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牛病毒性腹瀉病毒E2 基因生物信息學(xué)分析及 可溶性表達

2020-02-09 06:47趙洪哲李新培范峻豪宋前進關(guān)平原溫永俊
中國動物傳染病學(xué)報 2020年1期
關(guān)鍵詞:親水性密碼子信息學(xué)

趙洪哲,李新培,范峻豪,宋前進,張 靜,關(guān)平原,溫永俊,

(1.內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)獸醫(yī)學(xué)院 農(nóng)業(yè)農(nóng)村部動物疾病臨床診療技術(shù)重點實驗室,呼和浩特 010018;2.中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院特產(chǎn)研究所,長春 130112)

牛病毒性腹瀉病毒(Bovine viral diarrhea virus,BVDV)屬于黃病毒科(Flaviviridae)、瘟病毒屬(Pestivirus),含有一種血清型,具有兩種生物型(細胞病變型cp和非細胞病變型ncp),分為兩種基因型(BVDV1、BVDV2)[1-2]。BVDV是全世界反芻動物最常見病原體,其主要引起牛的發(fā)熱、腹瀉、粘膜病變和白細胞減少癥等[3-4]。BVDV可造成持續(xù)性感染(persistent infection,PI),使得BVDV的擴散非常容易,為BVDV的防治帶來了挑戰(zhàn),給養(yǎng)牛業(yè)造成巨大經(jīng)濟損失[5]。BVDV的核衣殼被糖蛋白Erns、E1和E2所包圍[6-7],其中,E2蛋白是主要的保護性抗原,能夠誘導(dǎo)中和抗體(neutralizing antiboclies,VN)的產(chǎn)生,保護牛免受BVDV的攻擊[8]。國內(nèi)研究學(xué)者通過大腸桿菌表達E2蛋白并純化,建立BVDV ELISA血清學(xué)檢測方法,但表達的E2蛋白以包涵體的形式大量存在,導(dǎo)致ELISA方法敏感性低[9]。本研究為獲得最佳可溶性E2蛋白,利用生物信息學(xué)軟件分析E2基因的最佳抗原表位,截短、密碼子優(yōu)化后串聯(lián)信號肽合成序列并構(gòu)建至原核表達載體pET-32a(+),IPTG誘導(dǎo)表達,成功獲得可溶性的E2重組蛋白,為后續(xù)ELISA方法的建立和亞單位疫苗的開發(fā)奠定基礎(chǔ)。

1 材料與方法

1.1 菌種與主要試劑大腸桿菌BL21(DE3)購自全式金公司;DNA限制性內(nèi)切酶購自NEB公司;質(zhì)粒小提試劑盒購自O(shè)MEGA公司;酵母粉、胰蛋白胨、瓊脂粉購自O(shè)xoid公司;HRP標(biāo)記的山羊抗鼠IgG購自Sigma公司;PierceTM BCA Protein Assay Kit購自Thermo公司;Ni SepharoseTM6 Fast Flow購自GE公司;BVDV E2單克隆抗體由本實驗室制備。

1.2 主要儀器設(shè)備雙垂直蛋白電泳儀購自百晶生物公司;恒溫振蕩培養(yǎng)箱購自太倉華美儀器;半干轉(zhuǎn)轉(zhuǎn)印儀購自美國Bio-Rad公司;超聲破碎儀購自寧波新芝公司;化學(xué)發(fā)光成像儀購自GE公司。

1.3 E2基因生物信息學(xué)分析利用生物信息學(xué)軟件Protparam和DNAStar,對E2基因的基本理化性質(zhì)、抗原性、親水性等進行預(yù)測,截取E2基因優(yōu)勢片段作為候選序列[10]。

1.4 E2基因密碼子優(yōu)化及重組載體的構(gòu)建根據(jù)生物信息學(xué)綜合分析,截取抗原性、親水性等較好的E2基因優(yōu)勢片段。為了提高E2蛋白在大腸桿菌中的可溶性表達水平,運用稀有密碼子分析工具OptimumGeneTM等軟件進行基因序列優(yōu)化并串聯(lián)信號肽序列。優(yōu)化后的基因序列命名為Opti-E2,將優(yōu)化后的序列引入BamHⅠ和XhoⅠ酶切位點,合成并連接到pET-32a(+)原核表達載體構(gòu)建重組質(zhì)粒pET-32a-Opti-E2,轉(zhuǎn)化至宿主菌BL21(DE3)中,涂板、挑單個可疑陽性菌落接種于5 mL LB液體培養(yǎng)基(氨芐青霉素抗性)培養(yǎng)。提取質(zhì)粒,經(jīng)雙酶切鑒定,陽性克隆送至公司測序,并將該菌液與甘油1∶1混合凍存于-80℃冰箱[11]。

1.5 E2重組蛋白誘導(dǎo)表達及純化取保存的菌液按1∶100的比例接種于新鮮的LB液體培養(yǎng)基中(氨芐青霉素抗性),于37℃培養(yǎng)箱中200 r/min搖菌 8~12 h,并連續(xù)傳代3次,以保證大腸桿菌有較高的活力。傳至第4代時,當(dāng)菌液OD600值為0.6~0.8時,加入終濃度為0.3 mmol/L的IPTG,對照組為未誘導(dǎo)的攜帶pET-32a-Opti-E2重組質(zhì)粒的大腸桿菌BL21(DE3),37℃ 200 r/min誘導(dǎo)表達9 h后,4℃、 8000 r/min離心10 min,收集菌體;沉淀用PBS重懸,加入終濃度為1 mmol/L的PMSF,冰上超聲破碎菌體,8000 r/min離心10 min,分離上清與沉淀,進行SDS-PAGE分析。按照Ni SepharoseTM6 Fast Flow說明書純化目的蛋白,使用PierceTMBCA Protein Assay Kit測定蛋白濃度。

1.6 Western blot鑒定將純化的蛋白進行SDSPAGE,使用半干轉(zhuǎn)轉(zhuǎn)印儀將蛋白轉(zhuǎn)印至硝酸纖維素膜(15 V,30 min),5%脫脂乳粉室溫封閉2 h,0.5%PBST洗滌3次;2%脫脂乳粉稀釋鼠源BVDV E2蛋白單克隆抗體(1∶400),4℃孵育過夜,12 h后用0.5%PBST洗滌5次,加入2%脫脂乳粉稀釋HRP標(biāo)記的山羊抗鼠抗體(1∶4000),室溫搖床孵育 1.5 h,0.5%PBST洗滌5次,避光顯色后拍照分析。

2 結(jié)果

2.1 E2基因生物信息學(xué)分析

2.1.1 基本理化性質(zhì)分析 參考Singer株(DQ088995.2)BVDV E2基因全長為1122 bp,E2基因編碼374個氨基酸。應(yīng)用在線軟件Protparam預(yù)測BVDV E2蛋白的基本理化性質(zhì),結(jié)果顯示,E2蛋白分子式為C1889H2951N499O551S29,分子質(zhì)量為42.397 kDa,等電點6.66,為酸性蛋白質(zhì)。E2蛋白在哺乳動物細胞中體外半衰期為1.1 h,酵母菌內(nèi)3 min,大腸桿菌內(nèi)大于10 h。E2蛋白消光系數(shù)為1.308,不穩(wěn)定指數(shù)預(yù)測為34.71,該蛋白屬于穩(wěn)定蛋白。E2蛋白脂肪指數(shù)是79.47,總體親水性平均值為-0.220。

2.1.2 Protean分析 運用Protean分析軟件分析E2蛋白。結(jié)果顯示:E2蛋白抗原表位在43 aa~116 aa、154 aa~249 aa、271 aa~342 aa時,E2蛋白的親水性較高、抗原指數(shù)高、表面可及性較好(圖1)。

圖1 E2 蛋白的親水性、抗原性和表面可及性的預(yù)測Fig.1 Predicted of hydrophilicity plot, antigenicity index and surface probability of E2 protein

2.2 E2基因密碼子優(yōu)化合成及鑒定根據(jù)生物信息學(xué)分析,截取抗原性、親水性較高的序列154 aa~ 342 aa,共189個氨基酸組成,分子量約22 kDa,對應(yīng)E2編碼區(qū)位點為460 bp~1026 bp,共567 bp。對E2基因序列分析,優(yōu)化前的密碼子適應(yīng)指數(shù)值為0.67,優(yōu)化后的密碼子適應(yīng)指數(shù)值為0.97,該值越大,表示宿主菌對該密碼子的偏愛性越高,可有效的提高該基因在宿主菌中的表達量。優(yōu)化的序列串聯(lián)信號肽后委托公司合成并連接到原核表達載體pET-32a(+)(圖2)。將重組質(zhì)粒pET-32a-Opti-E2用BamHⅠ和XhoⅠ雙酶切后進行1%瓊脂糖凝膠電泳,得到2條大小為5900 bp和636 bp左右的片段,均符合預(yù)期大小(圖3)。

2.3 E2重組質(zhì)粒誘導(dǎo)表達及純化誘導(dǎo)表達含有重組質(zhì)粒pET-32a-Opti-E2的大腸桿菌,SDS-PAGE分析顯示,表達產(chǎn)物的蛋白大小與預(yù)期蛋白大小一致,為43 kDa,且在上清和沉淀中均有表達,表明溶合表達成功(圖4A)。經(jīng)鎳柱純化后,得到較單一目的條帶(圖4B),測得重組蛋白濃度為 0.5 mg/mL。

圖2 密碼子優(yōu)化后的E2 基因核苷酸序列Fig.2 The gene sequences of E2 after codon optimization

圖3 重組表達質(zhì)粒雙酶切鑒定Fig.3 Enzyme digestion identification of pET-32a-Opti-E2

圖4 E2 重組蛋白的表達(A)與純化(B)的SDS-PAGE鑒定Fig.4 SDS-PAGE identification of the unpurified(A) and purified(B) E2 recombinant protein

2.4 Western blot鑒定結(jié)果顯示在43 kDa左右有明顯單一目的蛋白,表明重組可溶性E2蛋白能夠與特異性抗體結(jié)合,具有較好的生物學(xué)活性(圖5)。

圖5 E2 重組蛋白純化產(chǎn)物的Western blot 鑒定Fig.5 The Western blot analysis after purification of E2 recombinant protein

3 討論

BVDV呈全球范圍內(nèi)分布,導(dǎo)致畜牧業(yè)遭受重大經(jīng)濟損失[12],目前防治該病的主要方法是疫苗免疫接種并結(jié)合特異性診斷方法來進行種群凈化,其中ELISA方法是一種特異性好、靈敏度高的診斷方法,且適用于大規(guī)模疫情的檢測[13]。高欲燃[14]利用原核表達系統(tǒng)以包涵體的形式表達了BVDV E2蛋白,由于重組蛋白以包涵體的形式大量存在,目的蛋白可能在變性、復(fù)性后不能較好形成天然構(gòu)象,導(dǎo)致目的蛋白失去部分天然活性,因此所建立的ELISA方法與進口試劑盒相比,符合率、敏感性、特異性均小于90%。王宇婷[15]利用原核表達系統(tǒng)以可溶性的形式表達了BVDV E2蛋白,所建立的間接ELISA方法與進口試劑盒符合率為90.9%。表明可溶性的E2蛋白具有更好的天然構(gòu)象和生物學(xué)活性。

序列優(yōu)化是由于密碼子在不同生物中的使用頻率不同,大腸桿菌表達系統(tǒng)有其偏愛密碼子[16],將目的基因密碼子優(yōu)化可以提高宿主菌的表達效 率[17]。為了獲得最佳可溶性E2蛋白,本研究利用生物信息學(xué)分析,截取抗原性、親水性最佳區(qū)域,將序列進行大腸桿菌稀有密碼子優(yōu)化后串聯(lián)pelB信號肽構(gòu)建原核表達重組質(zhì)粒,進行IPTG誘導(dǎo)表達;引入pelB信號肽可以將目的蛋白轉(zhuǎn)運至周質(zhì)空間,有利于目的蛋白的正確折疊與構(gòu)象;原核表達載體pET-32a(+)含有T7強啟動子和自身溶解性高的多肽序列TrxA,可有效提高目的蛋白產(chǎn)量及可溶性表 達[18-19];宿主菌BL21(DE3)為蛋白酶缺陷型菌株,能夠有效避免重組蛋白的酶解[20]。

本研究成功表達了BVDV E2基因的最佳可溶性蛋白,經(jīng)Western blot鑒定,表達的E2重組蛋白特異性好,可與BVDV E2單克隆抗體特異性結(jié)合,E2重組蛋白的溶合表達為BVDV間接ELISA檢測方法的建立和亞單位疫苗的開發(fā)奠定基礎(chǔ)。

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