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基于COI 基因的六點天蛾屬分類學(xué)研究

2021-07-16 06:29孫永嶺孫穎慧齊周潔李亞寧
凱里學(xué)院學(xué)報 2021年3期
關(guān)鍵詞:亞種親緣緩沖液

孫永嶺,孫穎慧,王 辰,李 嬌,齊周潔,趙 宇,李亞寧

(德州學(xué)院,山東德州 253023)

六點天蛾屬MarumbaMoore,1882隸屬于鱗翅目天蛾科,親緣關(guān)系與舟蛾科較近,體型較大,翅展在75~120 mm.幼蟲多以林木、果樹葉片為食,也有種類危害農(nóng)作物及蔬菜、牧草,常造成爆發(fā)性災(zāi)害,對我國農(nóng)林業(yè)造成嚴重威脅[1].六點天蛾屬目前世界記錄有18種(不包含其亞種,且一種未命名),已發(fā)表的基因記錄約有193 條,約形成28 個集群,其中來自15 個國家的標本存放在15個機構(gòu)中,但是尚未發(fā)現(xiàn)有關(guān)中國種類的基因記述.

DNA條形碼(DNA Barcoding)最初由加拿大圭爾夫大學(xué)(University of Guelph)的動物學(xué)家Hebert 等[2]于2003 年提出,以DNA 序列為基礎(chǔ)建立物種識別體系,利用DNA 序列的差異進行種級階元的分類,并與林奈命名系統(tǒng)一一對應(yīng),引起國內(nèi)外學(xué)者的廣泛關(guān)注,為物種分類鑒定提供了新的研究方法和手段[3].隨著分子生物學(xué)技術(shù)的迅速發(fā)展,尤其是PCR 技術(shù)的日趨完善,越來越多的分子生物學(xué)技術(shù)應(yīng)用于物種的鑒定和分類[4].利用DNA 條形碼技術(shù)進行物種分類,相比于傳統(tǒng)的物種鑒定和分類方法有著快速、準確、可自動化的優(yōu)點.

COI 基因即線粒體細胞色素C 氧化酶亞基I(mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I,COI)是昆蟲線粒體基因組中一段約645個堿基長度的片段[5],具有高度保守序列且具有足夠變異位點的特征,故成為昆蟲分類和種群研究進化指標的重要檢測部分.COI基因作為DNA 條形碼的優(yōu)勢不僅在于近緣種之間序列位點信息具有足夠差異性,還在于其能夠被通用引物廣泛擴增[6].

本研究旨在通過DNA 條形碼技術(shù)對六點天蛾屬進行鑒別并與傳統(tǒng)分類學(xué)方法進行比較分析,以期找到更加快捷方便的物種鑒定方法.

1 材料與方法

1.1 材料

虛擬實驗中六點天蛾屬種及其亞種共31 個樣本COI 片段序列來自BOLD 數(shù)據(jù)庫(Barcoding of life data),序列編號見表1.實體實驗中六點天蛾屬于2017 年8 月11 日于山東青島嶗山北九水300 m采得的梨六點天蛾(Marumba gaschkewitschi complacensWalker)樣本,常溫保存、常規(guī)方法干制而成.

表1 六點天蛾屬Marumba種及其亞種COI片段序列

1.2 方法

1.2.1虛擬實驗

將BOLD 數(shù)據(jù)庫中六點天蛾屬中17 種及14 亞種的基因序列進行下載,利用MEGA7.0 軟件對其構(gòu)建NJ樹(The NJ tree),計算其遺傳距離[7],分析其種間差異和NJ樹解析度的準確性[8].

1.2.2實體實驗

1.2.2.1總基因組的提取

取樣品足,剪碎,取少量,提取總DNA.加入15μL緩沖液GA到0.2 mL離心管中,放入樣品.加入10μL蛋白酶K溶液,渦旋混勻10 s.56℃孵育3 h,可過夜,使樣本充分降解消化.加入25μL緩沖液GA,混勻.再加入50μL 緩沖液GB 和1μLCarrier RNA 儲存液,濃度為1μg/μL,渦旋混勻10s.加入50 μL的無水乙醇(96%-100%),如果室溫超過25℃,要先將乙醇置冰上預(yù)冷[9].輕輕顛倒混勻樣品,室溫放置5 min,簡短離心以去除管蓋內(nèi)壁的液滴.取上一步所得溶液添加到一個吸附柱CR2 中(吸附柱放入收集管中),12 000 rpm(~13 400×g)離心30 s,棄廢液,將吸附柱CR2 放回收集管中.向吸附柱CR2中加入500 μL緩沖液GD,12 000 rpm(~13 400×g)離心30 s,棄廢液.向吸附柱CR2中加入600 μL漂洗液PW,12 000 rpm(~13 400×g)離心30 s,棄廢液,將吸附柱CR2放回收集管中.重復(fù)操作.12 000 rpm(~13 400×g)離心2 min,倒掉廢液,將吸附柱CR2 置于室溫放置3 min左右.將吸附柱CR2轉(zhuǎn)入一個干凈的離心管中,向吸附膜中間位置懸空滴加20~50μL洗脫緩沖液TB,室溫放置2~5 min,12 000 rpm(~13 400×g)離心2 min,將溶液收集到離心管中.

1.2.2.2PCR擴增

COI 基因擴增引物為針對鱗翅目設(shè)計的引物,引物序列為(LEPF1:ATTCAACCAATCATAAAGATATTGG;LEPR1:TAAACTTCTGGATGTCCAAAAAATCA),引物由北京擎科新業(yè)技術(shù)有限公司合成可特異地擴增鱗翅目部分線粒體DNA 的COI 基因片段.PCR 反應(yīng)體系總體積為50μL,其中含有25μL 的2×Es Taq MasterMix(Dye),2μL 的Forward Primer 10μM,2μL 的Reverse Primer 10μM,小于0.5μg 的Template DNA,加入使總體積達到50μL 的ddH2O.擴增COI 基因的反應(yīng)順序為:循環(huán)前94℃預(yù)變性2 min,94℃變性30 s,55-65℃退火30 s,72℃延伸30 s,進行25~35個循環(huán),最后72℃終延伸2 min.

1.2.2.3產(chǎn)物純化及測序

PCR 產(chǎn)物用1.5%的瓊脂糖凝膠電泳進行回收,直接作為測序的模板,測序由諾禾致源生物信息科技有限公司完成.

2 實驗數(shù)據(jù)的處理

采用MEGA 7.0對序列進行分析并構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹.首先對序列進行多重比對,然后用ML法(最大似然法)[10]構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹,選擇Bootstrap 100次檢驗各支的置信度.以17種六點天蛾為一組,以31 種及其亞種六點天蛾為一組,分析序列并構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹.另外還要利用MEGA 7.0,計算不同物種間的遺傳距離.

3 結(jié)果

4 結(jié)論與討論

我們以Notodonta pacifical與N.manitou為外群,構(gòu)建17種六點天蛾的NJ進化樹.由圖1可得知17 種六點天蛾中遺傳距離最小的是M.timora與M.juvencus,為0.032,最大為M.gaschkewitschii與M.fenzelii,是0.114.由圖2 可以看出M.dyras,M.timora,M.juvencus,M.amboinicus,M.cristata的親緣關(guān)系相近,聚集在一起,構(gòu)成姐妹群體[11];M.indicus,M.tigrina,M.quercus三者的親緣關(guān)系相近,聚集在一起,構(gòu)成另一個姐妹群體;M.saishiuanna,M.nympha兩者的親緣關(guān)系相近;M.fenzelii和M.jankowskii的親緣關(guān)系相近,同樣聚集在一起成為一個姐妹群體;M.spectabilis,M.gaschkewitschii,M.mackii三者的親緣關(guān)系相近,聚集在一起,也構(gòu)成一個姐妹群體.再由圖1可以得出M.dyras,M.timora,M.juvencus,M.amboinicus,M.saishiuanna五者之間遺傳距離最小的是M.timora與M.juvencus,為0.032;M.indicus,M.tigrina,M.quercus三者之間遺傳距離最小的是M.indicus與M.tigrina,為0.056;M.saishiuanna,M.nympha兩者的遺傳距離為0.073;M.fenzelii,M.jankowskii兩者的遺傳距離為0.051;M.spectabilis,M.gaschkewitschii,M.mackii三者之間遺傳距離最小的是M.mackii與M.Spectabilis,為0.070.

圖1 17種六點天蛾屬種間遺傳距離

圖2 基于COI基因序列17種六點天蛾NJ進化樹(以Notodonta pacifical與N.manitou為外群)

圖2中加粗部分為置信度超過90的數(shù)據(jù),在統(tǒng)計學(xué)中,置信度超過90的數(shù)據(jù)可信度較高,所以由圖2 得出的“M.gaschkewitschii,M.mackii,M.spectabilis三者的親緣關(guān)系相近”與“M.fenzelii,M.jankowskii兩者的親緣關(guān)系相近”的結(jié)論準確性較高,而其他結(jié)論需待進一步實驗確定.

從圖3NJ進化樹上分析,I號5種(M.cristata cristata,M.cristata titan,M.cristata bukaiana,M.cristata borneensis,M.cristata centrosinica)、II 號3 種(M.amboinicus luzoni,M.amboinicus celebensis,M.amboinicus amboinicus)、III 號5 種(M.gaschkewitschi carstanjeni,M.gaschkewitschi gressitti,M.gaschkewitschi echephron,M.gaschkewitschi irata,M.gaschkewitschi complacens),IV 號2 種(M.saishiuana,M.saishiuana formosana)均位于一個分支,有較近的親緣關(guān)系,這與傳統(tǒng)分類學(xué)上的命名相符.且I 號5 種、III 號5 種和IV 號2 種總分支的置信度較高,所以準確性較高.M.spectabilis spectabilis與M.spectabilis malayana之間,M.dyras dyras與M.dyras javanica之間,從命名關(guān)系上看應(yīng)該有較近的親緣關(guān)系,但與NJ 樹不符.M.gaschkewitschii gaschkewitschii與I 號從傳統(tǒng)命名關(guān)系上看也應(yīng)有較近的親緣關(guān)系但與數(shù)據(jù)結(jié)果不符.造成以上問題原因可能為基因序列太短,存在誤差.同時,同一物種之間存在多種多態(tài)性,如單核苷酸多態(tài)性(SNP),也容易造成誤差.以上問題需待進一步實驗研究與討論確定原因.

圖3 基于COI基因序列31種(亞種)六點天蛾NJ進化樹(以Notodonta pacifical與N.manitou為外群)

對比圖2 和圖3 可以看出,圖2 中“M.gaschkewitschii,M.mackii,M.spectabilis三者的親緣關(guān)系相近”與“M.fenzelii,M.jankowskii兩者的親緣關(guān)系相近”的結(jié)論,在圖3 中有同樣的體現(xiàn),證明了其準確性.

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