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2例太歲樣品分離菌的初步研究

2018-04-09 03:37佟嘉輝熊向華汪建華徐威張惟材
生物技術(shù)通訊 2018年2期
關(guān)鍵詞:太歲單胞菌多糖

佟嘉輝,熊向華,汪建華,徐威,張惟材

1.沈陽(yáng)藥科大學(xué),遼寧 沈陽(yáng) 110016;2.軍事醫(yī)學(xué)研究院 生物工程研究所,北京 100071

太歲也稱肉芝。明代李時(shí)珍著《本草綱目》[1]中對(duì)其描述為:“肉芝狀如肉,附于大石,頭尾具有,乃生物也。赤者如珊瑚、白者如截肪、黑者如澤漆、青者如翠羽、黃者如紫金,皆光明洞徹如堅(jiān)冰也?!碧珰q樣品多發(fā)現(xiàn)于土層中[2],形如肉體,體型較大,表面光滑濕潤(rùn),顏色多樣,至今生物學(xué)界對(duì)其歸類仍未給出明確答案。鄭科研等[3]通過研究太歲樣本的化學(xué)組成,推測(cè)其主體為聚乙烯醇,同時(shí)含有少量多糖及各種雜菌;朱春玉[4]等則測(cè)定了太歲中核酸、多糖、蛋白質(zhì)等各生物體組成要素含量;西北大學(xué)戴璐[5]在對(duì)太歲樣本的衍生體進(jìn)行菌分離時(shí)共分離得到2種黏菌和18種真菌;王欣[6]從上述同一樣本中分離得到35種細(xì)菌和1種黏細(xì)菌,其優(yōu)勢(shì)菌群屬β-變性菌綱伯克霍爾德菌目(Burkholderiales);林澗等[7]從2例太歲樣品中分離得到假絲酵母(Candida)和黏質(zhì)紅酵母(Rhodotorula mucilaginosa)。本實(shí)驗(yàn)室收集了10余例來(lái)自不同地區(qū)的太歲樣本,著重對(duì)其中2例樣本的分離菌株進(jìn)行分子生物學(xué)鑒定及分析,以期獲得對(duì)太歲樣品的生物學(xué)本質(zhì)及其組成的初步認(rèn)識(shí)。

1 材料與方法

1.1 材料

黃色太歲(編號(hào)YF142)、白色太歲(編號(hào)ZWG0525)樣品由本實(shí)驗(yàn)室保存;大腸桿菌DH5α感受態(tài)、三氟乙酸(TFA)、7種單糖標(biāo)準(zhǔn)品[葡萄糖(Glc)、甘露糖(Man)、半乳糖(Gal)、鼠李糖(Rha)、阿拉伯糖(Ara)、葡萄糖醛酸(GlcUA)、半乳糖醛酸(GalUA)]、瓊脂糖凝膠DNA回收試劑盒購(gòu)自天根生化科技有限公司;pMD18T載體購(gòu)自寶生物工程(大連)有限公司;DNA markers、HifiTaqDNA聚合酶購(gòu)自北京全式金生物技術(shù)有限公司;1-苯基-3-甲基-5-吡唑啉酮(PMP)購(gòu)自生工生物公司;甲醇、磷酸、葡萄糖等試劑購(gòu)自國(guó)藥集團(tuán)化學(xué)試劑有限公司;引物合成及測(cè)序由北京六合華大基因科技股份有限公司完成。

Olympus BX-51顯微鏡(WH 10×/22,100×/ 1.35 oil Iris);Waters 600高效液相色譜儀;Wa?ters Xbridge-C18(4.6 mm×150 mm)色譜柱。

1.2 太歲樣品預(yù)處理

太歲樣品表面消毒[8]。于超凈臺(tái)中切取塊狀太歲樣品,用75%酒精浸潤(rùn)12 min后用無(wú)菌水反復(fù)沖洗振蕩若干次,回收最后一次沖洗液,取適量涂布于培養(yǎng)基平板上,30℃恒溫培養(yǎng)以檢測(cè)消毒效果。

1.3 太歲樣品的菌分離及其分子生物學(xué)鑒定

1.3.1 太歲樣品分離菌的獲取 采用林澗等[7]所述菌株分離法獲取分離菌株,涂布于真菌培養(yǎng)基平板上(包括無(wú)抗及卡那霉素抗性YPD培養(yǎng)基、無(wú)抗及卡那霉素抗性麥芽汁培養(yǎng)基、虎紅培養(yǎng)基及沙氏培養(yǎng)基),30℃恒溫倒置培養(yǎng)3 d,挑取單菌落平板劃線培養(yǎng)。

1.3.2 太歲樣品分離菌16S rDNA、18S rDNA、ITS、NS序列測(cè)定 50 μL反應(yīng)體系[7],以1 μL提取的太歲樣品總DNA為模板。16S rDNA PCR擴(kuò)增條件:95℃ 10 min;95℃ 30 s,50℃退火30 s,72℃延伸90 s,循環(huán)30次;72℃ 10 min;ITS和18S rDNA擴(kuò)增條件:95℃ 10 min;95℃ 30 s,55℃退火30 s,72℃延伸 90 s,循環(huán)30次;72℃10 min。PCR產(chǎn)物經(jīng)1%瓊脂糖凝膠電泳,用膠回收試劑盒切膠回收目的基因后,一部分直接進(jìn)行測(cè)序,一部分連接pMD18T載體,選取陽(yáng)性克隆后進(jìn)行測(cè)序。將基因序列與GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行Blast比對(duì),確定分離菌株的分類位置。

1.4 太歲樣品分離菌多糖組成分析

1.4.1 鞘氨醇單胞菌屬發(fā)酵多糖分離 YPD培養(yǎng)基于30℃發(fā)酵培養(yǎng)72 h后,沸水浴溶解發(fā)酵液,12 000 r/min離心10 min提取上清液,加入2倍量的95%乙醇,4℃過夜醇沉,12 000 r/min離心10 min得到分泌的胞外多糖。

1.4.2 多糖樣品水解 取1 mL提取的多糖樣品置于具塞試管中,加入2 mol/L TFA 2 mL,渦旋混勻,110℃水解8 h,取出冷卻至室溫,12 000 r/ min離心5 min,取上清,用0.2 mol/L NaOH溶液調(diào)pH值至7,將水解液定容至10 mL。

1.4.3 衍生化 準(zhǔn)確稱取上述7種單糖標(biāo)準(zhǔn)品,配制100 μg/mL單糖標(biāo)準(zhǔn)品溶液及混糖溶液(葡萄糖、半乳糖、甘露糖、阿拉伯糖終濃度為50 μg /mL,葡萄糖醛酸、半乳糖醛酸、鼠李糖終濃度為5 μg/mL的溶液);取各單糖標(biāo)準(zhǔn)液、混合糖標(biāo)準(zhǔn)液和樣品溶液100 μL置于不同試管中,依次加入50 μL 0.5 mol/L PMP甲醇溶液和50 μL 0.2mol/L NaOH溶液,渦旋混勻,70℃水浴反應(yīng)40 min,冷卻至室溫,加入100 μL 0.3 mol/L HCl溶液中和,用400 μL氯仿萃取,渦旋4 min混勻,4500 r/min離心5 min,取上層水相,重復(fù)3次,上層水相經(jīng)濾器過濾混勻,待用,20 μL進(jìn)樣分析。1.4.4 HPLC分析條件 Waters Xbridge-C18柱,標(biāo)準(zhǔn)液進(jìn)樣量20 μL,樣品進(jìn)樣量50 μL,柱溫25℃,檢測(cè)波長(zhǎng)250 nm。流動(dòng)相A為15%乙腈磷酸鹽緩沖液(50 mmol/L,pH6.9),流動(dòng)相B為40%乙腈磷酸鹽緩沖液(50 mmol/L,pH6.9);梯度模式設(shè)置:時(shí)間為0→10→30→40 min時(shí),相應(yīng)濃度梯度為0%→10%→30%→0%流動(dòng)相B。

表1 擴(kuò)增引物及序列

2 結(jié)果

2.1 太歲樣品的形態(tài)學(xué)觀察

編號(hào)YF142的黃色太歲樣品外觀為黃褐色肉質(zhì),有彈性,有條紋帶,內(nèi)部成束狀并伴有少量白色硬結(jié),表面光滑濕潤(rùn);編號(hào)ZWG0525的白色太歲樣品體型較大,外觀為白色,有彈性,表面光滑濕潤(rùn),有類似蕈菌類的傘蓋和薄膜,切割時(shí)有韌性。見圖1。

2.2 對(duì)太歲樣品中分離得到的4株共性菌的初步研究

對(duì)2例太歲樣品進(jìn)行菌株分離,通過培養(yǎng)觀察及Blast比對(duì),結(jié)果表明2例太歲樣品中均含有以下4種原核菌株:TS-1號(hào)菌株為熒光假單胞菌(Pseudomonas fluorescens),TS-2號(hào)菌株為地中海短波單胞菌(Brevundimonas mediterranea)(其16S rDNA部分序列上傳至GenBank,序列號(hào)為MF 668251,長(zhǎng)度為1331 bp),TS-3號(hào)菌株為紅串紅球菌(Rhodococcus erythropolis),TS-4號(hào)為鞘氨醇單胞菌屬(Sphingomonassp.)菌株。見圖2、表2。

圖1 2例太歲樣品

2.3 鞘氨醇單胞菌屬分離菌的初步研究

圖2 分離菌株在無(wú)抗性YPD培養(yǎng)基上的菌落形態(tài)及顯微照片(×100)

表2 對(duì)太歲樣品中分離得到的4株共性菌的培養(yǎng)觀察

文獻(xiàn)調(diào)研表明,鞘氨醇單胞菌屬在生物降解方面具有優(yōu)勢(shì),與太歲較為類似。同時(shí),鞘氨醇單胞菌屬可分泌胞外多糖,推測(cè)其可能與太歲的形成有關(guān),因此著重對(duì)其進(jìn)行研究。采用鞘氨醇單胞菌特異引物(732 F/982 R)[9]對(duì)提取的太歲總DNA進(jìn)行PCR擴(kuò)增,得到一條約250 bp的條帶,測(cè)序結(jié)果表明在提取的太歲總DNA中存在鞘氨醇單胞菌基因,并非污染產(chǎn)生。

采用YPD培養(yǎng)基培養(yǎng)TS-4分離菌,30℃發(fā)酵72 h后形成黃色凍狀物(圖3),沸水浴溶解發(fā)酵液后,12 000 r/min離心10 min提取上清液,加入2倍量的95%乙醇于4℃過夜醇沉,12 000 r/min離心10 min得到分泌的胞外多糖(圖4),通過HPLC對(duì)其單糖組成進(jìn)行分析。

2.4 HPLC分析多糖的單糖組成

混糖標(biāo)準(zhǔn)品PMP衍生后進(jìn)樣梯度流動(dòng)相HPLC分離結(jié)果見圖5。鞘氨醇單胞菌屬分離菌發(fā)酵多糖PMP衍生后進(jìn)樣梯度流動(dòng)相HPLC分離結(jié)果見圖6,確認(rèn)其由甘露糖、鼠李糖、葡萄糖組成,經(jīng)標(biāo)準(zhǔn)品峰面積定量后對(duì)樣品進(jìn)行分析,其相對(duì)摩爾比約為6∶1∶3。

3 討論

太歲是自然界中存在的一種特殊的未知生命體,至今生物學(xué)界對(duì)其歸類仍未給出明確答案。1992年西北大學(xué)對(duì)首例太歲樣本進(jìn)行了分析鑒定,認(rèn)為太歲是一種“特大型罕見黏菌復(fù)合體”,并獲得一定認(rèn)可。我們通過微生物學(xué)角度研究太歲樣本的菌種組成,以期初步了解太歲的生物多樣性。采用多種真菌分離培養(yǎng)基對(duì)上述2例太歲樣品進(jìn)行菌分離時(shí),從無(wú)抗性YPD及麥芽汁培養(yǎng)基平板中分離得到多株相同形態(tài)的不同菌株,測(cè)序鑒定結(jié)果均為細(xì)菌,并且2例太歲樣品中均含有上述4株菌株。經(jīng)文獻(xiàn)調(diào)研,河北師范大學(xué)李亮等在NCBI提交的太歲浸液中的29例菌種信息,其中10例為短波單胞菌屬,5例為鞘氨醇單胞菌屬,3例為假單胞菌屬,與我們的結(jié)果很相似。結(jié)合王朝江[10-11]通過構(gòu)建16S rDNA文庫(kù)分析太歲樣品細(xì)菌多樣性的結(jié)果,我們認(rèn)為2例來(lái)源地不同的太歲之間可能在生物學(xué)組成上存在一定的相似性,也提示不同太歲間存在一定的生物共性。

圖3 TS-4分離菌發(fā)酵72 h后菌體形成凍狀及其顯微觀察(×100)

圖4 TS-4分離菌發(fā)酵72 h后分離得多糖及其顯微觀察(×100)

圖5 混糖標(biāo)準(zhǔn)液HPLC分離結(jié)果1:甘露糖;2:鼠李糖;3:葡萄糖醛酸;4:半乳糖醛酸;5:葡萄糖;6:半乳糖;7:阿拉伯糖

圖6 鞘氨醇單胞菌屬分離菌發(fā)酵多糖HPLC分離結(jié)果

我們發(fā)現(xiàn)上述2例太歲樣品菌分離得到的菌株均為細(xì)菌,并未從中獲得真菌,而在對(duì)其他較新鮮的太歲樣品進(jìn)行菌株分離時(shí)得到了2株酵母,經(jīng)鑒定其中一株為漢遜德巴利酵母(Debaryo?myces hansenii),推測(cè)可能是某些太歲樣品的組織層較厚不易破碎、真菌含量相對(duì)較低或不易在實(shí)驗(yàn)室條件下獲得并培養(yǎng)、現(xiàn)有分離手段不完善或樣品保存條件等原因所致。因此,獲取新鮮的太歲樣品,對(duì)于太歲的研究非常重要。

志謝:江蘇靖江太歲金波生物科技有限公司,上海收藏協(xié)會(huì)太歲傳習(xí)所陳建平、張網(wǎng)根、朱躍峰、王莉莉?yàn)楸狙芯刻峁┝颂珰q樣本,特此致謝!

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