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iTRAQ技術(shù)在阿爾茨海默病早期診斷中的應(yīng)用
曾九江田立兵白帥魏楚蓉毛慕華羅友根
(井岡山大學(xué)神經(jīng)退行性疾病與衰老研究中心,江西吉安343000)
〔關(guān)鍵詞〕阿爾茨海默??;iTRAQ;蛋白組學(xué);早期診斷
第一作者:曾九江(1991-),男,主要從事神經(jīng)損傷修復(fù)研究。
迄今為止,阿爾茨海默病(AD)的病因和發(fā)病機制尚不明確,目前尚無有效治療措施,所以AD的早期診斷顯得尤為重要。結(jié)合多維液相色譜和串聯(lián)質(zhì)譜分析,相對和絕對定量的等量異位標簽技術(shù)(iTRAQ)現(xiàn)已成為蛋白組學(xué)定量研究的主要工具之一。它能夠精確篩選和鑒定病理狀態(tài)下差異表達蛋白并分析其功能,從而明確疾病的病因和發(fā)病機制并對疾病做出早期診斷。本文就iTRAQ技術(shù)在AD早期診斷中的應(yīng)用作一概述。
1iTRAQ技術(shù)原理
iTRAQ試劑為能與氨基酸N端及賴氨酸側(cè)鏈連接的胺標記同種元素,由4種分子量均為145 D的等量異位標簽分子組成。 標簽分子分別由質(zhì)量為 114、115、116、117 Da的報道基團、質(zhì)量為31、30、29、28 D的質(zhì)量平衡臂和一個相同的多肽反應(yīng)基團組成〔1〕。報告部分 有4種(114~117),因此iTRAQ可同時標記4組樣品,現(xiàn)在該試劑已經(jīng)發(fā)展到可以同時標記8種不同蛋白質(zhì)樣品,分析能力明顯提高。平衡部分可保證iTRAQ標記的同一肽段的質(zhì)荷比相同。肽反應(yīng)部分能與肽N端及賴氨酸側(cè)鏈發(fā)生共價連接,可標記所有酶解肽段。
iTRAQ標記和分析過程:將4種蛋白質(zhì)樣品分別進行還原和烷基化,經(jīng)胰蛋白酶水解后,分別用4種不同的iTRAQ試劑進行標記,將所有樣品混合,然后經(jīng)非在線或在線的液相分離,并用串聯(lián)質(zhì)譜方法對在第一級質(zhì)譜檢測到的前體離子進行碰撞誘導(dǎo)解離,產(chǎn)物離子通過第二級質(zhì)譜進行分析。第二級質(zhì)譜可同時檢測到質(zhì)量相差1 D的114、115、116和117 D 4種報道離子和被標記多肽肽鍵斷裂產(chǎn)生的離子串。前者代表不同樣品中相同多肽的豐度,而后者可通過對蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫的搜索確定蛋白質(zhì)前體的身份。在其上4 種報告基團通過平衡基團與反應(yīng)基團相連,幾乎可以標記所有蛋白質(zhì)〔2,3〕。在質(zhì)譜圖中,任何一種iTRAQ試劑標記的不同樣本中的同一蛋白質(zhì)表現(xiàn)為相同的質(zhì)荷比,而且信號離子表現(xiàn)為不同質(zhì)荷比(114~117)的峰,并根據(jù)波峰的高度及面積,獲取蛋白質(zhì)的定量信息。
2iTRAQ技術(shù)在AD早期診斷中的應(yīng)用
2.1定量分析神經(jīng)細絲神經(jīng)細絲(NF)是神經(jīng)細胞骨架之一,由三種多肽亞基組成:NF-L(73 kD)、NF-M(145 kD)、 NF-H(200 kD)。神經(jīng)骨架蛋白的異常磷酸化是AD的一個早期的病理生理特征。iTRAQ分析報道,與正常腦相比,AD腦中NF-M Ser-783位點的磷酸化水平顯著升高。另外,用磷酸化的Ser-680 和Ser-685來標示人類NF-M的肽殘基,與正常腦相比,iTRAQ試劑標記在AD腦上的相對強度達到高峰值,表明AD腦中NF-M的Ser-685位點磷酸化水平也升高〔4〕。采用iTRAQ技術(shù)對AD腦NF-H磷酸肽進行鑒定和定量分析,結(jié)果發(fā)現(xiàn)AD腦中NF-H有10個KSP位點存在高水平的磷酸化(磷酸化水平為對照組的2.31~8.01倍),并通過iTRAQ分析認為細胞周期素依賴蛋白激酶5(Cdk5)是AD腦中NF-H高度磷酸化的主要激酶〔4〕??傊琲TRAQ分析顯示AD腦中的神經(jīng)纖絲NF-M 和 NF-H比正常腦磷酸化水平更高,這是首次運用定量技術(shù)來鑒定多部位高度磷酸化的蛋白。這種對NF-M 和 NF-H磷酸化部位進行iTRAQ定量分析對AD早期診斷具有重要意義。
2.2定量分析Aβ前體蛋白APPβ淀粉樣蛋白(Aβ)是淀粉樣蛋白前體(APP)經(jīng)蛋白水解酶水解后的產(chǎn)物,是AD腦內(nèi)主要病理標志性蛋白之一。有研究報道,3×Tg AD鼠存在Aβ沉積,并采用iTRAQ方法定量分析了16月齡的3×Tg AD鼠腦內(nèi)蛋白的差異表達,發(fā)現(xiàn)APP突變基因高度表達〔5〕。也有研究認為,APP突變的轉(zhuǎn)基因模式動物在Aβ形成前,已經(jīng)有許多蛋白的表達發(fā)生變化,大部分蛋白在學(xué)習(xí)和記憶中有重要的作用,表明APP基因突變使其它許多蛋白表達發(fā)生變化,最終導(dǎo)致老年斑的形成,認知功能下降〔6〕。這些數(shù)據(jù)為AD的早期診斷提供強有力的證據(jù)。
2.3定量分析N-糖蛋白N-糖蛋白的糖基化與AD密切相關(guān)。iTRAQ技術(shù)結(jié)合18O穩(wěn)定同位素鑒定N-糖基化位點,定量糖基化肽類和非糖基化的肽類,并且在目標糖蛋白中獲得N-糖基化位點比率。再用H216O和H218O分別標記經(jīng)過肽-N-聚糖酶F催化的N-糖基化位點,結(jié)果肽裂解碎片使標記的肽和相應(yīng)的蛋白得以鑒定,并通過測量標記的肽碎片產(chǎn)生的報告離子的強度來使肽相對定量化從而判斷各種蛋白的來源。數(shù)據(jù)顯示,AD腦中報告離子的強度比正常的強,說明異常糖基化水平的上調(diào)與AD緊密聯(lián)系〔7〕。這些數(shù)據(jù)說明,iTRAQ可以通過定量分析蛋白質(zhì)的糖基化水平,在AD的早期診斷中發(fā)揮其作用。
2.4定量分析線粒體膜蛋白能量代謝是機體維持正常生理功能所必須的,倘若代謝失衡,將導(dǎo)致疾病發(fā)生。腦是一高耗能組織,對血流量和氧的需求較高。毫無疑問,AD的發(fā)病與能量代謝息息相關(guān)。采用iTRAQ技術(shù)結(jié)合質(zhì)譜法定量分析3×Tg AD鼠,結(jié)果發(fā)現(xiàn)24種蛋白表達出現(xiàn)明顯失調(diào),其中三分之一屬于與氧化磷酸化系統(tǒng)復(fù)合體I和IV密切相關(guān)的線粒體蛋白〔8〕。另外有數(shù)據(jù)證明,AD腦內(nèi)存在著氧化磷酸化系統(tǒng)復(fù)合酶Ⅰ和Ⅳ的下調(diào),而線粒體膜蛋白的異常表達引起線粒體能量代謝障礙,從而使神經(jīng)元變性和壞死,誘發(fā)AD〔9〕。
2.5定量分析其他AD相關(guān)蛋白采用B104神經(jīng)母細胞瘤細胞系建立一種體外神經(jīng)元缺血缺氧模型,利用以iTRAQ為基礎(chǔ)的鳥槍法蛋白定量技術(shù)分析AD相關(guān)蛋白(如ω-谷胱甘肽S-轉(zhuǎn)移酶、14-3-3δ/ζ等)的表達水平,從而對AD做出早期診斷。研究發(fā)現(xiàn),ω-谷胱甘肽S-轉(zhuǎn)移酶這一與AD有關(guān)的多功能酶表達水平出現(xiàn)下調(diào),并在抗氧化應(yīng)激中發(fā)揮重要保護作用〔10〕。14-3-3δ/ζ特異蛋白是一種高豐度的銜接蛋白,被稱為AD遺傳網(wǎng)絡(luò)的中心樞紐〔11〕。這些研究成果均表明iTRAQ技術(shù)在AD的早期診斷中將大有作為。
3展望
iTRAQ 是近年來開發(fā)的一種新的蛋白定量技術(shù),它為AD的深入研究提供了一個強有力的平臺,也在一定程度上為AD的早期診斷打下了堅實的基礎(chǔ)。iTRAQ技術(shù)雖然優(yōu)于其他同位素標記的蛋白定量研究技術(shù),但尚存在一些棘手的問題,如iTRAQ 標記操作時需要胰蛋白酶消化,這就導(dǎo)致結(jié)果可能受到樣品處理誤差或消化程度不同的影響;iTRAQ試劑易受污染;iTRAQ試劑標記蛋白量有限制以及價格昂貴等〔12~14〕。隨著質(zhì)譜技術(shù)、軟件分析系統(tǒng)的發(fā)展,iTRAQ技術(shù)有望成為日后定量蛋白質(zhì)組學(xué)研究的核心技術(shù)。
4參考文獻
1李偉.iTRAQ多重化學(xué)標記串聯(lián)質(zhì)譜技術(shù)在比較蛋白質(zhì)組學(xué)中的應(yīng)用〔J〕.生命的化學(xué),2006;26(5):453-6.
2王林纖,戴勇,涂植光.iTRAQ 標記技術(shù)與差異蛋白質(zhì)組學(xué)的生物標志物研究〔J〕.生命的化學(xué),2010;30(1):135-40.
3謝秀枝,王欣,劉麗華,等.iTRAQ技術(shù)及其在蛋白質(zhì)組學(xué)中的應(yīng)用〔J〕.中國生物化學(xué)與分子生物學(xué)報,2011;27(7):616-21.
4Rudrabhatla P,Grant P,Jaffe H,etal.Quantitative phosphoproteomic analysis of neuronal intermediate filament proteins (NF-M/H) in Alzheimer's disease by iTRAQ〔J〕.FASEB J,2010;24(11):4396-407.
5Oddo S,Caccamo A,Shepherd JD,etal.Triple-transgenic model of Alzheimer's disease with plaques and tangles:intracellular Abeta and synaptic dysfunction〔J〕.Neuron,2003;39(3):409-21.
6Desai MK,Sudol KL,Janelsins MC,etal.Triple-transgenic Alzheimer's disease mice exhibit region-specific abnormalities in brain myelination patterns prior to appearance of amyloid and tau pathology〔J〕.Glia,2009;57(1):54-65.
7Shi M,Hwang H,Zhang J.Quantitative characterization of glycoproteins in neurodegenerative disorders using iTRAQ〔J〕.Methods Mol Biol,2013;951(1):279-96.
8Eckert A,Schulz KL,Rhein V,etal.Convergence of amyloid-beta and tau pathologies on mitochondria in vivo〔J〕.Mol Neurobiol,2010;41(2-3):107-14.
9Melanson JE,Avery SL,Pinto DM.High-coverage quantitative proteomics using amine-specific isotopic labeling〔J〕.Proteomics,2006;6(16):4466-74.
10Datta A,Park JE,Li X,etal.Phenotyping of an in vitro model of ischemic penumbra by iTRAQ-based shotgun quantitative proteomics〔J〕.J Proteome Res,2010;9(1):472-84.
11Miller JA,Oldham MC,Geschwind DH.A systems level analysis of transcriptional changes in Alzheimer's disease and normal aging〔J〕.J Neurosci,2008;28(6):1410-20.
12Wu WW,Wang G,Baek SJ,etal.Comparative study of three proteomic quantitative methods,DIGE,cICAT and iTRAQ by using 2D ge-l or LC-MALDI TOF/TOF〔J〕.J Proteome Res,2006;5(3):651-8.
13羅治文,朱樑,謝謂芬.同位素標記相對和絕對定量技術(shù)研究進展〔J〕.中國生物工程雜志,2006;26(10):83-7.
14陳永熙,李婭,張文,等.同位素標簽技術(shù)在人腎小管上皮細胞蛋白質(zhì)組學(xué)研究中的應(yīng)用〔J〕.上海交通大學(xué)學(xué)報(醫(yī)學(xué)版),2009;29(5):513-6.
〔2015-03-11修回〕
(編輯李相軍)
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通訊作者:羅友根(1970-),男,博士,副教授,主要從事阿爾茨海默病病因、機制及防治研究。
基金項目:國家自然科學(xué)基金資助項目(No.31360238);江西省自然科學(xué)基金資助項目(No.20132BAB205020,20142BAB205030);井岡山大學(xué)2014年度大學(xué)生創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)訓(xùn)練計劃資助項目(No.2014029)
〔中圖分類號〕Q421
〔文獻標識碼〕A
〔文章編號〕1005-9202(2015)22-6616-02;
doi:10.3969/j.issn.1005-9202.2015.22.145