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急性髓系白血病中DLX4基因異構(gòu)體的差異性表達及其臨床相關性分析

2021-09-06 02:37冷加燕張婷娟馬吉春周靜東
臨床與實驗病理學雜志 2021年7期
關鍵詞:細胞株甲基化引物

冷加燕,張婷娟,林 江,谷 雨,于 迪,馬吉春,錢 軍,周靜東

急性髓系白血病(acute myeloid leukemia, AML)是一種高度異質(zhì)性血液系統(tǒng)惡性克隆性疾病,也是較為常見的成人白血病類型[1]。AML發(fā)病涉及細胞遺傳學與分子生物學的巨大異質(zhì)性導致患者預后差異較大[2]。根據(jù)中國成人AML治療指南,依據(jù)初診時不同染色體及基因突變可將AML患者分為預后良好、中等、不良組[3]。此外,表觀遺傳學涉及的基因表達異常在AML中亦扮演重要角色,并且與患者預后密切相關[4]。許多研究揭示AML中BAALC、MN1、ERG等基因過表達與患者預后不良相關[5]。尋找更多影響AML預后的分子標志,對AML預后精準評估并指導患者個體化及精準治療具有重要臨床意義。

DLX4基因位于17q21.33,是一種轉(zhuǎn)錄因子,在調(diào)控人體組織器官、造血系統(tǒng)形成中起重要作用[6-7]。DLX4基因目前公認有2個異構(gòu)體,其中轉(zhuǎn)錄本較長的稱為BP1(NM_138281),轉(zhuǎn)錄本較短的稱為DLX7(NM_001934)。已有文獻[8]報道異構(gòu)體BP1在實體腫瘤呈過表達,并且與患者預后不良相關。異構(gòu)體DLX7在AML中表達尚未見相關報道。本實驗應用RT-qPCR法檢測AML患者中DLX4異構(gòu)體的表達及甲基化情況,分析其臨床意義。

1 材料與方法

1.1 材料收集2005年10月~2017年12月江蘇大學附屬人民醫(yī)院血液科診治的153例AML患者,其中男性90例,女性63例,年齡18~93歲(中位56歲)。另收集37例骨髓捐獻者,其中男性21例,女性16例,年齡32~65歲(中位50歲)。所有AML患者診斷分型按WHO(2016)標準[9]。治療方案參考文獻報道[10]。此外,白血病細胞株K562、SHI-1、U937、THP-1、NB4、HL60、HEL及MV4-11為蘇州大學附屬第一醫(yī)院血液科陳蘇寧教授饋贈。SHI-1細胞株培養(yǎng)在10%含鐵胎牛血清的IMDM培養(yǎng)基中,其余細胞株培養(yǎng)在10%胎牛血清的RPMI-1640培養(yǎng)基中。細胞培養(yǎng)生長壞境均為37 ℃ 5%CO2培養(yǎng)箱。本實驗通過江蘇大學附屬人民醫(yī)院倫理委員會批準,同時獲患者知情同意。

1.2 方法

1.2.1骨髓單個核細胞分離、RNA提取和DNA提取 收取對照組及所有患者骨髓10 mL,使用人淋巴細胞分離液(索萊寶公司,中國)分離出骨髓單個核細胞BMMNCs。應用TRIzol法提取總RNA,提取方法參考Trizol試劑盒說明書。同時通過Puregene Blood Core Kit B(Qiagen公司,德國)提取DNA,方法亦參考試劑盒說明書。

1.2.2逆轉(zhuǎn)錄及RT-qPCR檢測DLX4的表達 取總RNA 400 ng,采用PrimeScript RT試劑盒(Takara公司,日本)進行逆轉(zhuǎn)錄。反應條件:37 ℃ 20 min,85 ℃ 5 s。合成的cDNA保存于-20 ℃?zhèn)溆?。異?gòu)體BP1引物序列:上游5′-TACCCGCTTGGCTTGTCC-3′,下游5′-AACGCTGGTTTAGGTGCTG-3′,目的產(chǎn)物長度為316 bp;異構(gòu)體DLX7引物序列:上游5′-TTATGAAACTGTCCGTCCTACC-3′,下游5′-TGT GCTGGAAACGCTGGT-3′,目的產(chǎn)物長度為201 bp;選取ABL1作為內(nèi)參基因,ABL1引物序列:上游5′-TCCTCCAGCTGTTATCTGGAAGA-3′,下游5′-TCC AACGAGCGGCTTCAC-3′,引物由上海華大基因公司合成。通過AceQ qPCR SYBR Green Master Mix進行RT-qPCR定量檢測異構(gòu)體BP1及DLX7的表達。RT-qPCR反應在ABI 7300擴增儀上進行,反應條件:預變性95 ℃ 5 min(1個循環(huán)),變性95 ℃ 10 s、退火63 ℃ 30 s(BP1)以及60 ℃ 30 s(DLX7)、延伸72 ℃ 30 s、收集熒光80 ℃ 30 s(40個循環(huán))。異構(gòu)體BP1及DLX7相對表達量計算方法參考文獻報道[11]。

1.2.3亞硫酸鹽處理及MSP法檢測異構(gòu)體BP1啟動子甲基化 取gDNA 1 μg,采用EpiTech Bisulfite Kit(Qiagen公司,德國)試劑盒參照說明書進行硫化修飾,修飾后的標本置于-80 ℃保存?zhèn)溆?。異?gòu)體BP1啟動子甲基化MSP引物序列:甲基化上游5′-TAGATCGGTTTGGAGTATGC-3′,甲基化下游5′-AACGTCCCGAATTAACTACC-3′;未甲基化上游5′-AGGTAGATTGGTTTGGAGTATGT-3′,未甲基化下游5′-TTAAACATCCCAAATTAACTACC-3′,甲基化及未甲基化目的產(chǎn)物長度均為131 bp。通過EpiTaq HS(for bisulfite-treated DNA)(Takara公司,日本)進行MSP定性檢測BP1啟動子甲基化態(tài)勢。MSP反應條件:預變性98 ℃ 10 s(1個循環(huán)),變性98 ℃ 10 s、退火59 ℃ 30 s以及60 ℃ 30 s(DLX7)、延伸72 ℃ 30 s、酶滅活72 ℃ 7 min(40個循環(huán))。MSP產(chǎn)物通過2%瓊脂糖凝膠電泳驗證。

1.2.4BSP法檢測異構(gòu)體BP1啟動子甲基化 異構(gòu)體BP1啟動子甲基化BSP引物序列:上游5′-GG GAGATTGTAAATGTAGATTTTTTG-3′,下游5′-AT ACCCCCCATAACTTTCCC-3′,目的產(chǎn)物長度均為415 bp,含有27個CpG位點。通過EpiTaq HS(for bisulfite-treated DNA)(Takara公司,日本)進行BSP定性擴增BP1啟動子。BSP反應條件:預變性98 ℃ 10 s(1個循環(huán)),變性98 ℃ 10 s、退火59 ℃ 30 s、延伸72 ℃ 30 s、酶滅活72 ℃ 7 min(40個循環(huán))。BSP產(chǎn)物通過2%瓊脂糖凝膠電泳驗證并切膠回收,并使用AxyPrep DNA Gel Recovery Kit(Axygen公司,美國)純化。純化后產(chǎn)物通過pMD 19-T Vector Kit(Takara公司,日本)連接,后導入DH5α感受態(tài)細胞(Vazyme公司,中國)克隆。最后選擇至少10個單克隆送華大基因公司行Sanger法測序。

1.3 統(tǒng)計學分析采用SPSS 22.0及GraphPad Prism 5.0軟件進行統(tǒng)計學分析。兩組連續(xù)性變量間的差異分析使用Mann-WhitneyU檢驗,分類變量之間的差異分析采用χ2檢驗或Fisher確切概率法。DLX4表達在AML中的診斷價值采用ROC曲線及ROC曲線下面積(AUC)進行評價。采用Kaplan-Meier法進行生存分析。P<0.05為差異有統(tǒng)計學意義。

2 結(jié)果

2.1 AML患者及細胞株中DLX4基因異構(gòu)體的表達RT-qPCR檢測37例對照組中異構(gòu)體BP1表達的平均水平為0.028(中位值0,范圍0~1.000),153例AML患者中異構(gòu)體BP1表達的平均水平為0.324(中位值0,范圍0~8.905),與對照組相比,異構(gòu)體BP1在AML中表達上調(diào),差異有顯著性(P<0.001,圖1A)。此外,7例AML細胞株和1例慢性粒細胞白血病(chronic myelogenous leukemia, CML)急粒變細胞株中BP1表達水平比對照組平均水平(0.028)均有不同程度增高(圖1B)。

37例對照組中異構(gòu)體DLX7表達的平均水平為1.234(中位0.265,范圍0.012~7.804),153例AML患者中異構(gòu)體DLX7表達的平均水平為0.275(中位0.008,范圍0~6.150),異構(gòu)體DLX7在AML中表達比對照組下調(diào)(P<0.001,圖1C)。此外,7例AML細胞株和1例CML急粒變細胞株中DLX7表達水平比對照組平均水平(1.234)均有不同程度降低(圖1D)。

圖1 AML患者及細胞株中DLX4各異構(gòu)體的表達水平:A.異構(gòu)體BP1在AML患者中的表達;B.異構(gòu)體BP1在AML細胞株中的表達;C.異構(gòu)體DLX7在AML患者中的表達;D.異構(gòu)體DLX7在AML細胞株中的表達

2.2 DLX4基因異構(gòu)體啟動子CpG島在AML患者及細胞株中的甲基化態(tài)勢為進一步探索DLX4異構(gòu)體差異性表達的影響因素,對DLX4基因結(jié)構(gòu)進行分析,發(fā)現(xiàn)DLX4兩個異構(gòu)體BP1和DLX7前啟動子區(qū)域均存在較大的CpG島(圖2A)。本組前期實驗結(jié)果發(fā)現(xiàn)AML及CML患者中異構(gòu)體DLX7啟動子CpG島存在高甲基化現(xiàn)象,并且可能影響異構(gòu)體DLX7表達導致其表達下調(diào)[12-13]。本實驗首先通過MSP法對AML細胞株進行檢測,發(fā)現(xiàn)7例AML細胞株和1例CML急粒變細胞株均呈完全未甲基化態(tài)勢(圖2B)。隨機選擇2例AML細胞株通過BSP法亦證實其低甲基化狀態(tài)(圖2B)。另實驗還通過MSP法對AML進行檢測,結(jié)果亦發(fā)現(xiàn)AML均呈完全未甲基化態(tài)勢,7例AML患者代表性結(jié)果詳見圖2C。隨機選擇8例AML通過BSP法亦證實其低甲基化狀態(tài)(圖2C)。

圖2 DLX4基因結(jié)構(gòu)模式圖及BP1啟動子區(qū)域CpG島在AML中的甲基化態(tài)勢:A.DLX4基因結(jié)構(gòu)模式圖;B.AML細胞株中BP1啟動子區(qū)域CpG島甲基化態(tài)勢,其中1~8分別為K562、SHI-1、U937、THP-1、NB4、HL60、HEL、NB4,9為未甲基化質(zhì)控,10為甲基化質(zhì)控,11為雙陰性質(zhì)控,BSP散點圖為HL60及THP-1細胞株;C.AML患者中BP1啟動子區(qū)域CpG島甲基化態(tài)勢,其中1~7為隨機挑選的7例AML,8為未甲基化質(zhì)控,9為甲基化質(zhì)控,10為雙陰性質(zhì)控;BSP散點圖為隨機挑選的8例AML患者

2.3 DLX4基因異構(gòu)體表達的鑒別診斷意義采用ROC曲線評估DLX4異構(gòu)體表達是否可作為AML診斷的潛在分子標志,結(jié)果發(fā)現(xiàn)異構(gòu)體BP1表達可用于鑒別實驗組和對照組的參考標志(AUC=0.699,95%CI:0.619~0.779,P<0.001,圖3A)。異構(gòu)體DLX7表達更能用于鑒別實驗組和對照組的參考標志(AUC=0.834,95%CI:0.776~0.893,P<0.001,圖3B)。此外,為進一步明確BP1及DLX7表達聯(lián)合在AML中的潛在診斷價值,實驗進一步通過Logistic回歸分析擬合新變量,同時通過ROC曲線分析發(fā)現(xiàn),異構(gòu)體BP1及DLX7表達聯(lián)合用于鑒別實驗組和對照組的效能更為有價值(AUC=0.883,95%CI:0.821~0.945,P<0.001,圖3C)。

圖3 AML患者中DLX4各異構(gòu)體表達的ROC分析:A.AML患者中異構(gòu)體BP1表達的ROC分析;B.AML患者中異構(gòu)體DLX7表達的ROC分析;C.AML患者中異構(gòu)體BP1和DLX7聯(lián)合表達的ROC分析

2.4 DLX4基因異構(gòu)體表達與AML臨床及實驗室參數(shù)的相關性選取使ROC曲線的敏感度、特異性最優(yōu)的異構(gòu)體BP1表達水平(0.007)(敏感度為46.4%,特異性為97.3%)及DLX7表達水平(0.012)(敏感度為52.9%,特異性為100%)為臨界值。針對異構(gòu)體BP1,高表達組和低表達組在患者性別、年齡、血小板計數(shù)、血紅蛋白含量、骨髓原始細胞比例及核型危險度分組中差異均無顯著性(P>0.05),但異構(gòu)體BP1高表達組患者的白細胞計數(shù)顯著高于異構(gòu)體BP1低表達組(P=0.001)。此外,兩組患者在FAB分型分布上差異有顯著性(P=0.021)。在基因突變中,異構(gòu)體BP1高表達組患者FLT3-ITD突變率顯著高于異構(gòu)體BP1低表達組患者(P=0.039,表1)。

針對異構(gòu)體DLX7,高表達組和低表達組在患者性別、年齡、白細胞計數(shù)、血小板計數(shù)、血紅蛋白含量、骨髓原始細胞比例、FAB分類、核型危險分組、基因突變中差異均無顯著性(P>0.05,表1)。

2.5 DLX4基因異構(gòu)體表達與AML患者預后的相關性實驗分析了DLX4異構(gòu)體表達與患者接受誘導化療后完全緩解率的關系(隨訪130例)。異構(gòu)體BP1過表達患者完全緩解率低于異構(gòu)體BP1高表達組患者,僅在非M3組患者中差異有顯著性(P=0.047);異構(gòu)體DLX7高低表達組患者之間差異無顯著性(P>0.05,表1)。

表1 AML患者中DLX4各異構(gòu)體表達與臨床病理特征的關系

Kaplan-Meier法進一步分析DLX4異構(gòu)體表達對患者生存的影響(隨訪130例)。異構(gòu)體BP1高表達患者總生存期低于異構(gòu)體BP1低表達患者,在非M3患者及正常核型AML患者中差異有顯著性(P=0.007、0.035,圖4)。因異構(gòu)體BP1高表達和FLT3-ITD突變有相關性,且FLT3-ITD過表達提示患者預后不良。實驗剔除FLT3-ITD突變患者,通過生存分析進一步證實異構(gòu)體BP1過表達對患者預后不良的影響(P=0.004、0.024,圖4)。異構(gòu)體DLX7通過生存分析發(fā)現(xiàn):無論是全部AML、非M3 AML及正常核型AML中,兩組之間差異均無顯著性(P>0.05,圖4)。

圖4 AML患者中DLX4各異構(gòu)體表達對患者預后的影響

3 討論

越來越多的報道揭示DLX4基因在腫瘤發(fā)生、發(fā)展過程中起重要作用。如Zhang等[14]報道DLX4可以通過上調(diào)TWIST促進上皮-間充質(zhì)轉(zhuǎn)化從而促進乳腺癌細胞侵襲及轉(zhuǎn)移。此外,亦有報道證實DLX4異構(gòu)體BP1通過促進細胞增殖及侵襲參與ER-乳腺癌的發(fā)生、發(fā)展[15]。Haria等[16]研究結(jié)果顯示,DLX4可以通過刺激NF-κB活性誘導CD44表達促進卵巢癌的轉(zhuǎn)移。此外,敲減DLX4表達可促進絨毛膜癌細胞的凋亡[17]。Ling等[18]研究發(fā)現(xiàn),DLX4可上調(diào)YB-1影響細胞增殖、周期及侵襲,參與鼻咽癌的形成。臨床相關研究結(jié)果亦證實DLX4或異構(gòu)體BP1在腫瘤中的表達與患者預后密切相關,并且可能作為預后判斷的分子標志物[19-21]。綜合以上結(jié)果揭示,DLX4在腫瘤發(fā)生、發(fā)展中起促癌作用。然而,亦有較多研究發(fā)現(xiàn)DLX4在腫瘤中存在高甲基化現(xiàn)象,并且與預后密切相關[22-23],這些結(jié)果提示DLX4可能扮演抑癌作用,其與之前報道DLX4發(fā)揮促癌作用結(jié)論矛盾。對DLX4的基因結(jié)構(gòu)進行分析發(fā)現(xiàn),DLX4基因存在2個異構(gòu)體,CDS較長者稱之為BP1,CDS較短者稱之為DLX7,而多數(shù)報道并未嚴格區(qū)分兩者。本實驗分別設計2個異構(gòu)體的特異性引物在AML患者及細胞株中的表達進行檢測,結(jié)果發(fā)現(xiàn)異構(gòu)體BP1在AML中呈過表達態(tài)勢,與先前報道一致[24]。然而,異構(gòu)體DLX7在AML中呈低表達態(tài)勢,既往未見相關報道。針對DLX4的2個異構(gòu)體功能,擬進一步實驗證實。此外,本實驗進一步分析了DLX4的2個異構(gòu)體表達的臨床意義,ROC曲線分析揭示異構(gòu)體BP1及DLX7表達,尤其是兩者聯(lián)合變量,可能對AML輔助診斷有一定幫助;預后分析揭示BP1過表達與AML患者低緩解率及低生存期相關,與實體腫瘤報道類似。由于異構(gòu)體DLX7表達與AML患者預后無相關性,因此異構(gòu)體BP1在AML形成中可能扮演促癌作用,異構(gòu)體DLX7可能扮演抑癌作用,并且異構(gòu)體BP1過表達可能作為AML患者預后判斷的生物學標志物。

甲基化作為最為常見的表觀遺傳學方式之一,在調(diào)控基因表達方面起重要作用。鑒于已有文獻報道揭示DLX4存在高甲基化現(xiàn)象,同時DLX4的2個異構(gòu)體表達態(tài)勢相反。本實驗進一步分析DLX4基因結(jié)構(gòu),發(fā)現(xiàn)異構(gòu)體BP1及DLX7前啟動子區(qū)域均有較大的CpG島,既往報道DLX4甲基化研究區(qū)域主要是針對異構(gòu)體DLX7啟動子內(nèi)CpG島,并且影響基因表達。我們既往通過定量MSP及BSP的方法亦證實AML及CML患者中異構(gòu)體DLX7啟動子CpG島存在高甲基化現(xiàn)象,并且與DLX7表達呈負相關[12-13]。此外,對異構(gòu)體DLX7啟動子高甲基化AML細胞株行去甲基化處理可恢復DLX7的表達[12-13]。由此揭示,異構(gòu)體DLX7在AML中表達下調(diào)可能是因為DLX7啟動子CpG島高甲基化所致。本實驗進一步針對AML中異構(gòu)體BP1啟動子CpG島進行分析,結(jié)果發(fā)現(xiàn)異構(gòu)體BP1啟動子CpG島呈完全未甲基化。由此可見,AML中異構(gòu)體BP1表達上調(diào)不是因為BP1啟動子甲基化改變所致。目前已有報道表明實體腫瘤中異構(gòu)體BP1過表達可能因其基因拷貝數(shù)擴增所致[25]。此外,針對其他基因相關研究發(fā)現(xiàn)基因啟動子轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點多態(tài)性可能影響基因表達參與AML的發(fā)生[26]。然而,AML中異構(gòu)體BP1過表達原因目前尚不完全明確,有待進一步分析。

綜上所述,AML中DLX4的2個異構(gòu)體BP1及DLX7表達態(tài)勢不同。異構(gòu)體BP1呈過表達,與其啟動子甲基化無關,可作為AML患者預后不良的生物學標志物;DLX7呈低表達,可能受其啟動子高甲基化影響,與AML患者預后無關。

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