洪森榮 鄧雨晴 張玲 張妮 張?chǎng)R 張新語 趙若雅 鄭潘鴦 鄭紫娟 周融冰
摘要:對(duì)江西鉛山紅芽芋抗病蛋白基因進(jìn)行克隆和表達(dá)分析,以期為解析江西鉛山紅芽芋的抗病機(jī)制奠定基礎(chǔ),同時(shí)為江西鉛山紅芽芋的遺傳改良提供候選基因。通過江西鉛山紅芽芋試管苗轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫篩選到江西鉛山紅芽芋抗病蛋白基因的核心片段,利用RT-PCR技術(shù)克隆江西鉛山紅芽芋抗病蛋白基因,并用生物信息學(xué)方法和實(shí)時(shí)定量PCR進(jìn)行序列分析和器官表達(dá)分析。結(jié)果表明,江西鉛山紅芽芋抗病蛋白基因cDNA總長(zhǎng)度為264 bp,G+C含量為46.59%;江西鉛山紅芽芋抗病蛋白由88個(gè)氨基酸組成,分子量為10 116.53 u,等電點(diǎn)為6.42,為親水性蛋白;二級(jí)結(jié)構(gòu)由α-螺旋(23.68%)、β-片層(14.77%)、無規(guī)則卷曲(61.36%)構(gòu)成;三級(jí)結(jié)構(gòu)為單體;江西鉛山紅芽芋抗病蛋白主要存在于葉綠體和細(xì)胞核中;江西鉛山紅芽芋抗病蛋白在進(jìn)化上與芋(Colocasia esculenta)的親緣關(guān)系較近,尤其是與芋的hypothetical peotein Taro_046555(MQM13626.1)、hypothetical peotein Taro_046554(MQM13625.1)和hypothetical peotein Taro_046553(MQM13630.1)在進(jìn)化上具有最高的親緣關(guān)系。實(shí)時(shí)定量PCR結(jié)果顯示,抗病蛋白基因在江西鉛山紅芽芋中的表達(dá)存在器官特異性,在葉片和球莖膨大初期的表達(dá)量最高。綜合分析可知,江西鉛山紅芽芋抗病蛋白具有典型的抗病蛋白結(jié)構(gòu),在進(jìn)化上高度保守。
關(guān)鍵詞:江西鉛山紅芽芋;抗病蛋白;基因克隆;表達(dá)分析
中圖分類號(hào): S632.301? 文獻(xiàn)標(biāo)志碼: A
文章編號(hào):1002-1302(2022)09-0021-06
江西鉛山紅芽芋(Colocasia esculenta L. Schoot var. cormosus‘Hongyayu)是江西省知名名優(yōu)特農(nóng)產(chǎn)品和國(guó)家地理標(biāo)志農(nóng)產(chǎn)品[1],屬天南星科本草植物,藥食兼優(yōu)[2-3]。自然界的各種微生物會(huì)對(duì)植物的生長(zhǎng)發(fā)育造成一定的威脅,在與病原菌的長(zhǎng)期共進(jìn)化過程中,植物為免受病原微生物侵害形成了一套保護(hù)自身的免疫應(yīng)答調(diào)控機(jī)制[4]。病原微生物分泌的效應(yīng)蛋白可被抗病蛋白特異識(shí)別,從而觸發(fā)免疫響應(yīng),產(chǎn)生或激活能夠特異識(shí)別效應(yīng)因子的抗性蛋白,從而減少病原微生物對(duì)植物的侵?jǐn)_[5]??共〉鞍卓煞譃榭缒な荏w蛋白、蛋白激酶、絲氨酸/蘇氨酸激酶、毒素還原酶、核苷酸結(jié)合富含亮氨酸重復(fù)序列(nucleotide binding-leucine rich repeat,NB-LRR)抗病蛋白等5種;目前克隆到的抗病蛋白編碼基因大多屬于NB-LRR類,同屬于NB-LRR類抗病蛋白對(duì)應(yīng)的編碼基因還有TNL(TIR-NB-LRR)和CNL(CC-NB-LRR)2類[6]。因此,克隆江西鉛山紅芽芋抗病蛋白編碼基因并檢測(cè)其組織表達(dá)特異性,對(duì)了解江西鉛山紅芽芋抗病品種選育具有重要意義。目前關(guān)于抗病蛋白(disease resistance protein)編碼基因的研究尚少見。Pit是一種對(duì)稻瘟病具有抗性的NLR蛋白,水稻GTPase OsRac1直接與Pit相互作用,Pit的活性形式誘導(dǎo)了質(zhì)膜上OsRac1的激活,OsRac1參與了Pit介導(dǎo)的活性氧(ROS)產(chǎn)生和過敏反應(yīng)(HR)過程,是水稻Pit介導(dǎo)的抗病性所必需的[7]。煙草花葉病毒抗性N基因是煙草花葉病毒復(fù)制酶中識(shí)別解旋酶結(jié)構(gòu)域的Toll白細(xì)胞介素受體(TIR)-NBS-LRR類植物抗病基因的成員,N蛋白在誘導(dǎo)子的作用下發(fā)生寡聚,但P-環(huán)基序突變可消除寡聚作用。RNBS-A基序和TIR結(jié)構(gòu)域的功能缺失突變保留了寡聚的能力,寡聚是N介導(dǎo)抗煙草花葉病毒(TMV)的一個(gè)早期事件[8]。植物免疫系統(tǒng)對(duì)病原菌的識(shí)別受抗病基因結(jié)構(gòu)相關(guān)的多態(tài)產(chǎn)物控制。RAR1和/或SGT1b介導(dǎo)許多R蛋白的功能,RAR1通過一種未知的機(jī)制控制前激活R蛋白的積累;擬南芥SGT1b在植物免疫系統(tǒng)中具有2種不同的、在遺傳上可分離的功能:SGT1b拮抗RAR1,在感染前負(fù)調(diào)控R蛋白的積累;SGT1b具有RAR1獨(dú)立的功能,在感染過程中能夠調(diào)節(jié)細(xì)胞的程序性死亡;RAR1和SGT1的平衡活性與胞漿HSP90共同調(diào)節(jié)活化前R蛋白的積累和信號(hào)傳導(dǎo)能力[9]。擬南芥NPR1蛋白是調(diào)節(jié)水楊酸依賴性基因表達(dá)的關(guān)鍵蛋白,NPR1與基本結(jié)構(gòu)域/亮氨酸(Leu)拉鏈轉(zhuǎn)錄因子TGACG基序結(jié)合因子(TGA)類成員有差異的相互作用,并調(diào)節(jié)其DNA的結(jié)合活性。TGA1基因中Cys-260和 Cys-266 的定點(diǎn)突變使其能與酵母、擬南芥中的NPR1相互作用,TGA1依賴于Cys殘基的氧化狀態(tài)來介導(dǎo)與NPR1的相互作用。TGA1的分子內(nèi)二硫鍵包括與NPR1的相互作用,NPR1只能刺激TGA1還原態(tài)的DNA結(jié)合活性。與動(dòng)物、酵母不同,TGA1的DNA結(jié)合活性不受氧化還原作用調(diào)節(jié)[10]。目前,對(duì)紅芽芋的研究主要集中在脫毒快繁[1]、微芋誘導(dǎo)[2]、下游加工[3]、成分分析[11]等方面,關(guān)于紅芽芋抗病蛋白方面的研究尚未見報(bào)道。本研究利用RT-PCR技術(shù)克隆江西鉛山紅芽芋抗病蛋白基因,并用生物信息學(xué)方法和實(shí)時(shí)定量PCR方法進(jìn)行序列分析和組織表達(dá)分析,為揭示江西鉛山紅芽芋抗病蛋白的生物學(xué)功能提供理論依據(jù),為從分子水平選育江西鉛山紅芽芋抗病品種提供新思路。
1 材料與方法
1.1 試驗(yàn)材料
江西鉛山紅芽芋試管苗。
1.2 試驗(yàn)方法
1.2.1 總RNA的提取和cDNA第一鏈的合成 用TRIzol試劑提取江西鉛山紅芽芋試管苗的總RNA,提取步驟參照說明書,使用紫外分光光度計(jì)和瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)RNA濃度和完整性。以提取獲得的RNA為模版,按照M-MLV cDNA第一鏈合成試劑盒說明書合成cDNA第一鏈。逆轉(zhuǎn)錄引物采用Oligo(dT)18 Primer:5′-GGCCACGCGTCGACTAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTT-3′,具體步驟參考說明書。179323F0-4EAD-4CF4-A6AC-914F53E7F4B2
1.2.2 抗病蛋白基因的克隆 根據(jù)轉(zhuǎn)錄組組裝的Unigene序列信息(TRINITY_DN15482_c0_g1),用Primer Premier 5.0設(shè)計(jì)引物(F:5′-CGAGGATACACAGGTTCACGG-3′;R:5′-GAATTCTAACTTCTGGAGTTCTGGG-3′)。PCR擴(kuò)增條件:95 ℃ 2 min;95 ℃ 30 s,54.1 ℃ 30 s,72 ℃ 30 s,35個(gè)循環(huán);72 ℃ 10 min。用1%瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)PCR產(chǎn)物。將PCR產(chǎn)物回收,使pMD19-T載體與條帶(含有目的基因)連接,并用熱激法轉(zhuǎn)化感受態(tài)細(xì)胞大腸桿菌(Escherichia coli) DH5α,提取陽性轉(zhuǎn)化子(鑒定正確)中的質(zhì)粒,送至生工生物工程(上海)股份有限公司測(cè)序。
1.2.3 抗病蛋白基因的生物信息學(xué)分析 氨基酸序列用BioEdit軟件分析,酶的理化性質(zhì)用ProtParam預(yù)測(cè),酶的疏/親水性用ProtScale預(yù)測(cè)。使用GOR I軟件在線預(yù)測(cè)酶的二級(jí)結(jié)構(gòu)。使用SWISS-MOLD在線預(yù)測(cè)酶的三級(jí)結(jié)構(gòu)。采用WoLF PSORT在線預(yù)測(cè)基因的表達(dá)部位。通過DNAMAN和BioEdit軟件進(jìn)行氨基酸序列比對(duì),利用MEGA 5.0進(jìn)行系統(tǒng)進(jìn)化樹的構(gòu)建。
1.2.4 抗病蛋白基因的組織表達(dá)分析 分別取500 ng江西鉛山紅芽芋試管苗根、莖、葉、試管球莖(初期、中期和末期)的RNA,將其反轉(zhuǎn)錄為cDNA。熒光定量PCR(qRT-PCR,SYBR Green Ⅰ)檢測(cè)的內(nèi)參基因?yàn)镚APDH。設(shè)計(jì)的引物序列如下:F,5′-TGTGTCTCCCTCCAGTGCTCA-3′;R,5′-TTTCTCGCCCCCCCTGTTCA-3′;目標(biāo)基因片段大小145 bp;變性溫度(T m)53.6 ℃。qRT-PCR檢測(cè)采用 20 μL 反應(yīng)體系,PCR反應(yīng)程序:95 ℃ 預(yù)變性 10 min;95 ℃ 變性 10 s,60 ℃ 復(fù)性34 s,72 ℃延伸 15 s,40個(gè)循環(huán)。用2-ΔΔC T法計(jì)算基因表達(dá)水平。試驗(yàn)重復(fù)3次,所有數(shù)據(jù)表示為“平均值±標(biāo)準(zhǔn)差”,并用SPSS 19.0軟件進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析,用單因素方差分析(One-way ANOVA)檢驗(yàn)抗病蛋白基因組織表達(dá)的差異顯著性。
2 結(jié)果與分析
2.1 江西鉛山紅芽芋抗病蛋白基因的cDNA序列
RT-PCR擴(kuò)增結(jié)果顯示,江西鉛山紅芽芋抗病蛋白基因cDNA總長(zhǎng)度為264 bp,G+C含量為46.59%(圖1、圖2、圖3)。
2.2 江西鉛山紅芽芋抗病蛋白的氨基酸序列
用ProtParam預(yù)測(cè)的江西鉛山紅芽芋抗病蛋白的氨基酸序列見圖4。江西鉛山紅芽芋抗病蛋白由88個(gè)氨基酸組成,分子量為10 116.53 u,等電點(diǎn)為6.42,為親水性蛋白。各氨基酸的數(shù)目和比例:丙氨酸(Ala,A)(5個(gè),5.7%)、精氨酸(Arg,R)(7個(gè),8.0%)、天冬氨酸(Asp,D)(3個(gè),3.4%)、半胱氨酸(Cys,C)(4個(gè),4.5%)、谷氨酰胺(Gln,Q)(6個(gè),6.8%)、谷氨酸(Glu,E)(7個(gè),8.0%)、甘氨酸(Gly,G)(6個(gè),6.8%)、異亮氨酸(Ile,I)(4個(gè),4.5%)、亮氨酸(Leu,L)(11個(gè),12.5%)、賴氨酸(Lys,K)(3個(gè),3.4%)、苯丙氨酸(Phe,F(xiàn))(8個(gè),9.1%)、脯氨酸(Pro,P)(3個(gè),3.4%)、絲氨酸(Ser,S)(9個(gè),10.2%)、蘇氨酸(Thr,T)(5個(gè),5.7%)、色氨酸(Trp,W)(1個(gè),1.1%)、酪氨酸(Tyr,Y)(4個(gè),4.5%)、纈氨酸(Val,V)(2個(gè),2.3%)。帶負(fù)電荷氨基酸殘基總數(shù)(Asp+Glu)為10個(gè),帶正電荷氨基酸殘基總數(shù)(Arg+Lys)為10個(gè)。失穩(wěn)指數(shù)(Ⅱ)計(jì)算為50.84,表明該蛋白屬于不穩(wěn)定蛋白。
2.3 江西鉛山紅芽芋抗病蛋白的親疏水性分析
疏水區(qū)域用高峰值區(qū)域表示,其數(shù)值一般為正值;而親水區(qū)域用低谷區(qū)域表示,其數(shù)值一般為負(fù)值。從圖5可以看出,最大疏水值為2.00左右,說明相應(yīng)位點(diǎn)的疏水性最強(qiáng);最大親水值為-2.5左右,說明相應(yīng)位點(diǎn)的親水性最強(qiáng)。江西鉛山紅芽芋抗病蛋白表現(xiàn)出高度親水性,說明該蛋白為親水性蛋白。
2.4 江西鉛山紅芽芋抗病蛋白的二級(jí)結(jié)構(gòu)分析
由圖6、圖7可見江西鉛山紅芽芋抗病蛋白的二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)結(jié)果。GOR預(yù)測(cè)結(jié)果顯示,其二級(jí)結(jié)構(gòu)由α螺旋(Hh,23.86%)、β-片層(Ee,14.77%)、無規(guī)則卷曲(Cc,61.36%)構(gòu)成。從分布位點(diǎn)上看,C端、N端主要含有α-螺旋、無規(guī)則卷曲和β-片層,且無規(guī)則卷曲、β-片層和α-螺旋散布于整個(gè)蛋白中。
2.5 江西鉛山紅芽芋抗病蛋白三級(jí)結(jié)構(gòu)的分析
SWISS-MODEL預(yù)測(cè)結(jié)果(圖8)顯示,江西鉛山紅芽芋抗病蛋白的三級(jí)結(jié)構(gòu)為單體,多由 α-螺旋和無規(guī)則卷曲組成,與二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)結(jié)果一致。
2.6 江西鉛山紅芽芋抗病蛋白的亞細(xì)胞定位
用WoLF POSRT在線軟件對(duì)江西鉛山紅芽芋抗病蛋白基因的表達(dá)部位進(jìn)行預(yù)測(cè),結(jié)果顯示,定位于葉綠體中的蛋白質(zhì)數(shù)量為9個(gè),定位于細(xì)胞核中的蛋白質(zhì)數(shù)量為3個(gè),定位于線粒體中的蛋白質(zhì)數(shù)量為1個(gè),定位于細(xì)胞質(zhì)中的蛋白質(zhì)數(shù)量為1個(gè),表明江西鉛山紅芽芋抗病蛋白基因主要存在于葉綠體和細(xì)胞核中(圖9)。
2.7 江西鉛山紅芽芋抗病蛋白的系統(tǒng)進(jìn)化分析
由構(gòu)建的進(jìn)化樹可以看出,江西鉛山紅芽芋與芋(Colocasia esculenta)在一個(gè)大分支下,說明江西鉛山紅芽芋抗病蛋白在進(jìn)化上與C. esculenta的親緣關(guān)系較近,尤其是與C. esculenta hypothetical peotein Taro_046555(MQM13626.1)、hypothetical peotein Taro_046554(MQM13625.1)和hypothetical? peotein Taro_046553(MQM13630.1)在進(jìn)化上具有較高的親緣關(guān)系(圖10)。179323F0-4EAD-4CF4-A6AC-914F53E7F4B2
2.8 江西鉛山紅芽芋抗病蛋白同源蛋白的序列比對(duì)信息
江西鉛山紅芽芋抗病蛋白同源蛋白的序列比對(duì)信息見圖11,其中※號(hào)區(qū)域是該蛋白家族的保守結(jié)構(gòu)域。氨基酸同源性、保守區(qū)域及進(jìn)化關(guān)系顯示,芋抗病蛋白家族成員之間的氨基酸序列一致性較高,進(jìn)一步證實(shí):江西鉛山紅芽芋抗病蛋白在進(jìn)化上與C. esculenta的親緣關(guān)系較近,尤其是與C. esculenta hypothetical peotein Taro_046555(MQM13626.1)、hypothetical peotein Taro_046554(MQM13625.1)和hypothetical peotein Taro_046553(MQM13630.1)在進(jìn)化上具有較高的親緣關(guān)系。
2.9 江西鉛山紅芽芋不同器官及球莖膨大不同時(shí)期抗病蛋白基因的表達(dá)分析
由圖12可以看出,江西鉛山紅芽芋抗病蛋白基因在根、莖、葉中及在球莖膨大初期、中期、末期中均有表達(dá),但在根、莖、葉中及球莖不同膨大期中的表達(dá)情況差異顯著,其中江西鉛山紅芽芋抗病蛋白基因在葉、球莖膨大初期的表達(dá)量最高。
3 結(jié)論與討論
為了應(yīng)對(duì)復(fù)雜多變的環(huán)境,植物在生長(zhǎng)發(fā)育過程中構(gòu)建了不同層級(jí)(初級(jí)、次級(jí))的免疫反應(yīng)。初級(jí)免疫反應(yīng)是指宿主細(xì)胞膜可以識(shí)別病原微生物的相關(guān)分子模式(pathogen associated molecular patterns,PAMP),PAMP觸發(fā)的免疫反應(yīng)(PAMP triggered immunity,PTI)被激活[12-14]。次級(jí)免疫反應(yīng)是指微生物為了應(yīng)對(duì)植物的初級(jí)免疫反應(yīng),注入一些毒性因子(即效應(yīng)因子)到植物細(xì)胞內(nèi),抑制PAMP觸發(fā)的免疫反應(yīng);為了避免感病,植物進(jìn)化出抗病蛋白,抗病蛋白可特異性識(shí)別效應(yīng)因子,效應(yīng)因子觸發(fā)的免疫反應(yīng)(effectors triggered immunity,ETI)被激活[15-16]。ETI比PTI更強(qiáng)烈和迅速,引起植物局部的程序性細(xì)胞死亡(programmed cell death,PCD),導(dǎo)致植物發(fā)生超敏反應(yīng)(hypersensitive response,HR),有效遏制病原菌進(jìn)一步擴(kuò)散[17]。本試驗(yàn)利用同源克隆技術(shù)成功克隆了江西鉛山紅芽芋的抗病蛋白基因序列,江西鉛山紅芽芋抗病蛋白基因的cDNA總長(zhǎng)度為264 bp,G+C含量為46.59%;江西鉛山紅芽芋抗病蛋白由88個(gè)氨基酸組成,分子量為10 116.53 u,等電點(diǎn)為6.42,為親水性蛋白;二級(jí)結(jié)構(gòu)由α-螺旋(23.68%)、β-片層(14.77%)、無規(guī)則卷曲(61.36%) 構(gòu)成;三級(jí)結(jié)構(gòu)為單體;江西鉛山紅芽芋抗病蛋白主要存在葉綠體和細(xì)胞核中;江西鉛山紅芽芋抗病蛋白在進(jìn)化上與芋的親緣關(guān)系較近,尤其是與芋的hypothetical peotein Taro_046555(MQM13626.1)、hypothetical peotein Taro_046554(MQM13625.1)和hypothetical peotein Taro_046553(MQM13630.1)在進(jìn)化上具有較高的親緣關(guān)系。實(shí)時(shí)定量PCR結(jié)果顯示,抗病蛋白基因在江西鉛山紅芽芋中的表達(dá)存在器官特異性,在葉片、球莖膨大初期的表達(dá)量最高。由此可見,江西鉛山紅芽芋抗病蛋白基因的克隆和表達(dá)分析,可為解析江西鉛山紅芽芋的抗病機(jī)理奠定基礎(chǔ),同時(shí)為江西鉛山紅芽芋遺傳改良提供候選基因。
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