劉燕芳, 逯 丹, 徐安定
(暨南大學(xué)附屬第一醫(yī)院神經(jīng)內(nèi)科, 廣東 廣州 510630)
環(huán)狀RNA(circular RNAs,circRNAs)是一類存在于多種生物體內(nèi)通過共價鍵結(jié)合的閉合環(huán)狀非編碼RNA。circRNAs性質(zhì)穩(wěn)定,不易被核酸酶水解,廣泛存在于不同器官組織中并呈現(xiàn)出時空特異性和組織特異性[1]。近年來,隨著現(xiàn)代生物信息學(xué)技術(shù)的發(fā)展,circRNAs的生成機制及生物學(xué)特性已為越來越多的學(xué)者所熟知,但其對靶基因表達的調(diào)控作用還不甚明朗。根據(jù)基因來源的不同,circRNAs可以分為3種:外顯子來源的circRNAs,外顯子內(nèi)含子共同來源的circRNAs(exon-intron circRNAs,ElciRNAs)和內(nèi)含子來源的[2]。研究表明,circRNAs廣泛存在于神經(jīng)系統(tǒng)組織中[3],參與并影響包括炎癥、氧化應(yīng)激、線粒體功能紊亂和細胞調(diào)亡等多種卒中后病理生理過程[4],毫無疑問,卒中相關(guān)circRNAs的出現(xiàn)為卒中后發(fā)生發(fā)展機制提供了理論基礎(chǔ),為腦血管疾病的診斷和治療提供了新的思路。
1.1海綿吸附微小RNAs(microRNAs,miRNAs)和RNA結(jié)合蛋白(RNA-binding proteins,RBPs)參與轉(zhuǎn)錄后調(diào)控 circRNAs廣泛存在于哺乳動物神經(jīng)系統(tǒng)組織,特別是突觸中含量最高[3],而突觸活性與神經(jīng)元mRNA的翻譯和神經(jīng)系統(tǒng)疾病等密切相關(guān)[5-7]。Westholm等[8]和Gruner等[9]均證實circRNAs的含量會隨著神經(jīng)系統(tǒng)的發(fā)育和老化而增多,提示circ-RNAs可能參與了神經(jīng)元的發(fā)育分化,并在多種神經(jīng)系統(tǒng)疾病病理生理過程中扮演了重要角色。
miRNAs是基因轉(zhuǎn)錄的重要調(diào)節(jié)因子,通過與安格蛋白(argonaute,AGO)結(jié)合于mRNA非轉(zhuǎn)錄區(qū)域調(diào)控mRNA表達[10]。circRNAs作為內(nèi)源性RNA可以與其它內(nèi)源性RNA競爭結(jié)合miRNAs從而影響靶基因的表達?,F(xiàn)今研究最為深入的當屬ciRS-7(circRNA sponges of miRNA-7)/miRNA-7,Memczak等[11]發(fā)現(xiàn)在海斑魚體內(nèi)過表達ciRS-7與miRNA-7基因敲除作用類似,證實了circRNAs對miRNAs的海綿吸附作用。
Hanse等[10]發(fā)現(xiàn)在小鼠神經(jīng)元和海馬組織中ciRS-7有超過70個miRNA-7結(jié)合位點。泛素蛋白連接酶A(ubiquitin protein ligase A,UBE2A)是一種與自噬吞噬有關(guān)的泛素化連接酶,它可以吞噬阿爾茨海默癥(Alzheimer’s disease,AD)和中樞系統(tǒng)退行性疾病產(chǎn)生的淀粉樣蛋白,阻礙AD患者疾病的進展,Lukiw等[12]發(fā)現(xiàn)在AD病人腦組織中ciRS-7的缺損可以上調(diào)miRNA-7的量,從而抑制了miRNA-7靶標UBE2A的生成,影響AD疾病進展。α-突觸核蛋白是介導(dǎo)帕金森病的重要病理生理學(xué)機制,miRNA-7能夠減緩α-突觸核蛋白的毒性蓄積作用[10],延緩帕金森病進程。miRNA-7還能夠靶向調(diào)節(jié)下游膠質(zhì)瘤相關(guān)Akt通路,抑制膠質(zhì)瘤細胞的生長[13]。ciRS-7含有多個miRNA海綿吸附位點,不僅可以與miRNA-7結(jié)合,也可與miRNA-671結(jié)合從而調(diào)節(jié)miRNA-7的活性[10],同時miRNA-671還可以作為lncRpa和circRar1的靶標介導(dǎo)鉛引起的神經(jīng)元凋亡[14],提示ciRS-7可直接或間接影響多種神經(jīng)系統(tǒng)疾病相應(yīng)病理生理過程。
不僅如此,circRNAs亦能與AGO,RNA聚合酶Ⅱ[15]和MBL(musclebind )[16]等RBPs相互作用,與RBPs底物競爭其結(jié)合位點干擾靶基因的轉(zhuǎn)錄。TAR DNA結(jié)合蛋白(TDP-43)是泛素化的重要組成元件, 肌萎縮側(cè)索硬化的發(fā)生與TDP-43的積累密切相關(guān),一些ciRNAs可減緩TDP-43蓄積產(chǎn)生的毒性[17],提示ciRNAs可以通過結(jié)合相關(guān)蛋白干擾基因表達,甚至能夠延緩肌萎縮側(cè)索硬化進展。研究表明,生成circRNAs的環(huán)化過程和經(jīng)典剪接是相互競爭的[16],circMBL的側(cè)翼內(nèi)含子可以結(jié)合MBL蛋白,MBL蛋白又可以影響mRNA的剪接,最終circRNAs通過結(jié)合MBL蛋白影響經(jīng)典剪接。
circ-Foxo3是由轉(zhuǎn)錄因子Foxo3編碼而來,能夠捕獲細胞周期蛋白2和周期蛋白依賴性激酶抑制物 p21從而抑制細胞增殖[18]。此外,Du等[19]發(fā)現(xiàn)circ-Foxo3與抗衰老蛋白ID-1及應(yīng)激相關(guān)蛋白FAK和缺氧誘導(dǎo)因子1α結(jié)合,能夠抑制細胞衰老,抵抗壓力應(yīng)激,均表明circRNAs與蛋白結(jié)合參與多種重要病理生理過程。
1.2調(diào)控基因表達 研究發(fā)現(xiàn)ElciRNAs多位于細胞核內(nèi),可順式調(diào)節(jié)基因轉(zhuǎn)錄,如circEIF3J和circPAIP2通過結(jié)合核內(nèi)小核糖核蛋白U1和RNA聚合酶Ⅱ直接影響親本基因的轉(zhuǎn)錄[15]。
circRNAs既能影響親本基因轉(zhuǎn)錄,同時,研究表明它也能編碼蛋白質(zhì)。Abouhaidar等[20]發(fā)現(xiàn)一種220 nt的circRNA上有核糖體插入位點,能夠編碼一種分子量為16 kD的蛋白質(zhì)。circMBL是由基因的第二個外顯子轉(zhuǎn)錄而來;近期,Koch等[21]發(fā)現(xiàn)在轉(zhuǎn)基因果蠅內(nèi),circMBL可編碼10 kD的蛋白質(zhì),同時,Legnini等[22]發(fā)現(xiàn)成肌差異表達的circ-ZNF609上有開放閱讀框架,能夠影響肌細胞增殖并能翻譯生成蛋白質(zhì),均提示circRNAs具有能夠編碼蛋白質(zhì)的功能。
1.3其它潛在功能 circRNAs可以與多種miRNAs結(jié)合干擾下游靶標,與AGO,RNA聚合酶Ⅱ,MBL等RBPs結(jié)合,與mRNA,lncRNAs等內(nèi)源性RNA 競爭結(jié)合位點,從而在相應(yīng)基因的轉(zhuǎn)錄和轉(zhuǎn)錄后水平發(fā)揮了重要調(diào)控作用,此類相互作用向我們展示了一個龐大的錯綜復(fù)雜的網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu),為神經(jīng)系統(tǒng)疾病的診斷和治療提供了全新的思路。
circRNAs廣泛存在于腦組織中,隨著神經(jīng)系統(tǒng)的發(fā)育、老化而蓄積,研究表明circRNAs與多種神經(jīng)系統(tǒng)疾病病理生理過程相關(guān),腦血管疾病作為神經(jīng)系統(tǒng)疾病中的一大類,已成為中國居民的主要死因和首位致殘原因[23],腦血管疾病相關(guān)circRNAs的發(fā)現(xiàn)為卒中后腦損傷的發(fā)生發(fā)展提供了理論依據(jù),的發(fā)現(xiàn)為卒中后腦保護治療提供了潛在的藥物靶點。
近期Mehta等[4]研究通過建立小鼠大腦中動脈閉塞模型,芯片檢測觀察不同復(fù)灌時點發(fā)現(xiàn)circRNAs的表達量發(fā)生顯著改變,并預(yù)測與之相結(jié)合的miRNAs及其下游生物學(xué)過程,提示circRNAs參與卒中后的病理生理過程,包括卒中后炎癥、氧化應(yīng)激、線粒體功能紊亂、凋亡及自噬等。
富含半胱氨酸運動神經(jīng)元蛋白1(cysteinerich motor neuron 1 protein,CRIM1)基因生成的circ-006839在卒中后不同復(fù)灌時點均差異表達,并影響了卒中后多種病理生理過程[4],CRIM1是一種跨膜蛋白,能與包括轉(zhuǎn)化生長因子β和血管內(nèi)皮生長因子等多種生長因子結(jié)合[24],并能與β連環(huán)蛋白和鈣黏素形成復(fù)合物,影響細胞連接和神經(jīng)系統(tǒng)的發(fā)育[25],CRIM1基因缺陷影響血管內(nèi)皮細胞的增殖、促進內(nèi)皮細胞凋亡[26],提示CRIM1相關(guān)circ-006839與卒中后血管功能紊亂有聯(lián)系。
核受體共激活劑2(nuclear receptor coactivator 2,NcoA2)基因生成的circ-015350與卒中后凋亡,氧化應(yīng)激等多種生物學(xué)過程相關(guān)[4],NcoA2是一種轉(zhuǎn)錄因子共激活劑,可調(diào)節(jié)轉(zhuǎn)錄因子的活性,同時也能抑制包括缺氧誘導(dǎo)因子1α和芳香烴受體蛋白等的活性,影響小管生成,進而影響血管內(nèi)皮細胞的增殖發(fā)育[27],NcoA2相關(guān)circ-015350調(diào)節(jié)轉(zhuǎn)錄因子活性,為卒中后腦保護治療提供了潛在的藥物靶點。
蛋白激酶A結(jié)合支架分子( protein kinase A-binding scaffolding molecule,AKAP7)基因生成的circ-000741影響卒中后多種轉(zhuǎn)錄因子和凋亡相關(guān)蛋白的表達[4],AKAP7主要表達于淋巴細胞中,在卒中后外周血中表達升高,與血腦屏障的完整性密切相關(guān),AKAP7相關(guān)circ-000741有望成為卒中后提示病情進展的外周血潛在分子標記物[28]。
研究表明染色體9p21鄰近基因INK4A-ARF核苷酸多態(tài)性與動脈粥樣硬化相關(guān)[29-30],circANRIL是INK4A-ARF基因位點上的反義轉(zhuǎn)錄物,核苷酸多態(tài)性可以通過調(diào)節(jié)ANRIL的剪接和circANRIL的生成影響ANRIL的轉(zhuǎn)錄,circANRIL可以與PES1(pescadillo homologue 1)結(jié)合,干擾血管平滑肌細胞內(nèi)mRNA前體的加工,同時,Holdt等[31]研究也發(fā)現(xiàn)circANRIL可以影響血管內(nèi)皮細胞的凋亡和炎癥因子的生成,降低動脈粥樣硬化的風險,減少腦血管病發(fā)率。
Boeckel等[32]發(fā)現(xiàn)人臍靜脈內(nèi)皮細胞低氧處理后通過深度測序,篩選得到目標circZNF292,低氧誘導(dǎo)使circZNF292表達量升高,沉默circZNF292可影響球體發(fā)芽和管腔形成,抑制內(nèi)皮細胞的增殖,進一步影響低氧狀態(tài)下血管內(nèi)皮細胞的新生。同時,對高糖誘導(dǎo)的人臍靜脈內(nèi)皮細胞行二代測序,篩選得到差異表達的circZNF609,證實circZNF609海綿吸附miR-615-5p,沉默circZNF609促進球體發(fā)芽,小管生成以及視網(wǎng)膜血管內(nèi)皮細胞的增殖[33], circRNAs可干擾血管內(nèi)皮細胞的增殖發(fā)育,進而影響血管功能。
Lin等[34]通過對海馬神經(jīng)元細胞行糖氧剝奪后,深度測序篩選目標circRNAs,發(fā)現(xiàn)目標circRNAs能夠通過海綿吸附miRNAs影響凋亡和免疫炎癥相關(guān)過程,提示參與了腦缺血再灌注損傷病理生理過程。細胞凋亡相關(guān)蛋白PARP存在于細胞核中,與DNA損傷修復(fù)密切相關(guān),研究發(fā)現(xiàn)上調(diào)miRNA-7可通過作用下游靶標PARP,影響細胞凋亡,抵抗缺血再灌注損傷[35],提示ciRS-7/miRNA-7參與血管損傷的分子調(diào)控,這些都為 circRNAs靶向治療腦血管疾病提供了潛在的思路。
circRNAs作為非編碼RNA的一種,因其高穩(wěn)定性及組織特異性,已成為近年來研究的熱點,研究表明circRNAs 與多種疾病的病理生理過程相關(guān),通過調(diào)控基因轉(zhuǎn)錄影響了多種疾病的發(fā)生發(fā)展。然而,circRNAs 對疾病的具體調(diào)節(jié)方式,及其組織特異性,與細胞內(nèi)各種分子間的相互作用還有待進一步探索。但circRNAs在神經(jīng)系統(tǒng)組織中含量豐富,其對轉(zhuǎn)錄及轉(zhuǎn)錄后的調(diào)控提示了 circRNAs對神經(jīng)系統(tǒng)疾病潛在的調(diào)控機制,同時,腦血管病相關(guān)circRNAs的研究為卒中后腦保護治療開辟了一個新的視角,為腦血管病的發(fā)生發(fā)展提供了新的理論基礎(chǔ),有望成為卒中后腦保護的藥物治療靶點和潛在分子標記物[36],circRNAs為腦血管疾病的診治提供了全新的方向。
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