董麗丹 李玲孺 李博懌 嚴(yán)云 鄭燕飛 王琦

摘要 目的：體質(zhì)在疾病的形成、發(fā)展和轉(zhuǎn)歸中起著重要作用。本研究從轉(zhuǎn)錄組學(xué)水平首次初步揭示陰虛體質(zhì)者外周血中l(wèi)ncRNA和mRNA的表達(dá)譜及相關(guān)作用網(wǎng)絡(luò)。方法：運(yùn)用Agilent Human lncRNA+mRNA（4×180 k）表達(dá)譜芯片，從陰虛體質(zhì)（n=10）和平和體質(zhì)（n=9）者的外周血中分離單個(gè)核細(xì)胞（PBMCs），采用“l(fā)imma”方法篩選2組的差異基因，然后對(duì)其進(jìn)行GO功能和IPA通路的顯著性富集分析，并尋找lncRNA近距離調(diào)控的靶基因。結(jié)果：差異表達(dá)的lncRNAs和mRNAs均能夠?qū)㈥幪擉w質(zhì)和平和體質(zhì)進(jìn)行區(qū)分。陰虛體質(zhì)中有顯著差異表達(dá)的lncRNAs 829個(gè)（282個(gè)上調(diào)，547個(gè)下調(diào)）和mRNAs 1 435個(gè)（1 038個(gè)上調(diào)，397個(gè)下調(diào)）。GO功能富集和IPA作用通路結(jié)果提示，這些差異表達(dá)基因主要與免疫調(diào)節(jié)、代謝紊亂和信號(hào)傳導(dǎo)失常通路顯著相關(guān)。例如，T細(xì)胞受體信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)，NF-κB信號(hào)通路，L-arabinose代謝過程和I型糖尿病信號(hào)傳導(dǎo)等。確定了7個(gè)lncRNA-mRNA相互作用對(duì)，比如，LTA-HCP5、ORAI3-AC135048.13和BCL7C-AC135048.13等。結(jié)論：陰虛體質(zhì)易感干眼癥、高血壓、糖尿病等疾病的物質(zhì)基礎(chǔ)可能與lncRNAs/mRNAs的免疫調(diào)節(jié)、代謝作用和信號(hào)傳導(dǎo)失常相關(guān)。

關(guān)鍵詞 長(zhǎng)鏈非編碼RNA;陰虛體質(zhì);生物信息學(xué);中醫(yī)

Analyses of Long non-coding RNA and mRNA Expression Profiles and Research on the Regulatory Network in Subjects with the Yin Deficiency Constitution

DONG Lidan，LI Lingru，LI Boyi，YAN Yun，ZHENG Yanfei，WANG Qi

（National Institute of Traditional Chinese Medicine Constitution and Preventive Medicine，Beijing University of Chinese Medicine，Beijing 100029，China）

Abstract Objective：Constitution in Traditional Chinese Medicine（TCM）plays an important role in the initiation，development，and prognosis of diseases.We aim to identify a previously unexplored lncRNA and mRNA expression signatures and lncRNA-mRNA regulatory networks in the Yin Deficiency Constitution（YDC）from the transcriptome.Methods：lncRNA+mRNA Human Gene Expression Microarray V4.0（4×180 K）was performed in this study.The Peripheral Blood Mononuclear Cells（PBMCs）were isolated from the subjects with YDC（n=10）and Balanced Constitution（BC）（n=9）.The “l(fā)imma” method was performed between groups of significantly differentially expressed lncRNAs and mRNAs，The regulated lncRNA target genes were investigated by bioinformatics techinques， including Gene Ontology （GO） and Ingenuity Pathway Analysis（IPA）.Results：The differential expression lncRNAs/mRNAs could be used to distinguish individuals with YDC from those with BC.These were 829 DElncRNAs（282 up-regulated，547 down-regulated）and 1435 mRNAs（1 038 up-regulated and 397 down-regulated）in the YDC.GO enrichment analysis and IPA functional indicated that these differentially expressed genes were associated with Immune regulation，metabolic disorders and signal transduction disorders.For example，T cell receptor signaling，NF-κB signaling pathway，L-Arabinose metabolic processes，and type 1 diabetes signaling and so on.Seven most significant interaction pairs of lncRNA-nearby targeted mRNAs were identified including LTA-HCP5，ORAI3-AC135048.13 and BCL7C-AC135048.13.Conclusion：This study revealed that lncRNAs/mRNAs could be used as potential biomarkers in the YDC，and the material basis of YDC susceptibility to xerophthalmia，hypertension，diabetes mellitus might contribute to immunity and hormone regulation.

Keywords lncRNAs; Yin deficiency constitution; Bioinformatics; Chinese medicine

中圖分類號(hào)：R21文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼：Adoi：10.3969/j.issn.1673-7202.2021.01.024

陰虛體質(zhì)（Yin Deficiency Constitution，YDC）是九種中醫(yī)體質(zhì)之一，是由于體內(nèi)津液精血等陰液虧少，以陰虛內(nèi)熱等表現(xiàn)為主要特征的體質(zhì)狀態(tài)，以體形瘦長(zhǎng)、性情急躁，面色潮紅，手足心熱，口渴喜冷飲等為主要表現(xiàn)，與健康人有別且易患糖尿病，高血壓，干眼癥等疾病[1-2]。前期開展了YDC流行病學(xué)調(diào)查、基因組學(xué)、代謝組學(xué)和蛋白組學(xué)研究，證實(shí)其確實(shí)是一個(gè)獨(dú)特的群體，且有免疫失調(diào)、代謝紊亂和信號(hào)傳導(dǎo)失常傾向，但長(zhǎng)鏈非編碼RNA（Long Non-coding RNA，lncRNA）對(duì)該體質(zhì)表型特征有哪些調(diào)節(jié)作用，目前尚不清楚[3-6]。

lncRNA是一類轉(zhuǎn)錄本長(zhǎng)度超過200 nt的非編碼RNA分子，它們通過多種機(jī)制廣泛參與生物體多種生理或病理過程，例如，染色質(zhì)修飾、轉(zhuǎn)錄激活、轉(zhuǎn)錄干擾、核內(nèi)運(yùn)輸?shù)榷喾N重要的調(diào)控過程[7-8]。隨著研究的不斷深入，越來越多的證據(jù)表明，lncRNA功能障礙與多種疾病高度相關(guān)（例如，糖尿病、高血壓、便秘、干眼癥等疾?。┎缪葜陵P(guān)重要的作用[9]，那么YDC是否有獨(dú)特的lncRNA表達(dá)特征？其臨床特征和疾病易感性是否受lncRNA調(diào)控呢？

因此，本研究運(yùn)用Limma方法對(duì)10例YDC和9例平和體質(zhì)（Balanced Constitution，BC）者的外周血單核細(xì)胞（Peripheral Blood Mononuclear Cells，PBMCs）lncRNA+mRNA表達(dá)譜芯片數(shù)據(jù)進(jìn)行差異分析，找到了YDC與BC差異表達(dá)的lncRNA（比如HCP5、AC135048.13和RP11-321E2.3等），發(fā)現(xiàn)其所調(diào)控的mRNA主要富集到免疫調(diào)節(jié)、代謝紊亂和信號(hào)傳導(dǎo)失常等相關(guān)通路，說明YDC具有免疫失調(diào)、代謝紊亂和信號(hào)傳導(dǎo)失常方面的潛在風(fēng)險(xiǎn)，且這種臨床特征受lncRNA調(diào)控。通過尋求YDC者的敏感標(biāo)志物，為YDC者易感疾病的預(yù)防和治療提供新思路。

綜上所述，本研究為lncRNA在YDC免疫失調(diào)、代謝紊亂和信號(hào)傳導(dǎo)失常方面的調(diào)控作用提供了證據(jù)，并鎖定了YDC一些關(guān)鍵的具有cis-調(diào)控作用的lncRNAs，為今后從lncRNA角度開展相關(guān)研究奠定了基礎(chǔ)。

1 資料與方法

1.1 一般資料 本研究于2014年3月從北京弘醫(yī)堂中醫(yī)醫(yī)院體檢中心體質(zhì)門診人群中，篩選出19例符合中醫(yī)體質(zhì)判定標(biāo)準(zhǔn)的志愿者，其中YDC 10例與BC 9例。入組病例年齡分布在20歲至55歲不等，獲得所有參與者的書面知情同意。本研究方案經(jīng)北京中醫(yī)藥大學(xué)倫理委員會(huì)批準(zhǔn)（倫理審批號(hào)：2012BZHYLL0301），并符合赫爾辛基宣言。

1.2 納入標(biāo)準(zhǔn) 1）年齡18～65歲北京市自然人群，無明確的疾病診斷;2）依據(jù)中華中醫(yī)藥學(xué)會(huì)2009年4月批準(zhǔn)的《中醫(yī)體質(zhì)分類與判定》標(biāo)準(zhǔn)[10]，符合YDC及BC判斷標(biāo)準(zhǔn)者;3）簽署知情同意書。

1.3 排除標(biāo)準(zhǔn) 1）研究對(duì)象為一般人群，不符合診斷標(biāo)準(zhǔn)或納入標(biāo)準(zhǔn)者;2）兼夾體質(zhì)者;3）已明確診斷患有某種慢病者;4）妊娠期或哺乳期婦女。

1.4 中醫(yī)體質(zhì)分型標(biāo)準(zhǔn) 本課題按照中華中醫(yī)藥學(xué)會(huì)2009年頒布的《中醫(yī)體質(zhì)與分類判定》標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行體質(zhì)分型（編號(hào)：ZZYXH/T157-2009），患者體質(zhì)分型的采集方式主要為當(dāng)面隨訪：本研究在隨訪前應(yīng)告知志愿者及其家屬本次體質(zhì)分型調(diào)查的意義并取得知情同意，隨訪時(shí)讓患者在規(guī)定時(shí)間內(nèi)完成《中醫(yī)體質(zhì)分類與判定》標(biāo)準(zhǔn)調(diào)查問卷[10]。隨訪結(jié)束后，分別統(tǒng)計(jì)每種體質(zhì)類型得分，再依據(jù)轉(zhuǎn)化分計(jì)算公式算出各類型體質(zhì)的轉(zhuǎn)化分（分?jǐn)?shù)區(qū)間在0～100分），根據(jù)轉(zhuǎn)化分進(jìn)行最終體質(zhì)類型的判定。計(jì)算公式為：轉(zhuǎn)化分=（總分-條目數(shù)）×100/（條目數(shù)×4）。

1.5 研究方法

1.5.1 外周血單核細(xì)胞（PBMCs）的分離 臨床采樣前，經(jīng)專業(yè)培訓(xùn)的醫(yī)務(wù)工作者應(yīng)告知受試者本研究的實(shí)驗(yàn)?zāi)康?、研究意義及相關(guān)注意事項(xiàng)，并簽署知情同意書。囑咐采血前1 d應(yīng)禁酒和勞累，女性避開月經(jīng)期，志愿者早晨應(yīng)空腹，由醫(yī)院專職醫(yī)務(wù)人員用含EDTA的采血管抽取6 mL靜脈血，并于4 h內(nèi)分離出PBMCs。

1.5.2 總RNA抽提 本研究使用淋巴細(xì)胞分離液（Solarbi，中國(guó)，貨號(hào)：p8610-200ml），采用密度梯度離心法分離PBMCs，用TRIzol試劑（Invitrogen，美國(guó)，貨號(hào)：15596-026）以避免RNA降解，然后于-80 ℃進(jìn)行保存。按照廠家說明書提取總RNA。使用分光光度計(jì)（Thermo Scientific，美國(guó)，型號(hào)：NanoDrop 2000）測(cè)定RNA濃度，并通過瓊脂糖凝膠電泳進(jìn)行RNA完整性分析。

1.5.3 芯片數(shù)據(jù)分析 本研究在技術(shù)上是采用雙通道進(jìn)行的。將總RNA與lncRNA+mRNA人基因表達(dá)芯片V4.0（4×180 k）進(jìn)行雜交（CapitalBio，Inc.）。利用CapitalBio的cRNA擴(kuò)增和標(biāo)記試劑盒中改良的Eberwine線性RNA擴(kuò)增方法和酶促反應(yīng)，可提高熒光染料（Cy3-dCTP和Cy5-dCTP）標(biāo)記的cDNA的產(chǎn)量。采用了安捷倫科技公司的Feature Extraction軟件（Version10.7.1.1）從微陣列圖像中生成原始數(shù)據(jù)。使用Agilent公司的GeneSpring軟件（V13.0）對(duì)mRNA和lncRNA數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)量控制、歸一化分析。運(yùn)用R軟件中的“l(fā)imma”方法找到差異表達(dá)的lncRNAs（DElncRNAs）和mRNAs（DEmRNAs）。差異基因篩選參數(shù)設(shè)置為P<0.05和|Fold change|≥1.5時(shí)差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。

1.5.4 統(tǒng)計(jì)學(xué)方法 采用SPSS 25.0統(tǒng)計(jì)軟件進(jìn)行數(shù)據(jù)分析，并使用R 3.3.1軟件和Cytoscape 3.7.2進(jìn)行繪圖。計(jì)數(shù)資料例數(shù)用“%”表示，計(jì)量資料用均數(shù)±標(biāo)準(zhǔn)差（±s）表示，使用R軟件的“l(fā)imma”軟件包，運(yùn)用T檢驗(yàn)或Mann-Whitney U檢驗(yàn)對(duì)歸一化數(shù)據(jù)組進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析。以P<0.05為差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。

2 結(jié)果

2.1 lncRNA和mRNA表達(dá)譜的分布特征 為了確定轉(zhuǎn)錄組特征及哪些lncRNA或mRNA可用于區(qū)分YDC和BC，對(duì)19例受試者的lncRNA和mRNA表達(dá)譜進(jìn)行微陣列分析。2組研究對(duì)象的年齡（P=0.70）、性別（P=0.74）、體質(zhì)量指數(shù)（BMI）（P=0.82）差異均無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。見表1。本研究對(duì)這些樣本血液中的總RNA進(jìn)行提取和純化，并進(jìn)行微陣列分析，箱線圖見圖1?？梢娦酒瑪?shù)據(jù)分布對(duì)稱性和完整性較好。表1概述了入組者的主要臨床特征。根據(jù)|Fold change|≥1.5和P<0.05共鑒定出829個(gè)差異lncRNAs（282個(gè)上調(diào)，547個(gè)下調(diào)）和1 435個(gè)差異mRNAs（1 038個(gè)上調(diào)，397個(gè)下調(diào)），如火山圖2A、B所示，可見差異表達(dá)的lncRNAs和mRNAs分布較均勻，提示芯片結(jié)果較好。

2.2 YDC的聚類分析 YDC與BC對(duì)比，以|Fold change|≥1.5，且P<0.05為標(biāo)準(zhǔn)，共篩選出2 264個(gè)差異基因（829個(gè)差異lncRNAs和1 435個(gè)差異mRNAs），然后對(duì)其進(jìn)行無監(jiān)督聚類分析，熱圖結(jié)果見圖2C和D所示。使用DElncRNAs，見圖2C或DEmRNAs，見圖2D時(shí)的樣本分組與其表達(dá)值基本一致，可見2組樣本清晰地聚集為兩類，顯示差異表達(dá)的lncRNAs和mRNAs能夠較好地區(qū)分YDC和BC，說明YDC和BC存在著系統(tǒng)性的lncRNAs和mRNAs表達(dá)差異。

2.3 lncRNA-mRNA的調(diào)控關(guān)系 為了探討哪些關(guān)鍵mRNAs受lncRNAs所調(diào)控，本研究以|Pearson correlation coefficient|>0.7，且P<0.05為標(biāo)準(zhǔn)，通過構(gòu)建lncRNA-mRNA共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)，YDC與BC共有差異lncRNAs 829個(gè)，其中與lncRNA顯著相關(guān)上調(diào)的mRNAs 350個(gè)，下調(diào)的mRNAs 175個(gè)，從中選取P值最小的top100對(duì)兒lncRAN-mRNA構(gòu)建共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)。見圖3。其包含45個(gè)mRNAs和36個(gè)lncRNAs。

2.4 GO功能富集分析 對(duì)YDC差異表達(dá)lncRNAs靶向調(diào)控的mRNAs進(jìn)行Gene Ontology（GO）功能富集分析。見圖4。差異mRNAs在GO生物過程與YDC作用特點(diǎn)相關(guān)的條目主要富集在免疫調(diào)節(jié)、代謝紊亂和信號(hào)傳導(dǎo)失常等相關(guān)通路。比如，細(xì)胞蛋白代謝過程，GTPase活性的正調(diào)控，peptidyl-tyrosine脫磷酸作用，L-arabinose代謝過程以及T細(xì)胞受體信號(hào)通路的正向調(diào)控等顯著相關(guān)。

2.5 IPA通路分析 對(duì)YDC差異表達(dá)lncRNAs靶向調(diào)控的mRNAs分別進(jìn)行Ingenuity Pathway Analysis（IPA）分析，lncRNAs靶向調(diào)控上調(diào)和下調(diào)的mRNAs主要與免疫調(diào)節(jié)，代謝調(diào)節(jié)和信號(hào)傳導(dǎo)相關(guān)，如圖5列出P值小于0.001的作用通路，例如，YDC主要與T細(xì)胞受體信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)，NF-κB信號(hào)通路，I半乳糖降解I（Leloir途徑），I型糖尿病信號(hào)傳導(dǎo)，3-phosphoinositide生物合成，維甲酸介導(dǎo)的細(xì)胞凋亡信號(hào)以及促血小板生成素的信號(hào)傳導(dǎo)等通路顯著相關(guān)。

2.6 YDC的lncRNA靶基因預(yù)測(cè) 進(jìn)一步聯(lián)合lncRNA-mRNA共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)和lncRNA上下游300 kb范圍鎖定關(guān)鍵的lncRNA-mRNA基因?qū)海ㄍ瑫r(shí)滿足lncRNA上下游300 kb，|PCC|>0.7），如BCL7C，LTA，ORAI3，PLAC8，F(xiàn)CGR1B，XLOC_004308，XLOC_004539等分別受AC135048.13，HCP5，RP11-219O3.2，RP11-439A17.10，RP11-321E2.3和RP11-1036E20.9等cis-調(diào)控。見圖6。說明這些lncRNAs在YDC中具有cis-調(diào)控作用。

3 討論

以往對(duì)YDC開展了流行病學(xué)調(diào)研，基因表達(dá)譜和蛋白質(zhì)組學(xué)等相關(guān)研究，證實(shí)其確實(shí)是一個(gè)獨(dú)特的群體，并有免疫失調(diào)、代謝紊亂和信號(hào)傳導(dǎo)失常方面傾向[3-6，11]，但其與此密切相關(guān)的lncRNA作用研究尚不清楚。本研究運(yùn)用生物信息學(xué)方法，對(duì)YDC與BC人群lncRNA+mRNA表達(dá)譜進(jìn)行分析，發(fā)現(xiàn)通過差異lncRNA可將YDC與BC人群進(jìn)行區(qū)分，且這些差異lncRNA（比如HCP5、AC135048.13和RP11-321E2.3等）所調(diào)控的mRNA（LTA、ORAI3和BCL7C等）主要富集到免疫和代謝調(diào)節(jié)相關(guān)通路。其對(duì)YDC在臨床易感疾病方面具有潛在調(diào)控作用，為今后基于lncRNA層面開展YDC相關(guān)疾病防治研究打下良好的基礎(chǔ)，以及對(duì)建立中醫(yī)體質(zhì)微觀評(píng)價(jià)方法具有十分重要意義。

通過對(duì)芯片結(jié)果進(jìn)行生物信息學(xué)分析發(fā)現(xiàn)，YDC主要富集到免疫失調(diào)、代謝紊亂和信號(hào)傳導(dǎo)失常相關(guān)通路。本研究中YDC與BC差異表達(dá)的lncRNA所調(diào)控的mRNA主要與T細(xì)胞和B細(xì)胞免疫調(diào)控相關(guān)，見圖4、5。文獻(xiàn)研究證實(shí)Toll樣受體和B細(xì)胞在自身免疫性疾病如類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎和干燥綜合征等疾病的發(fā)病機(jī)制中起著關(guān)鍵作用[12]。B細(xì)胞的消耗會(huì)延遲新診斷的T1DM患者的疾病進(jìn)程[13]。T細(xì)胞受體信號(hào)傳導(dǎo)對(duì)血管生成、重塑和造血發(fā)育具有重要作用，與心血管疾病之間存在密切關(guān)系[14]。另外，L-arabinose代謝可促進(jìn)高脂肪飲食的C57BL/6J小鼠腸道產(chǎn)生氫氣并改善代謝綜合征[15]。上述通路和基因在本研究中均顯著表達(dá)。本試驗(yàn)中顯著上調(diào)的基因有RAP1B、TRAF3、MAP3K1和NFKB1等。

此外，信號(hào)傳導(dǎo)調(diào)節(jié)的作用。TNFR1信號(hào)傳導(dǎo)影響胰高血糖素樣肽-1的表達(dá)和分泌，與2型糖尿病的發(fā)病機(jī)制有關(guān)[16]。維甲酸受體介導(dǎo)的信號(hào)傳導(dǎo)保護(hù)心肌細(xì)胞免受高血糖誘導(dǎo)的細(xì)胞凋亡：腎素-血管緊張素系統(tǒng)的作用，表明其在高血糖介導(dǎo)的細(xì)胞凋亡和視黃酸受體成分的表達(dá)中具有重要作用[17]。RhoA信號(hào)通路在糖尿病視網(wǎng)膜病變微血管內(nèi)皮功能障礙中具有重要作用[18]。G蛋白信號(hào)傳導(dǎo)調(diào)節(jié)劑5（RGS5）調(diào)節(jié)G蛋白偶聯(lián)的受體信號(hào)傳導(dǎo)，是血壓穩(wěn)態(tài)的關(guān)鍵調(diào)節(jié)器，對(duì)諸如高血壓的血管病變具有重要的臨床意義[19]。這些通路中顯著上調(diào)的基因涉及PRKCB、CASP8和TIRAP等。另外，有關(guān)lncRNA具體的作用機(jī)制有待進(jìn)一步深入研究。本研究也具有一定的局限性，樣本量較少及缺乏系統(tǒng)的試驗(yàn)驗(yàn)證。

綜上所述，本研究首次從lncRNA角度對(duì)YDC的微觀物質(zhì)基礎(chǔ)進(jìn)行了剖析，結(jié)合lncRNA-mRNA共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)及l(fā)ncRNAs 300 kb范圍內(nèi)的mRNAs綜合分析，初步找到一些具有cis-調(diào)控作用的lncRNAs，為YDC在lncRNA層面可分提供了證據(jù)，為其易感疾病相關(guān)性提供微觀科學(xué)依據(jù)，并為中醫(yī)體質(zhì)客觀可分、微觀基礎(chǔ)研究創(chuàng)新了思路。

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（2020-12-02收稿 責(zé)任編輯：王明）

基金項(xiàng)目：中國(guó)博士后基金項(xiàng)目（2018M641283），中央高?；究蒲袠I(yè)務(wù)費(fèi)專項(xiàng)資金特色學(xué)科專項(xiàng)：中醫(yī)體質(zhì)學(xué)（2019-JYB-TSXK-001）

作者簡(jiǎn)介：董麗丹（1987.09─），女，博士，助理研究員，研究方向：中醫(yī)體質(zhì)微觀基礎(chǔ)研究，E-mail：dld888@163.com

通信作者：王琦（1943.02─），男，碩士，教授，博士研究生導(dǎo)師，中國(guó)工程院院士，研究方向：中醫(yī)體質(zhì)學(xué)，E-mail：wangqi710@126.com

;鄭燕飛（1984.01─），男，博士，副研究員，研究方向：中醫(yī)體質(zhì)學(xué)，E-mail：yanfei_z@163.com