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1例復(fù)合雜合突變導(dǎo)致遺傳性凝血因子Ⅺ缺陷癥家系的基因分析

2020-06-05 02:15方偉偉郭躍麗奚經(jīng)巧
浙江實(shí)用醫(yī)學(xué) 2020年1期
關(guān)鍵詞:證者遺傳性雜合

方偉偉,郭躍麗,奚經(jīng)巧

(溫州市中醫(yī)院,浙江 溫州 325015)

凝血因子Ⅺ (FⅪ),又稱為 “血漿凝血活酶前質(zhì)”,主要在肝細(xì)胞和巨核細(xì)胞中產(chǎn)生合成。可通過凝血酶、活化的凝血因子Ⅻ或自身裂解所激活,生成活化的FⅪ(FⅪa),進(jìn)而激活凝血因子Ⅸ,從而活化凝血級(jí)聯(lián)反應(yīng)。遺傳性FⅪ缺陷癥為常染色體隱性遺傳,男女均可發(fā)病?;颊吲R床出血表現(xiàn)輕重不一,主要表現(xiàn)為創(chuàng)傷或手術(shù)后出血增多,鮮有明顯的自發(fā)性出血,且FⅪ活性(FⅪ:C)水平高低與出血程度并不相關(guān)[1]。目前認(rèn)為該疾病的發(fā)生與FⅪ的基因突變有關(guān)[2]。本研究通過對(duì)一個(gè)復(fù)合雜合性(F11)基因突變導(dǎo)致的遺傳性FⅪ缺陷癥家系進(jìn)行實(shí)驗(yàn)室表型檢測(cè)與基因突變定位分析,初步探討其分子致病機(jī)制。

1 病例介紹

先證者,男,28歲。2018年6月因腮腺良性腫瘤收住入院,術(shù)前凝血常規(guī)檢查發(fā)現(xiàn)活化部分凝血活酶時(shí)間(APTT)為84.2秒,進(jìn)一步檢查發(fā)現(xiàn)FⅪ:C 為 3%,F(xiàn)Ⅺ抗原(FⅪ:Ag)為 8.6%。其他相關(guān)凝血指標(biāo)均無明顯異常,肝、腎功能正常,初步診斷為“FⅪ缺陷癥”。征得先證者及其家系成員知情同意后調(diào)查先證者及其家系3代6人,均無自發(fā)性出血癥狀,先證者父母非近親結(jié)婚,家系遺傳圖譜詳見圖1。正常對(duì)照:選擇100例體檢健康者,年齡22-56歲,無肝、腎功能異常,且無其他基礎(chǔ)性疾病,其中男53例,女47例,用于排除基因多態(tài)性。

2 方法

2.1 樣品采集與處理 采集受檢者外周靜脈血2.7mL,采用0.109mol/L枸櫞酸鈉1:9抗凝,3000r/min離心10分鐘,留取上層乏血小板血漿用于凝血指標(biāo)檢測(cè),下層血細(xì)胞用于提取基因組DNA。

圖1 遺傳性凝血因子Ⅺ缺陷癥家系圖

2.2 實(shí)驗(yàn)室表型檢測(cè) APTT、血漿凝血酶原時(shí)間(PT)、纖維蛋白原(FIB)、FⅪ:C、FⅧ活性(FⅧ:C)、FⅨ活性(FⅨ:C)、FⅫ活性(FⅫ:C)等凝血指標(biāo)采用一期凝固法在法國STAGO STA-R全自動(dòng)血凝儀上檢測(cè)(配套試劑由法國STAGO公司提供);FⅪ:Ag采用酶聯(lián)免疫吸附測(cè)定法檢測(cè)。所有操作步驟均嚴(yán)格按照試劑說明書進(jìn)行。

2.3 基因分析 DNA提取采用非離心柱型基因組DNA抽提試劑盒抽提先證者及家系成員的外周血基因組DNA。根據(jù)人類(F11)基因序列(GenBank AYl91837),應(yīng)用primer 5.0軟件共設(shè)計(jì)13對(duì)引物,以覆蓋(F11)基因的15個(gè)外顯子區(qū)域及其側(cè)翼序列。引物序列及PCR反應(yīng)條件參見文獻(xiàn)[2]。PCR產(chǎn)物經(jīng)1%瓊脂糖凝膠電泳鑒定,陽性標(biāo)本純化后進(jìn)行測(cè)序(上海桑尼生物科技有限公司)。將測(cè)序結(jié)果與Genbank 數(shù)據(jù)庫中(F11)基因序列(NG_008051.1)比對(duì),發(fā)現(xiàn)突變位點(diǎn)后反向測(cè)序予以證實(shí)。先擴(kuò)增先證者(F11)基因各外顯子、側(cè)翼序列以及5′端、3′端非翻譯區(qū),發(fā)現(xiàn)突變位點(diǎn)后再擴(kuò)增其他家系成員相應(yīng)外顯子片段。

2.4 氨基酸突變位點(diǎn)保守性分析 用ClustalX-2.1-win軟件將突變氨基酸與其他同源物種:黑猩猩(Pan troglodytes)、獼猴(Macaca mulatta)、家犬(Canis lupus familiaris)、牛 (Bos Taurus)、小 家 鼠(Mus musculus)、 褐 鼠 (Rattus norvegicus)、 原 雞(Gallus gallus)、熱帶爪蟾(Xenopus tropicalis)(同源物種氨基酸序列來源:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/homologene)的氨基酸序列進(jìn)行比對(duì),分析突變氨基酸在物種進(jìn)化過程中的保守性。

2.5 氨基酸突變前后生物信息學(xué)特性分析 用MutationTaster(http://www.mutationtaster.org)(蛋白質(zhì)參考ID:P00747和蛋白質(zhì)參考轉(zhuǎn)錄本ID:ENST00000308192)在線生物信息學(xué)軟件,通過評(píng)分結(jié)果預(yù)測(cè)基因突變對(duì)蛋白質(zhì)功能的影響,分?jǐn)?shù)越接近1表明預(yù)測(cè)結(jié)果越可靠。

2.6 氨基酸突變前后蛋白質(zhì)局部空間構(gòu),型變化分析 根據(jù)已知的FⅪ蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)模型構(gòu)建突變后模型,針對(duì)突變位點(diǎn)用Swiss-PdbViewer軟件分析(F11)基因突變前后由氨基酸變化引起的蛋白質(zhì)空間結(jié)構(gòu)的改變。

3 結(jié)果

3.1 實(shí)驗(yàn)室表型檢測(cè) 先證者的APTT為84.2秒,明顯延長,其FⅪ:C和FⅪ:Ag均明顯下降,分別為3%和8.6%;家系成員中其父親、母親、祖父和外祖母的FⅪ:C和FⅪ:Ag均下降至參考值的一半左右,其母親和外祖母的APTT稍延長于參考值,其他相關(guān)凝血指標(biāo)均無明顯異常。詳見表1。

表1 先證者及家系成員實(shí)驗(yàn)室表型檢測(cè)結(jié)果

3.2 基因分析 先證者(F11)的基因第7號(hào)外顯子存在c.738G>A雜合無義突變導(dǎo)致p.Trp228stop,第12號(hào)外顯子存在c.1325delT缺失突變導(dǎo)致p.L424CfsX8。其母親和外祖母存在p.Trp228stop突變雜合子,其父親和祖父存在p.L424CfsX8突變雜合子。詳見圖2、表2。

圖2 (F11)基因第7和第12外顯子測(cè)序結(jié)果。2A:c.738G>A 雜合無義突變;2B:c.738G 野生型;2C:c.1325delT缺失突變;2D:c.1325野生型。

表2 先證者及家系成員基因分析結(jié)果

3.3 同源性分析 ClustalX-2.1-win軟件保守性分析結(jié)果顯示,Leu424在同源物種間呈高度保守。詳見圖3。

圖3 Leu424同源性分析結(jié)果圖

3.4 突變對(duì)蛋白影響力評(píng)估 Mutation Taster對(duì)p.Leu424Cys的評(píng)分結(jié)果為1.000分,預(yù)示此突變可引起相關(guān)疾病。

3.5 模型分析 Swiss-PdbViewer軟件對(duì)FⅪ蛋白質(zhì)進(jìn)行模型分析發(fā)現(xiàn),在野生型FⅪ蛋白質(zhì)中非極性疏水性的Leu424與Pro421之間有一個(gè)氫鍵連接;當(dāng)突變?yōu)闃O性親水性的Cys424后,原有的氫鍵沒有改變,但與Pro421的同一部位又多了一條氫鍵連接,導(dǎo)致蛋白空間結(jié)構(gòu)發(fā)生改變。詳見圖4。

4 討論

成熟的FⅪ分子是由兩條多肽鏈通過二硫鍵連接形成的二聚體,F(xiàn)Ⅺ單鏈羧基端是胰蛋白酶樣絲氨酸蛋白酶結(jié)構(gòu)域(SP),氨基端由蘋果狀結(jié)構(gòu)域(AP)組成。遺傳性FⅪ缺陷癥主要與(F11)基因突變有關(guān),在其突變的數(shù)據(jù)(http://www.factorⅪ.com/)顯示:突變分布于(F11)基因的各結(jié)構(gòu)域,SP區(qū)的突變相對(duì)集中。FⅪ缺陷癥在一般人群中的發(fā)生頻率為1/10萬~1/100萬[3],而后續(xù)的研究數(shù)據(jù)顯示:輕度FⅪ缺陷癥的發(fā)生率比預(yù)期的要高[4]。FⅪ缺陷癥的發(fā)病率與基因突變類型具有種族差異。該病在猶太人群中尤其高發(fā),純合突變患者比例可高達(dá)1/190。人類基因組數(shù)據(jù)庫 (Human Gene Mutation Database,HGMD,http:/www.hgmd.cf.ac.uk/ac/a11.php)共收錄(F11)基因突變 240余種,其中78.3%為錯(cuò)義突變和無義突變,9.8%為剪切位點(diǎn)突變,7.4%為小片段的缺失,剩余4.5%則為其它類型突變。遺傳性FⅪ缺陷癥分為2型,F(xiàn)Ⅺ:Ag和FⅪ:C同步下降,屬于交叉反應(yīng)物質(zhì)(crossreation material,CRM)陰性型,若 FⅪ:C 降低而 FⅪ:Ag正常則為CRM陽性型。本文通過對(duì)一個(gè)遺傳性FⅪ缺陷癥家系進(jìn)行實(shí)驗(yàn)室表型檢測(cè)與基因突變分析,共發(fā)現(xiàn)了2個(gè)基因突變,分別為c.738G>A無義突變和c.1325delT缺失突變,均為CRM陰性型。

2003年武文漫等[3]首次報(bào)道位于AP3的c.738G>A 雜合無義突變(p.Trp228stop)。Shao等[5]發(fā)現(xiàn)該突變?cè)?7個(gè)中國FⅪ缺陷癥家系最為常見,是中國人群FⅪ缺陷癥的熱點(diǎn)突變,且為中國人所特有。p.Trp228stop突變翻譯而成的是截短型蛋白,高度不穩(wěn)定并迅速被降解[6]。但也有研究認(rèn)為,該無義突變產(chǎn)生的含有提前終止密碼子的mRNA可被一種稱之為 “無義介導(dǎo)衰變的mRNA監(jiān)視系統(tǒng)”迅速降解,使得循環(huán)中FⅪ減少[7]。

圖4 FⅪ蛋白質(zhì)模型圖。4A:野生型;4B:突變型;綠色虛線為氫鍵。

Leu424位于第12號(hào)外顯子SP區(qū)域,c.1325delT即1325號(hào)位置的T堿基缺失導(dǎo)致424后所有的氨基酸發(fā)生移碼突變。氨基酸保守性分析顯示,Leu424殘基在同源物種間呈高度保守,提示它是FⅪ分子的一個(gè)重要功能性位點(diǎn)。MutationTaster生物信息學(xué)預(yù)測(cè)軟件顯示此突變?yōu)橛泻ν蛔?,可?duì)蛋白質(zhì)功能造成一定的影響,從而引起相應(yīng)疾病。通過構(gòu)建氨基酸突變前后結(jié)構(gòu)模型可見424位Leu被Cys所替代并且在431位出現(xiàn)終止密碼子,導(dǎo)致編碼蛋白翻譯提前終止而產(chǎn)生截短蛋白。該蛋白因缺失部分結(jié)構(gòu)域,高度不穩(wěn)定,功能域的缺失及不穩(wěn)定性的增強(qiáng)影響了催化活性區(qū)[6],這可能是FⅪ:C及FⅪ:Ag下降的原因。

先證者基因分析顯示,(F11)基因第7號(hào)外顯子存在c.738G>A雜合無義突變導(dǎo)致p.Trp228stop,及第12號(hào)外顯子c.1325delT缺失突變導(dǎo)致p.L424CfsX8。其母親存在p.Trp228stop突變雜合子,其父親存在p.L424CfsX8突變雜合子,結(jié)合家系圖,先證者的p.Trp228stop雜合突變遺傳自其母親,p.L424CfsX8雜合突變遺傳自其父親。其父母為單一的雜合突變,F(xiàn)Ⅺ抗原與活性水平均降低至正常范圍的一半左右,雙重雜合突變導(dǎo)致先證者FⅪ抗原與活性水平極度降低,因此,該復(fù)合雜合突變與先證者FⅪ水平降低有關(guān)。有報(bào)道指出遺傳性FⅪ缺陷癥的單一純合突變和雙重雜合突變都可導(dǎo)致血漿FⅪ:C下降至15%以下,單一雜合突變的下降程度為15%~70%[8],與本文家系中有基因缺陷的家系成員FⅪ:C下降程度一致。本文100例正常對(duì)照者的基因均未發(fā)現(xiàn)p.L424CfsX8,排除了基因多態(tài)性的可能,同時(shí)查閱相關(guān)網(wǎng)站和文獻(xiàn),p.L424CfsX8突變尚未見報(bào)道。

綜上所述,本文通過對(duì)一個(gè)遺傳性FⅪ缺陷癥家系進(jìn)行實(shí)驗(yàn)室表型檢測(cè)和基因突變分析,發(fā)現(xiàn)了p.Trp228stop雜合無義突變和p.L424CfsX8雜合缺失突變,后者為國內(nèi)外首次報(bào)道。該家系人員FⅪ水平減低與這兩種突變有關(guān),但其確切的致病機(jī)制有待進(jìn)一步研究。

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