蘇躍穩(wěn),張 昕,王 ?。执髮W(xué)生物與農(nóng)業(yè)工程學(xué)院,吉林長春130022)
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L-纈氨酸代謝工程研究進(jìn)展
蘇躍穩(wěn),張昕,王健
(吉林大學(xué)生物與農(nóng)業(yè)工程學(xué)院,吉林長春130022)
摘要:L-纈氨酸屬于支鏈氨基酸,是人體八種必需氨基酸之一,廣泛用于食品、醫(yī)藥、飼料、化妝品等領(lǐng)域。由于其含有特殊的生理功能,市場需求較大,使得L-纈氨酸的生產(chǎn)備受關(guān)注。代謝工程有著理性思維的設(shè)計,在氨基酸生產(chǎn)中得到廣泛應(yīng)用。主要闡述了L-纈氨酸生物合成途徑中的關(guān)鍵酶及其代謝調(diào)控,綜述了L-纈氨酸合成的代謝工程研究現(xiàn)狀,并對利用代謝工程原理進(jìn)行L-纈氨酸生產(chǎn)菌的理性設(shè)計提出展望。
關(guān)鍵詞:L-纈氨酸;發(fā)酵;生物合成;途徑工程
L-纈氨酸是生命體不可或缺的必需氨基酸,在人體代謝中占重要地位。L-纈氨酸可作為人類和動物的營養(yǎng)補充產(chǎn)品,也可作為藥物、化妝品的保濕成分、抗生素以及除草劑[1-3]。此外,L-纈氨酸還可作為飼料添加劑,能改善免疫機能[4],2013年對其需求量已經(jīng)增至2 500 t[5]。目前,大多數(shù)企業(yè)采用對生產(chǎn)菌進(jìn)行誘變改造菌種,然而由于菌種遺傳背景不明,產(chǎn)量較難提高。研究者運用代謝工程技術(shù)構(gòu)建L-纈氨酸的生產(chǎn)菌,明顯提高了其產(chǎn)量。
谷氨酸棒狀桿菌的生物合成途徑如圖1所示。L-纈氨酸合成的重要前體是丙酮酸,經(jīng)四步反應(yīng)合成纈氨酸。L-纈氨酸合成受多個關(guān)鍵酶控制,其中大部分L-纈氨酸合成酶基因已經(jīng)得到克隆:乙酰乳酸合成酶(AHAS,由ilvBN基因編碼),乙酰羥酸異構(gòu)還原酶(AHAIR,由ilvC基因編碼),二羥酸脫水酶(DHAD,由ilvD基因編碼),支鏈氨基酸轉(zhuǎn)氨酶(TA,由ilvE基因編碼)。同時胞內(nèi)的L-纈氨酸由轉(zhuǎn)運蛋白復(fù)合體BrnFE(由brnFE基因編碼)運至細(xì)胞外[6-11]。
圖1 在谷氨酸棒狀桿菌中L-纈氨酸的生物合成途徑
通過理性設(shè)計代謝工程的育種策略,利用代謝工程手段對代謝網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行有目的的修飾,設(shè)計菌株的分解代謝、合成代謝的多步級聯(lián)反應(yīng),這樣能最大限度提高L-纈氨酸的產(chǎn)量,并減少副產(chǎn)物的生成,從而避免誘變育種可能對菌體產(chǎn)生的不良影響。
2.1 L-纈氨酸中心代謝途徑
對谷氨酸棒狀桿菌的生物合成分析表明,菌體攝取葡萄糖經(jīng)轉(zhuǎn)化產(chǎn)生L-纈氨酸主要經(jīng)歷糖酵解途徑(EMP)、磷酸戊糖途徑(HMP)、三羧酸循環(huán)途徑(TCA)等。HMP途徑主要提供還原力NADPH,作用于L-纈氨酸合成的乙酰羥基酸異構(gòu)還原酶的催化反應(yīng),是L-纈氨酸合成的關(guān)鍵途徑。由于在發(fā)酵過程中ATP大部分是以熱能形式消耗掉的,而ATP的合成需要NADPH,從而造成NADPH的流失,所以從遺傳改造和發(fā)酵方面控制,降低TCA循環(huán)途徑的代謝流,有效提高L-纈氨酸的產(chǎn)量。
2.2增加前體物質(zhì)的供應(yīng)
丙酮酸的流向較為廣泛,主要有三羧酸循環(huán)、L-纈氨酸、L-丙氨酸、L-亮氨酸、L-異亮氨酸等的合成,還有一些有機酸,如乳酸、乙酸等。丙酮酸是L-纈氨酸合成的重要前體物質(zhì),降低丙酮酸的旁路消耗,可以提高L-纈氨酸的產(chǎn)量[12]。根據(jù)代謝分析模擬敲除aceF基因和mdh基因,滅活丙酮酸脫氫酶復(fù)合體和蘋果酸脫氫酶,從而減少丙酮酸流失,使其更多地流向L-纈氨酸的合成途徑,提高L-纈氨酸的產(chǎn)量。目前研究多集中于優(yōu)化其細(xì)胞內(nèi)的可用性,一種是敲除多個D-泛酸鈣的合成基因panBC,結(jié)果造成輔酶A限制丙酮酸脫氫酶反應(yīng)的有效性,從而使丙酮酸濃度提高30倍,最終提高L-纈氨酸產(chǎn)量。對谷氨酸棒狀菌ΔilvAΔpanBC(pJC4ilvBNCD)進(jìn)行代謝控制分析,根據(jù)動態(tài)細(xì)胞代謝數(shù)據(jù)建造動力學(xué)路徑模型,推測丙酮酸供應(yīng)仍受限制,提高丙酮酸產(chǎn)量以及L-纈氨酸途徑基因需要過表達(dá),才能達(dá)到較為平衡高產(chǎn)。在L-纈氨酸合成途徑中二羥酸脫水酶反應(yīng)最快,而乙酰羥酸異構(gòu)還原酶、支鏈氨基酸轉(zhuǎn)氨酶和L-纈氨酸分泌反應(yīng)最慢。另外,由于敲除aceE基因,降低編碼E1p亞基酶復(fù)合物的含量,造成丙酮酸脫氫酶不足,最終使丙酮酸濃度可達(dá)17 mmol/L。同時敲除PQO基因(編碼丙酮酸/醌氧化還原酶),以乙酸和葡萄糖為碳源,該丙酮酸脫氫酶缺陷型生產(chǎn)菌L-纈氨酸產(chǎn)量可達(dá)26.4 g/L,產(chǎn)物最大得率為0.52 mol/mol(L-纈氨酸/葡萄糖)。Kyowa等[13]通過選育,篩出對丙酮酸敏感菌株,從而降低丙酮酸脫氫酶的活性,提高丙酮酸的積累。Blombach等[14]敲除三羧酸循環(huán)的aceE基因,從而提高丙酮酸的產(chǎn)量,分批發(fā)酵L-纈氨酸產(chǎn)量高達(dá)48 g/L。Hou等[15]研究發(fā)現(xiàn)大多數(shù)L-纈氨酸生產(chǎn)菌迄今還分泌L-丙氨酸高達(dá)7.5 g/L。L-丙氨酸跟L-纈氨酸的化學(xué)性質(zhì)相似,這就增加分離純化的難度和成本。在谷氨酸棒狀桿菌中轉(zhuǎn)氨酶AlaT和AvtA是L-丙氨酸的合成酶。谷氨酸棒狀桿菌ΔilvAΔpanBC(pJC1ilvBNCD)滅活A(yù)laT基因,可以減少80%的L-丙氨酸合成,不過菌體生長速率也下降50%。
2.3終端代謝途徑
在谷氨酸棒狀桿菌中L-纈氨酸合成與L-異亮氨酸合成共用AHAS、AHAIR、DHAD和TA這四種酶,主途徑對AHAS的親和性小于L-異亮氨酸途徑。這導(dǎo)致丙酮酸優(yōu)先被利用于合成L-異亮氨酸,對合成L-纈氨酸是不利的[16-17]。
2.3.1過表達(dá)主途徑基因
乙酰乳酸合成酶包括催化亞基和調(diào)節(jié)亞基,其中由ilvN編碼的小亞基具有調(diào)節(jié)功能,由ilvB編碼的大亞基具有催化功能[18]。在大腸桿菌中存在三種同工酶,AHAS I、AHAS II、AHAS III,而AHAS I的活性最高,其基因ilvBN的啟動子具有獨特調(diào)控途徑,是降解物阻遏系統(tǒng)中的cAMP-依賴性蛋白誘導(dǎo)的唯一操縱子,與ilvC基因形成的操縱子是過表達(dá)L-纈氨酸的關(guān)鍵[19]。Tobias Bartek等[20]將含基因ilvBNCDE的質(zhì)粒ΔaceE pJC4ilvBNCE導(dǎo)入缺陷丙酮酸脫氫酶的谷氨酸棒狀桿菌中,其中ilvBN基因編碼乙酰乳酸合酶過表達(dá),有效轉(zhuǎn)化丙酮酸,減少丙氨酸產(chǎn)生,增加L-纈氨酸產(chǎn)量,有效減少α-酮異戊酸。纈氨酸產(chǎn)量為12.3 g/L,而丙酮酸降為0.09 g/L,α-酮異戊酸降為0.24 g/L。Hoechst等[21]將基因ilvE克隆到pBR322質(zhì)粒中,使重組質(zhì)粒導(dǎo)入到大腸桿菌DG30中,構(gòu)建的工程菌能過表達(dá)支鏈轉(zhuǎn)移酶,可以提高L-纈氨酸的產(chǎn)量。
2.3.2解除調(diào)節(jié)反饋抑制
乙酰乳酸合成酶受到三種氨基酸的抑制,依次為L-纈氨酸、L-亮氨酸、L-異亮氨酸,其50%抑制濃度分別為0.9、3.1和6 mmol/L[22]。L-纈氨酸合成的第一限速酶是乙酰乳酸合成酶,受L-纈氨酸反饋抑制,也受末端產(chǎn)物多階阻遏。將乙酰乳酸合成酶調(diào)節(jié)亞基的Gly-Ile-Ile突變?yōu)锳sp-Asp-Phe完全解除支鏈氨基酸對乙酰乳酸合成酶的反饋抑制??梢酝ㄟ^敲除ilvA基因和leuA基因來解除L-異亮氨酸和L-亮氨酸對乙酰乳酸合成酶的抑制,還可以弱化其啟動子,降低這兩種氨基酸的產(chǎn)量,形成滲透性缺陷型[23]。Holatkod等[24]增強ilvD和ilvE基因的啟動子活性,降低ilvA和leuA基因的啟動子活性,發(fā)酵48 h搖瓶培養(yǎng)積累15.9 g/L。通過對ilvGMEDA操縱子進(jìn)行基因重組修飾,將ilv操縱子敲除破壞或敲除操縱子中的ilvE基因,減弱蘇氨酸脫氨酶活性,減弱旁路代謝流,進(jìn)而提高L-纈氨酸產(chǎn)量。由于ilvBNC的表達(dá)受到轉(zhuǎn)錄弱化,而對于轉(zhuǎn)錄弱化來說,前導(dǎo)肽的翻譯是比較重要的,只是ilvBNC的轉(zhuǎn)錄起點和翻譯起點相距僅有1 bp,沒有核糖體結(jié)合點,可以通過改變前導(dǎo)序列纈氨酸的密碼子,進(jìn)而解除弱化。此外,短導(dǎo)肽的轉(zhuǎn)錄和ilvBNC的轉(zhuǎn)錄還受到2-酮丁酸的誘導(dǎo),說明ilvBNC的表達(dá)不是獨立機制,還受其他物質(zhì)調(diào)控。
2.4提高NADPH的策略
NADPH在合成L-纈氨酸中扮演重要角色。每合成1 mol L-纈氨酸需要消耗1 mol葡萄糖和2 mol NADPH。NADPH在合成L-纈氨酸中消耗占總量的39.78%,其產(chǎn)生途徑主要是HMP途徑,應(yīng)改變NADPH代謝流,使NADPH更多地流向L-纈氨酸合成途徑。NADPH與NADH存在動態(tài)平衡,每合成1 mol NADH需要消耗2 mol NADPH,從而造成NADPH流失。而NADPH作用于乙酰羥酸異構(gòu)還原酶和支鏈氨基酸轉(zhuǎn)氨酶的催化反應(yīng)中,提高其催化效率能提高L-纈氨酸的合成。NADH的合成主要在糖酵解途徑,關(guān)鍵酶磷酸葡萄糖異構(gòu)酶(PGI,由pji基因編碼)催化合成。敲除該基因可以使葡萄糖更多流向HMP途徑,從而提高NADPH產(chǎn)量。另外,通過過表達(dá)膜結(jié)合轉(zhuǎn)氫酶可促進(jìn)NADH向NADPH轉(zhuǎn)化[25]。根據(jù)代謝網(wǎng)絡(luò)分析,不同的模式下,改變NADPH的反應(yīng)通路,產(chǎn)物最大得率由0.5 mol/mol(L-纈氨酸/葡萄糖)提高到1 mol/mol(L-纈氨酸/葡萄糖)。NADPH由異檸檬酸脫氫酶提供,產(chǎn)物最大得率僅為0.5 mol/mol(L-纈氨酸/葡萄糖)。碳通量的重新定向,明顯提高磷酸戊糖途徑,產(chǎn)生更多NADPH,產(chǎn)物最大得率提高到0.86 mol/mol(L-纈氨酸/葡萄糖),從而減少碳源的浪費。在這條路線上,丙酮酸羧化酶和蘋果酸脫氫酶的催化下將NADH的氫傳遞到NADPH[26]。
2.5 L-纈氨酸的轉(zhuǎn)運
在谷氨酸棒狀桿菌中將L-纈氨酸輸送到胞內(nèi)是通過brnQ基因編碼的轉(zhuǎn)運蛋白BrnQ完成的,然后通過轉(zhuǎn)運蛋白復(fù)合體BrnFE分泌到胞外。如果L-纈氨酸不及時地排出體外,則造成對L-纈氨酸合成途徑關(guān)鍵酶受到抑制,同時弱化編碼基因的轉(zhuǎn)錄,最終造成L-纈氨酸合成減少。研究表明全局調(diào)控因子Lrp可結(jié)合在lrp和brnF之間的DNA上,能刺激BrnFE的表達(dá)[27]。
2.6代謝流的全局調(diào)控
傳統(tǒng)上代謝工程主要是根據(jù)代謝調(diào)控機制采用一些常規(guī)手段,由基因缺失、基因突變、關(guān)鍵酶表達(dá)以及基因重組等來構(gòu)建新的合成途徑。由于L-纈氨酸途徑只涉及一種或多種基因的表達(dá)或調(diào)控,往往只能實現(xiàn)局部途徑最優(yōu)化,很難實現(xiàn)細(xì)胞全局最優(yōu)化。因此從全局分析,綜合考察基因的調(diào)控與表達(dá)、酶活性的調(diào)節(jié)和細(xì)胞內(nèi)代謝流,同時還涉及細(xì)胞能量、輔酶因子、前體等變化的過程,將高通量組學(xué)分析技術(shù)和構(gòu)建基因組水平的代謝網(wǎng)絡(luò)等現(xiàn)代生物技術(shù)應(yīng)用到全局系統(tǒng)代謝工程上,進(jìn)而對整個合成途徑進(jìn)行全局優(yōu)化。Park等[28]用代謝網(wǎng)絡(luò)結(jié)合轉(zhuǎn)錄組分析對基因進(jìn)行模擬敲除,構(gòu)建出高產(chǎn)L-纈氨酸的工程菌。Magnus等[29]將谷氨酸棒狀桿菌ΔilvAΔpanBC (pJC4ilvBNCD)根據(jù)動態(tài)胞內(nèi)代謝數(shù)據(jù),進(jìn)行代謝控制分析和應(yīng)用動力學(xué)L-纈氨酸路徑模型,該模型推測出丙酮酸供應(yīng)仍是受限的,需要用L-纈氨酸途徑的基因過表達(dá)進(jìn)行平衡,經(jīng)預(yù)測DHAD是各反應(yīng)中最快的,在L-纈氨酸分泌途經(jīng)序列中,AHAIR、TA和L-纈氨酸排出為反應(yīng)最慢的。Hasegawa等[30]敲除乳酸脫氫酶基因,過表達(dá)關(guān)鍵酶基因ilvBN、ilvC、ilvD以及ilvE,構(gòu)建工程谷氨酸棒狀桿菌,并進(jìn)行發(fā)酵工藝優(yōu)化,發(fā)酵48 h時L-纈氨酸產(chǎn)量達(dá)到227 g/L,是目前最高水平。Park等[31]采用代謝工程改造L-纈氨酸生產(chǎn)菌,分析其代謝網(wǎng)絡(luò)定點敲除基因ilvA、panB、leuA、lacI,解除了其合成途徑中反饋抑制,阻斷其他途徑的消耗,除去發(fā)酵副產(chǎn)物,糖酸轉(zhuǎn)化率提高10倍(為0.22 g/g)。其中用轉(zhuǎn)錄組分析雙重減少lrp基因的表達(dá),lrp基因為轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)因子,能有效激活ilvIH的表達(dá)。因此,將lrp基因?qū)胭|(zhì)粒pTrc184并過表達(dá),較原菌株L-纈氨酸產(chǎn)量可提高22%。另外,過表達(dá)ygaZH操縱子,可使E. coli Val(pKBRilvBNCED)(pTrc184ygaZHlrp)產(chǎn)量提高7.61 g/L。
代謝工程通過系統(tǒng)分析L-纈氨酸代謝網(wǎng)絡(luò),找出關(guān)鍵節(jié)點,用特定手段進(jìn)行改進(jìn),對途經(jīng)進(jìn)行修飾。代謝工程目的性強,最大程度提高L-纈氨酸產(chǎn)量,減小副產(chǎn)物的產(chǎn)量,也為下游分離提純降低成本。未來對L-纈氨酸生產(chǎn)菌進(jìn)行基因水平、蛋白質(zhì)水平等多層次分析,對L-纈氨酸生產(chǎn)菌所有節(jié)點進(jìn)行全局分析,再結(jié)合轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白組學(xué)、代謝組學(xué)以及計算機建模等現(xiàn)代生物技術(shù)進(jìn)行改良,一定會通過理性設(shè)計構(gòu)建出穩(wěn)定性好、副產(chǎn)物少,更適合工業(yè)化生產(chǎn)的L-纈氨酸生產(chǎn)菌株。
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(責(zé)任編輯:朱小惠)
Advances in metabolic engineering for L-valine production
SU Yuewen,ZHANG Xin,WANG Jian
(College of Biological and Agricultural Engineering,Jilin University,Changchun 130022,China)
Abstract:As one of eight essential amino acids of human,L-valine belongs to branched-chain amino acid and is widely used in food,medicine,feed,cosmetics and other fields. Because of its special physiological functions,traditional fermentation cannot meet the demand of market,which makes L-valine production a major concern. Rational design of metabolic pathway has been widely used in amino acid production. This review focuses on the key enzymes and their metabolic regulation in L-valine biosynthetic pathway. Moreover,the related metabolic regulation strategy and research status of metabolic engineering of L-valine were summarized. Finally,the rational design of L-valine producing strain was discussed.
Keywords:L-valine;fermentation;biosynthetic pathway;metabolic engineering
作者簡介:蘇躍穩(wěn)(1990—),男,山東菏澤人,碩士研究生,研究方向為氨基酸代謝工程,E-mail:suyw0820@126.com.
收稿日期:2015-12-20
中圖分類號:TQ92
文獻(xiàn)標(biāo)志碼:A
文章編號:1674-2214(2016)02-0118-05