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2021 年北京市獸醫(yī)實驗室非洲豬瘟病毒核酸檢測能力比對

2022-10-14 08:30程敏姮趙浩軍周德剛吳惠明
中國動物檢疫 2022年10期
關(guān)鍵詞:象限豬瘟獸醫(yī)

吳 迪,杜 鵑,王 林,史 記,程敏姮,趙浩軍,周德剛,吳惠明

(北京市動物疫病預(yù)防控制中心,北京 102629)

非洲豬瘟是由非洲豬瘟病毒感染家豬和野豬引起的一種廣泛出血性、高度接觸性傳染病,其特征為病程短,呈最急性和急性感染,死亡率可達(dá)100%[1],是全球公認(rèn)的養(yǎng)豬業(yè)第一殺手。世界動物衛(wèi)生組織(WOAH)將其列為法定報告動物疫病,我國將其列為一類動物疫病[2]。

2018 年非洲豬瘟疫情在北京市暴發(fā),北京市動物疫病預(yù)防控制中心共委托17 家獸醫(yī)實驗室開展非洲豬瘟病毒核酸檢測工作,包括區(qū)級獸醫(yī)實驗室10 家,非洲豬瘟第三方授權(quán)實驗室7 家。實驗室間能力比對是評價實驗室檢測水平的重要手段[3]。2021 年,根據(jù)《農(nóng)業(yè)農(nóng)村部辦公廳關(guān)于做好非洲豬瘟實驗室檢測工作的通知》(農(nóng)辦牧〔2018〕54號)[4]、《農(nóng)業(yè)農(nóng)村部辦公廳關(guān)于進(jìn)一步做好非洲豬瘟實驗室檢測工作的通知》(農(nóng)辦牧〔2018〕66號)[5]等文件要求,北京市動物疫病預(yù)防控制中心組織17 家獸醫(yī)實驗室開展了非洲豬瘟病毒核酸檢測能力比對工作。本研究依據(jù)《利用實驗室間比對進(jìn)行能力驗證的統(tǒng)計方法》(GB/T 28043—2019)[6],對各實驗室非洲豬瘟病原學(xué)檢測結(jié)果進(jìn)行了統(tǒng)計分析,以期為深度挖掘?qū)嶒炇覚z測數(shù)據(jù),持續(xù)提升實驗室檢測能力奠定基礎(chǔ)。

1 材料與方法

1.1 參加能力比對獸醫(yī)實驗室

2021 年,北京市動物疫病預(yù)防控制中心組織10 家區(qū)級獸醫(yī)實驗室與7 家非洲豬瘟第三方授權(quán)實驗室開展非洲豬瘟病毒核酸檢測能力比對試驗,北京市動物疫病預(yù)防控制中心實驗室對盲樣進(jìn)行了檢測。共計獲得18 家獸醫(yī)實驗室檢測數(shù)據(jù),實驗室編號為1~18。

1.2 試驗設(shè)計與參比項目

1 000 copies/μL(Ct=29)、100 copies/μL(Ct=33)與陰性對照3 種比對質(zhì)控樣品,由中國動物衛(wèi)生與流行病學(xué)中心非洲豬瘟國家參考實驗室提供。每組設(shè)置6 份盲樣,其中1 000 copies/μL 比對盲樣2 份,100 copies/μL 比對盲樣3 份,陰性比對盲樣1 份。每組盲樣獨立包裝并置于-20 ℃保存。

參比項目為非洲豬瘟病毒熒光定量PCR 檢測。各實驗室統(tǒng)一領(lǐng)取比對盲樣,統(tǒng)一選用青島立見診斷技術(shù)發(fā)展中心非洲豬瘟病毒熒光PCR 檢測試劑盒作為比對試驗診斷試劑,檢測標(biāo)準(zhǔn)參照試劑盒說明書。

1.3 數(shù)據(jù)處理

依據(jù)文獻(xiàn)[6],分別采用箱線圖、穩(wěn)健統(tǒng)計Z比分?jǐn)?shù)、堯敦圖等統(tǒng)計方法,對各實驗室非洲豬瘟病原學(xué)檢測結(jié)果進(jìn)行統(tǒng)計分析。

1.3.1 頻率分布直方圖 以18 家獸醫(yī)實驗室100 copies/μL 與1 000 copies/μL 比對盲樣檢測數(shù)據(jù)為基礎(chǔ),繪制頻率分布直方圖,檢驗檢測數(shù)據(jù)是否符合正態(tài)分布。若符合正態(tài)分布,則利用平均值±標(biāo)準(zhǔn)差對18 家參比實驗室的檢測結(jié)果進(jìn)行統(tǒng)計分析。

1.3.2 箱線圖 以18 家獸醫(yī)實驗室100 copies/μL與1 000 copies/μL 比對盲樣檢測數(shù)據(jù)為基礎(chǔ),統(tǒng)計中位數(shù)、均值、組間SD、組間CV 等數(shù)據(jù),繪制箱線圖,反映數(shù)據(jù)分布的中心位置和散布范圍。

1.3.3 穩(wěn)健統(tǒng)計Z比分?jǐn)?shù) 以18 家獸醫(yī)實驗室100 copies/μL 與1 000 copies/μL 的比對盲樣檢測數(shù)據(jù)為基礎(chǔ),計算Z比分?jǐn)?shù),公式為

式中,Z代表獸醫(yī)實驗室的檢測結(jié)果xi與平均值x的偏離程度。|Z|≤2,結(jié)果判定為滿意;2 <|Z|<3,結(jié)果判定為可疑,需要查找原因;|Z|≥3,結(jié)果判定為不滿意,需要查找原因整改。s代表標(biāo)準(zhǔn)偏差。符號“+”與“-”代表xi與平均值x的偏離方向。

1.3.4 堯敦圖 以18 家獸醫(yī)實驗室1 000 copies/μL的比對盲樣Z比分?jǐn)?shù)為X軸,以100 copies/μL 比對盲樣Z比分?jǐn)?shù)為Y軸,畫出垂直線和水平線,創(chuàng)建四個象限,輔助進(jìn)行數(shù)據(jù)分析。檢查圖中遠(yuǎn)離數(shù)據(jù)中心的點,若實驗室未遵循正確檢測方法,其結(jié)果會受系統(tǒng)誤差影響,存在較大偏倚,會在左下象限和右上象限出現(xiàn)遠(yuǎn)離點;若實驗室出現(xiàn)隨機(jī)誤差,會在左上象限和右下象限出現(xiàn)遠(yuǎn)離點。

2 結(jié)果與分析

2.1 頻率分布直方圖

頻率分布直方圖(圖1)顯示,18 家實驗室的100 copies/μL 與1 000 copies/μL 比對盲樣檢測數(shù)據(jù)均呈近似正態(tài)分布。

圖1 盲樣頻率分布直方圖

2.2 核酸檢測比對

對18 家參比實驗室檢測的盲樣結(jié)果進(jìn)行統(tǒng)計分析,盲樣標(biāo)定為1 000 copies/μL 與100 copies/μL,取平均值±標(biāo)準(zhǔn)差作圖。結(jié)果(圖2)顯示,盲樣標(biāo)定為100 copies/μL 時,編號16 號實驗室標(biāo)準(zhǔn)差相比其他實驗室較高。

圖2 18 家實驗室非洲豬瘟病毒核酸檢測比對結(jié)果

2.3 箱線圖

箱線圖結(jié)果(圖3)顯示,在1 000 copies/μL盲樣檢測中無異常點,在100 copies/μL 盲樣檢測中存在一個異常點,結(jié)合表1,顯示異常Ct 為45.000。

表1 不同濃度盲樣比對結(jié)果分析

圖3 箱線圖結(jié)果(異常值用紅點標(biāo)出)

2.4 穩(wěn)健統(tǒng)計Z 比分?jǐn)?shù)

結(jié)果(圖4)顯示,全部36 份1 000 copies/μL比對盲樣檢測結(jié)果中,結(jié)果判定為滿意的有35 份,占97.2%;可疑樣品1 份,來自3 號實驗室,Z值為-2.25。

圖4 18 家實驗室1 000 copies/μL 比對盲樣Z 比分?jǐn)?shù)分布

結(jié)果(圖5)顯示,全部54 份100 copies/μL比對盲樣檢測結(jié)果中,結(jié)果判定為滿意的有52 份,占96.3%;可疑樣品1 份,來自3 號實驗室,Z值為-2.04;不滿意樣品1 份,來自16 號實驗室,Z值為4.43。

圖5 18 家實驗室100 copies/μL 比對盲樣Z 比分?jǐn)?shù)分布

2.5 堯敦圖

結(jié)果(圖6)顯示,16 號實驗室在95%置信橢圓外,出現(xiàn)在右上象限,顯示已離群,提示該實驗室出現(xiàn)系統(tǒng)誤差。

圖6 18 家實驗室比對樣品Z 值堯敦圖

3 討論

本次區(qū)級獸醫(yī)實驗室非洲豬瘟病毒核酸檢測能力比對結(jié)果顯示:16 號實驗室的1 份標(biāo)定為100 copies/μL 的盲樣檢測Ct 為45.000,且無擴(kuò)增曲線,結(jié)合檢測標(biāo)準(zhǔn)(當(dāng)Ct ≥40 時判為陰性),判定檢測結(jié)果不合格,其余17 家檢測結(jié)果均為符合。雖然17 家檢測結(jié)果為符合的實驗室在本次能力比對中陰陽性結(jié)果判定正確,但一些實驗室也存在檢測結(jié)果預(yù)警情況。其中12、15 號實驗室在100 copies/μL 盲樣檢測中重復(fù)性較差,標(biāo)準(zhǔn)偏差較大,但在1 000 copies/μL 盲樣檢測中重復(fù)性較好,標(biāo)準(zhǔn)偏差較小。4、11、13 號實驗室在1 000 copies/μL 盲樣檢測中重復(fù)性較差,但在低濃度100 copies/μL 盲樣檢測中重復(fù)性較好。8 號實驗室在1 000 copies/μL 與100 copies/μL 盲樣檢測中標(biāo)準(zhǔn)偏差均較大,樣品重復(fù)性較差。

堯敦圖檢測結(jié)果可以反映實驗室的系統(tǒng)誤差與隨機(jī)誤差,含有明顯系統(tǒng)誤差的實驗室將在右上象限(正偏差)與左下象限(負(fù)偏差)出現(xiàn)偏離點,即檢測的兩個樣品結(jié)果會同時出現(xiàn)異常高值或低值;而隨機(jī)誤差將在左上象限與右下象限出現(xiàn)偏離點,即一個樣品的檢測值高,另一個樣品的檢測值低。比對本次18 家實驗室檢測結(jié)果發(fā)現(xiàn),16 號實驗室已離群,存在明顯系統(tǒng)誤差,11、12 號實驗室存在隨機(jī)誤差,建議在下輪比對試驗中持續(xù)跟蹤。3 號實驗室在1 000 copies/μL 樣品Z比分?jǐn)?shù)為-2.25,在100 copies/μL 樣品Z比分?jǐn)?shù)為-2.04,均顯示可疑,但3 號實驗室的檢測Ct 值較其他實驗室比較靠前,可能是因為3 號實驗室采用核酸提取方法提取效率較高。

本研究依據(jù)《利用實驗室間比對進(jìn)行能力驗證的統(tǒng)計方法》(GB/T 28043—2019)中能力計量的評定運算,采用箱線圖、穩(wěn)健統(tǒng)計Z比分?jǐn)?shù)、堯敦圖等統(tǒng)計方法,對各實驗室比對數(shù)據(jù)進(jìn)行了統(tǒng)計分析,使區(qū)級獸醫(yī)實驗室非洲豬瘟病毒核酸檢測比對不僅可以依靠陰陽性結(jié)果進(jìn)行判讀,還可以通過統(tǒng)計方法深度分析出各實驗室的系統(tǒng)誤差與隨機(jī)誤差。結(jié)果提示,各實驗室應(yīng)持續(xù)加強(qiáng)質(zhì)量控制,保持和提高實驗室檢測能力水平。

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