韋貴將,梁麗娜,羅桂飛,陸 潞,韋葉生,唐毓金,王俊利△
(右江民族醫(yī)學(xué)院附屬醫(yī)院:1.檢驗(yàn)科;2.桂西高發(fā)病防治實(shí)驗(yàn)中心,廣西百色533000)
骨橋蛋白是由一種具有多種生物學(xué)活性的細(xì)胞黏附分子,其廣泛分布于多種組織和細(xì)胞中。目前研究認(rèn)為骨橋蛋白在細(xì)胞黏附、遷移、細(xì)胞存活、血管生成和浸潤(rùn)轉(zhuǎn)移中起重要作用,與腫瘤等疾病的發(fā)生、發(fā)展密切相關(guān)[1-3]。近年來(lái)隨著分子生物學(xué)及分子流行病學(xué)的不斷發(fā)展,新的研究發(fā)現(xiàn),骨橋蛋白基因存在多種功能性多態(tài)性位點(diǎn),且這些多態(tài)性位點(diǎn)也可能參與甲狀腺乳頭狀瘤、尿路結(jié)石和缺血性腦卒中等疾病的發(fā)展進(jìn)程[4-6]。因此,準(zhǔn)確分析骨橋蛋白基因單核苷酸多態(tài)性(SNP)在不同地區(qū)和不同人群中的分布,可以為基因多態(tài)性與某些疾病的發(fā)生、發(fā)展提供更多有力的研究數(shù)據(jù)。作者采用SNaPshot SNP分型技術(shù)檢測(cè)150 例廣西壯族人群骨橋蛋白基因rs11728697位點(diǎn)和rs9138位點(diǎn)的遺傳SNP,并對(duì)比HapMap公布的4個(gè)人群(歐洲人群、非洲人群、日本人群和中國(guó)北京人群)的SNP 檢測(cè)結(jié)果,分析不同人群骨橋蛋白基因的SNP 差異,為與骨橋蛋白相關(guān)的遺傳和疾病等方面的研究提供參考資料。
1.1 研究對(duì)象 選擇2012年1月1日至2012年8月1日廣西右江民族醫(yī)學(xué)院附屬醫(yī)院進(jìn)行常規(guī)體檢的150名健康人為研究對(duì)象,其中男87名,女63名;年齡25~84歲,平均(52±15)歲,中位年齡40歲。納入標(biāo)準(zhǔn):3代世居廣西的壯族人群;本人無(wú)惡性腫瘤史。實(shí)驗(yàn)經(jīng)右江民族醫(yī)學(xué)院附屬醫(yī)院倫理委員會(huì)批準(zhǔn),并在受試者本人知情同意后采集標(biāo)本。
1.2 基因組DNA 的提取 抽取健康體檢者靜脈血2mL,使用碘化鈉法提取細(xì)胞基因組DNA,低溫保存待用。
1.3 PCR 反應(yīng) 根據(jù)NCBI上查找的骨橋蛋白基因DNA 序列,選擇包含rs11728697位點(diǎn)和rs9138位點(diǎn)的序列并輸入引物設(shè)計(jì)軟件Primer 5,得到用于特異性擴(kuò)增包含rs11728697位點(diǎn)和rs9138位點(diǎn)骨橋蛋白基因的PCR 上下游引物和延伸引物。rs11728697位點(diǎn)的上游引物序列為:5′-AAC TGT GCC AGC CAA ACA ACA A-3′,下游引物序列為:5′-CCC TCC ACA CAC AAA CGA ACA C-3′,延伸引物序列為:5′-TTT TTT TTT TTG TTC AAT TCC AGT TGA ACA GAA TAA AGG-3′。rs9138位點(diǎn)的上游引物序列為:5′-GCA AAA TGA AAG AGA ACA TGA AAT GC-3′,下游引物序列為:5′-CTG GAC AAC CGT GGG AAA ACA A-3′,延伸引物序列為:5′-TTT TTT TTT TTT TTT TAA GTG GGT AAA AGT ATT TTG TTT GC-3′。20μL 骨橋蛋白基因的PCR 擴(kuò)增反應(yīng)體系包括:10×PCR 反應(yīng)緩沖液2.0μL,0.3 mmol/L dNTPs 2.0 μL,上下游引物各1.0μL,HotStar Taq DNA 聚合酶1.0 U,基因組DNA 1.0μL,不足體積用水補(bǔ)足到20.0μL。PCR 產(chǎn)物4 ℃保存。PCR 反應(yīng) 條 件 為:94 ℃15 min;94 ℃30s,60℃30s,72 ℃20s,共35個(gè)循環(huán);72 ℃10min。
1.4 SNaPshot SNP分型技術(shù) PCR 產(chǎn)物經(jīng)過(guò)蝦堿酶和外切酶Ⅰ純化后,用ABI公司的SNaPshot Multiplex kit進(jìn)行延伸反應(yīng)。延伸產(chǎn)物用蝦堿酶純化后在ABI3130XL 上樣。SNP分型用Gene Mapper 4.0(Applied biosystems)來(lái)分析。
1.5 統(tǒng)計(jì)學(xué)處理 采用SPSS17.0軟件進(jìn)行統(tǒng)計(jì)學(xué)處理,采用χ2檢驗(yàn),檢驗(yàn)水準(zhǔn)α=0.05。以P<0.05為差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。
2.1 骨橋蛋白基因rs11728697位點(diǎn)和rs9138位點(diǎn)的檢測(cè)結(jié)果 包含骨橋蛋白基因rs11728697 位點(diǎn)和rs9138 位點(diǎn)的PCR 擴(kuò)增產(chǎn)物片段大小分別為185 bp 和428 bp。ABI 3130XL 的SNP 分型結(jié)果顯示,rs11728697位點(diǎn)的基因型有CC、CT 和TT,基因分型結(jié)果如圖1所示;rs9138位點(diǎn)的基因型有CC、CA 和AA,基因分型結(jié)果如圖2所示。
2.2 骨橋蛋白基因SNP在廣西壯族人群中的分布 在廣西壯族人群中,骨橋蛋白基因rs11728697位點(diǎn)的CC基因型最常見(jiàn),約為42.7%;C等位基因的頻率最高,約為62.7%。rs9138位點(diǎn)的CA 基因型最常見(jiàn),約為51.3%;C 等位基因的頻率最高,約為63.0%。骨橋蛋白基因rs11728697位點(diǎn)基因型頻率(χ2=3.363,P=0.162)和等位基因頻率(χ2=0.054,P=0.816)男女組間比較差異無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義,rs9138位點(diǎn)基因型頻率(χ2=0.048,P=0.976)和等位基因頻率(χ2=0.008,P=0.927)男女組間比較也差異無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。見(jiàn)表1、2。
2.3 廣西壯族人群骨橋蛋白基因SNP 與其他4個(gè)人群的比較 廣西壯族人群骨橋蛋白基因rs11728697位點(diǎn)的基因型和等位基因頻率與歐洲人群、日本人群和非洲人群的差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.05),而與中國(guó)北京人群的差異無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P>0.05),見(jiàn)表3。rs9138位點(diǎn)的基因型和等位基因頻率與歐洲人群和非洲人群的差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.05),而與日本人群和中國(guó)北京人群的差異無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P>0.05),見(jiàn)表4。
圖1 骨橋蛋白基因rs11728697位點(diǎn)SNP分型結(jié)果
圖2 骨橋蛋白基因rs9138位點(diǎn)SNP分型結(jié)果
表1 rs11728697位點(diǎn)在廣西壯族人群中的分布[n(%)]
表2 rs9138位點(diǎn)在廣西壯族人群中的分布[n(%)]
表3 廣西壯族人群骨橋蛋白基因rs11728697位點(diǎn)SNP與其他人群的比較[n(%)]
表4 廣西壯族人群骨橋蛋白基因rs9138位點(diǎn)SNP與其他人群的比較[n(%)]
骨橋蛋白是由一種具有多種生物學(xué)活性的細(xì)胞黏附分子,其化學(xué)本質(zhì)為分泌型磷酸化糖蛋白,并廣泛分布于多種組織和細(xì)胞中。骨橋蛋白基因位于4號(hào)染色體長(zhǎng)臂,由6個(gè)內(nèi)含子和7個(gè)外顯子組成,編碼由300個(gè)氨基酸殘基組成相對(duì)分子質(zhì)量約44×103的骨橋蛋白分子[7-8]。骨橋蛋白分子主要由信號(hào)肽序列、精氨酸-甘氨酸-天冬氨酸結(jié)構(gòu)域和肝素結(jié)合結(jié)構(gòu)域組成,它可以通過(guò)依賴性精氨酸-甘氨酸-天冬氨酸途徑和非依賴性精氨酸-甘氨酸-天冬氨酸途徑介導(dǎo)多種細(xì)胞生理功能[9-10]。目前研究認(rèn)為骨橋蛋白在細(xì)胞黏附、遷移、細(xì)胞存活、血管生成和浸潤(rùn)轉(zhuǎn)移中起重要作用,與腫瘤等疾病的發(fā)生、發(fā)展密切相關(guān)[1-3]。大量研究發(fā)現(xiàn),非小細(xì)胞肺癌、乳腺癌和腺囊癌等多種腫瘤組織和患者血漿中都伴有骨橋蛋白表達(dá)水平明顯升高,且骨橋蛋白的高表達(dá)與腫瘤惡性程度、轉(zhuǎn)移程度呈正相關(guān),患者預(yù)后差[11-15]。
近年來(lái)隨著分子生物學(xué)及分子流行病學(xué)的不斷發(fā)展,新的研究證實(shí),骨橋蛋白基因存在多種功能性多態(tài)性位點(diǎn),且這些多態(tài)性位點(diǎn)也可能參與甲狀腺乳頭狀瘤、尿路結(jié)石和缺血性腦卒中等疾病的發(fā)展進(jìn)程。Mu等[4]通過(guò)對(duì)363 例甲狀腺乳頭狀瘤患者和413例健康人的骨橋蛋白基因SNP 檢測(cè)發(fā)現(xiàn),病例組rs11730582位點(diǎn)TT 基因型顯著高于對(duì)照組,骨橋蛋白基因SNP與甲狀腺乳頭狀瘤的易感性相關(guān)。Tugcu等[5]通過(guò)分析172例尿路結(jié)石患者和210 例健康人的骨橋蛋白基因SNP發(fā)現(xiàn),骨橋蛋白基因rs1126616位點(diǎn)SNP 與尿路結(jié)石的發(fā)生風(fēng)險(xiǎn)具有相關(guān)性。而在Jing等[6]的報(bào)道中,通過(guò)分析中國(guó)人群骨橋蛋白rs11730582位點(diǎn)SNP,發(fā)現(xiàn)CT 基因型顯著增加中國(guó)人群缺血性腦卒中的易感性。因此,準(zhǔn)確分析骨橋蛋白基因SNP在不同國(guó)家或地區(qū)中的分布,可以為基因多態(tài)性與某些疾病的發(fā)生、發(fā)展提供更多有力的研究數(shù)據(jù)。本研究結(jié)果顯示,骨橋蛋白基因型頻率男女組間比較差異無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P>0.05),說(shuō)明此位點(diǎn)基因型分布與性別沒(méi)有關(guān)系;廣西壯族人群的基因型和等位基因頻率與歐洲人群、非洲人群的差異明顯,與日本人群和中國(guó)北京人群的差異無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P>0.05),表明此位點(diǎn)基因型和等位基因頻率與人種有密切關(guān)系,即親緣關(guān)系越近,基因型和等位基因頻率越相近。
總之,本研究闡明了廣西壯族人群骨橋蛋白基因rs11728697位點(diǎn)和rs9138位點(diǎn)的基因型和等位基因頻率與性別無(wú)關(guān),與親緣關(guān)系遠(yuǎn)近相關(guān)。研究結(jié)果提供了廣西壯族人群骨橋蛋白基因rs11728697位點(diǎn)和rs9138位點(diǎn)SNP分布,并對(duì)比了不同國(guó)家或地區(qū)人群骨橋蛋白基因的SNP 差異,為與骨橋蛋白相關(guān)的疾病研究提供了參考資料,也為人類學(xué)和群體遺傳學(xué)補(bǔ)充了重要數(shù)據(jù)。
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