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2018—2020年平頂山地區(qū)非結核分枝桿菌菌種鑒定及耐藥性分析

2022-10-22 09:26韋旭
微生物與感染 2022年2期
關鍵詞:異煙肼米卡利福平

韋旭

平頂山市傳染病醫(yī)院,河南 平頂山 467000

非結核分枝桿菌(nontuberculousmycobacteria,NTM)是指除麻風分枝桿菌、結核分枝桿菌復合群以外的分枝桿菌,為一種條件致病菌。其種類繁多,目前已發(fā)現(xiàn)約190種,大多對人體沒有危害[1-2]。NTM感染后可侵犯皮膚、肺、淋巴結組織,臨床上最常見的是NTM肺病。目前,NTM感染居高不下,且對許多常用抗生素耐藥,已成為臨床研究熱點[3]。不同地區(qū)之間NTM的菌種分布及發(fā)病率差異較大,分離率差異也較大,我國東南沿海地區(qū)分離率較高,而北方內陸地區(qū)分離率較低[4]。鑒于NTM不同菌種對不同抗結核藥物的敏感性不同,臨床上須通過菌種鑒定及藥敏試驗結果合理選擇藥物[5]。本研究采用DNA微陣列芯片對河南省平頂山地區(qū)的NTM菌種進行鑒定,并通過藥敏試驗分析其耐藥性,以期為治療NTM感染相關疾病提供參考數(shù)據(jù)。

1 材料與方法

1.1 樣本來源

選擇2018年1月—2020年12月河南省平頂山市傳染病醫(yī)院收集的分枝桿菌陽性標本3 801份,其中檢出326株NTM,分離自不同患者的標本(包括痰、尿液、支氣管肺泡灌洗液等),其中女性125例,男性201例。同一患者重復送檢樣本不重復計算,將首次樣本送檢結果納入分析。

1.2 儀器與試劑

DNA微陣列芯片和LuxScan 10K微陣列芯片掃描儀購自北京博奧生物集團有限公司,K960 PCR儀購自力新儀器(上海)有限公司。

1.3 實驗方法

1.3.1 NTM菌種鑒定采用DNA微陣列芯片鑒定NTM菌種。在核酸提取管中添加80 μL核酸提取液,吸取10 μL菌懸液(≥1麥氏單位濁度)至核酸提取管,振蕩15 min,95 ℃加熱15 min,12 000 g離心1 min,將提取的核酸于-20 ℃保存。取出聚合酶鏈反應(polymerase chain reaction,PCR)試劑并融化,加至200 μL EP管,再加入2 μL DNA模板,同時設置陽性對照和陰性對照。擴增參數(shù)為:37 ℃ 600 s,94 ℃ 600 s,94 ℃ 30 s,60 ℃ 30 s,73 ℃ 40 s,35個循環(huán),94 ℃ 30 s,72 ℃ 60 s,10個循環(huán),延伸420 s,4 ℃保存。在微陣列芯片的雜交盒底部添加200 μL蒸餾水,芯片正面朝上。在200 μL離心管中加入9 μL雜交混合液,再加入6 μL PCR產物,總體積為15 μL,95 ℃反應5 min,于冰上靜置3 min,加入13.5 μL雜交反應混合物,50 ℃孵育2 h,用芯片洗滌液洗滌。最后用微陣列芯片掃描儀掃描,探針信號值≥參考值時判定為陽性,信號值<參考值時判為陰性。

1.3.2 藥敏試驗在改良羅氏基礎培養(yǎng)基中添加溶解的抗結核藥物,分裝于試管內,置于85 ℃傾斜放置50 min。37 ℃試培養(yǎng)24 h后,如無細菌生長,置于 4 ℃保存。藥物濃度如下:異煙肼為1 μg/mL和10 μg/mL,鏈霉素為10 μg/mL和100 μg/mL,利福平為50 μg/mL和250 μg/mL,左氧氟沙星為1 μg/mL 和10 μg/mL,阿米卡星為10 μg/mL和100 μg/mL,乙胺丁醇為5 μg/mL和50 μg/mL,對氨基水楊酸為1 μg/mL和10 μg/mL,丙硫異煙胺為25 μg/mL和100 μg/mL,卡那霉素為10 μg/mL和100 μg/mL。

藥敏試驗過程:用接種環(huán)取生長至對數(shù)期的細菌培養(yǎng)物,采用細菌超聲分散計數(shù)儀將細菌超聲分散,用生理鹽水稀釋,與1號麥氏比濁管比較,配制成密度為1麥氏濁度的菌液。然后,用生理鹽水將菌液10倍連續(xù)稀釋成密度為1×10-2、1×10-4麥氏濁度的菌液,吸取10 μL菌液接種至含有藥物的培養(yǎng)基斜面,37 ℃培養(yǎng)4周,根據(jù)《全國臨床檢驗操作規(guī)程》判定分枝桿菌藥敏結果。

2 結果

2.1 NTM感染患者的年齡分布

NTM感染患者的年齡分布見表1。無論男女,從61~80歲患者分離得到的NTM菌株最多,其次是41~60歲患者。

表1 NTM菌株來源(n)

2.2 DNA微陣列芯片結果

利用DNA微陣列芯片對分離的NTM菌株進行鑒定,結果如表2所示。共鑒定出8個菌種,胞內分枝桿菌分離率最高,占35.28%;其次是龜/膿腫分枝桿菌,分離率為24.85%;其他依次為鳥分枝桿菌18.40%,堪薩斯分枝桿菌12.58%,偶然分枝桿菌5.21%,淺黃分枝桿菌1.53%,戈登分枝桿菌1.23%,瘰疬分枝桿菌0.92%。

表2 NTM菌種鑒定結果

2.3 NTM總體耐藥情況

NTM總體耐藥情況如表3所示。NTM對異煙肼的耐藥率高達97.85%,對鏈霉素、利福平、左氧氟沙星、阿米卡星、乙胺丁醇、對氨基水楊酸、丙硫異煙胺、卡那霉素的耐藥率分別為84.66%、76.38%、54.60%、73.01%、73.62%、86.81%、29.75%、77.61%。

表3 NTM總體耐藥情況

2.4 NTM不同菌種的耐藥情況

NTM不同菌種的耐藥情況如表4所示。除戈登分枝桿菌對異煙肼的耐藥率為75%外,胞內分枝桿菌、鳥分枝桿菌、龜/膿腫分枝桿菌、偶然分枝桿菌、堪薩斯分枝桿菌、淺黃分枝桿菌、瘰疬分枝桿菌對異煙肼的耐藥率均>94%,其中淺黃分枝桿菌、瘰疬分枝桿菌對異煙肼的耐藥率高達100%。龜/膿腫分枝桿菌對利福平的耐藥率為100%,戈登分枝桿菌、堪薩斯分枝桿菌對利福平的耐藥率較低,分別為25.00%和41.46%,其余菌種對利福平的耐藥率介于60%~77%。除堪薩斯分枝桿菌外,其他NTM菌種對鏈霉素的耐藥率均>50%,其中龜/膿腫分枝桿菌、胞內分枝桿菌對鏈霉素的耐藥率>90%??八_斯分枝桿菌、淺黃分枝桿菌、鳥分枝桿菌對乙胺丁醇的耐藥率較低,而胞內分枝桿菌、龜/膿腫分枝桿菌、偶然分枝桿菌對乙胺丁醇的耐藥率較高,均>90%。胞內分枝桿菌、龜/膿腫分枝桿菌對左氧氟沙星的耐藥率分別為60.87%、88.89%,其他NTM菌種對左氧氟沙星的耐藥率均<50%,其中堪薩斯分枝桿菌對左氧氟沙星的耐藥率最低,僅為7.32%。龜/膿腫分枝桿菌對阿米卡星的耐藥率較高,而淺黃分枝桿菌、瘰疬分枝桿菌、戈登分枝桿菌對阿米卡星的耐藥率較低。胞內分枝桿菌、鳥分枝桿菌、淺黃分枝桿菌、偶然分枝桿菌對對氨基水楊酸的耐藥率較高,瘰疬分枝桿菌對對氨基水楊酸的耐藥率較低。偶然分枝桿菌、淺黃分枝桿菌、龜/膿腫分枝桿菌對丙硫異煙胺的耐藥率>50%,其他NTM菌種對丙硫異煙胺的耐藥率均<50%。龜/膿腫分枝桿菌、瘰疬分枝桿菌對卡那霉素的耐藥率>90%,而戈登分枝桿菌、淺黃分枝桿菌對卡那霉素的耐藥率為0。

表4 NTM不同菌種的耐藥情況(n,%)

3 討論

NTM是指除結核分枝桿菌復合群和麻風分枝桿菌之外的分枝桿菌的總稱,其曾用名很多,包括機會性分枝桿菌、非典型分枝桿菌、野種分枝桿菌、未分類分枝桿菌、副結核桿菌等。目前共發(fā)現(xiàn)14個亞種,多數(shù)為寄生菌,僅少數(shù)可致病,屬于條件致病菌[6]。近年來,結核病得到了有效控制,但NTM的分離率并不樂觀,其誘發(fā)的肺組織疾病受到全球的廣泛關注[7]。NTM在灰塵、土壤、水等自然環(huán)境中廣泛存在,有些對重金屬、消毒劑耐受,導致飲用水中也可能存在NTM,人主要從環(huán)境中獲得感染[8]。NTM患者個體和區(qū)域之間有明顯的差異表型。蘇州地區(qū)鑒定的NTM中,胞內分枝桿菌占比高達57.20%;其次為堪薩斯分枝桿菌,占比為25.00%;此外還分離出草分枝桿菌。徐州市分離的胞內分枝桿菌占比為42.86%,其次為鳥分枝桿菌。天津市分離的胞內分枝桿菌占比只有29.08%,分離的淺黃分枝桿菌占比最低。NTM種類較多,分離率逐年上升,很多NTM病的臨床表現(xiàn)與肺結核極為相似,只有通過分離鑒定NTM菌株,分析其耐藥性,才能提高臨床治療的效果[9-11]。

NTM感染的發(fā)病率與年齡相關,隨著年齡的增加,其發(fā)病率逐漸上升。在中國,男性NTM感染的發(fā)病率高于女性[6]。本研究分離的326株NTM分別來自201例男性和125例女性,男性明顯多于女性,且61~80歲患者明顯多于≤60歲患者。

隨著分子生物學的發(fā)展,新的菌種不斷被發(fā)現(xiàn),親緣關系也逐漸被鑒定,使得NTM的分類更加細化。例如:膿腫分枝桿菌復合群由3個亞群組成,分別為膿腫分枝桿菌、馬賽分枝桿菌、博萊分枝桿菌。鳥型分枝桿菌復合群亞種最多,包括胞內分枝桿菌、鳥分枝桿菌、馬薩分枝桿菌、奇美拉分枝桿菌、傷口分枝桿菌等[6]。本研究采用DNA微陣列芯片分析于河南地區(qū)分離獲得的326株NTM,共鑒定出8個菌種,其中胞內分枝桿菌占比最高,分離率為35.28%,其次是龜/膿腫分枝桿菌。對天津地區(qū)NTM菌種分布的調查也發(fā)現(xiàn),胞內分枝桿菌的分離率最高,其次為龜/膿腫分枝桿菌[11],與本研究結果一致。大理地區(qū)NTM菌種分布中,臨床分離率最高的為鳥分枝桿菌,其次為膿腫分枝桿菌[12]。本研究分離鑒定結果也符合河南省2013——2018年NTM的流行特征[13],雖然分離率有差距,但總體趨勢一致,均為胞內分枝桿菌占比最高。

NTM對常見抗結核類藥物的耐藥性極高[14-15]。本研究中,NTM對異煙肼的耐藥率高達97.85%,對鏈霉素、利福平、左氧氟沙星、阿米卡星、乙胺丁醇、對氨基水楊酸、丙硫異煙胺、卡那霉素的耐藥率分別為84.66%、76.38%、54.60%、73.01%、73.62%、86.81%、29.75%、77.61%,僅對丙硫異煙胺的耐藥率較低。秦中華等[16]報道了339株NTM,對異煙肼的耐藥率最高,為96.9%,與本研究的結果基本一致。吳海良等[17]也報道NTM對利福平的耐藥率為70%,對異煙肼的耐藥率為97.5%,對阿米卡星的耐藥率為70%,表明NTM對異煙肼、利福平等抗結核藥物有極高的耐藥性,而對既往認為耐藥性較低的阿米卡星的耐藥性明顯上升。本研究的藥敏結果還顯示,除戈登分枝桿菌外,其余NTM菌種對異煙肼的耐藥率均>94%;分離率較高的龜/膿腫分枝桿菌對異煙肼、利福平、鏈霉素、乙胺丁醇耐藥率均>95%。NTM對丙硫異煙胺的總耐藥率較低,這對NTM病的治療具有指導意義。目前,雖然針對某些NTM有推薦的藥敏試驗方法及藥物臨界濃度,但僅經過為數(shù)不多的臨床病例評價,且體外藥敏試驗結果與臨床效果的關系尚不明確,比較明確的是阿米卡星耐藥與鳥型分枝桿菌復合群、膿腫分枝桿菌感染治療失敗有關[6]。本研究也發(fā)現(xiàn),龜/膿腫分枝桿菌對阿米卡星的耐藥率為97.53%,胞內分枝桿菌和鳥分枝桿菌對阿米卡星的耐藥率分別為76.52%和61.67%。

NTM種類較多,且新的菌種不斷被發(fā)現(xiàn),隨著分子生物學的發(fā)展,親緣關系亦逐漸被鑒定。但NTM對常見的抗結核類藥物的耐藥性極高,因此臨床治療NTM病時,應盡量通過菌株鑒定及藥敏試驗結果選擇合適的藥物,同時亟須研發(fā)新的抗NTM藥物,這對后續(xù)提高治療效果有重要的意義。

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