陳麗梅 李 莉 石栩蔚 秦藝銘 劉利華 郭永軍

基于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的毛蚶SSR分子標(biāo)記開發(fā)與評(píng)價(jià)*

陳麗梅1李 莉2石栩蔚1秦藝銘1劉利華1郭永軍1①

(1. 天津農(nóng)學(xué)院水產(chǎn)學(xué)院 天津市水產(chǎn)生態(tài)及養(yǎng)殖重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室 天津 300384； 2. 山東省海洋生物研究院 山東 青島 266104)

本研究基于毛蚶()的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，利用MISA軟件對(duì)其中的微衛(wèi)星位點(diǎn)進(jìn)行挖掘。從35 555條unigene中共獲得3987個(gè)SSR，SSR出現(xiàn)頻率達(dá)11.21%。SSR重復(fù)類型主要以二核苷酸重復(fù)為主(58.06%)，其次為三核苷酸重復(fù)(19.04%)。共有182種重復(fù)基元，不同類型SSR的重復(fù)基元分布特征不同，其中，二核苷酸重復(fù)基元中AC/GT類型比例最高，為45.70%。毛蚶轉(zhuǎn)錄組中SSR重復(fù)次數(shù)主要集中在5～7次，SSR長(zhǎng)度主要集中在12～29 bp，多態(tài)性均在中等以上。利用篩選出的14對(duì)SSR引物在山東濰坊毛蚶野生群體中進(jìn)行遺傳多樣性分析，結(jié)果顯示，平均有效等位基因數(shù)(a)、平均觀測(cè)雜合度(o)、平均期望雜合度(e)和多態(tài)性信息含量(PIC)分別為15.4、0.682、0.852和0.817，從PIC值來(lái)看，本研究開發(fā)的14個(gè)微衛(wèi)星標(biāo)記均屬高多態(tài)性標(biāo)記(PIC≥0.5)。此外，有7個(gè)位點(diǎn)顯著偏離哈迪–溫伯格平衡(Hardy-Weinberg equilibrium, HWE) (<0.05)。結(jié)果表明，基于毛蚶轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)開發(fā)微衛(wèi)星標(biāo)記是切實(shí)可行的，研究結(jié)果豐富了毛蚶的分子標(biāo)記數(shù)量，對(duì)毛蚶的種群遺傳學(xué)分析、遺傳圖譜構(gòu)建及分子輔助育種等研究具有重要意義。

毛蚶；轉(zhuǎn)錄組；SSR；遺傳多樣性

毛蚶()俗稱毛蛤、麻蛤、麻蚶等(王如才等, 2008)，屬?gòu)V溫廣鹽性經(jīng)濟(jì)貝類。毛蚶廣泛分布于中國(guó)、日本、朝鮮沿岸，在中國(guó)以萊州灣、渤海灣、遼東灣、海州灣等淺海區(qū)資源尤為豐富(王慶志等, 2015)。對(duì)毛蚶的研究主要集中在形態(tài)學(xué)(陳蓉等, 2009; 宋菲菲等, 2012)、苗種繁育(翟林香等, 2010; 馬云聰?shù)? 2008)及養(yǎng)殖技術(shù)(王慶志等, 2015)等，關(guān)于群體遺傳學(xué)的研究較少(趙文等, 2011; 田吉騰等, 2016)。進(jìn)入20世紀(jì)80年代，受生境破壞及過度捕撈等因素的影響，毛蚶自然資源逐年減少，產(chǎn)量大幅度下降，已遠(yuǎn)遠(yuǎn)不能滿足市場(chǎng)需求，毛蚶自然種群的遺傳評(píng)估和資源恢復(fù)工作也亟待進(jìn)行。

微衛(wèi)星分子標(biāo)記具有分布范圍廣、呈共顯性遺傳、多態(tài)性高和重復(fù)性好等特點(diǎn)，在群體遺傳多樣性分析、種質(zhì)資源評(píng)價(jià)、遺傳圖譜構(gòu)建等研究中有明顯優(yōu)勢(shì)(Nikolic, 2009; Bao, 2016; Kewwuwan, 2016)。微衛(wèi)星的開發(fā)方法主要有直接文庫(kù)篩選法(戰(zhàn)愛斌等, 2008)、磁珠富集法(宋丹丹等, 2019)、數(shù)據(jù)庫(kù)檢索法(魏大為等, 2015)、種間轉(zhuǎn)移擴(kuò)增法(Liu, 2007)等。目前，毛蚶已開發(fā)出部分微衛(wèi)星標(biāo)記，如Feng等(2009)利用磁珠富集法篩選了14對(duì)毛蚶微衛(wèi)星引物，陳辰(2015)利用同樣的方法獲得41對(duì)多態(tài)性較好的微衛(wèi)星引物。另外，Li等(2012)通過在魁蚶()中構(gòu)建cDNA文庫(kù)，得到了25條在魁蚶和毛蚶中均通用的EST-SSR引物。Dong等(2012)利用泥蚶()的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，開發(fā)了62個(gè)EST-SSR引物，在毛蚶中的通用率為25.81%。但毛蚶微衛(wèi)星標(biāo)記的數(shù)量還遠(yuǎn)不能滿足其遺傳分析需求，需要開發(fā)更多可利用的微衛(wèi)星標(biāo)記。近年來(lái)，利用轉(zhuǎn)錄組測(cè)序平臺(tái)開發(fā)SSR分子標(biāo)記已經(jīng)得到越來(lái)越多的應(yīng)用，其相比于傳統(tǒng)方法，具有通量大、周期短、成本低且直接與某些功能基因相關(guān)聯(lián)的優(yōu)點(diǎn)(于愛清等, 2019)。

本研究基于毛蚶鰓組織的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，對(duì)其中的SSR位點(diǎn)進(jìn)行搜索，分析其分布特征及組成類型；并利用所篩選的引物在濰坊毛蚶野生群體中進(jìn)行了遺傳多樣性分析，旨在為毛蚶微衛(wèi)星分子標(biāo)記的開發(fā)提供更為有效的方法，為毛蚶種群遺傳學(xué)分析、遺傳圖譜構(gòu)建及分子標(biāo)記輔助育種提供有力工具。

1 材料與方法

1.1 實(shí)驗(yàn)材料及轉(zhuǎn)錄組測(cè)序

實(shí)驗(yàn)所需毛蚶樣品于2017年10月采自天津?yàn)I海新區(qū)大神堂海域，殼長(zhǎng)為(26.19±1.46) mm，活體重為(20.01±2.89) g。選取活力好的毛蚶3只，取其鰓組織，構(gòu)建高通量轉(zhuǎn)錄組測(cè)序文庫(kù)，并利用Illumina HiSeq4000測(cè)序平臺(tái)(杭州聯(lián)川生物技術(shù)股份有限公司)進(jìn)行測(cè)序，共獲得93.57 Gb的數(shù)據(jù)量，原始測(cè)序數(shù)據(jù)經(jīng)Trinity軟件(http://trinityrnaseq.sourceforge.net/)組裝并去除冗余后，獲得了平均長(zhǎng)度為621.23 bp的unigene 35 555條。

1.2 微衛(wèi)星標(biāo)記篩選和引物設(shè)計(jì)

微衛(wèi)星序列的識(shí)別和定位使用MISA軟件進(jìn)行，MISA搜索參數(shù)設(shè)置如下：?jiǎn)魏塑账?、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸的最少重?fù)次數(shù)分別為12、6、5、5、4和4，復(fù)合SSR兩個(gè)位點(diǎn)間最大間隔堿基數(shù)設(shè)置為100，結(jié)合Primer 3軟件批量設(shè)計(jì)引物。主要參數(shù)設(shè)置：引物長(zhǎng)度為18～27 bp，PCR擴(kuò)增產(chǎn)物在100～280 bp之間，57℃≤退火溫度(m)≤63℃，20%≤GC含量≤80%。同時(shí)，利用NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)中的Primer-BLAST對(duì)結(jié)果進(jìn)行進(jìn)一步驗(yàn)證，主要參數(shù)設(shè)置：Self complementarity<6，Self′3 complementarity <3，且上下游引物m值差值不高于2℃。引物由生工生物工程(上海)股份有限公司合成。

1.3 微衛(wèi)星多態(tài)性分析

使用海洋動(dòng)物組織基因組DNA提取試劑盒(天根生化科技(北京)有限公司)進(jìn)行毛蚶肌肉組織DNA的提取，委托生工生物工程(上海)股份有限公司合成熒光引物，對(duì)毛蚶濰坊群體的30個(gè)個(gè)體進(jìn)行STR檢測(cè)(3730XL測(cè)序分析儀，美國(guó)ABI公司)，利用GeneMapper 3.2軟件對(duì)結(jié)果進(jìn)行基因分型。

等位基因數(shù)(a)、期望雜合度(e)和觀測(cè)雜合度(o)用Microsatellite Analyser (MSA)軟件計(jì)算(Dieringer, 2003)。多態(tài)信息含量(polymorphism information content, PIC)用PIC-CALC 0.6軟件計(jì)算。利用Genepop 4.2軟件進(jìn)行哈迪–溫伯格平衡(Hardy- Weinberg equilibrium, HWE)分析(http://genepop.curtin. edu.au/)，并對(duì)值進(jìn)行Bonferroni校正。

2 結(jié)果與分析

2.1 毛蚶轉(zhuǎn)錄組中SSR的數(shù)量和分布特點(diǎn)

對(duì)毛蚶轉(zhuǎn)錄組中序列總長(zhǎng)度22 087 807 bp的35 555條unigene序列進(jìn)行SSR檢測(cè)，共得到3987個(gè)SSR (完美型SSR為3074個(gè))，分布在3162條unigene序列當(dāng)中。SSR發(fā)生頻率(含SSR的unigene數(shù)/unigene總數(shù))為8.89%，SSR出現(xiàn)頻率(檢出SSR位點(diǎn)數(shù)/unigene總數(shù))為11.21%，平均每5.54 kb含有1個(gè)SSR位點(diǎn)(總unigene長(zhǎng)度/搜索到的SSR數(shù)量)。其中，612條unigene含有1個(gè)以上SSR位點(diǎn)，以復(fù)合微衛(wèi)星形式出現(xiàn)的SSR數(shù)目為913個(gè)。

2.2 毛蚶轉(zhuǎn)錄組中SSR的重復(fù)基元類型和頻率特征

從毛蚶轉(zhuǎn)錄組中篩查到的3987個(gè)SSR位點(diǎn)中，二核苷酸重復(fù)SSR出現(xiàn)頻率最高，為2315個(gè)，占總數(shù)的58.06%；其次是三核苷酸重復(fù)SSR (759個(gè)，19.04%)和單核苷酸重復(fù)SSR (696個(gè)，17.46%)；四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重復(fù)SSR所占比例最少，分別占總數(shù)的4.01%、1.15%和0.28%。

3987個(gè)SSR共有182種重復(fù)基元類型，根據(jù)堿基互補(bǔ)配對(duì)原則和閱讀起始?jí)A基順序的差異(欒生等, 2007)，對(duì)每種長(zhǎng)度類型的重復(fù)基元進(jìn)行同類兼并后，單、二、三、四、五、六核苷酸重復(fù)基元類型分別為2、4、10、18、17和8種(表1)。單核苷酸重復(fù)中出現(xiàn)最多的基元類型是A/T，占單核苷酸重復(fù)的比例為是83.62%。二核苷酸重復(fù)中出現(xiàn)較多的是AC/GT和AG/CT類型，占二核苷酸重復(fù)的比例分別為45.70%和33.09%，AAT/ATT基元在三核苷酸重復(fù)中出現(xiàn)的頻率最高，占三核苷酸重復(fù)的34.78%。

表1 毛蚶轉(zhuǎn)錄組SSR主要重復(fù)基元類型及分布比例

Tab.1 The type and percentage of main repeat motif of SSR in transcriptome of S. kagoshimensis

2.3 毛蚶轉(zhuǎn)錄組中SSR長(zhǎng)度及重復(fù)次數(shù)分布

本研究中，毛蚶轉(zhuǎn)錄組中SSR(完美型)長(zhǎng)度在12～84 bp之間，其中，長(zhǎng)度在12～19 bp之間的SSR占比最大，為SSR總數(shù)的61.06%。其次為長(zhǎng)度20～ 29 bp的SSR，占總數(shù)的22.38%。長(zhǎng)度≥50 bp的SSR僅占總數(shù)的2.64%。SSR的長(zhǎng)度分布規(guī)律見圖1。

毛蚶轉(zhuǎn)錄組中不同類型SSR的重復(fù)次數(shù)分布見表2。由表2可知，SSR單核苷酸重復(fù)次數(shù)主要集中在12～14次，二核苷酸重復(fù)次數(shù)主要集中在6～8次，三核苷酸和四核苷酸重復(fù)次數(shù)主要集中在5～6次，五核苷酸和六核苷酸重復(fù)次數(shù)主要為4次。總的來(lái)看，重復(fù)6次的SSR占比最高，為778個(gè)(19.51%)，其次為重復(fù)5次和7次，分別為488個(gè)(12.24%)和423個(gè)(10.61%)。重復(fù)次數(shù)≥15次的SSR位點(diǎn)共有803個(gè)，占總SSR個(gè)數(shù)的20.14%。

圖1 毛蚶轉(zhuǎn)錄組中的SSR長(zhǎng)度分布

2.4 毛蚶SSR引物設(shè)計(jì)及群體遺傳多樣性分析

除部分微衛(wèi)星序列側(cè)翼序列過短或者本身結(jié)構(gòu)不適合設(shè)計(jì)引物以外，使用Primer 3軟件對(duì)其中含有SSR的3162條序列進(jìn)行引物設(shè)計(jì)，最后從60對(duì)引物中篩選出擴(kuò)增穩(wěn)定、多態(tài)性較高的14對(duì)引物(表3)。利用這14對(duì)引物對(duì)毛蚶濰坊野生群體的30個(gè)個(gè)體進(jìn)行遺傳多樣性分析。等位基因數(shù)(a)、觀測(cè)雜合度(o)、期望雜合度(e)、多態(tài)信息含量(PIC)和哈迪–溫伯格平衡檢驗(yàn)(HWE)等參數(shù)詳見表4。

表2 毛蚶轉(zhuǎn)錄組中不同類型SSR重復(fù)次數(shù)分布

Tab.2 Repeat number of SSR in transcriptome of S. kagoshimensis

表3 毛蚶14對(duì)SSR引物信息

Tab.3 Information of SSR primers in S. kagoshimensis

表4 基于14個(gè)SSR位點(diǎn)的濰坊毛蚶群體遺傳多樣性分析

Tab.4 Genetic diversity of Weifang population in S. kagoshimensis at 14 SSR loci

*表示Bonferroni校正后顯著偏離哈迪-溫伯格平衡(<0.05)

* means significant deviation from Hardy-Weinberg equilibrium after Bonferroni correction (<0.05)

14個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)總共檢測(cè)到216個(gè)等位基因，每個(gè)位點(diǎn)的等位基因個(gè)數(shù)從4個(gè)到26個(gè)不等，平均等位基因數(shù)為15.4個(gè)。o為0.379～0.967，平均值為0.682；e為0.623～0.962，平均值為0.852，PIC為0.817。經(jīng)Bonferroni校正后發(fā)現(xiàn)，14個(gè)位點(diǎn)中有7個(gè)偏離哈迪–溫伯格平衡。

3 討論

3.1 毛蚶轉(zhuǎn)錄組SSR類型和分布規(guī)律

近年來(lái)，越來(lái)越多的貝類中報(bào)道了利用轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)開發(fā)微衛(wèi)星的方法，在墨西哥灣扇貝()的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)中，SSR的出現(xiàn)頻率為10%(譚杰等, 2018)，馬氏珠母貝()的SSR出現(xiàn)頻率為13.34% (王忠良等, 2015)，泥東風(fēng)螺()的SSR出現(xiàn)頻率為13.62% (熊鋼等, 2020)。本研究中，毛蚶轉(zhuǎn)錄組中SSR的出現(xiàn)頻率為11.21%，和上述報(bào)道相似，但低于扁玉螺()的86.53% (盧瑋筱等, 2018)。在其他水生動(dòng)物中，轉(zhuǎn)錄組中SSR出現(xiàn)頻率差異較大，如牙鲆()為43.24% (李超等, 2015)，大口黑鱸()為11.30% (黃勇等, 2019)，金烏賊()為90.66% (張金勇等, 2020)，曼氏針烏賊()為48.70%(管奧等, 2018)，凡納濱對(duì)蝦()為22.1% (楊銘等, 2017)。在SSR檢索標(biāo)準(zhǔn)一致的情況下，SSR出現(xiàn)頻率主要與物種差異、轉(zhuǎn)錄組結(jié)構(gòu)及測(cè)序數(shù)據(jù)大小有關(guān)。

除單核苷酸重復(fù)外，大多數(shù)貝類如墨西哥灣扇貝、馬氏珠母貝、泥東風(fēng)螺及菲律賓蛤仔()(譚杰等, 2018; 王忠良等, 2015; 熊鋼等, 2020; 閆路路, 2015)等轉(zhuǎn)錄組中SSR均以二核苷酸重復(fù)為主，本研究中毛蚶轉(zhuǎn)錄組中SSR也以二核苷酸重復(fù)為主，和上述研究結(jié)論一致。多數(shù)魚類，如牙鲆、刀鱭()、密斑刺鲀() (李超等, 2015; 于愛清等, 2019; 馬軍等, 2020)以及蝦類，如凡納濱對(duì)蝦、紅螯螯蝦() (楊銘等, 2017; 李喜蓮等, 2020)等，轉(zhuǎn)錄組中的SSR類型分布也符合這一規(guī)律。

3.2 毛蚶轉(zhuǎn)錄組SSR的長(zhǎng)度和重復(fù)次數(shù)

SSR標(biāo)記多態(tài)性的高低是判斷其物種可用性的重要依據(jù)。根據(jù)Temnykh等(2001)的研究，SSR的長(zhǎng)度大小是影響其多態(tài)性高低的關(guān)鍵因素，當(dāng)SSR長(zhǎng)度≥20 bp時(shí)，呈高度多態(tài)性，12 bp≤長(zhǎng)度≤20 bp時(shí)，呈中等多態(tài)性；前者更容易發(fā)生變異，原因是在較長(zhǎng)的模板上滑動(dòng)錯(cuò)配發(fā)生的幾率更高(毛俐慧等, 2018)。本研究在設(shè)置篩選參數(shù)時(shí)，已剔除了長(zhǎng)度在12 bp以下的SSR序列，12～19 bp和長(zhǎng)度≥20 bp的序列分別占SSR總數(shù)量的66.23%和33.77%，在此基礎(chǔ)上設(shè)計(jì)引物，保證了引物具有較高的多態(tài)性。

本研究篩選出的14對(duì)多態(tài)性較好的SSR引物中，二核苷酸重復(fù)主要為6次，三核苷酸重復(fù)主要為7次，隨著重復(fù)次數(shù)的增加，各類型SSR的數(shù)量均逐漸降低。重復(fù)次數(shù)范圍和SSR數(shù)量變化規(guī)律和大多數(shù)同類研究一致。相比之下，陳辰(2015)和Feng等(2009)用磁珠富集方法開發(fā)的毛蚶SSR中，高重復(fù)序列所占比例較大，其二核苷酸重復(fù)次數(shù)一般集中在13～27次。造成這種差異的原因，一方面是由于轉(zhuǎn)錄組中開發(fā)的SSR重復(fù)次數(shù)往往要低于基因組中的SSR (Xia, 2018)，另一方面是磁珠富集的雜交洗脫等程序能夠?qū)⒋蟛糠值椭貜?fù)序列除去(孫效文等, 2005)。Schl?tterer等(2000)認(rèn)為，重復(fù)次數(shù)與SSR位點(diǎn)突變率存在一定程度正相關(guān)。雖然本研究從轉(zhuǎn)錄組中開發(fā)的SSR重復(fù)次數(shù)相對(duì)較低，但從毛蚶群體遺傳學(xué)分析的結(jié)果來(lái)看，依然顯示了較高的多態(tài)性。

3.3 濰坊毛蚶群體遺傳多樣性分析

本研究對(duì)基于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)得到的微衛(wèi)星引物進(jìn)行篩選，并在濰坊毛蚶野生群體中進(jìn)行了遺傳多樣性分析，其平均等位基因數(shù)(N)、觀測(cè)雜合度(H)和期望雜合度(H)分別為15.4、0.682和0.852，與陳辰(2015) (N：15.2；H：0.719；H：0.856)的研究結(jié)果類似，相比Feng等(2009)(N：21.64；H：0.798；H：0.931)多態(tài)性略低。14個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)的PIC值范圍為0.549～0.943，平均值為0.817。根據(jù)Botstein等(1980)的標(biāo)準(zhǔn)，PIC≥0.5、0.25≤PIC<0.5和PIC<0.25分別代表高度多態(tài)性、中度多態(tài)性和低度多態(tài)性。從結(jié)果來(lái)看，本研究開發(fā)的14個(gè)微衛(wèi)星標(biāo)記均屬高多態(tài)性，能夠提供豐富的遺傳信息，在毛蚶種群遺傳學(xué)研究、遺傳圖譜構(gòu)建及家系分析鑒定中具有較高的實(shí)用性。另外，本研究采集的樣本為山東濰坊野生群體，也說(shuō)明目前群體依然保持著較高的遺傳多樣性。

經(jīng)Bonferroni校正后發(fā)現(xiàn)，14個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)中有7個(gè)顯著偏離哈迪–溫伯格平衡(＜0.05)，微衛(wèi)星位點(diǎn)偏離哈迪–溫伯格平衡的現(xiàn)象在相關(guān)報(bào)道中并不少見，如在菲律賓蛤仔(閆路路, 2015)、青蛤(方軍等, 2020)、里式擬石磺()(吳欣等, 2016)和熊本牡蠣()(黃飄逸等, 2020)的群體遺傳學(xué)研究中，微衛(wèi)星位點(diǎn)偏離哈迪–溫伯格的比例分別為75%、70.37%、35.71%和20%。一般來(lái)說(shuō)，群體偏離平衡的原因主要是近交或存在無(wú)效等位基因而導(dǎo)致的純合子過?；蛉訕颖玖窟^小。其中，微衛(wèi)星標(biāo)記中存在無(wú)效等位基因是一個(gè)較為普遍的現(xiàn)象，尤其是在海洋貝類中(Reece, 2004)。本研究采集的群體為野生群體，從平均等位基因數(shù)、雜合度等遺傳參數(shù)來(lái)看，均體現(xiàn)出較高的多態(tài)性，故推測(cè)微衛(wèi)星中無(wú)效等位基因的存在或樣本量較小是造成偏離哈迪–溫伯格平衡的主要原因。

本研究結(jié)果表明，利用高通量轉(zhuǎn)錄組測(cè)序篩選毛蚶微衛(wèi)星是一種高效可行的方法。研究結(jié)果增加了毛蚶的可用微衛(wèi)星標(biāo)記，對(duì)毛蚶的種群遺傳學(xué)分析、遺傳圖譜構(gòu)建及分子標(biāo)記輔助育種都具有重要的意義。

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Development and Evaluation of SSR Markers Based on Transcriptome Sequencing in

CHEN Limei1, LI Li2, SHI Xuwei1, QIN Yiming1, LIU Lihua1, GUO Yongjun1①

(1. Tianjin Key Laboratory of Aqua-Ecology and Aquaculture, College of Fishery Science, Tianjin Agricultural University, Tianjin 300384, China; 2. Marine Biology Institute of Shandong Province, Qingdao, Shandong 266104, China)

is a marine shellfish of great economic value. In recent decades, populations of.have declined due to environmental destruction and overfishing. To enhance our understanding of the genetic diversity and population-level genetic structure of., microsatellite loci were detected based on the transcriptome data of.using MISA software. A total of 3987 Single Sequence Repeats (SSRs) were identified from 35,555 unigenes and the frequency of their occurrence was 11.21%. The main types of repeats were dinucleotides and trinucleotides, which accounted for 58.06% and 19.04%, respectively. A total of 182 types of repeat motifs were classified in all SSRs, and AC/GT was the most abundant among dinucleotide repeats (45.70%). The repeat numbers of SSRs primarily ranged between five and seven, and the number of SSRs gradually decreased as repeat number increased．Motif length was predominantly between 12 and 29 bp, and the SSR polymorphism level was above moderate. Among the 60 designed primer pairs, 14 pairs proved to be polymorphic microsatellite markers and were amplified in 30 wild individuals sampled from Weifang in Shandong Province. The results showed that the average number of alleles (a), average observed heterozygosity (o), average expected heterozygosity (e), and polymorphism information content (PIC) were 15.4, 0.682, 0.852, and 0.817, respectively. All 14 loci were highly polymorphic (PIC≥0.5). After Bonferroni correction, seven of the 14 loci deviated significantly from theHardy-Weinberg equilibrium (<0.05). These results indicate that it is feasible to develop microsatellite markers based on the.transcriptome. The polymorphic microsatellite loci obtained in this study will facilitate further studies on population genetic management, genetic mapping, and molecular assisted breeding of.

; Transcriptome; SSR; Genetic diversity

S917

A

2095-9869(2022)03-0129-09

10.19663/j.issn2095-9869.20210206003

http://www.yykxjz.cn/

陳麗梅, 李莉, 石栩蔚, 秦藝銘, 劉利華, 郭永軍. 基于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的毛蚶SSR分子標(biāo)記開發(fā)與評(píng)價(jià). 漁業(yè)科學(xué)進(jìn)展, 2022, 43(3): 129–137

CHEN L M, LI L, SHI X W, QIN Y M, LIU L H, GUO Y J. Development and evaluation of SSR markers based on transcriptome sequencing in. Progress in Fishery Sciences, 2022, 43(3): 129–137

GUO Yongjun, E-mail: guoyongjun＠tjau.edu.cn

*財(cái)政部和農(nóng)業(yè)農(nóng)村部: 國(guó)家現(xiàn)代農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系(CARS-48)、山東省現(xiàn)代農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系建設(shè)專項(xiàng)資金資助項(xiàng)目 (SDAIT-14-04)和天津市企業(yè)特派員項(xiàng)目(19JCTPJC60100)共同資助[This work was supported by China Agriculture Research System of MOF and MARA (CARS-48), Earmarked Fund for Modern Agro-Industry Technology Research System in Shandong Province (SDAIT-14-04), and Tianjin Technical Expert Project (19JCTPJC60100)]. 陳麗梅, E-mail: chenlimeicc@163.com

郭永軍，研究員，E-mail: guoyongjun@tjau.edu.cn

2021-02-06,

2021-02-26

(編輯 馮小花)