石 蕓,徐 華,徐長麗,金俊杰,秦昆明**,高 珣,李偉東**
(1. 南京中醫(yī)藥大學(xué)藥學(xué)院 南京 210046;2. 江蘇海洋大學(xué)藥學(xué)院 連云港 222005;3. 南京海源中藥飲片有限公司 南京 210061)
白鮮皮為蕓香科植物白鮮Dictamnus dasycarpusTurcz.的干燥根皮,味苦,性寒,有清熱燥濕,祛風(fēng)解毒之功效。國內(nèi)外研究發(fā)現(xiàn),白鮮皮中主要含有檸檬苦素類、黃酮類、生物堿類和揮發(fā)油類成分[1]。白鮮皮中檸檬苦素類成分具有抗腫瘤、抗病毒、抗炎等多種藥理活性[2]。生物堿類成分有著良好的抗炎作用,如白鮮堿對炎癥反應(yīng)有一定的抑制作用[3]。課題組前期研究發(fā)現(xiàn),白鮮皮揮發(fā)油中烯烴類成分相對含量最高,以單萜類成分為主,其次是倍半萜類成分[4],這類化合物與白鮮皮的抑菌、抗腫瘤和抗炎活性有關(guān)[5]。
白鮮皮臨床常用于濕疹等多種皮膚病的治療,療效確切。裴小平等研究發(fā)現(xiàn),不同濃度白鮮皮提取液均可改善濕疹模型小鼠的皮膚損害,而高濃度的白鮮皮提取液與地塞米松洗劑效果相當(dāng);其機制可能與下調(diào)炎癥因子IL-17 和IL-22、上調(diào)IL-10 的表達相關(guān)[6]。楊旭等[7]以大鼠白鮮皮組與模型組比較,大鼠的皮損評分明顯下降,濕疹臨床表現(xiàn)為紅斑、丘疹、抓痕/剝脫均出現(xiàn)減輕的現(xiàn)象。同時指出白鮮皮治療濕疹具有獨特的優(yōu)勢,但現(xiàn)階段白鮮皮治療濕疹作用機制沒有得到充分研究。為了進一步研究揭示白鮮皮臨床用于治療濕疹的藥效物質(zhì)基礎(chǔ)與作用機制,本文采用液質(zhì)聯(lián)用技術(shù)(LC-MS)分析白鮮皮中主要成分組成,采用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)結(jié)合分子對接技術(shù)研究主要潛在活性成分的作用靶點和作用通路,從而闡明其藥效作用機制。
通過液質(zhì)聯(lián)用技術(shù)(LC-MS)對白鮮皮主要成分進行分析,結(jié)合文獻質(zhì)譜數(shù)據(jù),進行成分快速識別鑒定;利用SwissADME 數(shù)據(jù)庫對白鮮皮潛在活性成分進行預(yù)測,篩選與治療濕疹作用相關(guān)的主要作用靶點,并采用分子對接技術(shù)對主要成分和作用靶點進行驗證。對關(guān)鍵靶點進行KEGG 通路富集分析,最終得到成分-靶點-疾病-通路網(wǎng)絡(luò)圖(圖1)。
圖1 研究流程圖
3.1.1 材料與試劑
白鮮皮飲片選購自南京海源中藥飲片有限公司(批號:170101;產(chǎn)地:內(nèi)蒙古)經(jīng)南京海源中藥飲片有限公司執(zhí)業(yè)中藥師丁斐鑒定為蕓香科植物白鮮Dictamnus dasyarpusTurcz.的干燥根皮。乙腈、甲醇(美國Tedia 公司,色譜純),甲酸(上海凌峰,分析純),其余試劑均為市售分析純。
3.1.2 儀器與設(shè)備
LCMS-2020 高效液相色譜-電噴霧質(zhì)譜聯(lián)用儀(日本島津公司,ESI 電噴霧離子源),配置LC-20AD泵、CTO-20A 柱 溫 箱、SIL-20A 自 動 進 樣 器、SPDM20A 二極管陣列檢測器。AG-285 型萬分之一電子天平(瑞典METTLER TOLEDO)、R-210型旋轉(zhuǎn)蒸發(fā)儀(瑞士BUCHI)、HH-6數(shù)顯恒溫水浴鍋。
3.1.3 樣品溶液的制備
稱取白鮮皮粉末1 g,加甲醇30 mL,超聲處理30 min,濾過,藥渣加甲醇30 mL 再超聲提取一次,過濾,合并兩次濾液,減壓蒸干,殘渣加甲醇溶解,定容至10 mL,作為供試品溶液,備用。
3.1.4 LC-MS分析條件
色譜條件:采用YMC-Pack ODS-A 色譜柱(250 mm×4.6 mm, 5 μm),流動相為0.1%甲酸水溶液(A)-乙腈(B)。梯度洗脫程序:0 min,5%B;0-45 min,5%B→30%B;45-55 min,30%B→45%B;55-85 min,45%B→60%B;85-105 min,60%B→90%B;105-110 min,90%B。檢測波長:254 nm;柱溫35℃,流速1 mL·min-1,進樣體積10 μL。
質(zhì)譜條件:采用電噴霧電離(ESI),離子源溫度280℃,毛細管電壓4.5kV,檢測器電壓1.5 kV,干燥氣流速5 L·min-1,霧化氣流速1.5 L·min-1。正、負離子模式下,獲得質(zhì)譜總離子流圖,全掃描質(zhì)譜范圍100-1000 m/z。
3.1.5 白鮮皮潛在活性成分及靶點篩選
通過對白鮮皮質(zhì)譜數(shù)據(jù)進行分析,結(jié)合中國知網(wǎng)數(shù)據(jù)庫、TCMSP 數(shù)據(jù)庫等平臺,鑒定白鮮皮中的主要化學(xué)成分。利用SwissADME 對各成分進行篩選,保留胃腸道(Gastrointestinal,GI)吸收評分和生物利用度評分高的成分,作為潛在活性成分。Swiss Target Prediction(http://www.swisstargetprediction.ch/)可以用來預(yù)測白鮮皮潛在活性成分的作用靶點。將白鮮皮潛在活性成分的MOL 文件,導(dǎo)入軟件,設(shè)置屬性為“Homo sapiens”,預(yù)測潛在活性成分的作用靶點。
3.1.6 濕疹相關(guān)疾病靶點的獲取
在GeneCards 數(shù)據(jù)庫(https://www.genecards.org/)中,其功能信息包括指向濕疹的關(guān)系、突變和多態(tài)性、基因表達、基因功能、途徑、蛋白質(zhì)與蛋白質(zhì)的相互作用等,能較全面獲取濕疹相關(guān)疾病靶點,分別檢索關(guān)鍵詞Rubella(風(fēng)疹)、Eczema(濕疹)、Damp heat sores(濕熱瘡毒),搜索相關(guān)的疾病靶點,根據(jù)Relevance score篩選出大于平均值的靶點。
3.1.7 PPI 網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建及關(guān)鍵作用靶點分析
將白鮮皮主要成分作用靶點與三種疾病的靶點(風(fēng)疹Rubella、濕疹Eczema、濕熱瘡毒Damp heat sores)進行交集,繪制韋恩圖得到交集靶點。將交集靶點導(dǎo)入STRING 數(shù)據(jù)庫,得到靶點之間的相互關(guān)系,構(gòu)建PPI網(wǎng)絡(luò),導(dǎo)出蛋白相互作用數(shù)據(jù)。利用Excel 篩選出核心靶標蛋白,利用R 語言繪制關(guān)鍵靶點的柱形圖。
3.1.8 KEGG通路富集分析
利用Metascape 軟件對交集靶點進行分析,將靶點信息上傳后,設(shè)置基因物種為“H.sapiens”,采用Express Analysis 進行基因分析,點擊Analysis Report Page,下載所有的注釋結(jié)果(All in One Zip),根據(jù)所得結(jié)果繪制氣泡圖。
3.1.9 成分-靶點-通路網(wǎng)絡(luò)圖的構(gòu)建
篩選出富集靶點蛋白較多的信號通路。將白鮮皮潛在活性成分、關(guān)鍵作用靶點和主要信號通路數(shù)據(jù)導(dǎo)入到Cytoscape3.7.0 軟件,繪制得到成分-靶點-疾病-通路網(wǎng)絡(luò)圖。
3.1.10 主要成分與靶點蛋白的分子對接驗證
通 過ZINC(https://zinc. docking. org/substances/home/)下載白鮮皮4 種潛在活性成分的3D 結(jié)構(gòu)。通過PDB 數(shù)據(jù)庫(https://www.rcsb.org/)下載核心靶蛋白數(shù)據(jù)文件,利用Pymol 軟件對蛋白受體進行除去水分子和加氫操作。利用Autodock Vina 軟件確定分子對接的坐標和盒子的大小,通過Autodock Tools將處理后的主要潛在活性成分和蛋白質(zhì)受體分子進行對接。并將結(jié)合活性較強的9 個對接結(jié)果導(dǎo)入Pymol 軟件,繪制成三維圖進行可視化展示。
3.2.1 白鮮皮主要成分的液質(zhì)聯(lián)用分析
通過對白鮮皮主要成分進行液質(zhì)聯(lián)用分析,得到各主要成分在正負離子模式下的質(zhì)譜數(shù)據(jù)。結(jié)果顯示:白鮮皮主要成分在正負離子模式下均具有較好的響應(yīng)。其中,正離子模式下的峰數(shù)量大于負離子模式。將各成分的質(zhì)譜數(shù)據(jù)與文獻報道的質(zhì)譜信息進行對照[8-9],確定各化合物的分子量,最終鑒定了12 個主要成分,結(jié)果見圖2和表1。
圖2 白鮮皮在正(A)、負(B)離子模式下的總離子流圖
表1 白鮮皮中主要成分的鑒定
3.2.2 白鮮皮的潛在活性成分及作用靶點
通過SwissADME 對白鮮皮主要成分進行篩選,保留GI 吸收評分和生物利用度評分高的成分,共獲得4個潛在活性成分,分別為去甲基川陳皮素、黃柏酮酸、黃柏酮和檸檬苦素(圖3)。
圖3 白鮮皮的潛在活性成分
利用Swiss Target Prediction 數(shù)據(jù)庫對白鮮皮潛在活性成分進行靶點篩選,設(shè)置Probability>0,篩選得到作用靶點共307 個。其中,KDR、CDK5R1、CDK5、PIM1 等靶點是去甲基川陳皮素、黃柏酮酸、黃柏酮的共同靶點,推測是白鮮皮發(fā)揮藥效作用的關(guān)鍵靶點。對各成分作用靶點分析發(fā)現(xiàn),檸檬苦素作用靶點較少,但其結(jié)構(gòu)與黃柏酮酸、黃柏酮相似,均為萜內(nèi)酯類化合物。該類化合物具有抗炎和免疫調(diào)節(jié)作用,推測是白鮮皮治療濕疹的主要藥效物質(zhì)[10]。因此,檸檬苦素可能是在空間結(jié)構(gòu)上與其它兩種成分存在差異,導(dǎo)致與靶點的結(jié)合能力不同。
3.2.3 疾病靶點與藥物靶點交集venn圖的構(gòu)建
在GeneCards數(shù)據(jù)庫中分別獲取Rubella(風(fēng)疹)靶點674 個、Eczema(濕疹)靶點2737 個、Damp heat sores(濕熱瘡毒)靶點234 個,根據(jù)Relevance score 保留大于平均值的靶點,共篩選風(fēng)疹有效靶點90 個,濕疹有效靶點789 個,濕熱瘡毒有效靶點72 個。將白鮮皮的潛在活性成分作用靶點與疾病的主要靶點進行交集,結(jié)果見圖4。
圖4 藥物與疾病靶點交集韋恩圖
從圖中可以看出,靶點TNF(腫瘤壞死因子)[11]與藥物和3 種疾病均有交集,預(yù)測其為白鮮皮治療濕疹的關(guān)鍵靶點。該靶點為白鮮皮中黃柏酮酸的作用靶點,推測白鮮皮在治療濕疹等皮膚疾病時,黃柏酮酸為重要藥效成分。從靶點交集中可以發(fā)現(xiàn),DYRK1A為白鮮皮作用于濕疹和風(fēng)疹的交集靶點,該靶點是黃柏酮的作用靶點,推測在治療濕疹和風(fēng)疹時,黃柏酮可以同時起效。白鮮皮同時作用于濕疹和濕熱瘡毒的交集靶點有NOS2、MPO、CASP1、MMP9,其中NOS2、MPO、MMP9是去甲基川陳皮素的作用靶點。
3.2.4 靶點蛋白互作PPI網(wǎng)絡(luò)分析
STRING 數(shù)據(jù)庫運用一種獨特基于對一個常用參考數(shù)據(jù)集不同類型相關(guān)性基準打分框架,為每一個PPI 整合一個置信分數(shù),用于評估數(shù)據(jù)的可靠性,方便對數(shù)據(jù)的取舍,推斷、加權(quán)的蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)可視化,促進生物過程模塊化分析,同時該數(shù)據(jù)庫信息量大,具有一定的置信度的優(yōu)點。將關(guān)鍵靶點蛋白導(dǎo)入STRING 數(shù)據(jù)庫,進行蛋白-蛋白相互作用分析,結(jié)果見圖5。圖中淺藍色和紫色線條表示已知的相互作用,綠色、紅色和深藍色線條為預(yù)測的相關(guān)作用關(guān)系。白鮮皮潛在活性成分作用靶點的PPI 網(wǎng)絡(luò)中,共有48個節(jié)點、297條邊,平均度值為12.4。
圖5 靶點蛋白相互作用圖
由圖中可知,TNF、AKT1、MAPK1、MMP9、EGFR、MMP2、SRC、MPO 等靶點度值較大,在PPI網(wǎng)絡(luò)中起著重要的連接作用,可能是白鮮皮治療濕疹等皮膚病的關(guān)鍵作用靶點。其中TNF 靶點關(guān)聯(lián)度最大,這與靶點交集處理時發(fā)現(xiàn)的關(guān)鍵靶點結(jié)果一致。TNF 是一種炎性反應(yīng)介質(zhì),通過誘導(dǎo)前列腺素E2膠原酶的分泌以及滑膜細胞的合成,容易導(dǎo)致炎癥反應(yīng)的發(fā)生[12],在白鮮皮治療皮膚病時發(fā)揮著重要作用。
3.2.5 KEGG通路富集分析
通過KEGG 通路富集分析,共篩選得到14 條信號通路(P<0.01),涉及48 個潛在靶點基因,考慮到結(jié)果假陽性率,研究過程中采用bonferroni進行了校正。取前10 條富集靶點蛋白數(shù)較多的通路,結(jié)果見表2。微生信是一個在線生物信息學(xué)數(shù)據(jù)可視化工具(http://www.bioinformatics.com.cn),將Metascape 得到的通路富集數(shù)據(jù),按照微生信富集氣泡圖模塊的要求處理,設(shè)置參數(shù),X 軸為Rich factor,按P值進行排序,得到富集氣泡圖(圖6)。
表2 白鮮皮潛在作用靶點的通路信息
圖6 KEGG通路分析氣泡圖
通過對各信號通路分析發(fā)現(xiàn),白鮮皮治療濕疹等疾病的幾個關(guān)鍵通路中,內(nèi)分泌抗性(Endocrine resistance,ER)共 有12 個 靶 點 參 與,癌 癥 途 徑(Pathways in cancer,PC)共有15 個靶點參與,TNF 信號通路共有9 個靶點參與,磷脂酶D 信號通路共有8 個靶點參與,這些通路與白鮮皮抗炎、抗菌、抗腫瘤等藥理活性密切相關(guān)。在這些通路當(dāng)中,SRC、EGFR[13]、BCL2、TNF、MAPK[14]、HDAC、MAO 等為共同作用靶點,這也進一步說明白鮮皮通過多靶點、多通路協(xié)同發(fā)揮治療作用。
3.2.6 白鮮皮“成分-靶點-疾病-通路”網(wǎng)絡(luò)分析
選取KEGG 通路富集分析獲得的13 條信號通路,以及對應(yīng)的關(guān)鍵作用靶點,構(gòu)建成分-靶點-疾病-通路的網(wǎng)絡(luò)圖(圖7),黃色部分為與信號通路相關(guān)的關(guān)鍵靶點,藍色菱形為信號通路,紫色為白鮮皮的潛在活性成分,紅色矩形為疾病。在這個網(wǎng)絡(luò)圖中,可以比較全面的展示白鮮皮通過多成分、多靶點、多通路協(xié)同發(fā)揮治療濕疹作用的主要機制。
圖7 “成分-靶點-疾病-通路”網(wǎng)絡(luò)圖
通過圖7可知,白鮮皮中去甲基川陳皮素、黃柏酮酸、黃柏酮等潛在活性成分,可以作用于TNF、SRC、BCL2、HDAC 等關(guān)鍵靶點,進而調(diào)控TNF 信號通路、Phospholipase D 信號通路、Endocrine resistance 等主要信號通路,通過調(diào)節(jié)炎癥因子的表達,產(chǎn)生抗炎、抗菌等作用。其中,組蛋白去乙?;福℉DAC)是重要的染色體重構(gòu)和基因表達調(diào)控因子,HDAC 抑制劑可以干擾特定的腫瘤細胞表達,有效抑制腫瘤細胞的增殖[15]。趙詩雨等[16]研究發(fā)現(xiàn)HDAC 抑制劑能有效抑制炎癥反應(yīng),篩選具有HDAC 抑制作用的活性成分,抑制活性越強,抗炎效果越好。TNF-α 是一種促炎癥細胞因子,可以提高毛細血管的通透性,導(dǎo)致局部缺血和血栓,從而放大炎癥反應(yīng)[12]。白鮮皮主要活性成分通過阻斷這些促炎因子的產(chǎn)生,可以緩解炎癥反應(yīng)。抗凋亡蛋白(Bcl2)是主要存在于線粒體內(nèi)質(zhì)網(wǎng)和核膜上,負責(zé)細胞內(nèi)凋亡信號的傳導(dǎo)調(diào)控,活化之后可以抑制細胞凋亡,延長細胞的壽命[17]。SRC 是類固醇受體共激活因子,參與信號通路的調(diào)控,通過激活信號通路中的下游效應(yīng)因子,可以促進癌細胞的增殖、遷移、侵襲等,對癌癥細胞的產(chǎn)生和發(fā)展有顯著影響[18]。
3.2.7 分子對接驗證
選擇去甲基川陳皮素、黃柏酮酸、黃柏酮和檸檬苦素等主要成分與AKT1、SRC、MMP2、EGFR 等關(guān)鍵靶點蛋白進行對接。通常認為結(jié)合能越小,配體與受體結(jié)合越牢固。當(dāng)結(jié)合能<-4.25 kcal·mol-1時,配體與受體有一定的結(jié)合活性,當(dāng)結(jié)合能<-5.0 kcal·mol-1,有較好的結(jié)合活性[19]。由表3 可以看出,黃柏酮和檸檬苦素與SRC、AKT1、AGTR1 和EGFR 均有一定的結(jié)合力。AGTR1 與上述4 個成分的結(jié)合力能較為牢固,推測白鮮皮成分可能主要通過作用AGTR1 受體來治療濕疹(表3、圖8)。
表3 主要成分與核心靶點基因
圖8 主要成分-關(guān)鍵靶點分子對接
濕疹是臨床常見的炎癥性皮膚病,其發(fā)病的因素包括遺傳易感性、免疫功能異常及皮膚屏障功能障礙以及環(huán)境或食物刺激等[20]。目前,對濕疹的發(fā)病機制報道的文獻較少,濕疹是T 細胞所介導(dǎo)的遲發(fā)型變態(tài)反應(yīng),Th1/Th2 平衡紊亂是其發(fā)生主要免疫學(xué)因素,同時伴有炎性因子以及嗜酸粒細胞參與。研究表明,胸腺基質(zhì)淋巴生成素(Thymic stromal lymphopoietin,TSLP)在啟動Th2(輔助性T 細胞)驅(qū)動的炎癥性疾病中起總開關(guān)和主調(diào)節(jié)器的作用[21]。TSLP 具體可通過兩種作用途徑促使機體發(fā)生免疫反應(yīng):TSLP 可啟動CD4+T細胞前體向Th2炎癥細胞分化,并產(chǎn)生Th2型細胞因子[21],促進B細胞分泌過多的免疫球蛋白E(IgE),IgE 介導(dǎo)的Ⅰ型變態(tài)反應(yīng)是嬰幼兒濕疹的主要原因,其機制是Th2 炎性反應(yīng)增強,白細胞介素(IL)4,5,13等炎性因子分泌增多,其中IL-4 可誘導(dǎo)B 淋巴細胞轉(zhuǎn)換和IgE 合成,合成的IgE 與肥大細胞表面的IgE 受體結(jié)合,當(dāng)變應(yīng)原刺激導(dǎo)致體內(nèi)特異性IgE 水平升高時,就會產(chǎn)生橋連結(jié)合,促進肥大細胞脫顆粒,引起Ⅰ型變態(tài)反應(yīng)[22]。
白鮮皮具有祛風(fēng)、清濕、解毒等功效,臨床常用于風(fēng)/濕疹、瘡毒濕熱、風(fēng)濕熱痹、疥癬瘡癩、黃疸尿赤等癥,具有多重藥效藥理作用[23]。目前,白鮮皮常與其他中藥組成成方制劑用于治療濕疹,對于白鮮皮提取物治療濕疹的機制尚缺乏系統(tǒng)研究。白鮮皮提取物有抗瘙癢、抗過敏的作用,叢歡等[24]研究發(fā)現(xiàn)白鮮皮提取物抑制抗原與IgE 結(jié)合,減少肥大細胞釋放組胺等炎癥介質(zhì),減少機體瘙癢,具有抗瘙癢的作用。本研究采用LC-MS技術(shù)快速分析識別了白鮮皮的主要成分,共鑒定了多種化合物,最終篩選得到去甲基川陳皮素、黃柏酮酸、檸檬苦素、黃柏酮等4個潛在活性種分。通過對這些成分進行靶點篩選,其中TNF、AGTR1、AKT1、SRC、EGFR 等靶點與白鮮皮抗?jié)裾钏幚碜饔镁o密相關(guān)。如AGTR1是血管緊張素受體家族成員之一,許晨等[25]研究發(fā)現(xiàn),AGTR1 主要通過血管緊張素調(diào)節(jié)心血管系統(tǒng),而血管緊張素Ⅱ(Angiotensin II)可以通過誘發(fā)內(nèi)皮細胞、平滑肌細胞和免疫細胞產(chǎn)生輕度炎癥反應(yīng),在子癇前期(PE)的發(fā)病機制中發(fā)揮重要作用。這些靶點參與調(diào)控13條信號通路,涉及TNF信號通路、內(nèi)分泌抗性、癌癥途徑等。這說明白鮮皮在治療皮膚病炎癥反應(yīng)的過程中,可以通過多成分作用于關(guān)鍵靶點,從而產(chǎn)生更好的治療效果。網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)是基于藥物與疾病生物分子的網(wǎng)絡(luò)靶點機制研究,對研究藥物與生物機體作用機制提供了一種新的思路[26]?!熬W(wǎng)絡(luò)”是機體復(fù)雜生物系統(tǒng)的構(gòu)建基礎(chǔ)?!熬W(wǎng)絡(luò)靶標”將病癥生物分子網(wǎng)絡(luò)當(dāng)做靶標,從而為設(shè)計最佳的藥物作用方式提供依據(jù)[27]。
本文通過研究鑒定了白鮮皮中4 種活性成分,首次開展了治療濕疹的網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究,揭示了白鮮皮治療濕疹的主要潛在活性成分,明確了主要作用靶點和信號通路,建立了白鮮皮主要成分-靶點-通路-疾病的作用網(wǎng)絡(luò),并對關(guān)鍵成分和靶點進行分子驗證,對于下一步研究白鮮皮治療濕疹作用機理具有一定的借鑒意義。研究結(jié)果也說明中藥發(fā)揮臨床療效是通過多靶點、多途徑起效的,采用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法有助于揭示中藥的多靶點作用機理[28-29]。本研究參考了最新發(fā)布的《網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)評價方法指南》[26],確保研究結(jié)果的準確性。通過分子對接技術(shù),已經(jīng)驗證了本研究結(jié)果的正確性,在下一步研究中,我們將繼續(xù)選擇關(guān)鍵靶點和通路,進行動物實驗研究,基于分子生物學(xué)方法驗證白鮮皮的藥效作用機理。