network meta-analysis,NMA)擴(kuò)展了標(biāo)準(zhǔn)的Meta分析方法,在證據(jù)一致性的假設(shè)下,將直接證據(jù)和間接證據(jù)合并得到干預(yù)措施效果的綜合估計(jì),并可獲得干預(yù)措施間的療效排序,為醫(yī)療保健決策提供信息[1,2]。NMA制定和實(shí)施中,納入研究的證據(jù)結(jié)構(gòu)時(shí)常存在嵌套層次關(guān)系;例如同一類別下,可能存在不同干預(yù)措施和/或不同劑量的組合;若簡(jiǎn)單地將干預(yù)措施歸于各自的類別(class)進(jìn)行合并,雖可增加證據(jù)基礎(chǔ)和效果估計(jì)的精度,但這種基于類別的簡(jiǎn)化方法,無(wú)法直接解釋單個(gè)干預(yù)措施效果,使得決策變得困難[3]。為解決上述問(wèn)題,Owen RK等[4]2015年提出了包含類水平(class-level)的貝葉斯三水平層次模型,該模型基于相同類別內(nèi)干預(yù)措施的可交換性,通過(guò)層間及層內(nèi)數(shù)據(jù)借力(borrowing strength),減少干預(yù)療效估計(jì)的不確定性,增強(qiáng)推斷。本文將介紹含劑量約束條件貝葉斯層次NMA的基礎(chǔ)及代碼實(shí)現(xiàn)。

1 理論基礎(chǔ)

1.1 層次模型簡(jiǎn)介 傳統(tǒng)的Meta分析的數(shù)據(jù)可看成僅有兩個(gè)水平的層次結(jié)構(gòu)模型(圖1),即研究水平(水平2)及研究對(duì)象個(gè)體水平[5](水平1)。研究對(duì)象(水平1)模型為:

研究水平(水平2)模型為:

綜合模型為:

當(dāng)存在某一類水平時(shí),可以將上述模型拓展三水平模型[6](圖1),即類水平(水平3)、研究水平(水平2)及研究對(duì)象水平(水平1)。研究對(duì)象(水平1)模型為:

研究水平(水平2)模型為:

類水平(水平3)模型為:

綜合模型為:

貝葉斯層次模型可對(duì)上述模型進(jìn)行建模,假設(shè)數(shù)據(jù)為連續(xù)型變量,則三水平貝葉斯模型為[7,8]

圖1 層次模型示意圖

1.2 層次網(wǎng)絡(luò)Meta分析建模 經(jīng)典的NMA模型本質(zhì)也是層次模型,其水平1為不同干預(yù)措施的效應(yīng)值,水平2仍為研究水平,因而可靈活進(jìn)行貝葉斯建模。以膀胱過(guò)度活動(dòng)癥(Overactive bladder syndrome,OAB)為例,對(duì)比分析并解釋以下四種分析模型的異同:經(jīng)典NMA模型、基于類的NMA模型、層次NMA模型及含劑量約束條件的層NMA模型。重點(diǎn)解釋三水平層次模型基本原理。治療OAB的常見(jiàn)措施包括:骨盆底肌肉訓(xùn)練、行為療法、抗膽堿能藥物、骶神經(jīng)刺激,以A型肉毒桿菌毒素(BoNTA),其中BoNTA包含多個(gè)劑量。為了演示簡(jiǎn)單,選取部分干預(yù)措施,如Trospium、Tolterdine等抗膽堿能藥物;磁刺激、神經(jīng)刺激、電刺激等物理治療;不同劑量A型肉毒桿菌毒素(BoNTA);Armi,j,k表示第k類第j個(gè)干預(yù)措施第i個(gè)個(gè)體的效應(yīng)值

根據(jù)圖1理論模型圖示,將案例的三水平NMA的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)繪制為圖2。本文對(duì)比分析四種不同的分析方法:①比較八種不同干預(yù)與安慰劑相互比較的經(jīng)典NMA;②將同一干預(yù)不同劑量作為一個(gè)干預(yù)措施與安慰劑進(jìn)行比較基于類的NMA;③在比較不同干預(yù)與安慰劑效應(yīng)的同時(shí),對(duì)類效應(yīng)也進(jìn)行估計(jì),即三水平的層次NMA模型;④在第三種方法的基礎(chǔ)上,對(duì)劑量效應(yīng)進(jìn)行約束,即含劑量約束條件的層次NMA模型,通常假定劑量越大,效應(yīng)越強(qiáng)?,F(xiàn)以該數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)為例,并假設(shè)效應(yīng)量為連續(xù)型數(shù)據(jù),闡述含劑量約束條件的三水平層次NMA模型構(gòu)建思路。建模思路是在基于個(gè)體干預(yù)NMA模型(方法1)和基于類效應(yīng)NMA模型(方法2)的基礎(chǔ)上,拓展為含類水平的層次模型(方法3),最終構(gòu)建含劑量約束條件層次模型(方法4)。

基于個(gè)體干預(yù)NMA模型(方法1):對(duì)于研究i干預(yù)j,連續(xù)型yij服從正態(tài)分布,其平均值為θ ij和觀察到的標(biāo)準(zhǔn)誤差SEij。用μi表示i項(xiàng)研究中bi干預(yù)組(即i項(xiàng)研究的參照組)均值,用δij表示j干預(yù)組相對(duì)于bi干預(yù)組均值差異。δij服從正態(tài)分布,均數(shù)為(dj-dbi),研究間方差為τ2,其中dj和dbi分別代表干預(yù)j和研究特定基線干預(yù)bi的效果估計(jì)。當(dāng)研究之間的方差為零時(shí),即τ2=0,退化為固定效應(yīng)模型。因此,整個(gè)模型是基于線性回歸模型[9]:

其中

當(dāng)存在特定類水平(k)時(shí),類k水平j(luò)干預(yù)組相對(duì)于bi干預(yù)組均值差異δij為即

特定類的效應(yīng)量服從均數(shù)為μk,方差為σ2的正態(tài)分布,即djk~Normal(μk,σ2),其中μk為第k類合并的效應(yīng)量(方法3)。若同一類中的藥物存在不同劑量,可進(jìn)行劑量效應(yīng)約束,可根據(jù)研究?jī)?nèi)容確定劑量與效應(yīng)的關(guān)聯(lián)關(guān)系。假設(shè)為正相關(guān),有低劑量、推薦劑量及高劑量三種劑量(方法4),即

其中φ1為低劑量與推薦劑量的效應(yīng)量差異,設(shè)為負(fù)值;φ2為高劑量與推薦劑量的效應(yīng)量差異,設(shè)為正值。因此需要用截?cái)帱c(diǎn)為0的半正態(tài)分布進(jìn)行約束[10],即

也可通過(guò)一個(gè)示性函數(shù)對(duì)劑量效應(yīng)進(jìn)行約束。假設(shè)與相應(yīng)的低劑量相比,大劑量具有更大或同等的治療效果(d1≤d2≤...≤dm)。約束示性函數(shù)為其中當(dāng)x≥0,I(x)=1,其它為0。這個(gè)示性函數(shù)對(duì)增加劑量后療效順序進(jìn)行了限制[3]。

2 WinBUGS代碼及實(shí)現(xiàn)

WinBUGS軟件可實(shí)現(xiàn)上述幾種模型,其核心代碼是通用的NMA代碼,以連續(xù)型資料為例,基本代碼如下[9]:

上述模型可計(jì)算出不同干預(yù)與參照干預(yù)效應(yīng)值的差值,d[i],i=2,3…,nt。在通用模型的基礎(chǔ)上納入類水平參數(shù),即可拓展為三水平層次模型。為了便于解釋,假設(shè)有2個(gè)類水平(D1,D2),6種干預(yù),其中d1、d2、d3干預(yù)措施屬于D1類;d4、d5、d6屬于D2類,則包含類的三水平層次模型只需在通用代碼中添加如下代碼[3]:

可以理解為把估計(jì)的干預(yù)效應(yīng)值作為類水平的數(shù)據(jù)來(lái)估計(jì)類效應(yīng)值。當(dāng)D2類水平中d4、d5、d6分別是低、中、高劑量藥物,此時(shí)可將劑量約束條件寫入模型中,構(gòu)建含劑量約束條件的三水平層次模型,其中采用示性函數(shù)為約束條件的模型代碼如下[3]:

不同干預(yù)及不同類效應(yīng)的兩兩比較與排序,可以有如下代碼實(shí)現(xiàn),代碼中nc為類水平的個(gè)數(shù):

當(dāng)干預(yù)措施、類水平及劑量水平增加,可在上述代碼基礎(chǔ)上略加修改。

模型的可以設(shè)置3-4條馬爾科夫鏈,初始值可設(shè)置為list(D.d =c(0,0,0,0,0,0,0,0),sd=1,sd.d=0.5),可在此基礎(chǔ)上修改為3-4個(gè)初始值。

3 實(shí)例分析

以膀胱過(guò)度活動(dòng)癥(OAB)為例,進(jìn)行含劑量約束條件的三水平層次模型,見(jiàn)OwenRK的文獻(xiàn)[3],模型代碼詳見(jiàn)附件。采用WinBUGS1.4.3軟件進(jìn)行分析,共迭代60 000次,10 000次預(yù)燒,設(shè)置3條MCMC鏈,通過(guò)Brooks-Gelman-Rubin圖和相關(guān)統(tǒng)計(jì)量,判斷馬氏鏈?zhǔn)諗壳闆r[11]。收斂滿意后,基于抽樣數(shù)據(jù)進(jìn)行參數(shù)估計(jì)與推斷[7,8]。OAB綜合癥治療實(shí)例分析WinBUGS代碼詳見(jiàn)附件。

4 討論

貝葉斯層次模型是具有結(jié)構(gòu)化層次的統(tǒng)計(jì)模型,以可交換性為基礎(chǔ)的[12],核心思想是通過(guò)在模型中增加隨機(jī)效應(yīng)參數(shù)來(lái)體現(xiàn)組內(nèi)數(shù)據(jù)的相關(guān)性和不同組數(shù)據(jù)之間的異質(zhì)性。針對(duì)個(gè)體數(shù)量比較少的組,使推斷結(jié)果向總體平均值聚集的傾向,從而得到穩(wěn)健的估計(jì)[13]。隨機(jī)效應(yīng)NMA的模型為層次模型的特例,包括兩個(gè)水平上的方差成分,一個(gè)在研究?jī)?nèi)水平和一個(gè)在研究間(干預(yù)內(nèi))水平。當(dāng)證據(jù)網(wǎng)絡(luò)中含有更高層的嵌套變量時(shí),可進(jìn)一步擴(kuò)展為多水平層次模型。比如若干種干預(yù)可歸入到不同干預(yù)類中,構(gòu)成更高的類水平。類水平的加入可以解釋類水平內(nèi)干預(yù)的方差成分。在模型中增加一個(gè)額外的類水平會(huì)改變可交換性的假設(shè),從而改變參數(shù)收縮估計(jì)的程度。因此,層次NMA模型與經(jīng)典NMA的模型相比,干預(yù)措施平均效應(yīng)估計(jì)和精度會(huì)有顯著的變化[3,10]。

實(shí)際工作中,當(dāng)存在多個(gè)感興趣的干預(yù)措施和相對(duì)較少的研究,干預(yù)措施網(wǎng)絡(luò)中數(shù)據(jù)的稀疏是一個(gè)潛在的問(wèn)題,參數(shù)個(gè)數(shù)遠(yuǎn)大于研究數(shù)時(shí)會(huì)導(dǎo)致參數(shù)估計(jì)不確定性。含類水平的層次模型可以克服上述問(wèn)題,該模型通過(guò)結(jié)合相同類別的干預(yù)措施間的互換性,以預(yù)測(cè)每個(gè)干預(yù)措施的效果估計(jì)。因此,這種方法允許在各種干預(yù)措施中通過(guò)借力作用[4],加強(qiáng)推論,并潛在減少圍繞個(gè)體干預(yù)措施效果的不確定性,從而提高了對(duì)這些干預(yù)措施進(jìn)行排序并為決策框架提供信息的能力。Owen RK等采用該模型分析不同干預(yù)措施對(duì)OAB綜合癥的臨床療效,發(fā)現(xiàn)與安慰劑相比,個(gè)體干預(yù)的NMA模型計(jì)算結(jié)果顯示BoNTA-150U治療后3 d尿失禁次數(shù)平均減少1.45次,95%CI為(-2.73,-0.17),層次NMA結(jié)果為減少1.31次,95%CI為(-2.15,-0.55),層次NMA模型精度(95%CI的寬度即精度)明顯提高約160%。當(dāng)某種干預(yù)有不同劑量時(shí),可以在上述模型的基礎(chǔ)上增加劑量約束條,約束條件限定高劑量的治療效果大于或等于低劑量的治療效果。在OAB綜合癥的實(shí)例中BoNTA最大劑量為300 U,采用劑量約束后,結(jié)果顯示BoNTA-300 U是最有效的干預(yù)措施。含約束條件估計(jì)的BoNTA-300 U的效應(yīng)值為減少1.44次,95%CI為(-2.09,-0.78),而非約束模型計(jì)算結(jié)果為減少1.27次,95%CI為(-2.12,-0.51),盡管沒(méi)有影響統(tǒng)計(jì)推斷,這種方法確實(shí)減少了不確定性包括效果估計(jì)、干預(yù)措施估計(jì)的排序,以及每一種干預(yù)措施是最有效的概率[3]。

貝葉斯層次NMA模型靈活,可以適用于不同的數(shù)據(jù)類型,根據(jù)數(shù)據(jù)類型修改核心代碼中似然及聯(lián)接函數(shù)部分即可,如二分類變量選擇二項(xiàng)分布,聯(lián)接函數(shù)為logit函數(shù)[9]。采用二項(xiàng)分布等精確分布時(shí),無(wú)需對(duì)0進(jìn)行特殊處理[3,10],例如結(jié)局為罕見(jiàn)不良事件的NMA,數(shù)據(jù)可能嚴(yán)重稀疏,采用貝葉斯層次NMA可以克服數(shù)據(jù)稀疏導(dǎo)致的參數(shù)估計(jì)的不穩(wěn)定性[10]。

5 結(jié)語(yǔ)

貝葉斯層次網(wǎng)絡(luò)Meta模型增加參數(shù)估計(jì)的精度,保留干預(yù)的可解釋性。當(dāng)含有劑量約束條件時(shí),可更好的分析干預(yù)劑量與效應(yīng)的關(guān)系。當(dāng)數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)存在更多水平時(shí),貝葉斯層次NMA模型可能會(huì)有助于決策的制定,今后將有更大地應(yīng)用空間。

附件1

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