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3 株W135 群腦膜炎奈瑟菌多位點(diǎn)序列分子分型分析

2020-11-11 04:53李曲文黃夢(mèng)穎謝方欽林震宇徐海濱翁順太
關(guān)鍵詞:腦膜炎分型菌株

李曲文,黃夢(mèng)穎,謝方欽,林震宇,徐海濱,翁順太

(福建省疾病預(yù)防控制中心;福建省人獸共患病研究重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;福建醫(yī)科大學(xué)公共衛(wèi)生學(xué)院專(zhuān)業(yè)教學(xué)實(shí)習(xí)基地,福建 福州350000)

隨著A+C 群流腦疫苗的普及, 流腦的發(fā)病率呈逐年下降趨勢(shì),但流腦病例菌群呈一定程度多樣性變遷。 由于菌株在疫苗的選擇性壓力情況下,可使人群中存在腦膜炎奈瑟菌血清群和毒力發(fā)生一定的遺傳變遷,一旦發(fā)生血清群的轉(zhuǎn)換,則又有可能引起新的流腦大流行[1]。 多位點(diǎn)序列分型(multilocus sequence typing,MLST) 通過(guò)測(cè)定多個(gè)管家基因的核苷酸序列,反應(yīng)細(xì)菌基因水平的遺傳學(xué)衍變[2]。 通過(guò)ST 分型可分析菌株進(jìn)化關(guān)系以及在判斷分離株是否屬高致病性克隆系等方面,可彌補(bǔ)傳統(tǒng)方法分型的不足。本中通過(guò)MLST 分析我省分離的 3 例W135 菌株的 ST 型別, 以期為我省 W135流腦防控做一定的參考。

1 材料與方法

1.1 菌株來(lái)源 福建省2006-2019 年我科實(shí)驗(yàn)室分離的W135 群流腦病例菌株3 株。 生化鑒定情況: 梅里埃API NH 鑒定編碼為 5002, 鑒定率為99.9% Neisseria meningitidis; 梅里埃VITEK 2 NH卡鑒定編碼均為3634400000,鑒定率為98% Neisseria meningitidis。血清凝集實(shí)驗(yàn)為:3 株均與W135群凝集,而與其他血清群不凝集;常規(guī)PCR 檢測(cè)結(jié)果均為:CrgA 基因陽(yáng)性,Orf-2(A)基因陰性,SiaD(B)基因陰性,SiaD(C)基因陰性,SiaD(W135)基因陽(yáng)性。

1.2 主要儀器和試劑 Taq DNA 聚合酶、dNTP 購(gòu)自大連寶生物工程有限公司,瓊脂糖為BioAsia 分裝品。 Gel Doc XR+凝膠成像系統(tǒng),Basic 電泳儀,PCR 擴(kuò)增儀為ABI 公司。 引物序列由福州鉑尚有限公司合成,見(jiàn)表1、表2。

1.3 方法

1.3.1 樣本DNA 制備 腦膜炎奈瑟菌接種到血平板,37°C,5% CO2,24h 培養(yǎng);刮取純的菌苔用于提取基因組DNA。

表1 PCR 擴(kuò)增引物

表2 PCR 測(cè)序引物

1.3.2 PCR 反應(yīng)條件 50.0μl 體系(純水 25.7μl,10x PCR 緩沖液 5.0μl,上游引物 5.0μl10μM 儲(chǔ)存濃度,1μM 終濃度,下游引物 5.0μl10μM 儲(chǔ)存濃度,1μM終濃度,dNTP 混合液 8.0μl,Taq 聚合酶 0.3μl 1.5個(gè)單位,DNA 模板 1μl 50ng 左右)PCR 擴(kuò)增條件:95°C,2min,(95°C,1min;Tm,1min;72°C,2min) ×30 cycels,72°C,5min(備注 Tm 根據(jù)不同因素設(shè)置)。

1.3.3 PCR 產(chǎn)物的檢測(cè)及產(chǎn)物測(cè)序 PCR 產(chǎn)物編號(hào)送福州鉑尚公司測(cè)序(雙向)。

1.3.4 序列比對(duì)分析 樣本序列與MLST 網(wǎng)站數(shù)據(jù)庫(kù)中已有序列進(jìn)行比對(duì)。獲得ST 型。7 個(gè)位點(diǎn)均獲得序列號(hào)后,可以獲取菌株的ST 型別號(hào)和序列群編號(hào)。 然后經(jīng)BN 軟件聚類(lèi)分析。

2 結(jié)果

2.1 7 個(gè)管家基因擴(kuò)增的電泳圖

圖1 Nm7 個(gè)管家基因擴(kuò)增結(jié)果

2.1 MLST 結(jié)果 通過(guò)對(duì)流腦的7 個(gè)管家基因進(jìn)行擴(kuò)增后進(jìn)行DNA 測(cè)序,序列經(jīng) PubMLST 比對(duì)后,得出3 株W135 群腦膜炎奈瑟菌有兩株為ST11型,一株屬于ST4821 型。

圖2 MLST 結(jié)果

3 討論

腦膜炎奈瑟菌根據(jù)莢膜多糖的結(jié)構(gòu)特征分為A、B、C、H、I、K、L、W135、X、Y、Z、29E 等 12 個(gè)血清群,其中,A、B、C、W135、Y、X 群是目前主要流行的致病菌群。 腦膜炎奈瑟菌具有高度的遺傳多樣性和高頻基因重組的特征,且易出現(xiàn)自發(fā)突變和與外源性基因的整合重組,因而克隆群具有呈現(xiàn)多樣性特征。 MLST 是一種通過(guò)分析一般測(cè)定 6~10 個(gè)管家基因,內(nèi)部400~600 bp 核心片段的核酸序列測(cè)定的細(xì)菌分型方法,根據(jù)發(fā)現(xiàn)時(shí)間的順序賦予每個(gè)位點(diǎn)的核苷酸序列一個(gè)等位基因編號(hào),組成等位基因譜即序列型(sequencetype,ST)。 1998 年由 Maiden等首次運(yùn)用于腦膜炎奈瑟菌的分型,MLST 可分析菌株的譜系關(guān)系,對(duì)發(fā)現(xiàn)常規(guī)的表型方法不能分型以及新出現(xiàn)的變異,具有明顯優(yōu)勢(shì)。 同時(shí)MLST 分型可用于國(guó)際實(shí)驗(yàn)室間比對(duì)、溯源以及分子流行病學(xué)、遺傳進(jìn)化等,從而準(zhǔn)確地研究菌株遺傳進(jìn)化關(guān)系,以確定種屬[3]。

自2006 年福建省報(bào)道了我國(guó)首例W135 群之后在廣東、廣西、江蘇、安徽等省(自治區(qū))也相繼出現(xiàn)了W135 型腦膜炎奈瑟菌病例[4-6]。 我省在2019年又出現(xiàn)了W135 流腦病例,為了探討分析菌株之間的遺傳相關(guān)性,我們對(duì)3 株W135 菌株進(jìn)行MLS T 分型,其中兩株為 ST-11,一株為 ST-4821。 目前,全球流腦病例主要由7 個(gè)高致病性Nm 序列群的菌株引起, 分別是 ST1 序列群、ST5 序列群、ST8序列群、ST11 序列群、ST32 序列群、ST4144 序列群以及 ST4821 序列群[7,8]。 2005 年以前,中國(guó) W135群 Nm 均屬于 ST174;2006 年,ST11 和 ST4821 出現(xiàn);2008 年,ST174 消失,ST11 成為優(yōu)勢(shì)克隆群;與ST4821 相比,ST11 與病人關(guān)系更緊密。 ST11 全球主要的高致病克隆系之一,該型曾在非洲引起大規(guī)模的暴發(fā)[9],我省 2 例 W135 也屬于 ST11,提示我省病例菌株也屬于高致病性克隆系。 同時(shí)我省W135菌株也有一株屬于ST4821,ST-4821 在我國(guó)曾于2003 年出現(xiàn) ST-4821 型的 C 群流行,2015 年也出現(xiàn)了ST4821 的B 群的流行,朱兵清等學(xué)者發(fā)現(xiàn)ST 4821 的B 群與C 群具有相同的遺傳背景,可能是由于存在莢膜轉(zhuǎn)換[10-14]。 我省分離到的ST4821 的W135 群是我省首次分離到的ST 型別,也提示了我省存在W135 的遺傳多態(tài)性。

隨著流腦疫苗的接種,菌群不斷出現(xiàn)變遷,了解菌株之間的變異遺傳進(jìn)化關(guān)系,對(duì)于防控流腦的爆發(fā)具有重要的指導(dǎo)意義[15,16]。 MLST 方法能為判斷流腦流行趨勢(shì)提供一定的分子流行病學(xué)依據(jù)。我省存在W135 群遺傳分子分型多態(tài)性,應(yīng)引起我省的重視以防范W135 流腦暴發(fā)和流行的風(fēng)險(xiǎn)。

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