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RNF180基因甲基化是胰腺癌的潛在診斷標(biāo)志物

2022-07-06 05:45段一夢(mèng)張美英郭明洲
關(guān)鍵詞:甲基化胰腺癌胰腺

李 昕, 段一夢(mèng), 張美英, 郭明洲

1.鄭州大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院,河南 鄭州 450001; 2.中國人民解放軍總醫(yī)院第一醫(yī)學(xué)中心消化內(nèi)科醫(yī)學(xué)部

胰腺癌是最致命的癌癥之一,死亡率極高。盡管其他腫瘤患者的存活率有了一定的提高,但自20世紀(jì)60年代以來,胰腺癌患者的存活率一直保持相對(duì)不變[1-2]。目前手術(shù)切除是其唯一的治愈機(jī)會(huì)。不幸的是,80%~85%的患者發(fā)現(xiàn)時(shí)已失去手術(shù)切除機(jī)會(huì)。此外,胰腺癌對(duì)大多數(shù)化療及分子靶向治療反應(yīng)不佳[3]。隨著人口的老齡化,胰腺癌的發(fā)病呈快速增長(zhǎng)趨勢(shì),50歲以后發(fā)病率開始增加,70歲達(dá)到高峰。5%~10%的患者具有遺傳傾向,一些具有遺傳綜合征的特征性基因突變是胰腺癌的危險(xiǎn)因素,如BRCA1/2(乳腺和卵巢癌綜合征)、ATM(共濟(jì)失調(diào)性毛細(xì)血管擴(kuò)張癥)、STK11(Peutz-Jeghers綜合征)、PRSS1(遺傳性胰腺炎)、MLH1和MSH2/6(Lynch綜合征)[4]。另外,飲酒和吸煙也是胰腺癌的危險(xiǎn)因素[5]。胰腺癌主要分為兩型:胰腺腺癌占95%,胰腺內(nèi)分泌腫瘤約占5%(<5%)[6]。由于胰腺癌早期缺乏典型的癥狀,其早期診斷仍是一個(gè)挑戰(zhàn)。對(duì)進(jìn)展期胰腺癌FOLFIRINOX方案[5-fluorouracil、Folinic acid (Leucovorin)、Irinotecan、Oxaliplatin]和吉西他濱(Gemcitabine)結(jié)合白蛋白紫杉醇(Nab-paclitaxel)是目前的主要治療手段[7]。盡管免疫治療在其他腫瘤中獲得了一定的效果,但在胰腺癌中的療效非常有限[8]。由于許多信號(hào)通路參與細(xì)胞命運(yùn)的調(diào)控,且這些通路之間存在復(fù)雜的交叉互通現(xiàn)象(crosstalking),針對(duì)單一異常通路的靶向治療常常效果不佳。另外,由于胰腺癌的高度異質(zhì)性也決定了針對(duì)單一通路的治療效果有限[4,9-11],因此,需要深入研究胰腺癌的分子調(diào)控網(wǎng)絡(luò),從而獲得高效、特異的“協(xié)同致死”治療靶標(biāo)。近年來,隨著人們對(duì)表觀遺傳認(rèn)識(shí)的深入,以表觀遺傳為基礎(chǔ)的“協(xié)同致死”取得了一些新的進(jìn)展[11-17]。在胰腺癌中分離和鑒定新的表觀遺傳異常的標(biāo)志物將會(huì)提供更多新的治療策略。

環(huán)指蛋白180(ring finger protein 180,RNF180)是一種新發(fā)現(xiàn)的環(huán)指蛋白家族的成員,該基因位于人類染色體5q12.3,該區(qū)域在許多腫瘤中均發(fā)生缺失[18-19]。在胃癌和肝癌中頻繁發(fā)生甲基化,RNF180甲基化與幽門螺桿菌感染和胃癌的預(yù)后差相關(guān)[20-23]。最近的研究發(fā)現(xiàn),RNF180具有E3泛素連接酶活性,其通過下調(diào)RAD51增加三陰性乳腺癌對(duì)吉非替尼的敏感性[24]。RNF180在胰腺癌中的表達(dá)及其調(diào)控機(jī)制目前尚不清楚。

1 材料與方法

1.1 胰腺癌細(xì)胞系及組織標(biāo)本本實(shí)驗(yàn)涉及9個(gè)胰腺癌細(xì)胞系(CFPAC1、Panc5.04、PANC1、T3M4、MIAPaCa2、SW1990、Panc10.05、PANC3.11和AsPC1)均是已建立的原發(fā)性胰腺癌患者的細(xì)胞系。細(xì)胞培養(yǎng)基為RPMI 1640包含1%青霉素-鏈霉素,10%胎牛血清。細(xì)胞均在體積分?jǐn)?shù)為5% CO2和溫度為37 ℃條件下進(jìn)行培養(yǎng)。1∶3進(jìn)行細(xì)胞傳代培養(yǎng)12 h后,向培養(yǎng)基中加入5-aza-dc使其終濃度為2 μmol/L,每24 h更換新的含有2 μmol/L 5-aza-dc的RPMI 1640培養(yǎng)基,藥物處理96 h后,提取細(xì)胞總RNA。本實(shí)驗(yàn)采用的112例胰腺癌組織和8例非癌患者的正常胰腺組織均來自中國人民解放軍總醫(yī)院。取材的所有患者術(shù)前均未接受任何放化療等治療,術(shù)后病理檢查均證實(shí)為原發(fā)性胰腺癌。本研究獲得中國人民解放軍總醫(yī)院倫理委員會(huì)批準(zhǔn)(批號(hào):20090701-015)。

1.2 實(shí)驗(yàn)方法

1.2.1 細(xì)胞總RNA提取與半定量RT-PCR檢測(cè):取對(duì)數(shù)生長(zhǎng)期細(xì)胞,提取總RNA后,經(jīng)紫外分光光度計(jì)和瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)其純度和質(zhì)量。取5 μg總RNA用Thermo Scientific RevertAid RT逆轉(zhuǎn)錄試劑盒合成cDNA溶液,作為后續(xù)PCR反應(yīng)的模版cDNA,用去離子水稀釋至100 μl,取2.5 μl的cDNA模板在25 μl反應(yīng)體系中進(jìn)行PCR擴(kuò)增。RNF180 RT-PCR引物序列為:5′-CTCCGGGACGTGGATACAGAT-3′(上游引物),5′-GGGCTTTTTGGATTAGGCAGC-3′(下游引物),擴(kuò)增產(chǎn)物長(zhǎng)度為254 bp。RNF180 RT-PCR反應(yīng)條件為:94 ℃ 5 min;94 ℃ 30 s,64 ℃ 30 s,72 ℃ 30 s(3個(gè)循環(huán));94 ℃ 30 s,61 ℃ 30 s,72 ℃ 30 s(3個(gè)循環(huán));94 ℃ 30 s,58 ℃ 30 s,72 ℃ 30 s(3個(gè)循環(huán));94 ℃ 30 s,55 ℃ 30 s,72 ℃ 30 s(26個(gè)循環(huán));72 ℃ 7 min。GAPDH RT-PCR引物序列為:5′-GACCACAGTCCATGCCATCAC-3′(上游引物),5′-GTCCACCACCCTGTTGCTGTA-3′(下游引物),擴(kuò)增產(chǎn)物長(zhǎng)度為454 bp。GAPDH RT-PCR反應(yīng)條件為:94 ℃ 5 min;94 ℃ 30 s,60 ℃ 30 s,72 ℃ 30 s(25個(gè)循環(huán));72 ℃ 7 min。取10 μl PCR擴(kuò)增產(chǎn)物于2%的瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)。

1.2.2 DNA的提取、甲基化特異性PCR(methylation specific polymerase chain reaction,MSP):將對(duì)數(shù)生長(zhǎng)期細(xì)胞采用酚/氯仿法抽提DNA,最后溶于ddH2O。取2 μg DNA經(jīng)亞硫酸氫鈉硫化后,采用DNA純化試劑盒純化,最后溶于20 μl的ddH2O,-20 ℃冰箱保存[25-26]。RNF180啟動(dòng)子區(qū)特異性甲基化PCR引物序列為:5′-TCGGGGTTGTTAGGTATAGTTCGAGC-3′(甲基化上游引物),5′-AACTCTAAAAACTCGCTACGACTCCG-3′(甲基化下游引物),擴(kuò)增產(chǎn)物長(zhǎng)度為111 bp。RNF180啟動(dòng)子區(qū)特異性非甲基化PCR引物序列為:5′-GGTTGGGGTTGTAGGTATAGTTTGAGT-3′(非甲基化上游引物),5′-CAAACTCTAAAAACTCACTACAACTCCA-3′(非甲基化下游引物),擴(kuò)增產(chǎn)物長(zhǎng)度為115 bp。PCR反應(yīng)條件為:94 ℃ 5 min;94 ℃ 30 s,60 ℃ 30 s,72 ℃ 30 s(35個(gè)循環(huán));72 ℃ 7 min。取10 μl PCR擴(kuò)增產(chǎn)物于2%的瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)。

1.3 統(tǒng)計(jì)學(xué)方法采用SPSS 22.0軟件進(jìn)行數(shù)據(jù)分析。使用χ2檢驗(yàn)分析RNF180甲基化率與胰腺癌患病相關(guān)因素的相關(guān)性,P<0.05為差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。

2 結(jié)果

2.1 RNF180在胰腺癌中的表達(dá)受啟動(dòng)子區(qū)域甲基化的調(diào)控在胰腺癌細(xì)胞CFPAC1、Panc5.04和PANC1細(xì)胞中RNF180基因高表達(dá),在MIAPaCa2和T3M4細(xì)胞中表達(dá)降低,而在SW1990、Panc10.05、PANC3.11和AsPC1細(xì)胞中表達(dá)缺失。MSP結(jié)果顯示,RNF180基因啟動(dòng)子區(qū)在CFPAC1、Panc5.04和PANC1細(xì)胞中呈非甲基化狀態(tài),在MIAPaCa2和T3M4細(xì)胞中部分甲基化,在SW1990、Panc10.05、PANC3.11和AsPC1細(xì)胞中完全甲基化。這些結(jié)果表明,RNF180基因啟動(dòng)子區(qū)域甲基化與其表達(dá)水平密切相關(guān)。然后,應(yīng)用去甲基化藥物5-aza-dc處理胰腺癌細(xì)胞,發(fā)現(xiàn)RNF180在非甲基化的細(xì)胞(CFPAC1、Panc5.04和PANC1)中表達(dá)水平無明顯改變,部分甲基化細(xì)胞(MIAPaCa2和T3M4)其表達(dá)水平增加,完全甲基化細(xì)胞(SW1990、Panc10.05、PANC3.11和AsPC1)恢復(fù)其表達(dá)(見圖1)。以上結(jié)果表明,RNF180基因的表達(dá)受啟動(dòng)子區(qū)甲基化調(diào)控。

注:ddH2O:體系陰性對(duì)照;GAPDH:內(nèi)參對(duì)照;(-):5-aza-dc處理前;(+):5-aza-dc處理后。NL:正常淋巴細(xì)胞DNA,非甲基化對(duì)照組;IVD:體外甲基化DNA,甲基化對(duì)照組;H2O:體系陰性對(duì)照;U:非甲基化;M:甲基化。

2.2 RNF180在胰腺癌組織中頻繁發(fā)生甲基化為探討RNF180基因在原發(fā)性胰腺癌中的甲基化情況,應(yīng)用MSP方法檢測(cè)了112例原發(fā)性胰腺癌及8例非癌患者正常胰腺組織。RNF180基因在非癌患者正常胰腺標(biāo)本中未發(fā)現(xiàn)甲基化,排除了組織特異性甲基化的可能性。在112例原發(fā)性胰腺癌組織中,35例發(fā)生甲基化,77例未發(fā)生甲基化,甲基化率為31.25%(35/112,見圖2)。進(jìn)一步的分析發(fā)現(xiàn),RNF180甲基化與胰腺癌的TNM分期有相關(guān)性(P<0.05),與年齡、性別、腫瘤大小、腫瘤位置、腫瘤分化、淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移、神經(jīng)侵犯、吸煙、飲酒等因素?zé)o相關(guān)性(P均>0.05,見表1)。

注:M:甲基化,U:非甲基化,PN:正常胰腺組織,PC:胰腺癌組織。

表1 RNF180甲基化與原發(fā)性胰腺癌臨床因素的關(guān)系Tab 1 The association of RNF180 methylation with clinical factor in primary pancreatic cancer

3 討論

RNF180在胃癌和肝癌頻繁發(fā)生甲基化,且在結(jié)腸癌、胃癌和乳腺癌中影響腫瘤的生長(zhǎng)和轉(zhuǎn)移[21,23-24,27-28]。RNF180在胃癌中通過E3泛素化酶的作用發(fā)揮翻譯后調(diào)控,從而影響腫瘤的發(fā)生和進(jìn)展,是胃癌預(yù)后不良的獨(dú)立預(yù)后因素[28]。在三陰性乳腺癌中,RNF180通過下調(diào)RAD51降低對(duì)吉非替尼的敏感性[24]。我們?cè)谝认侔┲邪l(fā)現(xiàn),RNF180頻繁發(fā)生甲基化,且其表達(dá)受啟動(dòng)子區(qū)甲基化調(diào)控。RNF180甲基化與腫瘤的分期相關(guān),而與其他臨床因素之間的關(guān)系差異無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義,這些結(jié)果表明RNF180甲基化可能是食管癌預(yù)后不良的因素。樣本量相對(duì)較小是本研究的局限性。我們擬在未來的研究中擴(kuò)大樣本量并增加癌前病變病例進(jìn)一步分析。因?yàn)镽NF180參與RAD51的調(diào)控,我們擬在未來的研究中探討RNF180是否參與DNA損傷修復(fù)機(jī)制。最終明確RNF180能否成為胰腺癌早期診斷的標(biāo)志物和治療靶標(biāo)。

RNF180基因在人類胰腺癌頻繁發(fā)生甲基化,其表達(dá)受啟動(dòng)子區(qū)域甲基化調(diào)控。RNF180甲基化是胰腺癌潛在的診斷和預(yù)后標(biāo)志物。

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