亞族
- 黑果枸杞XTH轉(zhuǎn)錄因子家族鑒定與生物信息學(xué)分析
家族成員分為4個(gè)亞族(圖3),除III A和Ancestral亞族不含有LrXTH成員外,III B亞族含有基因LrXTH2,LrXTH13和LrXTH14,其余成員則位于I/II亞族。同時(shí)I/II亞族的XTH蛋白數(shù)量較多,共有16名成員,AtXTH1,AtXTH2,AtXTH3和AtXTH11基因則被歸入Ancestral亞族。同時(shí)在系統(tǒng)發(fā)育樹中部分XTH基因形成了相關(guān)姐妹對(duì),如LrXTH14和NtXTH47,LrXTH1和NP_001 234369.2
草地學(xué)報(bào) 2023年10期2023-11-02
- 植物bHLH轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控鐵穩(wěn)態(tài)的研究進(jìn)展
錄因子家族之一，亞族豐富［11］，擬南芥、水稻中的所有bHLH家族成員可分為32個(gè)亞族，其中擬南芥中包含的bHLH家族成員有162個(gè)，水稻中包含167個(gè)［12］。bHLH蛋白是一個(gè)真核轉(zhuǎn)錄因子家族，調(diào)節(jié)與細(xì)胞分化和發(fā)育有關(guān)的一系列基因的表達(dá)［13］。bHLH家族以其高度保守的堿性/螺旋-環(huán)-螺旋結(jié)構(gòu)域命名，bHLH結(jié)構(gòu)域由大約60個(gè)氨基酸殘基組成，分為兩個(gè)區(qū)域，一個(gè)是堿性區(qū)，通常由13-17個(gè)氨基酸組成，位于氨基酸序列的N端，負(fù)責(zé)二聚化和參與DNA與E-b
生物技術(shù)通報(bào) 2023年7期2023-08-15
- 普通煙草GATA 轉(zhuǎn)錄因子家族鑒定及基因表達(dá)分析
構(gòu)特征可分為兩個(gè)亞族，其中GATA1-3 為一個(gè)亞族，GATA4-6為另一亞族［5］。有研究表明，動(dòng)物中GATA轉(zhuǎn)錄因子與細(xì)胞的增殖分化以及動(dòng)物個(gè)體的生長(zhǎng)發(fā)育有著密切聯(lián)系［2］，其中GATA1-3與動(dòng)物細(xì)胞的造血功能密切相關(guān)［6］，而GATA4-6在動(dòng)物心臟形成過程中發(fā)揮重要作用［7-8］。與動(dòng)物的GATA轉(zhuǎn)錄因子家族不同，真菌中大多數(shù)的GATA蛋白僅包含單個(gè)鋅指結(jié)構(gòu)域，通常分為兩大類：一類GATA蛋白是帶有17個(gè)殘基的Ⅳa 型鋅指（C-X2-C-X17-
煙草科技 2023年1期2023-02-21
- 植物ABC轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白功能研究進(jìn)展
物ABC分為8個(gè)亞族(ABCA～ABCG和ABCI)，植物中未發(fā)現(xiàn)ABCH 亞族成員，但存在一類特殊的細(xì)菌類型 ABC 轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白，被命名為 ABCI 亞族[1]。目前，研究較多的為 ABCG、ABCB和ABCC[18]。ABC 轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白參與植物體中多種重要的轉(zhuǎn)運(yùn)過程，其轉(zhuǎn)運(yùn)功能需要NBD和TMD的共同參與。由于NBD的高度保守性和每個(gè)亞族結(jié)構(gòu)的相似性，導(dǎo)致其轉(zhuǎn)運(yùn)功能具有專一性，也具有相似性。2 ABC轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白功能2.1 ABCA亞族迄今為止，在人類基因組中
西北農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2023年1期2023-02-15
- 菠蘿R2R3-MYB基因家族S20亞族的鑒定
一步細(xì)分為22個(gè)亞族[5]，其中S20亞族包括MYB2、MYB62、MYB78、MYB108、MYB112和MYB116，與植物逆境脅迫響應(yīng)、衰老及后續(xù)的細(xì)胞凋亡過程有關(guān)。擬南芥AtMYB2參與缺氧反應(yīng)調(diào)控，能與缺氧響應(yīng)基因上游的MYB結(jié)合位點(diǎn)(MBS)結(jié)合并誘導(dǎo)相關(guān)基因的表達(dá)[8]；桉樹EgMYB2能與木質(zhì)素合成相關(guān)的肉桂酰輔酶A還原酶(CCR)以及肉桂醇脫氫酶(CAD)基因的啟動(dòng)子結(jié)合，調(diào)控木質(zhì)素生物合成和次生細(xì)胞壁形成[9]。AtMYB62受低磷信號(hào)
西北農(nóng)林科技大學(xué)學(xué)報(bào)（自然科學(xué)版） 2022年12期2022-12-07
- 黑莓果實(shí)發(fā)育過程中蔗糖磷酸合成酶基因的表達(dá)分析
4個(gè)SPS基因亞族[5]中，除了D亞族僅存在于單子葉植物中[6]，其他亞族成員在單、雙子葉植物中均有發(fā)現(xiàn)。A亞族廣泛存在于植物的各個(gè)組織中，B亞族主要存在于植物的生殖器官，C亞族主要存在于植物的成熟組織中。目前，在擬南芥(Arabidopsisthaliana)中共發(fā)現(xiàn)4個(gè)SPS基因，分別為SPSA1、SPSA2、SPSB和SPSC，其中SPSA1主要在光合作用合成蔗糖過程中發(fā)揮重要作用[7]，SPSA1參與花粉末期蔗糖合成[8]，SPSA1和SPSA2
- 莖用萵苣2個(gè)WRKYⅢ亞族轉(zhuǎn)錄因子基因的克隆與表達(dá)
KY家族分為3個(gè)亞族Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ，其中WRKYⅡ亞族可以進(jìn)一步分為Ⅱa、Ⅱb、Ⅱc、Ⅱd和Ⅱe[9-10]。與WRKYⅠ和WRKYⅡ相比，WRKYⅢ亞族含有C2HC鋅指結(jié)構(gòu)(C-X7-C-X23-H-X1-C)，同時(shí)在植物進(jìn)化過程中，WRKYⅢ亞族被認(rèn)為是3個(gè)亞族中適應(yīng)性最強(qiáng)、最先進(jìn)的亞族[11]。研究表明，WRKY蛋白在生物脅迫(如害蟲、病原感染)、非生物脅迫(如干旱、鹽、低溫、高溫、活性氧等)、激素和生長(zhǎng)發(fā)育調(diào)控中發(fā)揮重要作用[11-13]。目前已在多種
西北植物學(xué)報(bào) 2022年10期2022-11-26
- 楊梅全基因組的GATA轉(zhuǎn)錄因子鑒定、功能及進(jìn)化分析
染色體上均有第Ⅰ亞族基因的分布；第Ⅳ亞族的成員全分布于“CM025855.1”號(hào)染色體上，且該染色體上的MrGATA基因密度最高，共包含了來自Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ亞家族的8個(gè)基因.表1 MrGATA轉(zhuǎn)錄因子家族信息2.2 楊梅MrGATA轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)構(gòu)域比對(duì)及分類為了進(jìn)一步揭示MrGATA轉(zhuǎn)錄因子的基序組成，利用MEME鑒定MrGATA轉(zhuǎn)錄因子的保守基序(圖1)，所有的MrGATA轉(zhuǎn)錄因子都存在motif1基序，即GATA結(jié)構(gòu)域.并且各基序在4類亞族之間的分布存
- 黃花蒿Dof基因家族鑒定及在GA-UV處理下對(duì)青蒿素生物合成的影響＊
C2.1外的所有亞族中，其中C3亞族的所有序列均顯示為細(xì)胞外定位，這可能與其參與調(diào)控的功能機(jī)制密切相關(guān)[27]。表2 黃花蒿Dof家族基本信息2.2 黃花蒿Dof家族系統(tǒng)進(jìn)化分析將AaDof 蛋白序列與36 個(gè)擬南芥Dof 序列及部分水稻和番茄[5,8]中報(bào)道的Dof 序列進(jìn)行同源對(duì)比，并以鄰接法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹。聚類結(jié)果顯示AaDof序列易與自身聚為一支，具有較高的保守性，此外較多與番茄Dof 序列聚為一支，顯示二者進(jìn)化更為相似。依據(jù)Lijavetzky
- 二穗短柄草CYP72A亞族成員表達(dá)分析及亞細(xì)胞定位
0被歸類為同一個(gè)亞族。CYP72基因家族是CYP450中參與次生代謝的最大的酶類族群之一，CYP72A屬于CYP72基因家族中的一個(gè)亞族，在被子植物中十分保守。二穗短柄草(L.)植株矮小、生育期短、基因組小，與小麥()等禾谷類作物的親緣關(guān)系較近，且二倍體二穗短柄草(2=10)的基因組與擬南芥()的基因組大小相仿，擁有草類植物種類中最簡(jiǎn)單的基因組，因此被作為小麥研究的理想模式植物。有研究表明，CYP72A亞族氧化酶參與多種代謝途徑。苜蓿()CYP72A67是
江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué) 2022年17期2022-09-24
- 谷子GRAS轉(zhuǎn)錄因子家族的全基因組鑒定、表達(dá)分析及標(biāo)記開發(fā)
的N末端序列在各亞族間差異較大。在同一亞家族中，SiGRAS蛋白質(zhì)的氨基酸序列表現(xiàn)出高度一致性(圖2)。注：外顯子和內(nèi)含子分別用黑色方框和黑色線條表示，UTR用淺灰色方框表示。不同顏色代表不同的結(jié)構(gòu)域。Note: Exons and introns were indicated by dark boxes and dark lines respectively, UTRs were indicated by light grey boxes. Differ
核農(nóng)學(xué)報(bào) 2022年9期2022-09-21
- 基于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的生姜ZoWRKY基因家族鑒定及逆境響應(yīng)分析
蛋白可分為Ⅰ和Ⅱ亞族，其中亞族Ⅰ含有2個(gè)WKRY結(jié)構(gòu)域，其他亞族含有1個(gè)WKRY結(jié)構(gòu)域[9]；結(jié)合C端鋅指結(jié)構(gòu)域的差異，又可分為Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ亞族，其中Ⅱ亞族又細(xì)分為Ⅱ-a+Ⅱ-b、Ⅱ-c和Ⅱ-d+Ⅱ-e 亞組[10]。WRKY轉(zhuǎn)錄因子廣泛參與植物系統(tǒng)發(fā)育[11-12]、逆境應(yīng)答[13-14]和轉(zhuǎn)錄激活[15-16]等過程。LbWRKY3基因參與枸杞（Lycium barbarum L.）果實(shí)生長(zhǎng)發(fā)育調(diào)控[17]；CaWRKY40和CaWRKY6在辣椒（Cap
作物雜志 2022年4期2022-09-13
- 甜瓜Trihelix轉(zhuǎn)錄因子的鑒定與生物信息學(xué)分析
和SIP1等5個(gè)亞族。此家族每個(gè)亞族的結(jié)構(gòu)域都十分保守，每個(gè)α螺旋均有1個(gè)保守的色氨酸。每個(gè)亞族間卻不同，GT-2亞族的N、C端分別有1個(gè)Trihelix保守結(jié)構(gòu)域，GT-2C、SH4及GT-1亞族中的Trihelix結(jié)構(gòu)域內(nèi)部疏水區(qū)都有1個(gè)色氨酸殘基。GTγ亞族中有1個(gè)第四α螺旋和N端Trihelix結(jié)構(gòu)域，SH4亞族無(wú)前者，即(F/Y)-(F/Y)-X-X-(L/I/M)-X-X-(L/I/M)保守序列，其余Trihelix亞家族均含有此結(jié)構(gòu)域。異亮氨
江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué) 2022年16期2022-08-26
- 黃芩MYB轉(zhuǎn)錄因子家族全基因組鑒定與分析
MYB可分為4個(gè)亞族：1R-MYB、2R-MYB(R2R3-MYB)、3R-MYB和4R-MYB，R2R3-MYB是數(shù)量最多、功能也最為廣泛的亞族[5-7]。MYB轉(zhuǎn)錄因子是目前研究較多的轉(zhuǎn)錄因子家族，廣泛參與調(diào)控植物的生長(zhǎng)發(fā)育、抗逆脅迫、次級(jí)代謝產(chǎn)物的積累。已報(bào)道研究中，MYB參與調(diào)控植物黃酮類成分合成的報(bào)道居多，如蘋果(Malusdomestica)MdMYB9和MdMYB11都能與花青素合成酶(Anthocyanin Synthetase，ANS)、
世界中醫(yī)藥 2022年13期2022-08-24
- 甜橙TIFY基因家族的鑒定及其在成花誘導(dǎo)中的表達(dá)分析
L和PPD共4個(gè)亞族[1-3]。其中TIFY亞族只包含TIFY結(jié)構(gòu)域；JAZ亞族包含TIFY和Jas結(jié)構(gòu)域；ZML亞族包含TIFY、CCT和ZML結(jié)構(gòu)域；PPD亞族包含TIFY、PPD和一個(gè)不完整的Jas結(jié)構(gòu)域[4]。TIFY基因最早在擬南芥中發(fā)現(xiàn)，因其含有TIFY保守結(jié)構(gòu)域并參與花序發(fā)育而得到確認(rèn)[5]。目前，牽牛花[6]、桃[7]和番茄[8]等植物中的TIFY基因已被陸續(xù)鑒定出來，并對(duì)其調(diào)控植物成花相關(guān)功能進(jìn)行了深入研究。Kim等[6]利用轉(zhuǎn)基因技術(shù)將
西北農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2022年7期2022-07-22
- 油菜F-box-LRR基因全基因組鑒定與核盤菌誘導(dǎo)應(yīng)答分析
box-LRR 亞族分為61、19、16個(gè)[16,33～35]。經(jīng)濟(jì)作物蘋果、梨中分別含有517 和226個(gè)F-box基因，其中F-box-LRR 亞族分別為34 和3個(gè)[34,36]。數(shù)以百計(jì)的F-box基因存在于各種植物中，這使其成為植物最大的基因家族之一，然而還沒有對(duì)F-box-LRR亞族進(jìn)行單獨(dú)分析。油菜是我國(guó)重要的油料作物，菜籽油是我國(guó)主要的食用油，同時(shí)也是重要的飼料蛋白來源[2,37]。隨著油菜基因組計(jì)劃的持續(xù)推動(dòng)，目前已獲得了油菜不同品種（D
中國(guó)油料作物學(xué)報(bào) 2022年3期2022-07-08
- 黑果枸杞GRF轉(zhuǎn)錄因子家族鑒定與生物信息學(xué)分析
Fs被分成 7個(gè)亞族(Ⅰ～Ⅶ)，Ⅰ亞族含有LrGRF1和LrGRF5，Ⅱ亞族含有LrGRF9，Ⅲ亞族沒有含有LrGRF基因，Ⅳ亞族含有LrGRF4，LrGRF7，LrGRF11和LrGRF13，Ⅴ亞族含有LrGRF3和LrGRF12，Ⅵ亞族含有LrGRF8，LrGRF10和LrGRF14，Ⅶ亞族含有LrGRF2和LrGRF6。同時(shí)還表明IV亞族和Ⅶ亞族的GRF蛋白數(shù)量較多，分別有15和13名成員，沒有水稻和玉米GRF蛋白則被歸入Ⅰ，Ⅴ和Ⅵ亞族。此外，在系統(tǒng)
草地學(xué)報(bào) 2022年6期2022-07-08
- 毛果楊ZHD家族全基因組水平鑒定及在干旱脅迫下的表達(dá)分析
可以分成 7 個(gè)亞族 (Ⅰ～Ⅶ)[5，8，12]，PtrZHD不同亞族中即包括單子葉植物又包括雙子葉植物，表明該基因家族的分化早于單雙子葉植物的分化。圖1 毛果楊、擬南芥、水稻和大白菜ZHD家族系統(tǒng)進(jìn)化樹Figure 1 Phylogenetic tree of ZHD protein family in P. trichocarpa， A. thaliana ， O. sativa and B. rapa ssp. pekinensis2.3 PtrZH
浙江農(nóng)林大學(xué)學(xué)報(bào) 2022年3期2022-06-28
- Sox基因家族在水生動(dòng)物性腺發(fā)育中的功能研究進(jìn)展
為A～K 11個(gè)亞族，被報(bào)道參與調(diào)控胚胎、性腺及神經(jīng)系統(tǒng)的發(fā)育，以及心臟、血管和骨骼的發(fā)生等多項(xiàng)生長(zhǎng)發(fā)育過程[3]。本文對(duì)Sox基因家族的發(fā)現(xiàn)、鑒定及分類進(jìn)行了概述，并對(duì)其在水生動(dòng)物性腺發(fā)育中的功能研究進(jìn)展進(jìn)行綜述，以期為更好地研究水生動(dòng)物Sox基因家族調(diào)控方式和具體功能提供參考，為深入研究并進(jìn)一步完善水生動(dòng)物的性腺發(fā)育調(diào)控機(jī)制提供基礎(chǔ)資料。1 Sox基因家族的發(fā)現(xiàn)與鑒定最早得到鑒定的Sox基因家族成員是SRY(Sry)基因即Y染色體上的性別決定基因，現(xiàn)已
生物學(xué)雜志 2022年3期2022-06-20
- 單葉薔薇bZIP轉(zhuǎn)錄因子家族鑒定與表達(dá)分析
IP蛋白分為12亞族(圖1)。在Dr?ge-Laser等[1]研究的進(jìn)化樹中，ATbZIP72單獨(dú)組成M亞族，但是在單葉薔薇與擬南芥共同構(gòu)建的進(jìn)化樹中，ATbZIP72被分入E亞族中。不同亞族單葉薔薇的基因數(shù)目不同，最大的S亞族和A亞族具有9個(gè)成員。J亞族不含單葉薔薇bZIP蛋白，推測(cè)這些蛋白質(zhì)在單葉薔薇進(jìn)化過程中丟失。2.3 單葉薔薇bZIP轉(zhuǎn)錄因子家族保守序列、基因結(jié)構(gòu)與啟動(dòng)子分析單葉薔薇bZIP轉(zhuǎn)錄因子家族的基序分布和基因結(jié)構(gòu)分析結(jié)果見圖2。在10個(gè)
西北農(nóng)林科技大學(xué)學(xué)報(bào)（自然科學(xué)版） 2022年6期2022-06-14
- 芹菜TCP基因家族全基因組鑒定、進(jìn)化分析和表達(dá)研究
CP基因分為兩大亞族：ClassⅠ亞族（PCF或TCP-P）和ClassⅡ亞族（TCP-C）[9]。這兩類蛋白之間最顯著的區(qū)別是在I亞族蛋白的堿性區(qū)域相對(duì)于Ⅱ類蛋白缺失了4個(gè)氨基酸。根據(jù)氨基酸序列的差異，Ⅱ亞族蛋白又可進(jìn)一步分為CIN和CYC/TB1兩個(gè)亞類，尤其是在TCP結(jié)構(gòu)域的堿性區(qū)域。隨著多個(gè)物種基因組測(cè)序的完成，越來越多的TCP轉(zhuǎn)錄因子家族相繼被挖掘和鑒定。研究表明，TCP基因在植物生長(zhǎng)發(fā)育的許多生物學(xué)過程中發(fā)揮著重要作用，包括種子萌發(fā)[10]、葉
- 人參bZIP基因家族生物信息學(xué)分析
重要調(diào)控作用；A亞族成員/（）、（）、/（）參與干旱脅迫和鹽脅迫調(diào)控，推測(cè)與A亞族成員具有同源關(guān)系的、、、在干旱脅迫和鹽脅迫條件下具有相似調(diào)控作用。人參；；生物信息學(xué)；基因家族；鹽脅迫；干旱脅迫作為成員眾多的轉(zhuǎn)錄因子家族，在植物領(lǐng)域研究較為透徹[1]。該基因家族對(duì)植物的生長(zhǎng)發(fā)育有重要調(diào)節(jié)作用，參與植物次生代謝和非生物脅迫的調(diào)控[2-3]。通過前人研究成果發(fā)現(xiàn)，在擬南芥、陸地棉、花生、小麥、番茄等植物中分別含有75、151、112、156、70個(gè)基因成員[4
中草藥 2022年9期2022-05-06
- 桃NAC家族基因生物信息學(xué)分析及其響應(yīng)低溫脅迫的表達(dá)特征
個(gè)被劃分為12個(gè)亞族(Ⅰ～Ⅻ)，每個(gè)亞族的成員數(shù)量為1～22。其中，第Ⅹ亞族成員數(shù)量最少，只包含1個(gè)基因；第Ⅰ亞族成員數(shù)量最多，包含22個(gè)基因。為了鑒定的結(jié)構(gòu)多樣性，分析了單個(gè)基因序列中的外顯子-內(nèi)含子數(shù)量。結(jié)果(圖1-B)顯示：19個(gè)基因沒有內(nèi)含子，除026外均處于第Ⅷ和第Ⅸ亞族中；其余基因至少包含1個(gè)內(nèi)含子(005、017、023、034、069、071、086、091、092、095)，最多包含9個(gè)內(nèi)含子(029)。同一亞族內(nèi)的基因內(nèi)含子數(shù)量和長(zhǎng)度基
浙江農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2022年4期2022-04-27
- 家蠶Fox轉(zhuǎn)錄因子在精巢中的表達(dá)特征及BmFoxL2在精巢發(fā)育中的功能初探
性，可分為19個(gè)亞族：FoxA～FoxS(Weigeletal., 1989; Kerschneretal., 2014)。不同F(xiàn)ox蛋白已被證明在哺乳動(dòng)物和昆蟲的組織發(fā)育和先天免疫等多種生物學(xué)過程中發(fā)揮關(guān)鍵作用。在黑腹果蠅Drosophilamelanogaster中，F(xiàn)oxN3(CHES-1-like)的過表達(dá)會(huì)導(dǎo)致精巢形態(tài)異常，并抑制精子發(fā)生的過程(Yuetal., 2016)。甜菜夜蛾SpodopteraexiguaSeFox蛋白結(jié)構(gòu)與家蠶BmFo
環(huán)境昆蟲學(xué)報(bào) 2022年1期2022-03-24
- 甜橙SPL基因家族的鑒定及其在成花誘導(dǎo)中的表達(dá)分析
Ls被劃分成8個(gè)亞族，同一亞族CsSPLs的基因結(jié)構(gòu)較為相似，如CsSPL1、CsSPL8和CsSPL14同屬S9亞族，均含3個(gè)長(zhǎng)度相似的外顯子，證明親緣關(guān)系近的CsSPLs具有較保守的基因結(jié)構(gòu)。CsSPLs的蛋白序列含有10個(gè)保守性較強(qiáng)的Motif(圖3)。除CsSPL5只含Motif 1和Motif 3外，其余CsSPLs均含有Motif 1、Motif 2和Motif 3。此外，CsSPL10、CsSPL12和CsSPL15還含有Motif 4～Mo
西北植物學(xué)報(bào) 2022年1期2022-03-09
- 大豆PP2C家族基因鑒定與響應(yīng)鹽脅迫的轉(zhuǎn)錄組分析
基因被分為13個(gè)亞族(A～E、F1、F2、G～L)，另外有7個(gè)未被分組。亞族A的PP2C蛋白在ABA信號(hào)網(wǎng)絡(luò)中發(fā)揮重要作用，參與調(diào)節(jié)生理過程和脅迫響應(yīng)，例如干旱、極端溫度和鹽脅迫等。正常條件下，擬南芥亞族A中的PP2C蛋白能夠與SnRK2s蛋白激酶結(jié)合抑制其活性；而在植物響應(yīng)非生物脅迫時(shí)，PYR/PYL蛋白能夠耦合脫落酸(abscisic acid，ABA)，進(jìn)而結(jié)合亞族A中的PP2C蛋白，使其釋放SnRK2s蛋白激酶，進(jìn)而激活下游轉(zhuǎn)錄因子以適應(yīng)逆境脅迫。
浙江農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2022年2期2022-03-03
- 大豆HSP20基因的鑒定及表達(dá)分析
的同源性。在各個(gè)亞族中，成員數(shù)量不一，CI有26個(gè)成員，CⅡ有2個(gè)，CⅢ有2個(gè)，P有7個(gè)，ER有6個(gè)，MI有4個(gè)，MⅡ有2個(gè)，Po有3個(gè)，未知功能的UN1亞族有2個(gè)，UN2有2個(gè)，UN3有13個(gè)。大多數(shù)GmHSP20基因分布在細(xì)胞質(zhì)或細(xì)胞核中，少量分布在細(xì)胞器內(nèi)。圖2 GmHSP20基因進(jìn)化樹2.3GmHSP20基因啟動(dòng)子原件分析為了研究GmHSP20基因在進(jìn)化過程中的多樣性變化，對(duì)基因結(jié)構(gòu)進(jìn)行分析，結(jié)果（圖3左）表明，家族基因在結(jié)構(gòu)上較為保守，雖然56個(gè)
湖南農(nóng)業(yè)科學(xué) 2021年12期2022-01-19
- 高粱GRAS基因家族全基因組鑒定及其對(duì)烯效唑的響應(yīng)
種之間，GRAS亞族分類不同，如早期擬南芥(Arabidopsis thaliana)、水稻和玉米的GRAS蛋白可根據(jù)結(jié)構(gòu)差異分為8個(gè)亞家族[4]，即DELLA、SCR、LS、PAT1、HAM、SCL3、SHR和LISCL亞家族，后來隨著基因組學(xué)研究的深入，GRAS家族又被分為10～16個(gè)亞族[11-12]。不同的亞族參與的生理生化反應(yīng)各不相同，如DELLA是赤霉素(GA)信號(hào)通路的負(fù)調(diào)控因子，當(dāng)接收到細(xì)胞外GA信號(hào)時(shí)會(huì)在細(xì)胞核降解，并傳遞出GA正常的信號(hào)
- 海島棉GH9基因家族成員鑒定及分析
為A、B、C三個(gè)亞族[1]。A亞族N端有一個(gè)跨膜區(qū)域，是膜結(jié)合蛋白。在擬南芥中，GH9A (KOR) 是纖維素合酶復(fù)合體的重要成分[2-3]。在楊樹[4-5]和陸地棉[6]中沉默KOR顯著減少結(jié)晶纖維素含量?？梢姡珿H9A參與植物細(xì)胞壁纖維素生物合成。B亞族通常包含信號(hào)肽，是分泌蛋白，在植物GH9基因家族中數(shù)量最多，具有復(fù)雜多變的功能。沉默擬南芥GH9B1(CEL1) 造成細(xì)胞壁褶皺，同時(shí)伴隨減少的纖維素和木質(zhì)素含量[7]。在水稻中，OsGH9B8、OsG
- 馬鈴薯StSnRK2基因家族的鑒定與表達(dá)分析
因成員分為不同的亞族。ExPASy網(wǎng)站（http://web.expasy.org/protparam/）[31]可用來計(jì)算StSnRK2基因成員的氨基酸數(shù)量、分子量和等電點(diǎn)（pI）等指標(biāo)。利用本地MEME工具（版本4.11.2，http://alternate.meme-suite.org/tools/meme）采用Perl 語(yǔ)言來搜索馬鈴薯StSnRK2 家族成員序列中的保守基序[31,37]。通過在線軟件（PG2C，http://mg2c.iask.
中國(guó)馬鈴薯 2021年3期2021-08-18
- 葡萄NF-Y核因子家族的鑒定與表達(dá)分析
vNF-YC三個(gè)亞族，其中VvNF-YA包含5個(gè)核因子，命名為VvNF-YA1～VvNF-YA5，VvNF-YB包含13個(gè)核因子，命名為VvNF-YB1～VvNF-YB13，VvNF-YC包含6個(gè)核因子，命名為VvNF-YC1～VvNF-YC6。由表2可知，葡萄NF-Y核因子家族氨基酸大小為132～345 aa，VvNF-YA1氨基酸序列最長(zhǎng)，VvNF-YB7的氨基酸序列最短。分子質(zhì)量集中在14.56～37.70 ku。等電點(diǎn)集中在4.62～9.83，其中
西北農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2021年6期2021-07-16
- 苦蕎蛋白磷酸酶2C家族的鑒定及表達(dá)分析
，而PP2C的A亞族是ABA信號(hào)通路中的核心成員，參與植物逆境脅迫應(yīng)答[10-12]. 苦蕎的基因組測(cè)序已經(jīng)完成，加快了苦蕎抗逆的機(jī)制研究. 本研究參考擬南芥PP2C基因家族信息，通過生物信息學(xué)方法在苦蕎中全基因組中鑒定出81個(gè)PP2C成員，并分析了理化性質(zhì)、基因結(jié)構(gòu)、保守結(jié)構(gòu)域、保守基序分布、染色體定位、進(jìn)化情況等. 同時(shí)，通過qRT-PCR對(duì)苦蕎PP2C的A亞族基因組織特異性表達(dá)和ABA處理后受誘導(dǎo)情況進(jìn)行了分析. 這些結(jié)果對(duì)苦蕎PP2C基因家族的后續(xù)
- 煙草bZIP基因家族的鑒定及其在不同成熟度煙葉中的表達(dá)分析
家族可分為11個(gè)亞族（bootstrap≥80%），分別為A、B、C、D、E、F、G、H、I、J和S亞族，其中，由于bootstrap值太低，NtbZIP123未能歸到任何一個(gè)亞族。在11個(gè)亞族中，S是最大的亞族，包含28個(gè)成員。與此同時(shí)，D、A、I和G的成員也較多，分別含有23，20，17和11個(gè)成員，這5個(gè)亞族成員的總和為NtbZIP家族成員總數(shù)的78.6%。此外，B亞族的成員最少，僅有2個(gè)，亞族J和H也僅含有3個(gè)成員?；蚪Y(jié)構(gòu)分析表明（圖1b）：Nt
中國(guó)煙草學(xué)報(bào) 2021年2期2021-06-05
- 黃花蒿bZIP轉(zhuǎn)錄因子基因家族及光調(diào)控表達(dá)模式分析＊
調(diào)控因子，其H 亞族成員HY5 轉(zhuǎn)錄因子（Long hypocotyl 5）可以通過結(jié)合G-box 激活下游許多光誘導(dǎo)基因的表達(dá)，如青蒿中的β-pine 烯合酶基因（QH6）及青蒿素正向調(diào)節(jié)因子AaGSW1，對(duì)青蒿素底物法呢基焦磷酸酯（Farnesyl pyrophosphate，F(xiàn)PP）的合成也具有一定影響[13,26,27]。隨著Shen 等[28]對(duì)黃花蒿核基因組數(shù)據(jù)測(cè)序的完成，黃花蒿bZIP（AabZIP）基因家族的全面分析及基因功能研究已成為可能
- 杜仲ARF基因家族全基因組鑒定和表達(dá)分析*
ARFs分到5個(gè)亞族。EuARF3.1、EuARF3.2和EuARF4屬于Ⅰ亞族(AtARF3/4同源)，EuARF10.1、EuARF10.2、EuARF16和EuARF17屬于Ⅱ亞族(AtARF10/16/17同源)，EuARF1、EuARF2.1、EuARF2.2、EuARF9和EuARF18屬于Ⅲ亞族(AtARF1/2同源)，EuARF6.1、EuARF6.2、EuARF8.1和EuARF8.2屬于Ⅴ亞族(AtARF6/8同源)，EuARF19.1
林業(yè)科學(xué) 2021年3期2021-04-10
- 獐牙菜亞族植物的系統(tǒng)發(fā)育分析
0007）獐牙菜亞族（Subtribe Swertiinae）隸屬于龍膽科（Gentianaceae），全世界約500 余種，東亞和北美大陸是其多樣性分布中心。獐牙菜屬約有170種，以青藏高原地區(qū)分布最為豐富［1～3］。根據(jù)何廷農(nóng)分類系統(tǒng)［2］，獐牙菜亞族包括獐牙菜屬、喉毛花屬（Comastoma（Wettst.）Yoyokuni）、假龍膽屬（Gentianella Moench）、扁蕾屬（Gentianopsis Ma）、大鐘花屬（Megacodon（H
植物研究 2021年3期2021-03-22
- 毛果楊GATA基因家族全基因組水平鑒定及表達(dá)分析
因，可分成4 個(gè)亞族，并且在光響應(yīng)調(diào)控和葉綠素合成［13～16］、細(xì)胞分裂素響應(yīng)［17～18］、花發(fā)育［19］和種子萌發(fā)［20］等多個(gè)生物學(xué)過程扮演著重要角色。毛果楊（Populus trichocarp）是第一個(gè)全基因測(cè)序并注釋的木本植物，并且具有相對(duì)較小的基因組（422.9 Mb）、廣泛的適應(yīng)性、容易的轉(zhuǎn)基因操作和較高生長(zhǎng)速率等特點(diǎn)，因此其已成為研究木本植物復(fù)雜性狀形成分子機(jī)制、基因功能解析、比較基因組學(xué)等分子生物學(xué)與分子遺傳學(xué)研究中的模式物種［21］
植物研究 2021年1期2021-02-26
- 馬鈴薯StIgt基因家族的鑒定及其對(duì)干旱脅迫的響應(yīng)分析
因家族可分為3個(gè)亞族, 亞族間的基因結(jié)構(gòu)、蛋白保守域和順式作用元件差別明顯。干旱脅迫下的表達(dá)譜分析表明,和響應(yīng)早期干旱脅迫, 在干旱2 h時(shí)即迅速上調(diào)表達(dá)。這些結(jié)果為闡明基因家族的進(jìn)化關(guān)系和進(jìn)一步研究其成員的功能特性提供了理論基礎(chǔ)。全基因組; 馬鈴薯;基因家族; 干旱脅迫; 表達(dá)譜分析馬鈴薯(L.), 屬茄科(Solanaceae)龍葵亞屬(), 一年生植物, 是繼玉米、小麥和水稻之后的世界第四大糧食作物[1]。馬鈴薯屬于塊莖類作物, 在塊莖發(fā)育過程中,
作物學(xué)報(bào) 2021年4期2021-02-05
- 辣椒CDPK基因家族的鑒定、進(jìn)化與表達(dá)分析
族一般可分為4個(gè)亞族,并發(fā)生不同程度的分化擴(kuò)增,其中,第Ⅳ亞族的基因數(shù)目最少,同時(shí)第Ⅳ亞族也最古老[16]。雖然對(duì)園藝作物中的CDPK基因家族研究越來越廣泛,但是對(duì)辣椒CDPK基因家族的系統(tǒng)分析還不夠全面。辣椒(Capsicumannuum)屬茄科(Solanaceae)茄亞族(Solaninae Dunal)辣椒屬,一年生或多年生植物,是重要的藥食同源蔬菜,經(jīng)濟(jì)價(jià)值和社會(huì)效益極高。CDPK作為一種重要的蛋白激酶,深入研究辣椒CDPK基因,可進(jìn)一步了解其對(duì)
核農(nóng)學(xué)報(bào) 2021年1期2021-01-28
- 高粱LOX基因家族全基因組鑒定及表達(dá)模式分析
屬于13-LOX亞族，AtLOX1和AtLOX5屬于9-LOX亞族[14]。高粱(SorghumbicolorL.)是非常重要的經(jīng)濟(jì)作物[15]，為禾本科高粱屬一年生草本植物，是典型的喜溫作物，對(duì)低溫脅迫較敏感，尤其在萌發(fā)期和苗期[16]。目前，高粱中關(guān)于LOX全基因組鑒定及其應(yīng)答低溫脅迫的研究尚未見報(bào)道。為此，對(duì)高粱LOX家族基因進(jìn)行全基因組鑒定，并對(duì)其進(jìn)化關(guān)系、基因結(jié)構(gòu)、保守基序、不同組織及低溫脅迫下的表達(dá)模式等進(jìn)行分析，以期為高粱LOX基因的功能研究
河南農(nóng)業(yè)科學(xué) 2020年11期2020-11-18
- 大豆胞囊線蟲病抗性相關(guān)AP2/EREBP轉(zhuǎn)錄因子生物信息學(xué)分析
結(jié)果表明，AP2亞族蛋白質(zhì)氨基酸殘基數(shù)195～488，ERF亞族為122～408，DREB亞族為333～352；AP2亞族中AP2-1和AP2-3蛋白質(zhì)等電點(diǎn)呈堿性，AP2-2和AP2-4蛋白質(zhì)等電點(diǎn)呈酸性；ERF亞族中除ERF-4和ERF-6蛋白中等電點(diǎn)呈堿性，其余均呈酸性；DREB亞族中DREB-1和DREB-2蛋白質(zhì)等電點(diǎn)分別為8.23和5.71，分別呈酸性和堿性?？傮w上看，蛋白質(zhì)等電點(diǎn)在酸性范圍內(nèi)轉(zhuǎn)錄因子數(shù)量多于堿性范圍，大豆胞囊線蟲AP2/ERE
- 小麥熱激蛋白轉(zhuǎn)錄因子C家族基因的結(jié)構(gòu)及其在干旱脅迫中的表達(dá)
，并且HsfC2亞族在單子葉植物中是唯一的。2.3 小麥TaHsfC基因結(jié)構(gòu)及保守結(jié)構(gòu)域分析對(duì)鑒定的24個(gè)TaHsfC基因進(jìn)行基因結(jié)構(gòu)分析，結(jié)果表明，TaHsfC1亞族基因至少含有一個(gè)內(nèi)含子，其中TaHsfC1h含有兩個(gè)內(nèi)含子；TaHsfC2亞族基因則規(guī)律不清，其中TaHsfC2a、TaHsfC2b和TaHsfC2m含有一個(gè)內(nèi)含子，其余成員則不含內(nèi)含子。24個(gè)TaHsfC基因中，有7組同源基因，同源基因的結(jié)構(gòu)具有相似性(圖3)，其中有5組可能為A、B和D染
麥類作物學(xué)報(bào) 2020年4期2020-07-31
- 陸地棉蔗糖磷酸合成酶基因家族的鑒定及表達(dá)分析
、B 和C 三個(gè)亞族[5]，而禾本科植物還有 1 個(gè) D 亞族[4,8]。 不同亞族間，SPS基因的表達(dá)特性差異很大。 例如，玉米SPS 基因家族的 7 個(gè)基因中，ZmSPS1、ZmSPS6和ZmSPS7 主要在葉片中表達(dá)，ZmSPS2 在葉片和 花 粉 中 高 表 達(dá) ， 而ZmSPS3、ZmSPS4 和ZmSPS5 在各個(gè)組織均表達(dá)量很高[4]。 植物SPS家族成員不同的組織表達(dá)模式，暗示著它們?cè)谥参锷L(zhǎng)發(fā)育過程中可能起著不同的作用。目前，在多個(gè)物種中
棉花學(xué)報(bào) 2020年1期2020-04-22
- 辣椒HD-Zip基因家族鑒定、系統(tǒng)進(jìn)化及表達(dá)分析
naceae）茄亞族（Solaninae Dunal）辣椒屬一年生或多年生植物，是我國(guó)重要的蔬菜作物，近幾年種植面積及產(chǎn)量均居世界首位（http://faostat.fao.org）。HD-Zip轉(zhuǎn)錄因子（homeodomain-leucine zipper，HD-Zip）是植物中特有的一類轉(zhuǎn)錄因子，參與調(diào)控植物光合作用、形態(tài)建成以及逆境脅迫應(yīng)答等重要生長(zhǎng)發(fā)育過程[1-2]。通過在辣椒基因組中系統(tǒng)鑒定HD-Zip基因家族成員，并對(duì)其染色體定位、基因結(jié)構(gòu)、進(jìn)
中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué) 2020年5期2020-03-30
- 木薯MebZIP7和MebZIP9基因的克隆及其轉(zhuǎn)錄活性分析
基因劃分為10個(gè)亞族，分別為A-I和S亞族，其中 A亞族與ABA相關(guān)，屬于脫落酸響應(yīng)元件結(jié)合因子(ABF)[8]。ABF可以反式激活在啟動(dòng)子區(qū)含有脫落酸響應(yīng)元件(ABA response element，ABRE)的效應(yīng)基因，它的表達(dá)受ABA和各種脅迫誘導(dǎo)[9]。ABF參與ABA信號(hào)通路，ABA結(jié)合PYL后破壞了SnRK2蛋白激酶和PP2C的相互作用，進(jìn)而激活SnRK2蛋白激酶使ABF磷酸化，從而調(diào)節(jié)響應(yīng)ABA信號(hào)相關(guān)基因的表達(dá)[10-12]。擬南芥ABF
- 高等植物K+吸收及轉(zhuǎn)運(yùn)的分子機(jī)制研究進(jìn)展
該家族劃分為5個(gè)亞族。亞族Ⅰ成員以擬南芥AtHAK5、水稻OsHAK5和葡萄VvKUP1等為代表；亞族Ⅱ成員以擬南芥AtKUP1、AtKUP2、AtKUP3、AtKUP6、AtKUP8等為代表；亞族Ⅲ成員以AtKUP9、AtKUP10和AtKUP11等為代表；亞族Ⅳ成員以水稻OsHAK4和OsHAK17為代表；亞族Ⅴ成員以AtKUP5、AtKUP7和AtKUP12等為代表。亞族Ⅱ和亞族Ⅲ成員在雙子葉和單子葉植物中的分布都很保守，亞族Ⅰ和Ⅳ的成員則可能在植物
草業(yè)學(xué)報(bào) 2019年9期2019-09-24
- 小桐子bZIP轉(zhuǎn)錄因子的全基因組鑒定及表達(dá)分析
、I及S 10個(gè)亞族，其中，A亞族與S亞族研究較為廣泛，而B亞族與F亞族則報(bào)道較少。文獻(xiàn)報(bào)道，A、C、S亞族主要參與植物非生物脅迫響應(yīng)過程及激素信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)過程的調(diào)控，而D、G、H、I亞族在植物防御生物病害、種子成熟、光形態(tài)建成、氮素同化、維管系統(tǒng)發(fā)育等生理生化過程發(fā)揮重要作用[8]。目前，多種植物的bZIP基因家族已經(jīng)在全基因組水平進(jìn)行了鑒定及分析，其中擬南芥75個(gè)[3]、水稻89個(gè)[4]、玉米125個(gè)[5]、大豆131個(gè)[9]、高粱92個(gè)[10]、葡萄55
華北農(nóng)學(xué)報(bào) 2019年2期2019-04-29
- 棉花SBP家族基因的鑒定與分析
Ⅵ、Ⅶ、Ⅷ共8個(gè)亞族，大部分亞族同時(shí)包含了棉花和擬南芥的SBP轉(zhuǎn)錄因子，推測(cè)在棉花和擬南芥這2個(gè)物種分化之前，SBP轉(zhuǎn)錄因子已經(jīng)發(fā)生了分化。在第Ⅲ亞族中，棉花有13個(gè)SBP轉(zhuǎn)錄因子家族成員，而擬南芥只有1個(gè)，表明從棉花形成之后，該亞家族內(nèi)部SBP轉(zhuǎn)錄因子可能被復(fù)制了很多次。在第Ⅳ亞族內(nèi)部，棉花SBP轉(zhuǎn)錄因子家族成員數(shù)目是擬南芥的4.5倍。在第Ⅲ亞族中，棉花SBP轉(zhuǎn)錄因子家族成員數(shù)目是擬南芥的13倍。棉花和擬南芥SBP轉(zhuǎn)錄因子在這2個(gè)亞族中數(shù)量變化差異較大，
河南農(nóng)業(yè)科學(xué) 2019年3期2019-03-29
- 鹽脅迫條件下楊樹bZIP轉(zhuǎn)錄因子全基因組分析
、I、S等不同的亞族[5]。擬南芥AtbZIP39轉(zhuǎn)錄因子基因參與ABA脅迫信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑，并且能夠通過調(diào)控LEA基因的表達(dá)參與種子萌發(fā)過程[6,7]；玉米bZIP轉(zhuǎn)錄因子基因Opaque2與PBF蛋白互作調(diào)控種子貯藏蛋白的合成[8]。轉(zhuǎn)錄因子基因AtbZIP57/OBF4/TGA4通過參與水楊酸或者乙烯合成途徑應(yīng)答植物病原侵染反應(yīng)。在應(yīng)對(duì)病原體攻擊反應(yīng)中，植物體內(nèi)的水楊酸誘導(dǎo)抗病相關(guān)基因的表達(dá)，TGA元件能夠與抗病相關(guān)基因啟動(dòng)子中的as-1順式作用元件結(jié)合
山西農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào)（自然科學(xué)版） 2018年8期2018-08-02
- 花生蛋白磷酸酶2C家族基因的鑒定和鹽脅迫響應(yīng)分析
PP2C家族的G亞族，能夠調(diào)控?cái)M南芥對(duì)鹽脅迫的響應(yīng)，且其調(diào)控依賴于ABA。Schweighofer等[7]報(bào)道了擬南芥中76個(gè)PP2C基因，并將它們分成10個(gè)組。Xue等[8]利用生物信息學(xué)手段從水稻和擬南芥基因組中分別分離出78，80個(gè)PP2C基因，并分別將它們分為11，13個(gè)組。擬南芥中，A亞族的9個(gè)成員中包含6個(gè)負(fù)調(diào)控ABA信號(hào)的蛋白：ABI1、ABI2、AHG1、AHG3/AtPP2CA、HAB1和HAB2[9]。在胡楊中也證實(shí)了A亞族的PeHAB
華北農(nóng)學(xué)報(bào) 2018年3期2018-07-06
- 丹參3個(gè)R2R3-MYB轉(zhuǎn)錄因子的亞細(xì)胞定位和自激活活性分析
MYB分成22個(gè)亞族[9,15]，擬南芥和丹參的所有R2R3-MYB共分成37個(gè)亞族[16]，同一亞族的R2R3-MYB往往在代謝中發(fā)揮相似的作用[10]。Liu等[10]結(jié)合結(jié)構(gòu)分析和功能分析，歸納總結(jié)不同亞族的R2R3-MYB對(duì)于植物苯丙烷代謝的影響，大多數(shù)第4亞族成員對(duì)苯丙烷代謝途徑發(fā)揮抑制作用。例如，SmMYB39可抑制丹參酚酸代謝途徑基因的表達(dá)，進(jìn)而抑制迷迭香酸和丹酚酸B的積累[17]。因此，結(jié)構(gòu)分析對(duì)于探討MYB轉(zhuǎn)錄因子的功能十分有參考價(jià)值。轉(zhuǎn)
西北農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2018年4期2018-05-10
- 楊樹MYB轉(zhuǎn)錄因子家族基因應(yīng)答鹽脅迫表達(dá)特性分析
其特點(diǎn)可分為4個(gè)亞族，即1R-MYB(MYB-related)，R2R3-MYB，3R-MYB和4R-MYB[3～5]。其中1R-MYB亞族類僅含有單一的MYB結(jié)構(gòu)域，在不同植物中功能有所差異。如同屬于MYB家族的擬南芥LHY，CCA1基因與擬南芥生物鐘與激素合成調(diào)節(jié)有關(guān)[6]，蠟梅EU11603基因與植物抗逆相關(guān)，參與植物的抗逆代謝途徑中ABA傳導(dǎo)[7]；馬鈴薯過表達(dá)StMYB1R-1基因可加快氣孔關(guān)閉速度，增強(qiáng)植株抗干旱能力[8]。R2R3-MYB亞族
植物研究 2017年3期2017-11-10
- 桉樹焦枯病菌ABC轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白的鑒定與分析
，它們分屬于8個(gè)亞族。71%的轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白位于細(xì)胞膜，10%位于液泡，其余部分位于線粒體、過氧化物酶體、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)等內(nèi)膜系統(tǒng)上。桉樹焦枯病菌ABC轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白包含全分子、四分之三分子、半分子及四分之一分子。根據(jù)同源性推測(cè)桉樹焦枯病菌ABC轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白與MDR、PDR、HMT、MPE、STE、P-FAT等幾種轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白具有較高相似性，同時(shí)還與核糖體合成、翻譯、過氧化物酶體合成的ABC轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白具有較高相似性。[結(jié)論]桉樹焦枯病菌ABC轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白除作為外排泵轉(zhuǎn)運(yùn)外源化學(xué)物質(zhì)、疏水性
林業(yè)科學(xué)研究 2017年4期2017-08-07
- 藻類水通道蛋白的研究進(jìn)展
止，已有8個(gè)不同亞族的藻類水通道蛋白被確定出來，而且在近兩年內(nèi)，又有研究者從南極冰藻、條斑紫菜和羊棲菜中發(fā)現(xiàn)新的藻類水通道蛋白。綜述了當(dāng)前藻類水通道蛋白的分類和結(jié)構(gòu)特征等方面的研究進(jìn)展，并結(jié)合新發(fā)現(xiàn)的幾種藻類水通道蛋白，闡述了藻類處于脅迫環(huán)境時(shí)水通道蛋白的特異性表達(dá)和所發(fā)揮的生理功能，為后續(xù)相關(guān)藻類水通道蛋白的研究奠定一定的理論基礎(chǔ)。藻類；水通道蛋白；分類；結(jié)構(gòu)特征；生理功能水通道蛋白（Aquaporins，AQPs），又稱為水孔蛋白，是細(xì)胞膜上高效轉(zhuǎn)運(yùn)水
生物技術(shù)通報(bào) 2017年8期2017-04-12
- Ataxonomic study of the Subtribe Lathrobiina(Coleoptera,Staphylinidae) in Shanghai
)上海隆線隱翅蟲亞族分類研究(鞘翅目:隱翅蟲科)彭 中1, 朱建青2, 陳志兵2, 趙梅君1, 李利珍1(1.上海師范大學(xué) 生命與環(huán)境科學(xué)學(xué)院,上海 200234; 2.上海動(dòng)物園,上海 200335)在中國(guó)上海隆線隱翅蟲亞族的分類研究中,共鑒定出隆線隱翅蟲亞族3屬共3種:赤翅隆線隱翅蟲Lathrobium dignumSharp,1874,黑紋偽隆線隱翅蟲Pseudolathra lineataHerman,2003和翅斑細(xì)項(xiàng)隱翅蟲Tetartopeus
- 糖尿病足潰瘍中趨化因子的作用及機(jī)制
的位置，分為4個(gè)亞族：(1)CXC亞族，含16個(gè)成員，用CXCL1～CXCL16表示，作用于中性粒細(xì)胞，參與急性炎性過程。(2)CC亞族，含28個(gè)成員，用CCL1～CCL28表示，作用于單核細(xì)胞、T細(xì)胞、嗜酸性粒細(xì)胞、嗜堿性粒細(xì)胞，參與慢性炎性反應(yīng)和過敏調(diào)節(jié)。(3)C亞族，含2個(gè)成員，用淋巴細(xì)胞趨化因子(XCL1)、單-C模體-1β(XCL2)表示，作用于B細(xì)胞、T細(xì)胞、自然殺傷細(xì)胞、中性粒細(xì)胞，參與炎性反應(yīng)。(4)CX3C亞族，只有1個(gè)成員，用CX3CL
國(guó)際內(nèi)分泌代謝雜志 2015年5期2015-03-20
- 4種大戟科植物L(fēng)hca基因家族的全基因組鑒定、分類與進(jìn)化分析
a1和Lhca3亞族具有較早的起源，Lhca2和Lhca6存在于陸生生物中，Lhca4和Lhca5則只存在于高等植物中；在木薯和橡膠樹中，Lhca1、Lhca2和Lhca4亞族都出現(xiàn)了基因的擴(kuò)增。大戟科植物；全基因組；Lhca基因家族；鑒定；進(jìn)化分析LHCI（light-harvesting chlorophyll a/b-binding proteins of photosystem I）是植物光系統(tǒng)I（PSI）中與色素分子結(jié)合的一系列膜蛋白，由Lhca
中南林業(yè)科技大學(xué)學(xué)報(bào) 2014年10期2014-12-29
- 擬南芥R2R3-MYB家族第22亞族的結(jié)構(gòu)與功能
MYB家族第22亞族的結(jié)構(gòu)與功能樊錦濤，蔣琛茜，邢繼紅，董金皋河北農(nóng)業(yè)大學(xué)真菌毒素與植物分子病理學(xué)實(shí)驗(yàn)室，保定 071001擬南芥 R2R3-MYB轉(zhuǎn)錄因子在擬南芥生長(zhǎng)發(fā)育、代謝及響應(yīng)生物和非生物脅迫的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中具有重要作用。根據(jù)保守的氨基酸序列，R2R3-MYB轉(zhuǎn)錄因子被分為25個(gè)亞族，其中第22亞族包含AtMYB44、AtMYB77、AtMYB73和AtMYB70 4個(gè)基因，主要響應(yīng)生物和非生物脅迫。文章從基因功能的相似性、基因表達(dá)的一致性和基因結(jié)構(gòu)的
遺傳 2014年10期2014-05-25
- 大戟科Lhcb基因家族的全基因組鑒定、分類與進(jìn)化分析
b5和Lhcb7亞族早于單細(xì)胞的藻類中就已產(chǎn)生，Lhcb3和Lhcb6亞族在光合生物向陸地進(jìn)化后產(chǎn)生，Lhcb2亞族存在于高等植物中，Lhcb8亞族則為雙子葉植物所特有；Lhcb1亞族在所分析的4種大戟科植物中均出現(xiàn)了基因擴(kuò)增，Lhcb2和Lhcb5亞族在木薯和橡膠樹中出現(xiàn)了擴(kuò)增，而Lhcb3和Lhcb6亞族僅在橡膠樹中出現(xiàn)了擴(kuò)增。大戟科植物；全基因組；Lhcb基因家族；鑒定；分類；進(jìn)化分析LHCΙΙ（light-harvesting chlorophyl
中南林業(yè)科技大學(xué)學(xué)報(bào) 2013年12期2013-12-29
- 植物ATP結(jié)合盒（ABC）轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白研究進(jìn)展
差萬(wàn)別。其中部分亞族的基因只在植物的特定部位如根中表達(dá)，而有些亞族基因卻在植物各部位隨機(jī)表達(dá)。ABC轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白有全轉(zhuǎn)運(yùn)子和半轉(zhuǎn)運(yùn)子2種[4]。全轉(zhuǎn)運(yùn)子的核心單元包括2個(gè)核苷酸結(jié)構(gòu)域（nucleotide binding domains，NBD）和2個(gè)跨膜結(jié)構(gòu)域（trans membrane domains，TMD）等4個(gè)結(jié)構(gòu)域。具有親水性的NBD結(jié)構(gòu)域嵌于細(xì)胞膜而向細(xì)胞質(zhì)中突出，由幾個(gè)高度保守的Walker A和Walker B序列，保守性略差的H環(huán)、Q環(huán)組
浙江農(nóng)林大學(xué)學(xué)報(bào) 2013年5期2013-05-29