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Reaxys數(shù)據(jù)庫的功能提升與檢索技巧

2011-03-18 08:41楊毓麗夏立娟
圖書館學(xué)刊 2011年8期
關(guān)鍵詞:按鈕檢索化學(xué)

孫 君 楊毓麗 夏立娟

(大連理工大學(xué)圖書館,遼寧 大連 116024)

孫 君 女,1971年生。碩士,館員。

Reaxys是全球三大出版集團(tuán)之一愛思維爾(Elsevier)公司在2009年新推出的一款新穎實(shí)用的檢索和合成路線設(shè)計(jì)工具,目前國內(nèi)十幾所高校圖書館通過CALLS組團(tuán)的方式正式購買,大家已經(jīng)可以享受到Reaxys數(shù)據(jù)庫給化學(xué)化工等領(lǐng)域的專業(yè)人士帶來的極大便利。

1 Reaxys數(shù)據(jù)庫簡介

Reaxys數(shù)據(jù)庫是Elsevier公司將原有的Crossfire Beilstein、Crossfire Gmelin以及新增的專利化學(xué)數(shù)據(jù)庫內(nèi)容進(jìn)行整合后的升級產(chǎn)品,比以前的數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)量增加了20%。

1.1 CrossFire Gmelin數(shù)據(jù)庫

CrossFire Gmelin數(shù)據(jù)庫是一個(gè)數(shù)值和事實(shí)型數(shù)據(jù)庫,它將傳統(tǒng)的Gmelin手冊電子化,并將其內(nèi)容大大豐富了,CrossFire Gmelin數(shù)據(jù)庫所覆蓋的范圍是無可比擬的,包括來源于《Gmelin Handbook of Inorganic and Organometallic Chemistry》(1772 ~1975)的數(shù)據(jù),以及來源于1975年以后的包括材料科學(xué)期刊中的數(shù)據(jù),是無機(jī)和金屬有機(jī)化學(xué)領(lǐng)域收錄數(shù)據(jù)最廣泛的數(shù)據(jù)庫,是高質(zhì)量無機(jī)和金屬有機(jī)化學(xué)數(shù)據(jù)的同義詞。

1.2 CrossFire Beilstein數(shù)據(jù)庫

CrossFire Beilstein數(shù)據(jù)庫是世界上最大的有機(jī)化學(xué)事實(shí)數(shù)據(jù)庫,數(shù)據(jù)來源為1779年至1959年《Beilstein Handbook》、《Beilstein有機(jī)化學(xué)大全》從正編到第四補(bǔ)編的全部內(nèi)容和1960年以來的原始文獻(xiàn)(各種國際性的科學(xué)雜志以及專利文獻(xiàn)、某些重要的學(xué)位論文和會(huì)議報(bào)告等)中述及的所有有機(jī)化合物的性質(zhì)及其制備方法。CrossFire Beilstein數(shù)據(jù)庫以電子方式提供包含可供檢索的化學(xué)結(jié)構(gòu)和化學(xué)反應(yīng)、相關(guān)的化學(xué)和物理性質(zhì),以及詳細(xì)的藥理學(xué)和生態(tài)學(xué)數(shù)據(jù)在內(nèi)的最全面的信息資源,最早的數(shù)據(jù)可追溯到1771年。

1.3 專利化學(xué)數(shù)據(jù)庫

Reaxys中新增加的專利化學(xué)數(shù)據(jù)庫(Patent Chemistry database),是來自世界知識(shí)產(chǎn)權(quán)組織(1978年至今)、歐洲專利局(1978年至今)以及美國專利局(1976年至今)的英文專利信息。新增的這部分內(nèi)容,可以使科學(xué)家們獲得完整的反應(yīng)操作步驟、Markush結(jié)構(gòu)以及專利的用途等。

Reaxys對原始文獻(xiàn)中的數(shù)據(jù),根據(jù)其重要性和相關(guān)性進(jìn)行篩選和整合,提供化學(xué)結(jié)構(gòu)、化學(xué)反應(yīng)、相關(guān)的化學(xué)和物理性質(zhì)以及詳細(xì)的藥理學(xué)信息,使科學(xué)家們能夠更快更準(zhǔn)確地得到相關(guān)數(shù)據(jù)。

2 Reaxys新功能

與前代的CrossFire數(shù)據(jù)庫相比,Reaxys數(shù)據(jù)庫新增了如下功能:

①網(wǎng)絡(luò)訪問模式:Reaxys服務(wù)平臺(tái)改變了原有CrossFire的客戶端訪問模式,提供了基于網(wǎng)絡(luò)訪問的工作流模式。用戶只需在網(wǎng)絡(luò)瀏覽器輸入www.reaxys.com就可以直接進(jìn)入數(shù)據(jù)庫,Reaxys基于IP進(jìn)行訪問,用戶只要在有效IP范圍內(nèi),均可以快速登錄系統(tǒng)。另外,與Crossfire Commander相比,Reaxys數(shù)據(jù)庫的界面也更直觀、更人性化,使用界面更符合大眾使用習(xí)慣,更容易入手。

②從名字生成化學(xué)結(jié)構(gòu)(generate structure from name)功能:對于一個(gè)復(fù)雜結(jié)構(gòu)的化學(xué)物質(zhì)來說,通過畫圖工具來畫出它的化學(xué)結(jié)構(gòu)不是一件輕松的事,有了這個(gè)工具,用戶就可以通過已知的化學(xué)商品名、化學(xué)名(Chemical Name)、化學(xué)物質(zhì)登記號(CAS-No)、簡化分子線性輸入規(guī)范(Smiles)和IUPAC國際化工標(biāo)識(shí)符(InChI-Key)等途徑快速獲得它的結(jié)構(gòu)式,極大地節(jié)省了用戶的畫圖時(shí)間。而且化學(xué)結(jié)構(gòu)圖在反應(yīng)檢索和物質(zhì)檢索界面可以自由轉(zhuǎn)換,只需單擊“Copy to reactions(substances)tab”就可以實(shí)現(xiàn)二者的輕松轉(zhuǎn)換。

③檢索結(jié)果自動(dòng)排列功能:Reaxys將檢索式和每一次的檢索結(jié)果以方框的形式自動(dòng)按檢索順序排列在每個(gè)檢索結(jié)果界面的上方,通過點(diǎn)擊需要的方框回到上一個(gè)查詢結(jié)果,可以再次進(jìn)行其他條件的篩選,從而獲得多角度、多方面的檢索結(jié)果。

④合成路線的智能設(shè)計(jì):Reaxys為用戶提供了方便快捷的化學(xué)反應(yīng)路線圖,用戶通過點(diǎn)擊合成(synthesize)和添加(add)按鈕就可以輕松獲得從原材料到產(chǎn)物的多部反應(yīng)路線圖,而且每一個(gè)反應(yīng)中間體都可以同時(shí)獲得多種反應(yīng)途徑,這是其他數(shù)據(jù)庫所無法比擬的。

⑤二次篩選功能:Rreaxys提供了便利的二次檢索功能,當(dāng)用戶對第一次檢索結(jié)果不滿意時(shí),通過右邊的限定條件可以方便地對檢索結(jié)果進(jìn)行限定,展開的二次檢索欄目,已經(jīng)自動(dòng)分類,并通過多次多角度的檢索獲得滿意的檢索結(jié)果。而且Rreaxys系統(tǒng)增加了排除功能,對不需要的檢索條目,需要從檢索結(jié)果中去除,利用此功能可以方便地把一些不需要的檢索結(jié)果去除掉,多步驟的二次檢索功能避免了一次檢索時(shí)因檢索條件太嚴(yán)格漏掉有用信息,二次篩選功能是快速、高效檢索文獻(xiàn)的利器。

⑥便捷的更新提醒功能:Reaxys提供了更加方便的個(gè)性化提醒功能,無論是檢索結(jié)果界面還是檢索歷史界面,在每個(gè)檢索式的下面都提供了一個(gè)創(chuàng)立提醒功能按鈕,用戶只需填寫簡單的信息就可以輕松獲得每次更新的信息。

⑦檢索結(jié)果的排序功能:Reaxys對檢索結(jié)果提供了多角度的排序功能,以反應(yīng)檢索為例,系統(tǒng)提供了Reaxys RXID、產(chǎn)物實(shí)用性、反應(yīng)物實(shí)用性、Reaxys分級、出版年、參考文獻(xiàn)數(shù)、產(chǎn)物的分子量和產(chǎn)量等途徑的排序方式,其他條件相近的情況下,用戶通常希望得到高的產(chǎn)率,用戶只需讓所有反應(yīng)按產(chǎn)率排列,高產(chǎn)率的反應(yīng)就會(huì)排在前面,幫助用戶更快捷地獲得需要的反應(yīng)信息。

此外,系統(tǒng)還提供了檢索條件的本地保存功能、批處理功能以及檢索歷史的在線保存功能等,當(dāng)用戶再次對相同問題進(jìn)行檢索時(shí),利用上面的功能就可免去重復(fù)提交檢索條件的麻煩。

3 檢索方法和技巧

Reaxys數(shù)據(jù)庫有3種基本檢索方式:文獻(xiàn)檢索(Text、authors and more)、反應(yīng)檢索(Reactions)和物質(zhì)與性能檢索(Substances and Properties)。下面就以具體實(shí)例詳細(xì)介紹Reaxys數(shù)據(jù)庫的3種基本檢索方法。

3.1 文獻(xiàn)檢索(Text、authors and more)

文獻(xiàn)檢索是一種與SCI或EI等其他數(shù)據(jù)庫比較相似的文獻(xiàn)檢索方法,包括基本格式(Form-based)和高級檢索(Advanced)?;緳z索提供了快速檢索(Quick Search)功能,指的是對一或兩個(gè)關(guān)鍵詞的檢索,以及對作者/專利權(quán)人(Author/Assignee)、刊名(Journal Title)、專利號(Patent Number)、專利國(Patent Country)和出版年(Publication Year)等途徑的檢索。高級檢索(Advance)是類似于CrossFire中的事實(shí)檢索(Fact Search)的檢索方式,需要編寫檢索式,不過檢索式的編寫非常方便,檢索框下面提供了詳細(xì)的檢索領(lǐng)域,對需要的檢索域代碼(field code)進(jìn)行雙擊,然后填寫域值(field value),當(dāng)輸入的詞不確定時(shí),還可以使用截詞符,用“*”代替任意多個(gè)字符,系統(tǒng)支持左截?cái)嗷蛘哂医財(cái)?,然后選擇不同域代碼間的邏輯關(guān)系,邏輯關(guān)系(operate)包括“near”、“and”、“next”、“not”、“or”以及“proximity”等6種布爾組配。

實(shí)例1:查找文章標(biāo)題中有“P-type Semiconductors”的文獻(xiàn)

首先點(diǎn)擊文獻(xiàn)檢索中的高級檢索,在檢索語法(Check Syntax)框中輸入“title”,點(diǎn)擊“Search for field”顯示如下信息:Bibliographic Data:Citation:Journal Title(CIT.JT)Journal Title(Short)(CIT.JTS)Abstract:Title(AB.TI),引文下的題名是指刊物名稱,文摘中的題名才是我們需要的文章題名,單擊Abstract下的Title,然后單擊省略號選框并輸入“p”,選擇p(30227)并單擊轉(zhuǎn)換(Transfer)按鈕,用同樣的方法輸入type和Semiconductors,只是在邏輯關(guān)系的選擇時(shí)P與type之間用“next”,表示這兩個(gè)詞是緊挨著并是有順序的,在輸入“Semiconductors”時(shí)會(huì)發(fā)現(xiàn)詞尾有許多變化的形式,為了避免漏檢,我們通常采用截詞形式的檢索式:AB.TI=‘p’next AB.TI=‘type’ANDAB.ti=‘semiconduct*’,然后單擊“Search”按鈕,即得到93條文章題目中有“P-type Semiconductors”的文獻(xiàn)。

3.2 反應(yīng)檢索(Reactions)

反應(yīng)檢索實(shí)際上相當(dāng)于一個(gè)反應(yīng)式檢索(Reactions)和條件檢索(Conditions)組合的聯(lián)合檢索,當(dāng)然也可以單獨(dú)使用反應(yīng)式檢索或條件檢索,通過聯(lián)合檢索可以更加準(zhǔn)確地得到所需要的反應(yīng)。

實(shí)例2:查找產(chǎn)量為80%以上的阿司匹林合成反應(yīng)

雙擊反應(yīng)檢索框,使用畫圖工具畫出阿司匹林的結(jié)構(gòu)式,單擊轉(zhuǎn)換(Transfer)按鈕返回檢索界面,或者在已知阿司匹林化學(xué)名、化學(xué)物質(zhì)登記號、簡化分子線性輸入規(guī)范或IUPAC國際化工標(biāo)志符的情況下,點(diǎn)擊由名字生成結(jié)構(gòu)按鈕(Generate structure from name),把上述任何一種標(biāo)識(shí)符輸入檢索框,點(diǎn)擊提交(Submit)按鈕,就可以快速生成結(jié)構(gòu)圖,結(jié)構(gòu)圖的右側(cè)提供了對所畫結(jié)構(gòu)的限制條件,可以設(shè)定為產(chǎn)物、反應(yīng)物、任何一個(gè)、試劑/催化劑在本題中選擇產(chǎn)物,然后,選定所畫結(jié)構(gòu)或子結(jié)構(gòu),為了檢索的精確性,選擇精確結(jié)構(gòu)檢索,然后單擊條件(Conditions(form-based))按鈕,在產(chǎn)量(Yield)一欄的運(yùn)算關(guān)系中選擇大于號,產(chǎn)量一欄填上80,然后點(diǎn)擊檢索按鈕,便可以得到7個(gè)產(chǎn)量在80%以上的阿司匹林的合成反應(yīng)。

3.3 物質(zhì)與性能檢索(Substances and Properties)

物質(zhì)與性能檢索與反應(yīng)檢索方式相似,是一個(gè)物質(zhì)結(jié)構(gòu)檢索(Substances)和性能檢索(Properties)組合的聯(lián)合檢索,并可單獨(dú)進(jìn)行檢索,通過聯(lián)合檢索可以更加精確地得到你所需要的物質(zhì)。

實(shí)例3:查找具有生物活性的吉非替尼(Gefitinib)

首先通過畫圖工具畫出吉非替尼的結(jié)構(gòu),或者通過由名字生成結(jié)構(gòu)工具自動(dòng)生成結(jié)構(gòu),然后限定物質(zhì)結(jié)構(gòu)為精確結(jié)構(gòu)檢索,由于本例只要求吉非替尼具有生物活性,而不要求具體的生物活性數(shù)值,本例中需要通過性能的高級檢索來實(shí)現(xiàn)。首先單擊性能的高級檢索(Properties(Advanced))按鈕,接著單擊性能列表中“Bioactivity/Ecotox”旁的“exists”鏈接,然后點(diǎn)擊檢索按鈕,就可以得到33個(gè)具有生物活性的吉非替尼。

4 檢索結(jié)果的顯示與輸出

4.1 檢索結(jié)果的顯示

檢索完成后,Reaxys數(shù)據(jù)庫會(huì)自動(dòng)切換到檢索結(jié)果的界面,以物質(zhì)檢索為例,系統(tǒng)默認(rèn)以表格形式(Table)顯示,表格從左到右依次為:序號、化學(xué)物質(zhì)結(jié)構(gòu)、化學(xué)名、制備該物質(zhì)的數(shù)量、可獲得的數(shù)值領(lǐng)域、參考文獻(xiàn)數(shù)和沸點(diǎn)。具有超鏈接功能的用紅色顯示,用戶只需單擊感興趣的鏈接就可以獲得需要的反應(yīng)或數(shù)值信息,物質(zhì)也可以以網(wǎng)格(Grid)的形式顯示,這與Crossfire的網(wǎng)格顯示方式相似。

4.2 檢索結(jié)果的輸出

Reaxys能夠靈活地對檢索結(jié)果進(jìn)行各種處理,幫助用戶以各種方式將檢索內(nèi)容自動(dòng)生成圖表和報(bào)告,并以Word、Excel或XML等多種格式進(jìn)行存儲(chǔ)。用戶只需在所需條目左邊的空白框中做標(biāo)記,然后點(diǎn)擊輸出(Output)按鈕,選擇需要的輸出格式并保存。當(dāng)然還可以對輸出范圍進(jìn)行限定,可以是全部的也可以是部分內(nèi)容或選定的內(nèi)容,輸出內(nèi)容包括:物質(zhì)結(jié)構(gòu)、可獲得數(shù)值、僅僅是物質(zhì)識(shí)別信息、僅僅是命中信息以及選擇信息。通常我們不對所有可獲得數(shù)值進(jìn)行輸出,因?yàn)橐敵龅膬?nèi)容太多,會(huì)大大降低數(shù)據(jù)的輸出效率。

綜上所述,與CrossFire比較,Reaxys數(shù)據(jù)庫在功能上更加強(qiáng)大,不僅數(shù)據(jù)涵蓋面非常廣,而且配有強(qiáng)大的搜索引擎,為用戶提供了更加方便、快捷、人性化和高效的檢索途徑,并且檢索結(jié)果的保存、輸出與瀏覽功能更加簡潔、直觀、省時(shí)易用,同時(shí)對檢索結(jié)果提供了多角度的二次篩選功能,是化學(xué)化工研究者必不可少的網(wǎng)上檢索工具。

[1]Reaxys Web Set:www.reaxys.com.

[2]CrossFire Gmelin/Beilstein數(shù)據(jù)庫.

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